src/language/stats/wilcoxon.c

   1 /* Pspp - a program for statistical analysis.
   2    Copyright (C) 2008, 2009 Free Software Foundation, Inc.
   3
   4    This program is free software: you can redistribute it and/or modify
   5    it under the terms of the GNU General Public License as published by
   6    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
   7    (at your option) any later version.
   8
   9    This program is distributed in the hope that it will be useful,
  10    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  12    GNU General Public License for more details.
  13
  14    You should have received a copy of the GNU General Public License
  15    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. */
  16
  17
  18
  19 #include <config.h>
  20 #include "wilcoxon.h"
  21 #include <data/variable.h>
  22 #include <data/casereader.h>
  23 #include <data/casewriter.h>
  24 #include <data/subcase.h>
  25 #include <math/sort.h>
  26 #include <libpspp/message.h>
  27 #include <xalloc.h>
  28 #include <output/table.h>
  29 #include <data/procedure.h>
  30 #include <data/dictionary.h>
  31 #include <math/wilcoxon-sig.h>
  32 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  33 #include <unistd.h>
  34 #include <signal.h>
  35 #include <libpspp/assertion.h>
  36 #include <data/format.h>
  37
  38 static double
  39 append_difference (const struct ccase *c, casenumber n UNUSED, void *aux)
  40 {
  41   const variable_pair *vp = aux;
  42
  43   return case_data (c, (*vp)[0])->f - case_data (c, (*vp)[1])->f;
  44 }
  45
  46 static void show_ranks_box (const struct wilcoxon_state *,
  47                             const struct two_sample_test *,
  48                             const struct dictionary *);
  49
  50 static void show_tests_box (const struct wilcoxon_state *,
  51                             const struct two_sample_test *,
  52                             bool exact, double timer);
  53
  54
  55
  56 static void
  57 distinct_callback (double v UNUSED, casenumber n, double w UNUSED, void *aux)
  58 {
  59   struct wilcoxon_state *ws = aux;
  60
  61   ws->tiebreaker += pow3 (n) - n;
  62 }
  63
  64 #define WEIGHT_IDX 2
  65
  66 void
  67 wilcoxon_execute (const struct dataset *ds,
  68                   struct casereader *input,
  69                   enum mv_class exclude,
  70                   const struct npar_test *test,
  71                   bool exact,
  72                   double timer)
  73 {
  74   int i;
  75   bool warn = true;
  76   const struct dictionary *dict = dataset_dict (ds);
  77   const struct two_sample_test *t2s = (struct two_sample_test *) test;
  78
  79   struct wilcoxon_state *ws = xcalloc (sizeof (*ws), t2s->n_pairs);
  80   const struct variable *weight = dict_get_weight (dict);
  81   struct variable *weightx = var_create_internal (WEIGHT_IDX);
  82
  83   input =
  84     casereader_create_filter_weight (input, dict, &warn, NULL);
  85
  86   for (i = 0 ; i < t2s->n_pairs; ++i )
  87     {
  88       struct casereader *r = casereader_clone (input);
  89       struct casewriter *writer;
  90       struct ccase *c;
  91       struct subcase ordering;
  92       variable_pair *vp = &t2s->pairs[i];
  93
  94       const int reader_width = weight ? 3 : 2;
  95
  96       ws[i].sign = var_create_internal (0);
  97       ws[i].absdiff = var_create_internal (1);
  98
  99       r = casereader_create_filter_missing (r, *vp, 2,
 100                                             exclude,
 101                                             NULL, NULL);
 102
 103       subcase_init_var (&ordering, ws[i].absdiff, SC_ASCEND);
 104       writer = sort_create_writer (&ordering, reader_width);
 105       subcase_destroy (&ordering);
 106
 107       for (; (c = casereader_read (r)) != NULL; case_unref (c))
 108         {
 109           struct ccase *output = case_create (reader_width);
 110           double d = append_difference (c, 0, vp);
 111
 112           if (d > 0)
 113             {
 114               case_data_rw (output, ws[i].sign)->f = 1.0;
 115
 116             }
 117           else if (d < 0)
 118             {
 119               case_data_rw (output, ws[i].sign)->f = -1.0;
 120             }
 121           else
 122             {
 123               double w = 1.0;
 124               if (weight)
 125                 w = case_data (c, weight)->f;
 126
 127               /* Central point values should be dropped */
 128               ws[i].n_zeros += w;
 129               case_unref (output);
 130               continue;
 131             }
 132
 133           case_data_rw (output, ws[i].absdiff)->f = fabs (d);
 134
 135           if (weight)
 136            case_data_rw (output, weightx)->f = case_data (c, weight)->f;
 137
 138           casewriter_write (writer, output);
 139         }
 140       casereader_destroy (r);
 141       ws[i].reader = casewriter_make_reader (writer);
 142     }
 143
 144   for (i = 0 ; i < t2s->n_pairs; ++i )
 145     {
 146       struct casereader *rr ;
 147       struct ccase *c;
 148       enum rank_error err = 0;
 149
 150       rr = casereader_create_append_rank (ws[i].reader, ws[i].absdiff,
 151                                           weight ? weightx : NULL, &err,
 152                                           distinct_callback, &ws[i]
 153                                           );
 154
 155       for (; (c = casereader_read (rr)) != NULL; case_unref (c))
 156         {
 157           double sign = case_data (c, ws[i].sign)->f;
 158           double rank = case_data_idx (c, weight ? 3 : 2)->f;
 159           double w = 1.0;
 160           if (weight)
 161             w = case_data (c, weightx)->f;
 162
 163           if ( sign > 0 )
 164             {
 165               ws[i].positives.sum += rank * w;
 166               ws[i].positives.n += w;
 167             }
 168           else if (sign < 0)
 169             {
 170               ws[i].negatives.sum += rank * w;
 171               ws[i].negatives.n += w;
 172             }
 173           else
 174             NOT_REACHED ();
 175         }
 176
 177       casereader_destroy (rr);
 178     }
 179
 180   casereader_destroy (input);
 181
 182   var_destroy (weightx);
 183
 184   show_ranks_box (ws, t2s, dict);
 185   show_tests_box (ws, t2s, exact, timer);
 186
 187   for (i = 0 ; i < t2s->n_pairs; ++i )
 188     {
 189       var_destroy (ws[i].sign);
 190       var_destroy (ws[i].absdiff);
 191     }
 192
 193   free (ws);
 194 }
 195
 196
 197 \f
 198
 199 #include "gettext.h"
 200 #define _(msgid) gettext (msgid)
 201
 202 static void
 203 show_ranks_box (const struct wilcoxon_state *ws,
 204                 const struct two_sample_test *t2s,
 205                 const struct dictionary *dict)
 206 {
 207   size_t i;
 208
 209   const struct variable *wv = dict_get_weight (dict);
 210   const struct fmt_spec *wfmt = wv ? var_get_print_format (wv) : & F_8_0;
 211
 212   struct tab_table *table = tab_create (5, 1 + 4 * t2s->n_pairs, 0);
 213
 214   tab_dim (table, tab_natural_dimensions);
 215
 216   tab_title (table, _("Ranks"));
 217
 218   tab_headers (table, 2, 0, 1, 0);
 219
 220   /* Vertical lines inside the box */
 221   tab_box (table, 0, 0, -1, TAL_1,
 222            1, 0, table->nc - 1, tab_nr (table) - 1 );
 223
 224   /* Box around entire table */
 225   tab_box (table, TAL_2, TAL_2, -1, -1,
 226            0, 0, table->nc - 1, tab_nr (table) - 1 );
 227
 228
 229   tab_text (table,  2, 0,  TAB_CENTER, _("N"));
 230   tab_text (table,  3, 0,  TAB_CENTER, _("Mean Rank"));
 231   tab_text (table,  4, 0,  TAB_CENTER, _("Sum of Ranks"));
 232
 233
 234   for (i = 0 ; i < t2s->n_pairs; ++i)
 235     {
 236       variable_pair *vp = &t2s->pairs[i];
 237
 238       struct string pair_name;
 239       ds_init_cstr (&pair_name, var_to_string ((*vp)[0]));
 240       ds_put_cstr (&pair_name, " - ");
 241       ds_put_cstr (&pair_name, var_to_string ((*vp)[1]));
 242
 243       tab_text (table, 1, 1 + i * 4, TAB_LEFT, _("Negative Ranks"));
 244       tab_text (table, 1, 2 + i * 4, TAB_LEFT, _("Positive Ranks"));
 245       tab_text (table, 1, 3 + i * 4, TAB_LEFT, _("Ties"));
 246       tab_text (table, 1, 4 + i * 4, TAB_LEFT, _("Total"));
 247
 248       tab_hline (table, TAL_1, 0, table->nc - 1, 1 + i * 4);
 249
 250
 251       tab_text (table, 0, 1 + i * 4, TAB_LEFT, ds_cstr (&pair_name));
 252       ds_destroy (&pair_name);
 253
 254
 255       /* N */
 256       tab_double (table, 2, 1 + i * 4, TAB_RIGHT, ws[i].negatives.n, wfmt);
 257       tab_double (table, 2, 2 + i * 4, TAB_RIGHT, ws[i].positives.n, wfmt);
 258       tab_double (table, 2, 3 + i * 4, TAB_RIGHT, ws[i].n_zeros, wfmt);
 259
 260       tab_double (table, 2, 4 + i * 4, TAB_RIGHT,
 261                  ws[i].n_zeros + ws[i].positives.n + ws[i].negatives.n, wfmt);
 262
 263       /* Sums */
 264       tab_double (table, 4, 1 + i * 4, TAB_RIGHT, ws[i].negatives.sum, NULL);
 265       tab_double (table, 4, 2 + i * 4, TAB_RIGHT, ws[i].positives.sum, NULL);
 266
 267
 268       /* Means */
 269       tab_double (table, 3, 1 + i * 4, TAB_RIGHT,
 270                  ws[i].negatives.sum / (double) ws[i].negatives.n, NULL);
 271
 272       tab_double (table, 3, 2 + i * 4, TAB_RIGHT,
 273                  ws[i].positives.sum / (double) ws[i].positives.n, NULL);
 274
 275     }
 276
 277   tab_hline (table, TAL_2, 0, table->nc - 1, 1);
 278   tab_vline (table, TAL_2, 2, 0, table->nr - 1);
 279
 280
 281   tab_submit (table);
 282 }
 283
 284
 285 static void
 286 show_tests_box (const struct wilcoxon_state *ws,
 287                 const struct two_sample_test *t2s,
 288                 bool exact,
 289                 double timer UNUSED
 290                 )
 291 {
 292   size_t i;
 293   struct tab_table *table = tab_create (1 + t2s->n_pairs, exact ? 5 : 3, 0);
 294
 295   tab_dim (table, tab_natural_dimensions);
 296
 297   tab_title (table, _("Test Statistics"));
 298
 299   tab_headers (table, 1, 0, 1, 0);
 300
 301   /* Vertical lines inside the box */
 302   tab_box (table, 0, 0, -1, TAL_1,
 303            0, 0, table->nc - 1, tab_nr (table) - 1 );
 304
 305   /* Box around entire table */
 306   tab_box (table, TAL_2, TAL_2, -1, -1,
 307            0, 0, table->nc - 1, tab_nr (table) - 1 );
 308
 309
 310   tab_text (table,  0, 1,  TAB_LEFT, _("Z"));
 311   tab_text (table,  0, 2,  TAB_LEFT, _("Asymp. Sig (2-tailed)"));
 312
 313   if ( exact )
 314     {
 315       tab_text (table,  0, 3,  TAB_LEFT, _("Exact Sig (2-tailed)"));
 316       tab_text (table,  0, 4,  TAB_LEFT, _("Exact Sig (1-tailed)"));
 317
 318 #if 0
 319       tab_text (table,  0, 5,  TAB_LEFT, _("Point Probability"));
 320 #endif
 321     }
 322
 323   for (i = 0 ; i < t2s->n_pairs; ++i)
 324     {
 325       double z;
 326       double n = ws[i].positives.n + ws[i].negatives.n;
 327       variable_pair *vp = &t2s->pairs[i];
 328
 329       struct string pair_name;
 330       ds_init_cstr (&pair_name, var_to_string ((*vp)[0]));
 331       ds_put_cstr (&pair_name, " - ");
 332       ds_put_cstr (&pair_name, var_to_string ((*vp)[1]));
 333
 334
 335       tab_text (table, 1 + i, 0, TAB_CENTER, ds_cstr (&pair_name));
 336       ds_destroy (&pair_name);
 337
 338       z = MIN (ws[i].positives.sum, ws[i].negatives.sum);
 339       z -= n * (n + 1)/ 4.0;
 340
 341       z /= sqrt (n * (n + 1) * (2*n + 1)/24.0 - ws[i].tiebreaker / 48.0);
 342
 343       tab_double (table, 1 + i, 1, TAB_RIGHT, z, NULL);
 344
 345       tab_double (table, 1 + i, 2, TAB_RIGHT,
 346                  2.0 * gsl_cdf_ugaussian_P (z),
 347                  NULL);
 348
 349       if (exact)
 350         {
 351           double p = LevelOfSignificanceWXMPSR (ws[i].positives.sum, n);
 352           if (p < 0)
 353             {
 354               msg (MW, ("Too many pairs to calculate exact significance."));
 355             }
 356           else
 357             {
 358               tab_double (table, 1 + i, 3, TAB_RIGHT, p, NULL);
 359               tab_double (table, 1 + i, 4, TAB_RIGHT, p / 2.0, NULL);
 360             }
 361         }
 362     }
 363
 364   tab_hline (table, TAL_2, 0, table->nc - 1, 1);
 365   tab_vline (table, TAL_2, 1, 0, table->nr - 1);
 366
 367
 368   tab_submit (table);
 369 }