Merge commit 'origin/stable'
[pspp-builds.git] / src / language / stats / regression.q
index a067b3afcfa7ec609caba7a60b4de44f542184b6..13cc4f69f7224450b2c384e05f78618c5f3dd573 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 /* PSPP - a program for statistical analysis.
-   Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.
+   Copyright (C) 2005, 2009 Free Software Foundation, Inc.
 
    This program is free software: you can redistribute it and/or modify
    it under the terms of the GNU General Public License as published by
@@ -542,7 +542,7 @@ regression_trns_free (void *t_)
   Gets the predicted values.
  */
 static int
-regression_trns_pred_proc (void *t_, struct ccase *c,
+regression_trns_pred_proc (void *t_, struct ccase **c,
                           casenumber case_idx UNUSED)
 {
   size_t i;
@@ -563,12 +563,12 @@ regression_trns_pred_proc (void *t_, struct ccase *c,
   n_vals = (*model->get_vars) (model, vars);
 
   vals = xnmalloc (n_vals, sizeof (*vals));
-  output = case_data_rw (c, model->pred);
-  assert (output != NULL);
+  *c = case_unshare (*c);
+  output = case_data_rw (*c, model->pred);
 
   for (i = 0; i < n_vals; i++)
     {
-      vals[i] = case_data (c, vars[i]);
+      vals[i] = case_data (*c, vars[i]);
     }
   output->f = (*model->predict) ((const struct variable **) vars,
                                 vals, model, n_vals);
@@ -581,7 +581,7 @@ regression_trns_pred_proc (void *t_, struct ccase *c,
   Gets the residuals.
  */
 static int
-regression_trns_resid_proc (void *t_, struct ccase *c,
+regression_trns_resid_proc (void *t_, struct ccase **c,
                            casenumber case_idx UNUSED)
 {
   size_t i;
@@ -603,14 +603,15 @@ regression_trns_resid_proc (void *t_, struct ccase *c,
   n_vals = (*model->get_vars) (model, vars);
 
   vals = xnmalloc (n_vals, sizeof (*vals));
-  output = case_data_rw (c, model->resid);
+  *c = case_unshare (*c);
+  output = case_data_rw (*c, model->resid);
   assert (output != NULL);
 
   for (i = 0; i < n_vals; i++)
     {
-      vals[i] = case_data (c, vars[i]);
+      vals[i] = case_data (*c, vars[i]);
     }
-  obs = case_data (c, model->depvar);
+  obs = case_data (*c, model->depvar);
   output->f = (*model->residual) ((const struct variable **) vars,
                                  vals, obs, model, n_vals);
   free (vals);
@@ -688,17 +689,21 @@ subcommand_save (struct dataset *ds, int save, pspp_linreg_cache ** models)
 
       for (lc = models; lc < models + cmd.n_dependent; lc++)
        {
-         assert (*lc != NULL);
-         assert ((*lc)->depvar != NULL);
-         if (cmd.a_save[REGRESSION_SV_RESID])
-           {
-             reg_save_var (ds, "RES", regression_trns_resid_proc, *lc,
-                           &(*lc)->resid, n_trns);
-           }
-         if (cmd.a_save[REGRESSION_SV_PRED])
+         if (*lc != NULL)
            {
-             reg_save_var (ds, "PRED", regression_trns_pred_proc, *lc,
-                           &(*lc)->pred, n_trns);
+             if ((*lc)->depvar != NULL)
+               {
+                 if (cmd.a_save[REGRESSION_SV_RESID])
+                   {
+                     reg_save_var (ds, "RES", regression_trns_resid_proc, *lc,
+                                   &(*lc)->resid, n_trns);
+                   }
+                 if (cmd.a_save[REGRESSION_SV_PRED])
+                   {
+                     reg_save_var (ds, "PRED", regression_trns_pred_proc, *lc,
+                                   &(*lc)->pred, n_trns);
+                   }
+               }
            }
        }
     }
@@ -821,7 +826,7 @@ prepare_categories (struct casereader *input,
                    struct moments_var *mom)
 {
   int n_data;
-  struct ccase c;
+  struct ccase *c;
   size_t i;
 
   assert (vars != NULL);
@@ -832,7 +837,7 @@ prepare_categories (struct casereader *input,
       cat_stored_values_create (vars[i]);
 
   n_data = 0;
-  for (; casereader_read (input, &c); case_destroy (&c))
+  for (; (c = casereader_read (input)) != NULL; case_unref (c))
     {
       /*
          The second condition ensures the program will run even if
@@ -841,7 +846,7 @@ prepare_categories (struct casereader *input,
        */
       for (i = 0; i < n_vars; i++)
        {
-         const union value *val = case_data (&c, vars[i]);
+         const union value *val = case_data (c, vars[i]);
          if (var_is_alpha (vars[i]))
            cat_value_update (vars[i], val);
          else
@@ -861,39 +866,6 @@ coeff_init (pspp_linreg_cache * c, struct design_matrix *dm)
   pspp_coeff_init (c->coeff, dm);
 }
 
-/*
-  Put the moments in the linreg cache.
- */
-static void
-compute_moments (pspp_linreg_cache * c, struct moments_var *mom,
-                struct design_matrix *dm, size_t n)
-{
-  size_t i;
-  size_t j;
-  double weight;
-  double mean;
-  double variance;
-  double skewness;
-  double kurtosis;
-  /*
-     Scan the variable names in the columns of the design matrix.
-     When we find the variable we need, insert its mean in the cache.
-   */
-  for (i = 0; i < dm->m->size2; i++)
-    {
-      for (j = 0; j < n; j++)
-       {
-         if (design_matrix_col_to_var (dm, i) == (mom + j)->v)
-           {
-             moments1_calculate ((mom + j)->m, &weight, &mean, &variance,
-                                 &skewness, &kurtosis);
-             pspp_linreg_set_indep_variable_mean (c, (mom + j)->v, mean);
-             pspp_linreg_set_indep_variable_sd (c, (mom + j)->v, sqrt (variance));
-           }
-       }
-    }
-}
-
 static bool
 run_regression (struct casereader *input, struct cmd_regression *cmd,
                struct dataset *ds, pspp_linreg_cache **models)
@@ -901,7 +873,7 @@ run_regression (struct casereader *input, struct cmd_regression *cmd,
   size_t i;
   int n_indep = 0;
   int k;
-  struct ccase c;
+  struct ccase *c;
   const struct variable **indep_vars;
   struct design_matrix *X;
   struct moments_var *mom;
@@ -911,13 +883,14 @@ run_regression (struct casereader *input, struct cmd_regression *cmd,
 
   assert (models != NULL);
 
-  if (!casereader_peek (input, 0, &c))
+  c = casereader_peek (input, 0);
+  if (c == NULL)
     {
       casereader_destroy (input);
       return true;
     }
-  output_split_file_values (ds, &c);
-  case_destroy (&c);
+  output_split_file_values (ds, c);
+  case_unref (c);
 
   if (!v_variables)
     {
@@ -949,16 +922,16 @@ run_regression (struct casereader *input, struct cmd_regression *cmd,
       const struct variable *dep_var;
       struct casereader *reader;
       casenumber row;
-      struct ccase c;
+      struct ccase *c;
       size_t n_data;           /* Number of valid cases. */
 
       dep_var = cmd->v_dependent[k];
       n_indep = identify_indep_vars (indep_vars, dep_var);
       reader = casereader_clone (input);
       reader = casereader_create_filter_missing (reader, indep_vars, n_indep,
-                                                MV_ANY, NULL);
+                                                MV_ANY, NULL, NULL);
       reader = casereader_create_filter_missing (reader, &dep_var, 1,
-                                                MV_ANY, NULL);
+                                                MV_ANY, NULL, NULL);
       n_data = prepare_categories (casereader_clone (reader),
                                   indep_vars, n_indep, mom);
 
@@ -973,7 +946,8 @@ run_regression (struct casereader *input, struct cmd_regression *cmd,
            {
              lopts.get_indep_mean_std[i] = 1;
            }
-         models[k] = pspp_linreg_cache_alloc (X->m->size1, X->m->size2);
+         models[k] = pspp_linreg_cache_alloc (dep_var, (const struct variable **) indep_vars,
+                                              X->m->size1, X->m->size2);
          models[k]->depvar = dep_var;
          /*
             For large data sets, use QR decomposition.
@@ -987,18 +961,18 @@ run_regression (struct casereader *input, struct cmd_regression *cmd,
             The second pass fills the design matrix.
           */
          reader = casereader_create_counter (reader, &row, -1);
-         for (; casereader_read (reader, &c); case_destroy (&c))
+         for (; (c = casereader_read (reader)) != NULL; case_unref (c))
            {
              for (i = 0; i < n_indep; ++i)
                {
                  const struct variable *v = indep_vars[i];
-                 const union value *val = case_data (&c, v);
+                 const union value *val = case_data (c, v);
                  if (var_is_alpha (v))
                    design_matrix_set_categorical (X, row, v, val);
                  else
                    design_matrix_set_numeric (X, row, v, val);
                }
-             gsl_vector_set (Y, row, case_num (&c, dep_var));
+             gsl_vector_set (Y, row, case_num (c, dep_var));
            }
          /*
             Now that we know the number of coefficients, allocate space