src/oneway.q

   1 /* PSPP - One way ANOVA. -*-c-*-
   2
   3 Copyright (C) 1997-9, 2000 Free Software Foundation, Inc.
   4 Author: John Darrington 2004
   5
   6 This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8 published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9 License, or (at your option) any later version.
  10
  11 This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  14 General Public License for more details.
  15
  16 You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 along with this program; if not, write to the Free Software
  18 Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
  19 02111-1307, USA. */
  20
  21 #include <config.h>
  22 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  23 #include "error.h"
  24 #include <stdio.h>
  25 #include <stdlib.h>
  26 #include <math.h>
  27 #include "alloc.h"
  28 #include "str.h"
  29 #include "case.h"
  30 #include "dictionary.h"
  31 #include "command.h"
  32 #include "lexer.h"
  33 #include "error.h"
  34 #include "magic.h"
  35 #include "misc.h"
  36 #include "tab.h"
  37 #include "som.h"
  38 #include "value-labels.h"
  39 #include "var.h"
  40 #include "vfm.h"
  41 #include "hash.h"
  42 #include "casefile.h"
  43 #include "group_proc.h"
  44 #include "group.h"
  45 #include "levene.h"
  46 /* (headers) */
  47
  48 /* (specification)
  49    "ONEWAY" (oneway_):
  50    *^variables=custom;
  51    +missing=miss:!analysis/listwise,
  52    incl:include/!exclude;
  53    contrast= double list;
  54    statistics[st_]=descriptives,homogeneity.
  55 */
  56 /* (declarations) */
  57 /* (functions) */
  58
  59
  60
  61 static int bad_weight_warn = 1;
  62
  63
  64 static struct cmd_oneway cmd;
  65
  66 /* The independent variable */
  67 static struct variable *indep_var;
  68
  69 /* Number of dependent variables */
  70 static int n_vars;
  71
  72 /* The dependent variables */
  73 static struct variable **vars;
  74
  75
  76 /* A  hash table containing all the distinct values of the independent
  77    variables */
  78 static struct hsh_table *global_group_hash ;
  79
  80 /* The number of distinct values of the independent variable, when all
  81    missing values are disregarded */
  82 static int ostensible_number_of_groups=-1;
  83
  84
  85 /* Function to use for testing for missing values */
  86 static is_missing_func value_is_missing;
  87
  88
  89 static void run_oneway(const struct casefile *cf, void *_mode);
  90
  91
  92 /* Routines to show the output tables */
  93 static void show_anova_table(void);
  94 static void show_descriptives(void);
  95 static void show_homogeneity(void);
  96
  97 static void show_contrast_coeffs(short *);
  98 static void show_contrast_tests(short *);
  99
 100
 101 enum stat_table_t {STAT_DESC = 1, STAT_HOMO = 2};
 102
 103 static enum stat_table_t stat_tables ;
 104
 105 void output_oneway(void);
 106
 107
 108 int
 109 cmd_oneway(void)
 110 {
 111   int i;
 112
 113   if ( !parse_oneway(&cmd) )
 114     return CMD_FAILURE;
 115
 116   /* If /MISSING=INCLUDE is set, then user missing values are ignored */
 117   if (cmd.incl == ONEWAY_INCLUDE )
 118     value_is_missing = is_system_missing;
 119   else
 120     value_is_missing = is_missing;
 121
 122   /* What statistics were requested */
 123   if ( cmd.sbc_statistics )
 124     {
 125
 126       for (i = 0 ; i < ONEWAY_ST_count ; ++i )
 127         {
 128           if  ( ! cmd.a_statistics[i]  ) continue;
 129
 130           switch (i) {
 131           case ONEWAY_ST_DESCRIPTIVES:
 132             stat_tables |= STAT_DESC;
 133             break;
 134           case ONEWAY_ST_HOMOGENEITY:
 135             stat_tables |= STAT_HOMO;
 136             break;
 137           }
 138         }
 139     }
 140
 141   multipass_procedure_with_splits (run_oneway, &cmd);
 142
 143   free (vars);
 144   free_oneway (&cmd);
 145
 146   return CMD_SUCCESS;
 147 }
 148
 149
 150 void
 151 output_oneway(void)
 152 {
 153
 154   int i;
 155   short *bad_contrast ;
 156
 157   bad_contrast = xmalloc ( sizeof (short) * cmd.sbc_contrast );
 158
 159   /* Check the sanity of the given contrast values */
 160   for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 161     {
 162       int j;
 163       double sum = 0;
 164
 165       bad_contrast[i] = 0;
 166       if ( subc_list_double_count(&cmd.dl_contrast[i]) !=
 167            ostensible_number_of_groups )
 168         {
 169           msg(SW,
 170               _("Number of contrast coefficients must equal the number of groups"));
 171           bad_contrast[i] = 1;
 172           continue;
 173         }
 174
 175       for (j=0; j < ostensible_number_of_groups ; ++j )
 176         sum += subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],j);
 177
 178       if ( sum != 0.0 )
 179         msg(SW,_("Coefficients for contrast %d do not total zero"),i + 1);
 180     }
 181
 182   if ( stat_tables & STAT_DESC )
 183     show_descriptives();
 184
 185   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
 186     show_homogeneity();
 187
 188   show_anova_table();
 189
 190   if (cmd.sbc_contrast )
 191     {
 192       show_contrast_coeffs(bad_contrast);
 193       show_contrast_tests(bad_contrast);
 194     }
 195
 196
 197   free(bad_contrast);
 198
 199   /* Clean up */
 200   for (i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 201     {
 202       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 203
 204       hsh_destroy(group_hash);
 205     }
 206
 207   hsh_destroy(global_group_hash);
 208
 209 }
 210
 211
 212
 213
 214 /* Parser for the variables sub command */
 215 static int
 216 oneway_custom_variables(struct cmd_oneway *cmd UNUSED)
 217 {
 218
 219   lex_match('=');
 220
 221   if ((token != T_ID || dict_lookup_var (default_dict, tokid) == NULL)
 222       && token != T_ALL)
 223     return 2;
 224
 225
 226   if (!parse_variables (default_dict, &vars, &n_vars,
 227                         PV_DUPLICATE
 228                         | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH) )
 229     {
 230       free (vars);
 231       return 0;
 232     }
 233
 234   assert(n_vars);
 235
 236   if ( ! lex_match(T_BY))
 237     return 2;
 238
 239
 240   indep_var = parse_variable();
 241
 242   if ( !indep_var )
 243     {
 244       msg(SE,_("`%s' is not a variable name"),tokid);
 245       return 0;
 246     }
 247
 248
 249   return 1;
 250 }
 251
 252
 253 /* Show the ANOVA table */
 254 static void
 255 show_anova_table(void)
 256 {
 257   int i;
 258   int n_cols =7;
 259   int n_rows = n_vars * 3 + 1;
 260
 261   struct tab_table *t;
 262
 263
 264   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 265   tab_headers (t, 2, 0, 1, 0);
 266   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 267
 268
 269   tab_box (t,
 270            TAL_2, TAL_2,
 271            -1, TAL_1,
 272            0, 0,
 273            n_cols - 1, n_rows - 1);
 274
 275   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1 );
 276   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 277   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 278
 279   tab_text (t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sum of Squares"));
 280   tab_text (t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 281   tab_text (t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean Square"));
 282   tab_text (t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("F"));
 283   tab_text (t, 6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 284
 285
 286   for ( i=0 ; i < n_vars ; ++i )
 287     {
 288       struct group_statistics *totals = &group_proc_get (vars[i])->ugs;
 289       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 290       struct hsh_iterator g;
 291       struct group_statistics *gs;
 292       double ssa=0;
 293
 294
 295       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 296            gs != 0;
 297            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 298         {
 299           ssa += (gs->sum * gs->sum)/gs->n;
 300         }
 301
 302       ssa -= ( totals->sum * totals->sum ) / totals->n ;
 303
 304       const char *s = var_to_string(vars[i]);
 305
 306       tab_text (t, 0, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 307       tab_text (t, 1, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Between Groups"));
 308       tab_text (t, 1, i * 3 + 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Within Groups"));
 309       tab_text (t, 1, i * 3 + 3, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Total"));
 310
 311       if (i > 0)
 312         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , i * 3 + 1);
 313
 314       {
 315         struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 316         const double sst = totals->ssq - ( totals->sum * totals->sum) / totals->n ;
 317         const double df1 = gp->n_groups - 1;
 318         const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 319         const double msa = ssa / df1;
 320
 321         gp->mse  = (sst - ssa) / df2;
 322
 323
 324         /* Sums of Squares */
 325         tab_float (t, 2, i * 3 + 1, 0, ssa, 10, 2);
 326         tab_float (t, 2, i * 3 + 3, 0, sst, 10, 2);
 327         tab_float (t, 2, i * 3 + 2, 0, sst - ssa, 10, 2);
 328
 329
 330         /* Degrees of freedom */
 331         tab_float (t, 3, i * 3 + 1, 0, df1, 4, 0);
 332         tab_float (t, 3, i * 3 + 2, 0, df2, 4, 0);
 333         tab_float (t, 3, i * 3 + 3, 0, totals->n - 1, 4, 0);
 334
 335         /* Mean Squares */
 336         tab_float (t, 4, i * 3 + 1, TAB_RIGHT, msa, 8, 3);
 337         tab_float (t, 4, i * 3 + 2, TAB_RIGHT, gp->mse, 8, 3);
 338
 339
 340         {
 341           const double F = msa/gp->mse ;
 342
 343           /* The F value */
 344           tab_float (t, 5, i * 3 + 1, 0,  F, 8, 3);
 345
 346           /* The significance */
 347           tab_float (t, 6, i * 3 + 1, 0, gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 348         }
 349
 350       }
 351
 352     }
 353
 354
 355   tab_title (t, 0, _("ANOVA"));
 356   tab_submit (t);
 357
 358
 359 }
 360
 361 /* Show the descriptives table */
 362 static void
 363 show_descriptives(void)
 364 {
 365   int v;
 366   int n_cols =10;
 367   struct tab_table *t;
 368   int row;
 369
 370   const double confidence=0.95;
 371   const double q = (1.0 - confidence) / 2.0;
 372
 373
 374   int n_rows = 2 ;
 375
 376
 377
 378   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 379     n_rows += group_proc_get (vars[v])->n_groups + 1;
 380
 381   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 382   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 383   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 384
 385
 386   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 387   tab_box (t,
 388            TAL_2, TAL_2,
 389            -1, TAL_1,
 390            0, 0,
 391            n_cols - 1, n_rows - 1);
 392
 393   /* Underline headers */
 394   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2 );
 395   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 396
 397   tab_text (t, 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 398   tab_text (t, 3, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 399   tab_text (t, 4, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 400   tab_text (t, 5, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 401
 402
 403   tab_vline(t, TAL_0, 7, 0, 0);
 404   tab_hline(t, TAL_1, 6, 7, 1);
 405   tab_joint_text (t, 6, 0, 7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, _("%g%% Confidence Interval for Mean"),confidence*100.0);
 406
 407   tab_text (t, 6, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower Bound"));
 408   tab_text (t, 7, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper Bound"));
 409
 410   tab_text (t, 8, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Minimum"));
 411   tab_text (t, 9, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Maximum"));
 412
 413
 414   tab_title (t, 0, _("Descriptives"));
 415
 416
 417   row = 2;
 418   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 419     {
 420       double T;
 421       double std_error;
 422
 423       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 424
 425       struct hsh_iterator g;
 426       struct group_statistics *gs;
 427       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 428
 429       int count = 0 ;
 430       const char *s = var_to_string(vars[v]);
 431
 432       struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
 433
 434
 435       tab_text (t, 0, row, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 436       if ( v > 0)
 437         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , row);
 438
 439
 440       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 441            gs != 0;
 442            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 443         {
 444           tab_text (t, 1, row + count,
 445                     TAB_LEFT | TAT_TITLE ,value_to_string(&gs->id,indep_var));
 446
 447           /* Now fill in the numbers ... */
 448
 449           tab_float (t, 2, row + count, 0, gs->n, 8,0);
 450
 451           tab_float (t, 3, row + count, 0, gs->mean,8,2);
 452
 453           tab_float (t, 4, row + count, 0, gs->std_dev,8,2);
 454
 455           std_error = gs->std_dev/sqrt(gs->n) ;
 456           tab_float (t, 5, row + count, 0,
 457                      std_error, 8,2);
 458
 459           /* Now the confidence interval */
 460
 461           T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,gs->n - 1);
 462
 463           tab_float(t, 6, row + count, 0,
 464                     gs->mean - T * std_error, 8, 2);
 465
 466           tab_float(t, 7, row + count, 0,
 467                     gs->mean + T * std_error, 8, 2);
 468
 469           /* Min and Max */
 470
 471           tab_float(t, 8, row + count, 0,  gs->minimum, 8, 2);
 472           tab_float(t, 9, row + count, 0,  gs->maximum, 8, 2);
 473
 474           count++ ;
 475         }
 476
 477       tab_text (t, 1, row + count,
 478                 TAB_LEFT | TAT_TITLE ,_("Total"));
 479
 480       tab_float (t, 2, row + count, 0, totals->n, 8,0);
 481
 482       tab_float (t, 3, row + count, 0, totals->mean, 8,2);
 483
 484       tab_float (t, 4, row + count, 0, totals->std_dev,8,2);
 485
 486       std_error = totals->std_dev/sqrt(totals->n) ;
 487
 488       tab_float (t, 5, row + count, 0, std_error, 8,2);
 489
 490       /* Now the confidence interval */
 491
 492       T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,totals->n - 1);
 493
 494       tab_float(t, 6, row + count, 0,
 495                 totals->mean - T * std_error, 8, 2);
 496
 497       tab_float(t, 7, row + count, 0,
 498                 totals->mean + T * std_error, 8, 2);
 499
 500       /* Min and Max */
 501
 502       tab_float(t, 8, row + count, 0,  totals->minimum, 8, 2);
 503       tab_float(t, 9, row + count, 0,  totals->maximum, 8, 2);
 504
 505       row += gp->n_groups + 1;
 506     }
 507
 508
 509   tab_submit (t);
 510
 511
 512 }
 513
 514 /* Show the homogeneity table */
 515 static void
 516 show_homogeneity(void)
 517 {
 518   int v;
 519   int n_cols = 5;
 520   int n_rows = n_vars + 1;
 521
 522   struct tab_table *t;
 523
 524
 525   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 526   tab_headers (t, 1, 0, 1, 0);
 527   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 528
 529   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 530   tab_box (t,
 531            TAL_2, TAL_2,
 532            -1, TAL_1,
 533            0, 0,
 534            n_cols - 1, n_rows - 1);
 535
 536
 537   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 538   tab_vline(t, TAL_2, 1, 0, n_rows - 1);
 539
 540
 541   tab_text (t,  1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Levene Statistic"));
 542   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df1"));
 543   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df2"));
 544   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 545
 546
 547   tab_title (t, 0, _("Test of Homogeneity of Variances"));
 548
 549   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 550     {
 551       double F;
 552       const struct variable *var = vars[v];
 553       const struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 554       const char *s = var_to_string(var);
 555       const struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 556
 557       const double df1 = gp->n_groups - 1;
 558       const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 559
 560       tab_text (t, 0, v + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 561
 562       F = gp->levene;
 563       tab_float (t, 1, v + 1, TAB_RIGHT, F, 8,3);
 564       tab_float (t, 2, v + 1, TAB_RIGHT, df1 ,8,0);
 565       tab_float (t, 3, v + 1, TAB_RIGHT, df2 ,8,0);
 566
 567       /* Now the significance */
 568       tab_float (t, 4, v + 1, TAB_RIGHT,gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 569     }
 570
 571   tab_submit (t);
 572
 573
 574 }
 575
 576
 577 /* Show the contrast coefficients table */
 578 static void
 579 show_contrast_coeffs(short *bad_contrast)
 580 {
 581   int n_cols = 2 + ostensible_number_of_groups;
 582   int n_rows = 2 + cmd.sbc_contrast;
 583   struct hsh_iterator g;
 584   union value *group_value;
 585   int count = 0 ;
 586
 587
 588   struct tab_table *t;
 589
 590
 591   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 592   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 593   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 594
 595   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 596   tab_box (t,
 597            TAL_2, TAL_2,
 598            -1, TAL_1,
 599            0, 0,
 600            n_cols - 1, n_rows - 1);
 601
 602
 603   tab_box (t,
 604            -1,-1,
 605            TAL_0, TAL_0,
 606            2, 0,
 607            n_cols - 1, 0);
 608
 609   tab_box (t,
 610            -1,-1,
 611            TAL_0, TAL_0,
 612            0,0,
 613            1,1);
 614
 615
 616   tab_hline(t, TAL_1, 2, n_cols - 1, 1);
 617
 618
 619   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2);
 620   tab_vline(t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 621
 622
 623   tab_title (t, 0, _("Contrast Coefficients"));
 624
 625   tab_text (t,  0, 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 626
 627
 628
 629   tab_joint_text (t, 2, 0, n_cols - 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 630                   var_to_string(indep_var));
 631
 632   for (group_value =  hsh_first (global_group_hash,&g);
 633        group_value != 0;
 634        group_value = hsh_next(global_group_hash,&g))
 635     {
 636       int i;
 637
 638       tab_text (t, count + 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 639                 value_to_string(group_value,indep_var));
 640
 641       for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 642         {
 643
 644           tab_text(t, 1, i + 2, TAB_CENTER | TAT_PRINTF, "%d", i + 1);
 645
 646           if ( bad_contrast[i] )
 647             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT, "?" );
 648           else
 649             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT | TAT_PRINTF, "%g",
 650                      subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],count)
 651                      );
 652         }
 653
 654       count++ ;
 655     }
 656
 657   tab_submit (t);
 658
 659 }
 660
 661
 662 /* Show the results of the contrast tests */
 663 static void
 664 show_contrast_tests(short *bad_contrast)
 665 {
 666   int v;
 667   int n_cols = 8;
 668   int n_rows = 1 + n_vars * 2 * cmd.sbc_contrast;
 669
 670   struct tab_table *t;
 671
 672   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 673   tab_headers (t, 3, 0, 1, 0);
 674   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 675
 676   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 677   tab_box (t,
 678            TAL_2, TAL_2,
 679            -1, TAL_1,
 680            0, 0,
 681            n_cols - 1, n_rows - 1);
 682
 683   tab_box (t,
 684            -1,-1,
 685            TAL_0, TAL_0,
 686            0, 0,
 687            2, 0);
 688
 689   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 690   tab_vline(t, TAL_2, 3, 0, n_rows - 1);
 691
 692
 693   tab_title (t, 0, _("Contrast Tests"));
 694
 695   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 696   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Value of Contrast"));
 697   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 698   tab_text (t,  5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
 699   tab_text (t,  6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 700   tab_text (t,  7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
 701
 702   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 703     {
 704       int i;
 705       int lines_per_variable = 2 * cmd.sbc_contrast;
 706
 707
 708       tab_text (t,  0, (v * lines_per_variable) + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 709                 var_to_string(vars[v]));
 710
 711       for ( i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 712         {
 713           int ci;
 714           double contrast_value = 0.0;
 715           double coef_msq = 0.0;
 716           struct group_proc *grp_data = group_proc_get (vars[v]);
 717           struct hsh_table *group_hash = grp_data->group_hash;
 718           struct hsh_iterator g;
 719           struct group_statistics *gs;
 720
 721           double T;
 722           double std_error_contrast ;
 723           double df;
 724           double sec_vneq=0.0;
 725
 726
 727           /* Note: The calculation of the degrees of freedom in the variances
 728              not  equal case is painfull!!
 729              The following formula may help to understand it:
 730              \frac{\left(\sum_{i=1}^k{c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}}\right)^2}
 731              {
 732              \sum_{i=1}^k\left(
 733              \frac{\left(c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}\right)^2}  {n_i-1}
 734              \right)
 735              }
 736           */
 737
 738           double df_denominator = 0.0;
 739           double df_numerator = 0.0;
 740
 741
 742           if ( i == 0 )
 743             {
 744               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 745                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 746                         _("Assume equal variances"));
 747
 748               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 749                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 750                         _("Does not assume equal"));
 751             }
 752
 753           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 754                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 755
 756
 757           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 758                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 759
 760
 761           if ( bad_contrast[i])
 762             continue;
 763
 764           /* FIXME: Potential danger here.
 765              We're ASSUMING THE array is in the order corresponding to the
 766              hash order. */
 767           for (ci = 0, gs = hsh_first (group_hash,&g);
 768                gs != 0;
 769                ++ci, gs = hsh_next(group_hash,&g))
 770             {
 771
 772               const double coef = subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],ci);
 773               const double winv = (gs->std_dev * gs->std_dev) / gs->n;
 774
 775               contrast_value += coef * gs->mean;
 776
 777               coef_msq += (coef * coef) / gs->n ;
 778
 779               sec_vneq += (coef * coef) * (gs->std_dev * gs->std_dev ) /gs->n ;
 780
 781               df_numerator += (coef * coef) * winv;
 782               df_denominator += pow2((coef * coef) * winv) / (gs->n - 1);
 783
 784             }
 785           sec_vneq = sqrt(sec_vneq);
 786
 787           df_numerator = pow2(df_numerator);
 788
 789           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 790                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 791
 792           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1 +
 793                      cmd.sbc_contrast,
 794                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 795
 796           std_error_contrast = sqrt(grp_data->mse * coef_msq);
 797
 798           /* Std. Error */
 799           tab_float (t,  4, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 800                      TAB_RIGHT, std_error_contrast,
 801                      8,3);
 802
 803           T = fabs(contrast_value / std_error_contrast) ;
 804
 805           /* T Statistic */
 806
 807           tab_float (t,  5, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 808                      TAB_RIGHT, T,
 809                      8,3);
 810
 811           df = grp_data->ugs.n - grp_data->n_groups;
 812
 813           /* Degrees of Freedom */
 814           tab_float (t,  6, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 815                      TAB_RIGHT,  df,
 816                      8,0);
 817
 818
 819           /* Significance TWO TAILED !!*/
 820           tab_float (t,  7, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 821                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 822                      8,3);
 823
 824
 825           /* Now for the Variances NOT Equal case */
 826
 827           /* Std. Error */
 828           tab_float (t,  4,
 829                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 830                      TAB_RIGHT, sec_vneq,
 831                      8,3);
 832
 833
 834           T = contrast_value / sec_vneq;
 835           tab_float (t,  5,
 836                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 837                      TAB_RIGHT, T,
 838                      8,3);
 839
 840
 841           df = df_numerator / df_denominator;
 842
 843           tab_float (t,  6,
 844                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 845                      TAB_RIGHT, df,
 846                      8,3);
 847
 848           /* The Significance */
 849
 850           tab_float (t, 7, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 851                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 852                      8,3);
 853
 854
 855         }
 856
 857       if ( v > 0 )
 858         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1, (v * lines_per_variable) + 1);
 859     }
 860
 861   tab_submit (t);
 862
 863 }
 864
 865
 866 /* ONEWAY ANOVA Calculations */
 867
 868 static void  postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 869
 870 static void  precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 871
 872
 873
 874 /* Pre calculations */
 875 static void
 876 precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
 877 {
 878   int i=0;
 879
 880   for(i=0; i< n_vars ; ++i)
 881     {
 882       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 883       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 884
 885       /* Create a hash for each of the dependent variables.
 886          The hash contains a group_statistics structure,
 887          and is keyed by value of the independent variable */
 888
 889       gp->group_hash =
 890         hsh_create(4,
 891                    (hsh_compare_func *) compare_group,
 892                    (hsh_hash_func *) hash_group,
 893                    (hsh_free_func *) free_group,
 894                    (void *) indep_var->width );
 895
 896
 897       totals->sum=0;
 898       totals->n=0;
 899       totals->ssq=0;
 900       totals->sum_diff=0;
 901       totals->maximum = - DBL_MAX;
 902       totals->minimum = DBL_MAX;
 903     }
 904 }
 905
 906
 907 static void
 908 run_oneway(const struct casefile *cf, void *cmd_)
 909 {
 910   struct casereader *r;
 911   struct ccase c;
 912
 913   struct cmd_oneway *cmd = (struct cmd_oneway *) cmd_;
 914
 915   global_group_hash = hsh_create(4,
 916                                  (hsh_compare_func *) compare_values,
 917                                  (hsh_hash_func *) hash_value,
 918                                  0,
 919                                  (void *) indep_var->width );
 920   precalc(cmd);
 921
 922   for(r = casefile_get_reader (cf);
 923       casereader_read (r, &c) ;
 924       case_destroy (&c))
 925     {
 926       int i;
 927
 928       const double weight =
 929         dict_get_case_weight(default_dict,&c,&bad_weight_warn);
 930
 931       const union value *indep_val = case_data (&c, indep_var->fv);
 932
 933       /* Deal with missing values */
 934       if ( value_is_missing(indep_val,indep_var) )
 935         continue;
 936
 937       /* Skip the entire case if /MISSING=LISTWISE is set */
 938       if ( cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE )
 939         {
 940           for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
 941             {
 942               const struct variable *v = vars[i];
 943               const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 944
 945               if (value_is_missing(val,v) )
 946                 break;
 947             }
 948           if ( i != n_vars )
 949             continue;
 950
 951         }
 952
 953
 954       hsh_insert ( global_group_hash, (void *) indep_val );
 955
 956       for ( i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 957         {
 958           const struct variable *v = vars[i];
 959
 960           const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 961
 962           struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 963           struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
 964
 965           struct group_statistics *gs;
 966
 967           gs = hsh_find(group_hash, (void *) indep_val );
 968
 969           if ( ! gs )
 970             {
 971               gs = (struct group_statistics *)
 972                 xmalloc (sizeof(struct group_statistics));
 973
 974               gs->id = *indep_val;
 975               gs->sum=0;
 976               gs->n=0;
 977               gs->ssq=0;
 978               gs->sum_diff=0;
 979               gs->minimum = DBL_MAX;
 980               gs->maximum = -DBL_MAX;
 981
 982               hsh_insert ( group_hash, (void *) gs );
 983             }
 984
 985           if (! value_is_missing(val,v) )
 986             {
 987               struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 988
 989               totals->n+=weight;
 990               totals->sum+=weight * val->f;
 991               totals->ssq+=weight * val->f * val->f;
 992
 993               if ( val->f * weight  < totals->minimum )
 994                 totals->minimum = val->f * weight;
 995
 996               if ( val->f * weight  > totals->maximum )
 997                 totals->maximum = val->f * weight;
 998
 999               gs->n+=weight;
1000               gs->sum+=weight * val->f;
1001               gs->ssq+=weight * val->f * val->f;
1002
1003               if ( val->f * weight  < gs->minimum )
1004                 gs->minimum = val->f * weight;
1005
1006               if ( val->f * weight  > gs->maximum )
1007                 gs->maximum = val->f * weight;
1008             }
1009
1010           gp->n_groups = hsh_count ( group_hash );
1011         }
1012
1013     }
1014   casereader_destroy (r);
1015
1016   postcalc(cmd);
1017
1018
1019   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
1020     levene(cf, indep_var, n_vars, vars,
1021            (cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE) ? LEV_LISTWISE : LEV_ANALYSIS ,
1022            value_is_missing);
1023
1024   ostensible_number_of_groups = hsh_count (global_group_hash);
1025
1026
1027   output_oneway();
1028
1029
1030 }
1031
1032
1033 /* Post calculations for the ONEWAY command */
1034 void
1035 postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
1036 {
1037   int i=0;
1038
1039
1040   for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
1041     {
1042       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
1043       struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
1044       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
1045
1046       struct hsh_iterator g;
1047       struct group_statistics *gs;
1048
1049       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
1050            gs != 0;
1051            gs = hsh_next(group_hash,&g))
1052         {
1053           gs->mean=gs->sum / gs->n;
1054           gs->s_std_dev= sqrt(
1055                               ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1056                               ) ;
1057
1058           gs->std_dev= sqrt(
1059                             gs->n/(gs->n-1) *
1060                             ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1061                             ) ;
1062
1063           gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1064           gs->mean_diff= gs->sum_diff / gs->n;
1065
1066         }
1067
1068
1069
1070       totals->mean = totals->sum / totals->n;
1071       totals->std_dev= sqrt(
1072                             totals->n/(totals->n-1) *
1073                             ( (totals->ssq / totals->n ) - totals->mean * totals->mean )
1074                             ) ;
1075
1076       totals->se_mean = totals->std_dev / sqrt(totals->n);
1077
1078     }
1079 }