Move all command implementations into a single 'commands' directory.
[pspp] / src / language / stats / glm.c
diff --git a/src/language/stats/glm.c b/src/language/stats/glm.c
deleted file mode 100644 (file)
index 4e5732f..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,792 +0,0 @@
-/* PSPP - a program for statistical analysis.
-   Copyright (C) 2010, 2011, 2012 Free Software Foundation, Inc.
-
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-   along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. */
-
-#include <config.h>
-
-#include <gsl/gsl_cdf.h>
-#include <gsl/gsl_matrix.h>
-#include <gsl/gsl_combination.h>
-#include <math.h>
-
-#include "data/case.h"
-#include "data/casegrouper.h"
-#include "data/casereader.h"
-#include "data/dataset.h"
-#include "data/dictionary.h"
-#include "data/format.h"
-#include "data/value.h"
-#include "language/command.h"
-#include "language/dictionary/split-file.h"
-#include "language/lexer/lexer.h"
-#include "language/lexer/value-parser.h"
-#include "language/lexer/variable-parser.h"
-#include "libpspp/assertion.h"
-#include "libpspp/ll.h"
-#include "libpspp/message.h"
-#include "libpspp/misc.h"
-#include "libpspp/taint.h"
-#include "linreg/sweep.h"
-#include "math/categoricals.h"
-#include "math/covariance.h"
-#include "math/interaction.h"
-#include "math/moments.h"
-#include "output/pivot-table.h"
-
-#include "gettext.h"
-#define N_(msgid) msgid
-#define _(msgid) gettext (msgid)
-
-struct glm_spec
-  {
-    const struct variable **dep_vars;
-    size_t n_dep_vars;
-
-    const struct variable **factor_vars;
-    size_t n_factor_vars;
-
-    struct interaction **interactions;
-    size_t n_interactions;
-
-    enum mv_class exclude;
-
-    const struct variable *wv;    /* The weight variable */
-
-    const struct dictionary *dict;
-
-    int ss_type;
-    bool intercept;
-
-    double alpha;
-
-    bool dump_coding;
-  };
-
-struct glm_workspace
-  {
-    double total_ssq;
-    struct moments *totals;
-
-    struct categoricals *cats;
-
-    /*
-      Sums of squares due to different variables. Element 0 is the SSE
-      for the entire model. For i > 0, element i is the SS due to
-      variable i.
-    */
-    gsl_vector *ssq;
-  };
-
-/* Default design: all possible interactions */
-static void
-design_full (struct glm_spec *glm)
-{
-  size_t n = (1 << glm->n_factor_vars) - 1;
-  glm->interactions = xnmalloc (n, sizeof *glm->interactions);
-
-  /* All subsets, with exception of the empty set, of [0, glm->n_factor_vars) */
-  for (size_t sz = 1; sz <= glm->n_factor_vars; ++sz)
-    {
-      gsl_combination *c = gsl_combination_calloc (glm->n_factor_vars, sz);
-
-      do
-       {
-         struct interaction *iact = interaction_create (NULL);
-          for (int e = 0; e < gsl_combination_k (c); ++e)
-           interaction_add_variable (
-              iact, glm->factor_vars [gsl_combination_get (c, e)]);
-
-         glm->interactions[glm->n_interactions++] = iact;
-       }
-      while (gsl_combination_next (c) == GSL_SUCCESS);
-
-      gsl_combination_free (c);
-    }
-  assert (glm->n_interactions == n);
-}
-
-static void output_glm (const struct glm_spec *,
-                       const struct glm_workspace *ws);
-static void run_glm (struct glm_spec *cmd, struct casereader *input,
-                    const struct dataset *ds);
-
-static struct interaction *parse_design_term (struct lexer *,
-                                              const struct dictionary *);
-
-int
-cmd_glm (struct lexer *lexer, struct dataset *ds)
-{
-  struct const_var_set *factors = NULL;
-  bool design = false;
-  struct dictionary *dict = dataset_dict (ds);
-  struct glm_spec glm = {
-    .dict = dict,
-    .exclude = MV_ANY,
-    .intercept = true,
-    .wv = dict_get_weight (dict),
-    .alpha = 0.05,
-    .ss_type = 3,
-  };
-
-  int dep_vars_start = lex_ofs (lexer);
-  if (!parse_variables_const (lexer, glm.dict,
-                             &glm.dep_vars, &glm.n_dep_vars,
-                             PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
-    goto error;
-  int dep_vars_end = lex_ofs (lexer) - 1;
-
-  if (!lex_force_match (lexer, T_BY))
-    goto error;
-
-  if (!parse_variables_const (lexer, glm.dict,
-                             &glm.factor_vars, &glm.n_factor_vars,
-                             PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
-    goto error;
-
-  if (glm.n_dep_vars > 1)
-    {
-      lex_ofs_error (lexer, dep_vars_start, dep_vars_end,
-                     _("Multivariate analysis is not yet implemented."));
-      goto error;
-    }
-
-  factors = const_var_set_create_from_array (glm.factor_vars, glm.n_factor_vars);
-
-  size_t allocated_interactions = 0;
-  while (lex_token (lexer) != T_ENDCMD)
-    {
-      lex_match (lexer, T_SLASH);
-
-      if (lex_match_id (lexer, "MISSING"))
-       {
-         lex_match (lexer, T_EQUALS);
-         while (lex_token (lexer) != T_ENDCMD
-                && lex_token (lexer) != T_SLASH)
-           {
-             if (lex_match_id (lexer, "INCLUDE"))
-                glm.exclude = MV_SYSTEM;
-             else if (lex_match_id (lexer, "EXCLUDE"))
-                glm.exclude = MV_ANY;
-             else
-               {
-                 lex_error_expecting (lexer, "INCLUDE", "EXCLUDE");
-                 goto error;
-               }
-           }
-       }
-      else if (lex_match_id (lexer, "INTERCEPT"))
-       {
-         lex_match (lexer, T_EQUALS);
-         while (lex_token (lexer) != T_ENDCMD
-                && lex_token (lexer) != T_SLASH)
-           {
-             if (lex_match_id (lexer, "INCLUDE"))
-                glm.intercept = true;
-             else if (lex_match_id (lexer, "EXCLUDE"))
-                glm.intercept = false;
-             else
-               {
-                 lex_error_expecting (lexer, "INCLUDE", "EXCLUDE");
-                 goto error;
-               }
-           }
-       }
-      else if (lex_match_id (lexer, "CRITERIA"))
-       {
-         lex_match (lexer, T_EQUALS);
-         if (!lex_force_match_phrase (lexer, "ALPHA(")
-              || !lex_force_num (lexer))
-            goto error;
-          glm.alpha = lex_number (lexer);
-          lex_get (lexer);
-          if (!lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
-            goto error;
-       }
-      else if (lex_match_id (lexer, "METHOD"))
-       {
-         lex_match (lexer, T_EQUALS);
-         if (!lex_force_match_phrase (lexer, "SSTYPE(")
-              || !lex_force_int_range (lexer, "SSTYPE", 1, 3))
-            goto error;
-
-         glm.ss_type = lex_integer (lexer);
-         lex_get (lexer);
-
-         if (!lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
-            goto error;
-       }
-      else if (lex_match_id (lexer, "DESIGN"))
-       {
-         lex_match (lexer, T_EQUALS);
-
-          do
-            {
-              struct interaction *iact = parse_design_term (lexer, glm.dict);
-              if (!iact)
-                goto error;
-
-              if (glm.n_interactions >= allocated_interactions)
-                glm.interactions = x2nrealloc (glm.interactions,
-                                               &allocated_interactions,
-                                               sizeof *glm.interactions);
-              glm.interactions[glm.n_interactions++] = iact;
-
-              lex_match (lexer, T_COMMA);
-            }
-          while (lex_token (lexer) != T_ENDCMD && lex_token (lexer) != T_SLASH);
-
-         if (glm.n_interactions > 0)
-           design = true;
-       }
-      else if (lex_match_id (lexer, "SHOWCODES"))
-       {
-          /* Undocumented debug option */
-         glm.dump_coding = true;
-       }
-      else
-       {
-         lex_error_expecting (lexer, "MISSING", "INTERCEPT", "CRITERIA",
-                               "METHOD", "DESIGN");
-         goto error;
-       }
-    }
-
-  if (!design)
-    design_full (&glm);
-
-  struct casegrouper *grouper = casegrouper_create_splits (proc_open (ds), glm.dict);
-  struct casereader *group;
-  while (casegrouper_get_next_group (grouper, &group))
-    run_glm (&glm, group, ds);
-  bool ok = casegrouper_destroy (grouper);
-  ok = proc_commit (ds) && ok;
-
-  const_var_set_destroy (factors);
-  free (glm.factor_vars);
-  for (size_t i = 0; i < glm.n_interactions; ++i)
-    interaction_destroy (glm.interactions[i]);
-
-  free (glm.interactions);
-  free (glm.dep_vars);
-
-  return CMD_SUCCESS;
-
-error:
-  const_var_set_destroy (factors);
-  free (glm.factor_vars);
-  for (size_t i = 0; i < glm.n_interactions; ++i)
-    interaction_destroy (glm.interactions[i]);
-
-  free (glm.interactions);
-  free (glm.dep_vars);
-
-  return CMD_FAILURE;
-}
-
-static inline bool
-not_dropped (size_t j, const bool *ff)
-{
-  return !ff[j];
-}
-
-static void
-fill_submatrix (const gsl_matrix * cov, gsl_matrix * submatrix, bool *dropped_f)
-{
-  size_t i;
-  size_t j;
-  size_t n = 0;
-  size_t m = 0;
-
-  for (i = 0; i < cov->size1; i++)
-    {
-      if (not_dropped (i, dropped_f))
-       {
-         m = 0;
-         for (j = 0; j < cov->size2; j++)
-           {
-             if (not_dropped (j, dropped_f))
-               {
-                 gsl_matrix_set (submatrix, n, m,
-                                 gsl_matrix_get (cov, i, j));
-                 m++;
-               }
-           }
-         n++;
-       }
-    }
-}
-
-
-/*
-   Type 1 sums of squares.
-   Populate SSQ with the Type 1 sums of squares according to COV
- */
-static void
-ssq_type1 (struct covariance *cov, gsl_vector *ssq, const struct glm_spec *cmd)
-{
-  const gsl_matrix *cm = covariance_calculate_unnormalized (cov);
-  size_t i;
-  size_t k;
-  bool *model_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
-  bool *submodel_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
-  const struct categoricals *cats = covariance_get_categoricals (cov);
-
-  size_t n_dropped_model = 0;
-  size_t n_dropped_submodel = 0;
-
-  for (i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
-    {
-      n_dropped_model++;
-      n_dropped_submodel++;
-      model_dropped[i] = true;
-      submodel_dropped[i] = true;
-    }
-
-  for (k = 0; k < cmd->n_interactions; k++)
-    {
-      gsl_matrix *model_cov = NULL;
-      gsl_matrix *submodel_cov = NULL;
-
-      n_dropped_submodel = n_dropped_model;
-      for (i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
-        submodel_dropped[i] = model_dropped[i];
-
-      for (i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
-       {
-         const struct interaction * x =
-           categoricals_get_interaction_by_subscript (cats, i - cmd->n_dep_vars);
-
-         if (x == cmd->interactions [k])
-           {
-             model_dropped[i] = false;
-             n_dropped_model--;
-           }
-       }
-
-      model_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_model, cm->size2 - n_dropped_model);
-      submodel_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_submodel, cm->size2 - n_dropped_submodel);
-
-      fill_submatrix (cm, model_cov,    model_dropped);
-      fill_submatrix (cm, submodel_cov, submodel_dropped);
-
-      reg_sweep (model_cov, 0);
-      reg_sweep (submodel_cov, 0);
-
-      gsl_vector_set (ssq, k + 1,
-                     gsl_matrix_get (submodel_cov, 0, 0) - gsl_matrix_get (model_cov, 0, 0)
-               );
-
-      gsl_matrix_free (model_cov);
-      gsl_matrix_free (submodel_cov);
-    }
-
-  free (model_dropped);
-  free (submodel_dropped);
-}
-
-/*
-   Type 2 sums of squares.
-   Populate SSQ with the Type 2 sums of squares according to COV
- */
-static void
-ssq_type2 (struct covariance *cov, gsl_vector *ssq, const struct glm_spec *cmd)
-{
-  const gsl_matrix *cm = covariance_calculate_unnormalized (cov);
-  bool *model_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
-  bool *submodel_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
-  const struct categoricals *cats = covariance_get_categoricals (cov);
-
-  for (size_t k = 0; k < cmd->n_interactions; k++)
-    {
-      gsl_matrix *model_cov = NULL;
-      gsl_matrix *submodel_cov = NULL;
-      size_t n_dropped_model = 0;
-      size_t n_dropped_submodel = 0;
-      for (size_t i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
-       {
-         const struct interaction * x =
-           categoricals_get_interaction_by_subscript (cats, i - cmd->n_dep_vars);
-
-         model_dropped[i] = false;
-         submodel_dropped[i] = false;
-         if (interaction_is_subset (cmd->interactions [k], x))
-           {
-             assert (n_dropped_submodel < covariance_dim (cov));
-             n_dropped_submodel++;
-              submodel_dropped[i] = true;
-
-             if (cmd->interactions [k]->n_vars < x->n_vars)
-               {
-                 assert (n_dropped_model < covariance_dim (cov));
-                 n_dropped_model++;
-                 model_dropped[i] = true;
-               }
-           }
-       }
-
-      model_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_model, cm->size2 - n_dropped_model);
-      submodel_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_submodel, cm->size2 - n_dropped_submodel);
-
-      fill_submatrix (cm, model_cov,    model_dropped);
-      fill_submatrix (cm, submodel_cov, submodel_dropped);
-
-      reg_sweep (model_cov, 0);
-      reg_sweep (submodel_cov, 0);
-
-      gsl_vector_set (ssq, k + 1,
-                     gsl_matrix_get (submodel_cov, 0, 0) - gsl_matrix_get (model_cov, 0, 0)
-               );
-
-      gsl_matrix_free (model_cov);
-      gsl_matrix_free (submodel_cov);
-    }
-
-  free (model_dropped);
-  free (submodel_dropped);
-}
-
-/*
-   Type 3 sums of squares.
-   Populate SSQ with the Type 2 sums of squares according to COV
- */
-static void
-ssq_type3 (struct covariance *cov, gsl_vector *ssq, const struct glm_spec *cmd)
-{
-  const gsl_matrix *cm = covariance_calculate_unnormalized (cov);
-  bool *model_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
-  bool *submodel_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
-  const struct categoricals *cats = covariance_get_categoricals (cov);
-
-  gsl_matrix *submodel_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1, cm->size2);
-  fill_submatrix (cm, submodel_cov, submodel_dropped);
-  reg_sweep (submodel_cov, 0);
-  double ss0 = gsl_matrix_get (submodel_cov, 0, 0);
-  gsl_matrix_free (submodel_cov);
-  free (submodel_dropped);
-
-  for (size_t k = 0; k < cmd->n_interactions; k++)
-    {
-      size_t n_dropped_model = 0;
-      for (size_t i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
-       {
-         const struct interaction * x =
-           categoricals_get_interaction_by_subscript (cats, i - cmd->n_dep_vars);
-
-         model_dropped[i] = false;
-
-         if (cmd->interactions [k] == x)
-           {
-             assert (n_dropped_model < covariance_dim (cov));
-             n_dropped_model++;
-             model_dropped[i] = true;
-           }
-       }
-
-      gsl_matrix *model_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_model,
-                                                cm->size2 - n_dropped_model);
-
-      fill_submatrix (cm, model_cov, model_dropped);
-
-      reg_sweep (model_cov, 0);
-
-      gsl_vector_set (ssq, k + 1, gsl_matrix_get (model_cov, 0, 0) - ss0);
-
-      gsl_matrix_free (model_cov);
-    }
-  free (model_dropped);
-}
-
-static void
-run_glm (struct glm_spec *cmd, struct casereader *input,
-        const struct dataset *ds)
-{
-  bool warn_bad_weight = true;
-  struct dictionary *dict = dataset_dict (ds);
-
-
-  input = casereader_create_filter_missing (input,
-                                            cmd->dep_vars, cmd->n_dep_vars,
-                                            cmd->exclude,
-                                            NULL,  NULL);
-
-  input = casereader_create_filter_missing (input,
-                                            cmd->factor_vars, cmd->n_factor_vars,
-                                            cmd->exclude,
-                                            NULL,  NULL);
-
-  struct glm_workspace ws = {
-    .cats = categoricals_create (cmd->interactions, cmd->n_interactions,
-                                cmd->wv, MV_ANY)
-  };
-
-  struct covariance *cov = covariance_2pass_create (
-    cmd->n_dep_vars, cmd->dep_vars, ws.cats, cmd->wv, cmd->exclude, true);
-
-  output_split_file_values_peek (ds, input);
-
-  struct taint *taint = taint_clone (casereader_get_taint (input));
-
-  ws.totals = moments_create (MOMENT_VARIANCE);
-
-  struct casereader *reader = casereader_clone (input);
-  struct ccase *c;
-  for (; (c = casereader_read (reader)) != NULL; case_unref (c))
-    {
-      double weight = dict_get_case_weight (dict, c, &warn_bad_weight);
-
-      for (int v = 0; v < cmd->n_dep_vars; ++v)
-       moments_pass_one (ws.totals, case_num (c, cmd->dep_vars[v]), weight);
-
-      covariance_accumulate_pass1 (cov, c);
-    }
-  casereader_destroy (reader);
-
-  if (cmd->dump_coding)
-    reader = casereader_clone (input);
-  else
-    reader = input;
-
-  for (; (c = casereader_read (reader)) != NULL; case_unref (c))
-    {
-      double weight = dict_get_case_weight (dict, c, &warn_bad_weight);
-
-      for (size_t v = 0; v < cmd->n_dep_vars; ++v)
-       moments_pass_two (ws.totals, case_num (c, cmd->dep_vars[v]), weight);
-
-      covariance_accumulate_pass2 (cov, c);
-    }
-  casereader_destroy (reader);
-
-
-  if (cmd->dump_coding)
-    {
-      struct pivot_table *t = covariance_dump_enc_header (cov);
-      for (reader = input;
-          (c = casereader_read (reader)) != NULL; case_unref (c))
-       {
-         covariance_dump_enc (cov, c, t);
-       }
-
-      pivot_table_submit (t);
-    }
-
-  {
-    const gsl_matrix *ucm = covariance_calculate_unnormalized (cov);
-    gsl_matrix *cm = gsl_matrix_alloc (ucm->size1, ucm->size2);
-    gsl_matrix_memcpy (cm, ucm);
-
-    //    dump_matrix (cm);
-
-    ws.total_ssq = gsl_matrix_get (cm, 0, 0);
-
-    reg_sweep (cm, 0);
-
-    /*
-      Store the overall SSE.
-    */
-    ws.ssq = gsl_vector_alloc (cm->size1);
-    gsl_vector_set (ws.ssq, 0, gsl_matrix_get (cm, 0, 0));
-    switch (cmd->ss_type)
-      {
-      case 1:
-       ssq_type1 (cov, ws.ssq, cmd);
-       break;
-      case 2:
-       ssq_type2 (cov, ws.ssq, cmd);
-       break;
-      case 3:
-       ssq_type3 (cov, ws.ssq, cmd);
-       break;
-      default:
-       NOT_REACHED ();
-       break;
-      }
-    //    dump_matrix (cm);
-    gsl_matrix_free (cm);
-  }
-
-  if (!taint_has_tainted_successor (taint))
-    output_glm (cmd, &ws);
-
-  gsl_vector_free (ws.ssq);
-
-  covariance_destroy (cov);
-  moments_destroy (ws.totals);
-
-  taint_destroy (taint);
-}
-
-static void
-put_glm_row (struct pivot_table *table, int row,
-             double a, double b, double c, double d, double e)
-{
-  double entries[] = { a, b, c, d, e };
-
-  for (size_t col = 0; col < sizeof entries / sizeof *entries; col++)
-    if (entries[col] != SYSMIS)
-      pivot_table_put2 (table, col, row,
-                        pivot_value_new_number (entries[col]));
-}
-
-static void
-output_glm (const struct glm_spec *cmd, const struct glm_workspace *ws)
-{
-  struct pivot_table *table = pivot_table_create (
-    N_("Tests of Between-Subjects Effects"));
-
-  pivot_dimension_create (table, PIVOT_AXIS_COLUMN, N_("Statistics"),
-                          (cmd->ss_type == 1 ? N_("Type I Sum Of Squares")
-                           : cmd->ss_type == 2 ? N_("Type II Sum Of Squares")
-                           : N_("Type III Sum Of Squares")), PIVOT_RC_OTHER,
-                          N_("df"), PIVOT_RC_COUNT,
-                          N_("Mean Square"), PIVOT_RC_OTHER,
-                          N_("F"), PIVOT_RC_OTHER,
-                          N_("Sig."), PIVOT_RC_SIGNIFICANCE);
-
-  struct pivot_dimension *source = pivot_dimension_create (
-    table, PIVOT_AXIS_ROW, N_("Source"),
-    cmd->intercept ? N_("Corrected Model") : N_("Model"));
-
-  double n_total, mean;
-  moments_calculate (ws->totals, &n_total, &mean, NULL, NULL, NULL);
-
-  double df_corr = 1.0 + categoricals_df_total (ws->cats);
-
-  double mse = gsl_vector_get (ws->ssq, 0) / (n_total - df_corr);
-  double intercept_ssq = pow2 (mean * n_total) / n_total;
-  if (cmd->intercept)
-    {
-      int row = pivot_category_create_leaf (
-        source->root, pivot_value_new_text (N_("Intercept")));
-
-      /* The intercept for unbalanced models is of limited use and
-        nobody knows how to calculate it properly */
-      if (categoricals_isbalanced (ws->cats))
-        {
-          const double df = 1.0;
-          const double F = intercept_ssq / df / mse;
-          put_glm_row (table, row, intercept_ssq, 1.0, intercept_ssq / df,
-                       F, gsl_cdf_fdist_Q (F, df, n_total - df_corr));
-        }
-    }
-
-  double ssq_effects = 0.0;
-  for (int f = 0; f < cmd->n_interactions; ++f)
-    {
-      double df = categoricals_df (ws->cats, f);
-      double ssq = gsl_vector_get (ws->ssq, f + 1);
-      ssq_effects += ssq;
-      if (!cmd->intercept)
-       {
-         df++;
-         ssq += intercept_ssq;
-       }
-      double F = ssq / df / mse;
-
-      struct string str = DS_EMPTY_INITIALIZER;
-      interaction_to_string (cmd->interactions[f], &str);
-      int row = pivot_category_create_leaf (
-        source->root, pivot_value_new_user_text_nocopy (ds_steal_cstr (&str)));
-
-      put_glm_row (table, row, ssq, df, ssq / df, F,
-                   gsl_cdf_fdist_Q (F, df, n_total - df_corr));
-    }
-
-  {
-    /* Model / Corrected Model */
-    double df = df_corr;
-    double ssq = ws->total_ssq - gsl_vector_get (ws->ssq, 0);
-    if (cmd->intercept)
-      df--;
-    else
-      ssq += intercept_ssq;
-    double F = ssq / df / mse;
-    put_glm_row (table, 0, ssq, df, ssq / df, F,
-                 gsl_cdf_fdist_Q (F, df, n_total - df_corr));
-  }
-
-  {
-    int row = pivot_category_create_leaf (source->root,
-                                          pivot_value_new_text (N_("Error")));
-    const double df = n_total - df_corr;
-    const double ssq = gsl_vector_get (ws->ssq, 0);
-    const double mse = ssq / df;
-    put_glm_row (table, row, ssq, df, mse, SYSMIS, SYSMIS);
-  }
-
-  {
-    int row = pivot_category_create_leaf (source->root,
-                                          pivot_value_new_text (N_("Total")));
-    put_glm_row (table, row, ws->total_ssq + intercept_ssq, n_total,
-                 SYSMIS, SYSMIS, SYSMIS);
-  }
-
-  if (cmd->intercept)
-    {
-      int row = pivot_category_create_leaf (
-        source->root, pivot_value_new_text (N_("Corrected Total")));
-      put_glm_row (table, row, ws->total_ssq, n_total - 1.0, SYSMIS,
-                   SYSMIS, SYSMIS);
-    }
-
-  pivot_table_submit (table);
-}
-
-#if 0
-static void
-dump_matrix (const gsl_matrix * m)
-{
-  size_t i, j;
-  for (i = 0; i < m->size1; ++i)
-    {
-      for (j = 0; j < m->size2; ++j)
-       {
-         double x = gsl_matrix_get (m, i, j);
-         printf ("%.3f ", x);
-       }
-      printf ("\n");
-    }
-  printf ("\n");
-}
-#endif
-
-
-\f
-static struct interaction *
-parse_design_term (struct lexer *lexer, const struct dictionary *dict)
-{
-  struct interaction *iact = interaction_create (NULL);
-  do
-    {
-      struct variable *var = parse_variable (lexer, dict);
-      if (!var)
-        goto error;
-      interaction_add_variable (iact, var);
-
-      if (lex_match (lexer, T_LPAREN) || lex_match_id (lexer, "WITHIN"))
-        {
-          lex_next_error (lexer, -1, -1,
-                          "Nested variables are not yet implemented.");
-          goto error;
-        }
-    }
-  while (lex_match (lexer, T_ASTERISK));
-
-  return iact;
-
-error:
-  interaction_destroy (iact);
-  return NULL;
-}