pintos-os.org Git - pspp/blob - tests/language/stats/glm.at

   1 dnl PSPP - a program for statistical analysis.
   2 dnl Copyright (C) 2017 Free Software Foundation, Inc.
   3 dnl
   4 dnl This program is free software: you can redistribute it and/or modify
   5 dnl it under the terms of the GNU General Public License as published by
   6 dnl the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
   7 dnl (at your option) any later version.
   8 dnl
   9 dnl This program is distributed in the hope that it will be useful,
  10 dnl but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11 dnl MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  12 dnl GNU General Public License for more details.
  13 dnl
  14 dnl You should have received a copy of the GNU General Public License
  15 dnl along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  16 dnl
  17 AT_BANNER([GLM procedure])
  18
  19 AT_SETUP([GLM latin square design])
  20
  21 dnl This example comes from :
  22 dnl  http://ssnds.uwo.ca/statsexamples/spssanova/latinsquareresults.html
  23 AT_DATA([latin.sps], [dnl
  24 set format = F20.3.
  25 data list notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
  26 begin data.
  27 1 1 6  3.5
  28 1 2 2  8.9
  29 1 3 3  9.6
  30 1 4 4 10.5
  31 1 5 5  3.1
  32 1 6 1  5.9
  33 2 1 2  4.2
  34 2 2 6  1.9
  35 2 3 5  3.7
  36 2 4 3 10.2
  37 2 5 1  7.2
  38 2 6 4  7.6
  39 3 1 1  6.7
  40 3 2 4  5.8
  41 3 3 6 -2.7
  42 3 4 2  4.6
  43 3 5 3  4.0
  44 3 6 5 -0.7
  45 4 1 4  6.6
  46 4 2 1  4.5
  47 4 3 2  3.7
  48 4 4 5  3.7
  49 4 5 6 -3.3
  50 4 6 3  3.0
  51 5 1 3  4.1
  52 5 2 5  2.4
  53 5 3 4  6.0
  54 5 4 1  5.1
  55 5 5 2  3.5
  56 5 6 6  4.0
  57 6 1 5  3.8
  58 6 2 3  5.8
  59 6 3 1  7.0
  60 6 4 6  3.8
  61 6 5 4  5.0
  62 6 6 2  8.6
  63 end data.
  64
  65 variable labels a 'Factor A' b 'Factor B' c 'Factor C' y 'Criterion'.
  66
  67 glm y by   b a c
  68   /intercept=include
  69   /criteria=alpha(.05)
  70   /design = a b c
  71   .
  72 ])
  73
  74 AT_CHECK([pspp -O format=csv latin.sps | sed 's/329.62[[678]]/329.62/'], [0],
  75   [dnl
  76 Table: Tests of Between-Subjects Effects
  77 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
  78 Corrected Model,263.064,15,17.538,5.269,.000
  79 Intercept,815.103,1,815.103,244.910,.000
  80 Factor A,78.869,5,15.774,4.739,.005
  81 Factor B,28.599,5,5.720,1.719,.176
  82 Factor C,155.596,5,31.119,9.350,.000
  83 Error,66.563,20,3.328,,
  84 Total,1144.730,36,,,
  85 Corrected Total,329.62,35,,,
  86 ])
  87
  88 AT_CLEANUP
  89
  90 AT_SETUP([GLM 2 by 2 factorial design])
  91
  92 AT_DATA([2by2.sps], [dnl
  93 set format = F20.3.
  94 data list notable  list /Factor0 * Factor1 * points (F10).
  95 begin data.
  96 1       4       332
  97 1       4       380
  98 1       4       371
  99 1       4       366
 100 1       4       354
 101 1       0       259.5
 102 1       0       302.5
 103 1       0       296
 104 1       0       349
 105 1       0       309
 106 2       4       354.67
 107 2       4       353.5
 108 2       4       304
 109 2       4       365
 110 2       4       339
 111 2       0       306
 112 2       0       339
 113 2       0       353
 114 2       0       351
 115 2       0       333
 116 end data.
 117
 118 glm points by Factor0 Factor1
 119   /intercept=include
 120   /criteria=alpha(.05)
 121   .
 122 ])
 123
 124
 125 AT_CHECK([pspp -O format=csv 2by2.sps ], [0],
 126   [dnl
 127 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 128 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 129 Corrected Model,8667.053,3,2889.018,5.043,.012
 130 Intercept,2256018.640,1,2256018.640,3937.693,.000
 131 Factor0,313.394,1,313.394,.547,.470
 132 Factor1,5157.508,1,5157.508,9.002,.008
 133 Factor0 * Factor1,3196.150,1,3196.150,5.579,.031
 134 Error,9166.865,16,572.929,,
 135 Total,2273852.559,20,,,
 136 Corrected Total,17833.918,19,,,
 137 ])
 138
 139 AT_CLEANUP
 140
 141
 142 AT_SETUP([GLM Type I and II Sums of Squares])
 143
 144 dnl  The following example comes from
 145 dnl  http://www.uvm.edu/~dhowell/StatPages/More_Stuff/Type1-3.pdf
 146 AT_DATA([data-inc.sps], [dnl
 147 set decimal = dot.
 148 set format=F20.3.
 149 data list notable list /dv * Agrp * B0 * B1 * B2 * i0 * i1 * i2 * sss *.
 150 begin data.
 151 5   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 152 7   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 153 9   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 154 8   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 155 2   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 156 5   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 157 7   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 158 3   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 159 9   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 160 8   1  0  0  1  0  0  1 1.00
 161 11  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 162 12  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 163 14  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 164 11  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 165 15  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 166 16  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 167 10  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 168 9   1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 169 7  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 170 9  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 171 10 -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 172 9  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 173 3  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 174 8  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 175 9  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 176 11 -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 177 9  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 178 12 -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 179 14 -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 180 8  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 181 7  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 182 11 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 183 14 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 184 10 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 185 12 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 186 13 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 187 11 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 188 12 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 189 end data.
 190
 191 do if B0 = -1 AND B1 = -1 AND B2 = -1.
 192 compute Bgrp = 4.
 193 end if.
 194
 195 do if B0 = 0 AND B1 = 0 AND B2 = 1.
 196 compute Bgrp = 3.
 197 end if.
 198
 199 do if B0 = 0 AND B1 = 1 AND B2 = 0.
 200 compute Bgrp = 2.
 201 end if.
 202
 203 do if B0 = 1 AND B1 = 0 AND B2 = 0.
 204 compute Bgrp = 1.
 205 end if.
 206 ])
 207
 208 AT_DATA([type1.sps], [dnl
 209 include 'data-inc.sps'.
 210
 211 glm dv by Agrp Bgrp
 212         /method = sstype (1)
 213         .
 214
 215 glm dv by Agrp Bgrp
 216         /method = sstype (1)
 217         /design Bgrp Agrp Bgrp * Agrp
 218         .
 219 ])
 220
 221
 222 AT_CHECK([pspp -O format=csv type1.sps], [0],
 223   [dnl
 224 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 225 Source,Type I Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 226 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 227 Intercept,,,,,
 228 Agrp,9.579,1,9.579,1.566,.220
 229 Bgrp,186.225,3,62.075,10.151,.000
 230 Agrp * Bgrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 231 Error,183.457,30,6.115,,
 232 Total,3810.000,38,,,
 233 Corrected Total,399.474,37,,,
 234
 235 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 236 Source,Type I Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 237 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 238 Intercept,,,,,
 239 Bgrp,193.251,3,64.417,10.534,.000
 240 Agrp,2.553,1,2.553,.418,.523
 241 Bgrp * Agrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 242 Error,183.457,30,6.115,,
 243 Total,3810.000,38,,,
 244 Corrected Total,399.474,37,,,
 245 ])
 246
 247
 248 AT_DATA([type2.sps], [dnl
 249 include 'data-inc.sps'.
 250
 251 glm dv by Agrp Bgrp
 252         /method = sstype (2)
 253         .
 254 ])
 255
 256
 257 AT_CHECK([pspp -O format=csv type2.sps], [0],
 258   [dnl
 259 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 260 Source,Type II Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 261 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 262 Intercept,,,,,
 263 Agrp,2.553,1,2.553,.418,.523
 264 Bgrp,186.225,3,62.075,10.151,.000
 265 Agrp * Bgrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 266 Error,183.457,30,6.115,,
 267 Total,3810.000,38,,,
 268 Corrected Total,399.474,37,,,
 269 ])
 270
 271 AT_CLEANUP
 272
 273
 274
 275 AT_SETUP([GLM excluded intercept])
 276
 277 dnl  The following example comes from
 278 dnl
 279 dnl Rudolf N. Cardinal
 280 dnl Graduate-level statistics for psychology and neuroscience
 281 dnl ANOVA in practice, and complex ANOVA designs
 282 dnl Version of 2 May 2004
 283 dnl
 284 dnl Downloaded from: http://egret.psychol.cam.ac.uk/psychology/graduate/Guide_to_ANOVA.pdf
 285
 286 AT_DATA([intercept-exclude.sps], [dnl
 287 set format = F20.3.
 288
 289 data list notable list /depvar * A *.
 290 begin data.
 291 10     1
 292 14     1
 293 8      1
 294 7      1
 295 2      1
 296 10     1
 297 1      1
 298 3      1
 299 2      1
 300 8.5    1
 301 14.29  2
 302 18.49  2
 303 12.46  2
 304 11.63  2
 305 6.66   2
 306 14.02  2
 307 5.66   2
 308 7.06   2
 309 6.37   2
 310 13.26  2
 311 end data.
 312
 313 GLM depvar by A
 314    /intercept = exclude
 315   .
 316
 317
 318 GLM depvar by A
 319    /intercept = include
 320   .
 321
 322 ])
 323
 324 AT_CHECK([pspp -O format=csv intercept-exclude.sps], [0],
 325   [dnl
 326 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 327 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 328 Model,1636.826,2,818.413,43.556,.000
 329 A,1636.826,2,818.413,43.556,.000
 330 Error,338.216,18,18.790,,
 331 Total,1975.042,20,,,
 332
 333 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 334 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 335 Corrected Model,98.568,1,98.568,5.246,.034
 336 Intercept,1538.258,1,1538.258,81.867,.000
 337 A,98.568,1,98.568,5.246,.034
 338 Error,338.216,18,18.790,,
 339 Total,1975.042,20,,,
 340 Corrected Total,436.784,19,,,
 341 ])
 342
 343 AT_CLEANUP
 344
 345
 346 AT_SETUP([GLM missing values])
 347
 348 AT_DATA([glm.data], [dnl
 349 1 1 6  3.5
 350 1 2 2  8.9
 351 1 3 3  9.6
 352 1 4 4 10.5
 353 1 5 5  3.1
 354 1 6 1  5.9
 355 2 1 2  4.2
 356 2 2 6  1.9
 357 2 3 5  3.7
 358 2 4 3 10.2
 359 2 5 1  7.2
 360 2 6 4  7.6
 361 3 1 1  6.7
 362 3 2 4  5.8
 363 3 3 6 -2.7
 364 3 4 2  4.6
 365 3 5 3  4.0
 366 3 6 5 -0.7
 367 4 1 4  6.6
 368 4 2 1  4.5
 369 4 3 2  3.7
 370 4 4 5  3.7
 371 4 5 6 -3.3
 372 4 6 3  3.0
 373 5 1 3  4.1
 374 5 2 5  2.4
 375 5 3 4  6.0
 376 5 4 1  5.1
 377 5 5 2  3.5
 378 5 6 6  4.0
 379 6 1 5  3.8
 380 6 2 3  5.8
 381 6 3 1  7.0
 382 6 4 6  3.8
 383 6 5 4  5.0
 384 6 6 2  8.6
 385 ])
 386
 387 AT_DATA([glm-miss.sps], [dnl
 388 set format = F20.3.
 389 data list file='glm.data' notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 390
 391 do if a=6.
 392 recode y (else=SYSMIS).
 393 end if.
 394
 395 glm y by   b a c
 396   /criteria=alpha(.05)
 397   /design = a b c
 398   .
 399 ])
 400
 401 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss.sps], [0],  [dnl
 402 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 403 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 404 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 405 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 406 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 407 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 408 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 409 Error,54.253,15,3.617,,
 410 Total,934.250,30,,,
 411 Corrected Total,305.874,29,,,
 412 ])
 413
 414
 415
 416 AT_DATA([glm-miss2.sps], [dnl
 417 set format = F20.3.
 418 data list file='glm.data' notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 419
 420 select if a <> 6.
 421
 422 glm y by   b a c
 423   /criteria=alpha(.05)
 424   /design = a b c
 425   .
 426 ])
 427
 428 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss2.sps], [0],  [dnl
 429 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 430 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 431 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 432 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 433 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 434 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 435 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 436 Error,54.253,15,3.617,,
 437 Total,934.250,30,,,
 438 Corrected Total,305.874,29,,,
 439 ])
 440
 441
 442 dnl Now for some missing values in the factor variables.
 443
 444 AT_DATA([glm-miss3.sps], [dnl
 445 set format = F20.3.
 446 data list file=glm.data notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 447
 448 do if a=6.
 449 recode a (else=SYSMIS).
 450 end if.
 451
 452 glm y by   b a c
 453   /criteria=alpha(.05)
 454   /design = a b c
 455   .
 456 ])
 457
 458 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss3.sps], [0],  [dnl
 459 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 460 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 461 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 462 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 463 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 464 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 465 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 466 Error,54.253,15,3.617,,
 467 Total,934.250,30,,,
 468 Corrected Total,305.874,29,,,
 469 ])
 470
 471 AT_CLEANUP
 472