src/oneway.q

   1 /* PSPP - One way ANOVA. -*-c-*-
   2
   3 Copyright (C) 1997-9, 2000 Free Software Foundation, Inc.
   4 Author: John Darrington 2004
   5
   6 This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8 published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9 License, or (at your option) any later version.
  10
  11 This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  14 General Public License for more details.
  15
  16 You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 along with this program; if not, write to the Free Software
  18 Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
  19 02111-1307, USA. */
  20
  21 #include <config.h>
  22 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  23 #include "error.h"
  24 #include <stdio.h>
  25 #include <stdlib.h>
  26 #include <math.h>
  27 #include "alloc.h"
  28 #include "str.h"
  29 #include "case.h"
  30 #include "dictionary.h"
  31 #include "command.h"
  32 #include "lexer.h"
  33 #include "error.h"
  34 #include "magic.h"
  35 #include "misc.h"
  36 #include "tab.h"
  37 #include "som.h"
  38 #include "value-labels.h"
  39 #include "var.h"
  40 #include "vfm.h"
  41 #include "hash.h"
  42 #include "casefile.h"
  43 #include "group_proc.h"
  44 #include "group.h"
  45 #include "levene.h"
  46 /* (headers) */
  47
  48 /* (specification)
  49    "ONEWAY" (oneway_):
  50    *variables=custom;
  51    +missing=miss:!analysis/listwise,
  52    incl:include/!exclude;
  53    contrast= double list;
  54    statistics[st_]=descriptives,homogeneity.
  55 */
  56 /* (declarations) */
  57 /* (functions) */
  58
  59
  60
  61 static int bad_weight_warn = 1;
  62
  63
  64 static struct cmd_oneway cmd;
  65
  66 /* The independent variable */
  67 static struct variable *indep_var;
  68
  69 /* Number of dependent variables */
  70 static int n_vars;
  71
  72 /* The dependent variables */
  73 static struct variable **vars;
  74
  75
  76 /* A  hash table containing all the distinct values of the independent
  77    variables */
  78 static struct hsh_table *global_group_hash ;
  79
  80 /* The number of distinct values of the independent variable, when all
  81    missing values are disregarded */
  82 static int ostensible_number_of_groups=-1;
  83
  84
  85 /* Function to use for testing for missing values */
  86 static is_missing_func value_is_missing;
  87
  88
  89 static void run_oneway(const struct casefile *cf, void *_mode);
  90
  91
  92 /* Routines to show the output tables */
  93 static void show_anova_table(void);
  94 static void show_descriptives(void);
  95 static void show_homogeneity(void);
  96
  97 static void show_contrast_coeffs(short *);
  98 static void show_contrast_tests(short *);
  99
 100
 101 enum stat_table_t {STAT_DESC = 1, STAT_HOMO = 2};
 102
 103 static enum stat_table_t stat_tables ;
 104
 105 void output_oneway(void);
 106
 107
 108 int
 109 cmd_oneway(void)
 110 {
 111   int i;
 112
 113   if ( !parse_oneway(&cmd) )
 114     return CMD_FAILURE;
 115
 116   /* If /MISSING=INCLUDE is set, then user missing values are ignored */
 117   if (cmd.incl == ONEWAY_INCLUDE )
 118     value_is_missing = is_system_missing;
 119   else
 120     value_is_missing = is_missing;
 121
 122   /* What statistics were requested */
 123   if ( cmd.sbc_statistics )
 124     {
 125
 126       for (i = 0 ; i < ONEWAY_ST_count ; ++i )
 127         {
 128           if  ( ! cmd.a_statistics[i]  ) continue;
 129
 130           switch (i) {
 131           case ONEWAY_ST_DESCRIPTIVES:
 132             stat_tables |= STAT_DESC;
 133             break;
 134           case ONEWAY_ST_HOMOGENEITY:
 135             stat_tables |= STAT_HOMO;
 136             break;
 137           }
 138         }
 139     }
 140
 141   multipass_procedure_with_splits (run_oneway, &cmd);
 142
 143
 144   return CMD_SUCCESS;
 145 }
 146
 147
 148 void
 149 output_oneway(void)
 150 {
 151
 152   int i;
 153   short *bad_contrast ;
 154
 155   bad_contrast = xmalloc ( sizeof (short) * cmd.sbc_contrast );
 156
 157   /* Check the sanity of the given contrast values */
 158   for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 159     {
 160       int j;
 161       double sum = 0;
 162
 163       bad_contrast[i] = 0;
 164       if ( subc_list_double_count(&cmd.dl_contrast[i]) !=
 165            ostensible_number_of_groups )
 166         {
 167           msg(SW,
 168               _("Number of contrast coefficients must equal the number of groups"));
 169           bad_contrast[i] = 1;
 170           continue;
 171         }
 172
 173       for (j=0; j < ostensible_number_of_groups ; ++j )
 174         sum += subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],j);
 175
 176       if ( sum != 0.0 )
 177         msg(SW,_("Coefficients for contrast %d do not total zero"),i + 1);
 178     }
 179
 180   if ( stat_tables & STAT_DESC )
 181     show_descriptives();
 182
 183   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
 184     show_homogeneity();
 185
 186   show_anova_table();
 187
 188   if (cmd.sbc_contrast )
 189     {
 190       show_contrast_coeffs(bad_contrast);
 191       show_contrast_tests(bad_contrast);
 192     }
 193
 194
 195   free(bad_contrast);
 196
 197   /* Clean up */
 198   for (i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 199     {
 200       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 201
 202       hsh_destroy(group_hash);
 203     }
 204
 205   hsh_destroy(global_group_hash);
 206
 207 }
 208
 209
 210
 211
 212 /* Parser for the variables sub command */
 213 static int
 214 oneway_custom_variables(struct cmd_oneway *cmd UNUSED)
 215 {
 216
 217   lex_match('=');
 218
 219   if ((token != T_ID || dict_lookup_var (default_dict, tokid) == NULL)
 220       && token != T_ALL)
 221     return 2;
 222
 223
 224   if (!parse_variables (default_dict, &vars, &n_vars,
 225                         PV_DUPLICATE
 226                         | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH) )
 227     {
 228       free (vars);
 229       return 0;
 230     }
 231
 232   assert(n_vars);
 233
 234   if ( ! lex_match(T_BY))
 235     return 2;
 236
 237
 238   indep_var = parse_variable();
 239
 240   if ( !indep_var )
 241     {
 242       msg(SE,_("`%s' is not a variable name"),tokid);
 243       return 0;
 244     }
 245
 246
 247   return 1;
 248 }
 249
 250
 251 /* Show the ANOVA table */
 252 static void
 253 show_anova_table(void)
 254 {
 255   int i;
 256   int n_cols =7;
 257   int n_rows = n_vars * 3 + 1;
 258
 259   struct tab_table *t;
 260
 261
 262   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 263   tab_headers (t, 2, 0, 1, 0);
 264   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 265
 266
 267   tab_box (t,
 268            TAL_2, TAL_2,
 269            -1, TAL_1,
 270            0, 0,
 271            n_cols - 1, n_rows - 1);
 272
 273   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1 );
 274   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 275   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 276
 277   tab_text (t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sum of Squares"));
 278   tab_text (t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 279   tab_text (t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean Square"));
 280   tab_text (t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("F"));
 281   tab_text (t, 6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 282
 283
 284   for ( i=0 ; i < n_vars ; ++i )
 285     {
 286       struct group_statistics *totals = &group_proc_get (vars[i])->ugs;
 287       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 288       struct hsh_iterator g;
 289       struct group_statistics *gs;
 290       double ssa=0;
 291
 292
 293       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 294            gs != 0;
 295            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 296         {
 297           ssa += (gs->sum * gs->sum)/gs->n;
 298         }
 299
 300       ssa -= ( totals->sum * totals->sum ) / totals->n ;
 301
 302       const char *s = var_to_string(vars[i]);
 303
 304       tab_text (t, 0, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 305       tab_text (t, 1, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Between Groups"));
 306       tab_text (t, 1, i * 3 + 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Within Groups"));
 307       tab_text (t, 1, i * 3 + 3, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Total"));
 308
 309       if (i > 0)
 310         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , i * 3 + 1);
 311
 312       {
 313         struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 314         const double sst = totals->ssq - ( totals->sum * totals->sum) / totals->n ;
 315         const double df1 = gp->n_groups - 1;
 316         const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 317         const double msa = ssa / df1;
 318
 319         gp->mse  = (sst - ssa) / df2;
 320
 321
 322         /* Sums of Squares */
 323         tab_float (t, 2, i * 3 + 1, 0, ssa, 10, 2);
 324         tab_float (t, 2, i * 3 + 3, 0, sst, 10, 2);
 325         tab_float (t, 2, i * 3 + 2, 0, sst - ssa, 10, 2);
 326
 327
 328         /* Degrees of freedom */
 329         tab_float (t, 3, i * 3 + 1, 0, df1, 4, 0);
 330         tab_float (t, 3, i * 3 + 2, 0, df2, 4, 0);
 331         tab_float (t, 3, i * 3 + 3, 0, totals->n - 1, 4, 0);
 332
 333         /* Mean Squares */
 334         tab_float (t, 4, i * 3 + 1, TAB_RIGHT, msa, 8, 3);
 335         tab_float (t, 4, i * 3 + 2, TAB_RIGHT, gp->mse, 8, 3);
 336
 337
 338         {
 339           const double F = msa/gp->mse ;
 340
 341           /* The F value */
 342           tab_float (t, 5, i * 3 + 1, 0,  F, 8, 3);
 343
 344           /* The significance */
 345           tab_float (t, 6, i * 3 + 1, 0, gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 346         }
 347
 348       }
 349
 350     }
 351
 352
 353   tab_title (t, 0, _("ANOVA"));
 354   tab_submit (t);
 355
 356
 357 }
 358
 359 /* Show the descriptives table */
 360 static void
 361 show_descriptives(void)
 362 {
 363   int v;
 364   int n_cols =10;
 365   struct tab_table *t;
 366   int row;
 367
 368   const double confidence=0.95;
 369   const double q = (1.0 - confidence) / 2.0;
 370
 371
 372   int n_rows = 2 ;
 373
 374
 375
 376   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 377     n_rows += group_proc_get (vars[v])->n_groups + 1;
 378
 379   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 380   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 381   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 382
 383
 384   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 385   tab_box (t,
 386            TAL_2, TAL_2,
 387            -1, TAL_1,
 388            0, 0,
 389            n_cols - 1, n_rows - 1);
 390
 391   /* Underline headers */
 392   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2 );
 393   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 394
 395   tab_text (t, 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 396   tab_text (t, 3, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 397   tab_text (t, 4, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 398   tab_text (t, 5, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 399
 400
 401   tab_vline(t, TAL_0, 7, 0, 0);
 402   tab_hline(t, TAL_1, 6, 7, 1);
 403   tab_joint_text (t, 6, 0, 7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, _("%g%% Confidence Interval for Mean"),confidence*100.0);
 404
 405   tab_text (t, 6, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower Bound"));
 406   tab_text (t, 7, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper Bound"));
 407
 408   tab_text (t, 8, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Minimum"));
 409   tab_text (t, 9, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Maximum"));
 410
 411
 412   tab_title (t, 0, _("Descriptives"));
 413
 414
 415   row = 2;
 416   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 417     {
 418       double T;
 419       double std_error;
 420
 421       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 422
 423       struct hsh_iterator g;
 424       struct group_statistics *gs;
 425       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 426
 427       int count = 0 ;
 428       const char *s = var_to_string(vars[v]);
 429
 430       struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
 431
 432
 433       tab_text (t, 0, row, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 434       if ( v > 0)
 435         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , row);
 436
 437
 438       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 439            gs != 0;
 440            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 441         {
 442           tab_text (t, 1, row + count,
 443                     TAB_LEFT | TAT_TITLE ,value_to_string(&gs->id,indep_var));
 444
 445           /* Now fill in the numbers ... */
 446
 447           tab_float (t, 2, row + count, 0, gs->n, 8,0);
 448
 449           tab_float (t, 3, row + count, 0, gs->mean,8,2);
 450
 451           tab_float (t, 4, row + count, 0, gs->std_dev,8,2);
 452
 453           std_error = gs->std_dev/sqrt(gs->n) ;
 454           tab_float (t, 5, row + count, 0,
 455                      std_error, 8,2);
 456
 457           /* Now the confidence interval */
 458
 459           T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,gs->n - 1);
 460
 461           tab_float(t, 6, row + count, 0,
 462                     gs->mean - T * std_error, 8, 2);
 463
 464           tab_float(t, 7, row + count, 0,
 465                     gs->mean + T * std_error, 8, 2);
 466
 467           /* Min and Max */
 468
 469           tab_float(t, 8, row + count, 0,  gs->minimum, 8, 2);
 470           tab_float(t, 9, row + count, 0,  gs->maximum, 8, 2);
 471
 472           count++ ;
 473         }
 474
 475       tab_text (t, 1, row + count,
 476                 TAB_LEFT | TAT_TITLE ,_("Total"));
 477
 478       tab_float (t, 2, row + count, 0, totals->n, 8,0);
 479
 480       tab_float (t, 3, row + count, 0, totals->mean, 8,2);
 481
 482       tab_float (t, 4, row + count, 0, totals->std_dev,8,2);
 483
 484       std_error = totals->std_dev/sqrt(totals->n) ;
 485
 486       tab_float (t, 5, row + count, 0, std_error, 8,2);
 487
 488       /* Now the confidence interval */
 489
 490       T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,totals->n - 1);
 491
 492       tab_float(t, 6, row + count, 0,
 493                 totals->mean - T * std_error, 8, 2);
 494
 495       tab_float(t, 7, row + count, 0,
 496                 totals->mean + T * std_error, 8, 2);
 497
 498       /* Min and Max */
 499
 500       tab_float(t, 8, row + count, 0,  totals->minimum, 8, 2);
 501       tab_float(t, 9, row + count, 0,  totals->maximum, 8, 2);
 502
 503       row += gp->n_groups + 1;
 504     }
 505
 506
 507   tab_submit (t);
 508
 509
 510 }
 511
 512 /* Show the homogeneity table */
 513 static void
 514 show_homogeneity(void)
 515 {
 516   int v;
 517   int n_cols = 5;
 518   int n_rows = n_vars + 1;
 519
 520   struct tab_table *t;
 521
 522
 523   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 524   tab_headers (t, 1, 0, 1, 0);
 525   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 526
 527   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 528   tab_box (t,
 529            TAL_2, TAL_2,
 530            -1, TAL_1,
 531            0, 0,
 532            n_cols - 1, n_rows - 1);
 533
 534
 535   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 536   tab_vline(t, TAL_2, 1, 0, n_rows - 1);
 537
 538
 539   tab_text (t,  1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Levene Statistic"));
 540   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df1"));
 541   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df2"));
 542   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 543
 544
 545   tab_title (t, 0, _("Test of Homogeneity of Variances"));
 546
 547   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 548     {
 549       double F;
 550       const struct variable *var = vars[v];
 551       const struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 552       const char *s = var_to_string(var);
 553       const struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 554
 555       const double df1 = gp->n_groups - 1;
 556       const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 557
 558       tab_text (t, 0, v + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 559
 560       F = gp->levene;
 561       tab_float (t, 1, v + 1, TAB_RIGHT, F, 8,3);
 562       tab_float (t, 2, v + 1, TAB_RIGHT, df1 ,8,0);
 563       tab_float (t, 3, v + 1, TAB_RIGHT, df2 ,8,0);
 564
 565       /* Now the significance */
 566       tab_float (t, 4, v + 1, TAB_RIGHT,gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 567     }
 568
 569   tab_submit (t);
 570
 571
 572 }
 573
 574
 575 /* Show the contrast coefficients table */
 576 static void
 577 show_contrast_coeffs(short *bad_contrast)
 578 {
 579   int n_cols = 2 + ostensible_number_of_groups;
 580   int n_rows = 2 + cmd.sbc_contrast;
 581   struct hsh_iterator g;
 582   union value *group_value;
 583   int count = 0 ;
 584
 585
 586   struct tab_table *t;
 587
 588
 589   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 590   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 591   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 592
 593   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 594   tab_box (t,
 595            TAL_2, TAL_2,
 596            -1, TAL_1,
 597            0, 0,
 598            n_cols - 1, n_rows - 1);
 599
 600
 601   tab_box (t,
 602            -1,-1,
 603            TAL_0, TAL_0,
 604            2, 0,
 605            n_cols - 1, 0);
 606
 607   tab_box (t,
 608            -1,-1,
 609            TAL_0, TAL_0,
 610            0,0,
 611            1,1);
 612
 613
 614   tab_hline(t, TAL_1, 2, n_cols - 1, 1);
 615
 616
 617   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2);
 618   tab_vline(t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 619
 620
 621   tab_title (t, 0, _("Contrast Coefficients"));
 622
 623   tab_text (t,  0, 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 624
 625
 626
 627   tab_joint_text (t, 2, 0, n_cols - 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 628                   var_to_string(indep_var));
 629
 630   for (group_value =  hsh_first (global_group_hash,&g);
 631        group_value != 0;
 632        group_value = hsh_next(global_group_hash,&g))
 633     {
 634       int i;
 635
 636       tab_text (t, count + 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 637                 value_to_string(group_value,indep_var));
 638
 639       for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 640         {
 641
 642           tab_text(t, 1, i + 2, TAB_CENTER | TAT_PRINTF, "%d", i + 1);
 643
 644           if ( bad_contrast[i] )
 645             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT, "?" );
 646           else
 647             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT | TAT_PRINTF, "%g",
 648                      subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],count)
 649                      );
 650         }
 651
 652       count++ ;
 653     }
 654
 655   tab_submit (t);
 656
 657 }
 658
 659
 660 /* Show the results of the contrast tests */
 661 static void
 662 show_contrast_tests(short *bad_contrast)
 663 {
 664   int v;
 665   int n_cols = 8;
 666   int n_rows = 1 + n_vars * 2 * cmd.sbc_contrast;
 667
 668   struct tab_table *t;
 669
 670   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 671   tab_headers (t, 3, 0, 1, 0);
 672   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 673
 674   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 675   tab_box (t,
 676            TAL_2, TAL_2,
 677            -1, TAL_1,
 678            0, 0,
 679            n_cols - 1, n_rows - 1);
 680
 681   tab_box (t,
 682            -1,-1,
 683            TAL_0, TAL_0,
 684            0, 0,
 685            2, 0);
 686
 687   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 688   tab_vline(t, TAL_2, 3, 0, n_rows - 1);
 689
 690
 691   tab_title (t, 0, _("Contrast Tests"));
 692
 693   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 694   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Value of Contrast"));
 695   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 696   tab_text (t,  5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
 697   tab_text (t,  6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 698   tab_text (t,  7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
 699
 700   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 701     {
 702       int i;
 703       int lines_per_variable = 2 * cmd.sbc_contrast;
 704
 705
 706       tab_text (t,  0, (v * lines_per_variable) + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 707                 var_to_string(vars[v]));
 708
 709       for ( i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 710         {
 711           int ci;
 712           double contrast_value = 0.0;
 713           double coef_msq = 0.0;
 714           struct group_proc *grp_data = group_proc_get (vars[v]);
 715           struct hsh_table *group_hash = grp_data->group_hash;
 716           struct hsh_iterator g;
 717           struct group_statistics *gs;
 718
 719           double T;
 720           double std_error_contrast ;
 721           double df;
 722           double sec_vneq=0.0;
 723
 724
 725           /* Note: The calculation of the degrees of freedom in the variances
 726              not  equal case is painfull!!
 727              The following formula may help to understand it:
 728              \frac{\left(\sum_{i=1}^k{c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}}\right)^2}
 729              {
 730              \sum_{i=1}^k\left(
 731              \frac{\left(c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}\right)^2}  {n_i-1}
 732              \right)
 733              }
 734           */
 735
 736           double df_denominator = 0.0;
 737           double df_numerator = 0.0;
 738
 739
 740           if ( i == 0 )
 741             {
 742               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 743                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 744                         _("Assume equal variances"));
 745
 746               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 747                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 748                         _("Does not assume equal"));
 749             }
 750
 751           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 752                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 753
 754
 755           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 756                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 757
 758
 759           if ( bad_contrast[i])
 760             continue;
 761
 762           /* FIXME: Potential danger here.
 763              We're ASSUMING THE array is in the order corresponding to the
 764              hash order. */
 765           for (ci = 0, gs = hsh_first (group_hash,&g);
 766                gs != 0;
 767                ++ci, gs = hsh_next(group_hash,&g))
 768             {
 769
 770               const double coef = subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],ci);
 771               const double winv = (gs->std_dev * gs->std_dev) / gs->n;
 772
 773               contrast_value += coef * gs->mean;
 774
 775               coef_msq += (coef * coef) / gs->n ;
 776
 777               sec_vneq += (coef * coef) * (gs->std_dev * gs->std_dev ) /gs->n ;
 778
 779               df_numerator += (coef * coef) * winv;
 780               df_denominator += pow2((coef * coef) * winv) / (gs->n - 1);
 781
 782             }
 783           sec_vneq = sqrt(sec_vneq);
 784
 785           df_numerator = pow2(df_numerator);
 786
 787           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 788                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 789
 790           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1 +
 791                      cmd.sbc_contrast,
 792                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 793
 794           std_error_contrast = sqrt(grp_data->mse * coef_msq);
 795
 796           /* Std. Error */
 797           tab_float (t,  4, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 798                      TAB_RIGHT, std_error_contrast,
 799                      8,3);
 800
 801           T = fabs(contrast_value / std_error_contrast) ;
 802
 803           /* T Statistic */
 804
 805           tab_float (t,  5, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 806                      TAB_RIGHT, T,
 807                      8,3);
 808
 809           df = grp_data->ugs.n - grp_data->n_groups;
 810
 811           /* Degrees of Freedom */
 812           tab_float (t,  6, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 813                      TAB_RIGHT,  df,
 814                      8,0);
 815
 816
 817           /* Significance TWO TAILED !!*/
 818           tab_float (t,  7, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 819                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 820                      8,3);
 821
 822
 823           /* Now for the Variances NOT Equal case */
 824
 825           /* Std. Error */
 826           tab_float (t,  4,
 827                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 828                      TAB_RIGHT, sec_vneq,
 829                      8,3);
 830
 831
 832           T = contrast_value / sec_vneq;
 833           tab_float (t,  5,
 834                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 835                      TAB_RIGHT, T,
 836                      8,3);
 837
 838
 839           df = df_numerator / df_denominator;
 840
 841           tab_float (t,  6,
 842                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 843                      TAB_RIGHT, df,
 844                      8,3);
 845
 846           /* The Significance */
 847
 848           tab_float (t, 7, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 849                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 850                      8,3);
 851
 852
 853         }
 854
 855       if ( v > 0 )
 856         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1, (v * lines_per_variable) + 1);
 857     }
 858
 859   tab_submit (t);
 860
 861 }
 862
 863
 864 /* ONEWAY ANOVA Calculations */
 865
 866 static void  postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 867
 868 static void  precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 869
 870
 871
 872 /* Pre calculations */
 873 static void
 874 precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
 875 {
 876   int i=0;
 877
 878   for(i=0; i< n_vars ; ++i)
 879     {
 880       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 881       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 882
 883       /* Create a hash for each of the dependent variables.
 884          The hash contains a group_statistics structure,
 885          and is keyed by value of the independent variable */
 886
 887       gp->group_hash =
 888         hsh_create(4,
 889                    (hsh_compare_func *) compare_group,
 890                    (hsh_hash_func *) hash_group,
 891                    (hsh_free_func *) free_group,
 892                    (void *) indep_var->width );
 893
 894
 895       totals->sum=0;
 896       totals->n=0;
 897       totals->ssq=0;
 898       totals->sum_diff=0;
 899       totals->maximum = - DBL_MAX;
 900       totals->minimum = DBL_MAX;
 901     }
 902 }
 903
 904
 905 static void
 906 run_oneway(const struct casefile *cf, void *cmd_)
 907 {
 908   struct casereader *r;
 909   struct ccase c;
 910
 911   struct cmd_oneway *cmd = (struct cmd_oneway *) cmd_;
 912
 913   global_group_hash = hsh_create(4,
 914                                  (hsh_compare_func *) compare_values,
 915                                  (hsh_hash_func *) hash_value,
 916                                  0,
 917                                  (void *) indep_var->width );
 918   precalc(cmd);
 919
 920   for(r = casefile_get_reader (cf);
 921       casereader_read (r, &c) ;
 922       case_destroy (&c))
 923     {
 924       int i;
 925
 926       const double weight =
 927         dict_get_case_weight(default_dict,&c,&bad_weight_warn);
 928
 929       const union value *indep_val = case_data (&c, indep_var->fv);
 930
 931       /* Deal with missing values */
 932       if ( value_is_missing(indep_val,indep_var) )
 933         continue;
 934
 935       /* Skip the entire case if /MISSING=LISTWISE is set */
 936       if ( cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE )
 937         {
 938           for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
 939             {
 940               const struct variable *v = vars[i];
 941               const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 942
 943               if (value_is_missing(val,v) )
 944                 break;
 945             }
 946           if ( i != n_vars )
 947             continue;
 948
 949         }
 950
 951
 952       hsh_insert ( global_group_hash, (void *) indep_val );
 953
 954       for ( i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 955         {
 956           const struct variable *v = vars[i];
 957
 958           const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 959
 960           struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 961           struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
 962
 963           struct group_statistics *gs;
 964
 965           gs = hsh_find(group_hash, (void *) indep_val );
 966
 967           if ( ! gs )
 968             {
 969               gs = (struct group_statistics *)
 970                 xmalloc (sizeof(struct group_statistics));
 971
 972               gs->id = *indep_val;
 973               gs->sum=0;
 974               gs->n=0;
 975               gs->ssq=0;
 976               gs->sum_diff=0;
 977               gs->minimum = DBL_MAX;
 978               gs->maximum = -DBL_MAX;
 979
 980               hsh_insert ( group_hash, (void *) gs );
 981             }
 982
 983           if (! value_is_missing(val,v) )
 984             {
 985               struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 986
 987               totals->n+=weight;
 988               totals->sum+=weight * val->f;
 989               totals->ssq+=weight * val->f * val->f;
 990
 991               if ( val->f * weight  < totals->minimum )
 992                 totals->minimum = val->f * weight;
 993
 994               if ( val->f * weight  > totals->maximum )
 995                 totals->maximum = val->f * weight;
 996
 997               gs->n+=weight;
 998               gs->sum+=weight * val->f;
 999               gs->ssq+=weight * val->f * val->f;
1000
1001               if ( val->f * weight  < gs->minimum )
1002                 gs->minimum = val->f * weight;
1003
1004               if ( val->f * weight  > gs->maximum )
1005                 gs->maximum = val->f * weight;
1006             }
1007
1008           gp->n_groups = hsh_count ( group_hash );
1009         }
1010
1011     }
1012   casereader_destroy (r);
1013
1014   postcalc(cmd);
1015
1016
1017   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
1018     levene(cf, indep_var, n_vars, vars,
1019            (cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE) ? LEV_LISTWISE : LEV_ANALYSIS ,
1020            value_is_missing);
1021
1022   ostensible_number_of_groups = hsh_count (global_group_hash);
1023
1024
1025   output_oneway();
1026
1027
1028 }
1029
1030
1031 /* Post calculations for the ONEWAY command */
1032 void
1033 postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
1034 {
1035   int i=0;
1036
1037
1038   for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
1039     {
1040       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
1041       struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
1042       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
1043
1044       struct hsh_iterator g;
1045       struct group_statistics *gs;
1046
1047       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
1048            gs != 0;
1049            gs = hsh_next(group_hash,&g))
1050         {
1051           gs->mean=gs->sum / gs->n;
1052           gs->s_std_dev= sqrt(
1053                               ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1054                               ) ;
1055
1056           gs->std_dev= sqrt(
1057                             gs->n/(gs->n-1) *
1058                             ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1059                             ) ;
1060
1061           gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1062           gs->mean_diff= gs->sum_diff / gs->n;
1063
1064         }
1065
1066
1067
1068       totals->mean = totals->sum / totals->n;
1069       totals->std_dev= sqrt(
1070                             totals->n/(totals->n-1) *
1071                             ( (totals->ssq / totals->n ) - totals->mean * totals->mean )
1072                             ) ;
1073
1074       totals->se_mean = totals->std_dev / sqrt(totals->n);
1075
1076     }
1077 }