src/oneway.q

   1 /* PSPP - One way ANOVA. -*-c-*-
   2
   3 Copyright (C) 1997-9, 2000 Free Software Foundation, Inc.
   4 Author: John Darrington 2004
   5
   6 This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8 published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9 License, or (at your option) any later version.
  10
  11 This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  14 General Public License for more details.
  15
  16 You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 along with this program; if not, write to the Free Software
  18 Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA
  19 02110-1301, USA. */
  20
  21 #include <config.h>
  22 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  23 #include "error.h"
  24 #include <stdio.h>
  25 #include <stdlib.h>
  26 #include <math.h>
  27 #include "alloc.h"
  28 #include "str.h"
  29 #include "case.h"
  30 #include "dictionary.h"
  31 #include "command.h"
  32 #include "lexer.h"
  33 #include "error.h"
  34 #include "magic.h"
  35 #include "misc.h"
  36 #include "tab.h"
  37 #include "som.h"
  38 #include "value-labels.h"
  39 #include "var.h"
  40 #include "vfm.h"
  41 #include "hash.h"
  42 #include "casefile.h"
  43 #include "group_proc.h"
  44 #include "group.h"
  45 #include "levene.h"
  46
  47 #include "gettext.h"
  48 #define _(msgid) gettext (msgid)
  49
  50 /* (headers) */
  51
  52 /* (specification)
  53    "ONEWAY" (oneway_):
  54    *^variables=custom;
  55    +missing=miss:!analysis/listwise,
  56    incl:include/!exclude;
  57    contrast= double list;
  58    statistics[st_]=descriptives,homogeneity.
  59 */
  60 /* (declarations) */
  61 /* (functions) */
  62
  63
  64
  65 static int bad_weight_warn = 1;
  66
  67
  68 static struct cmd_oneway cmd;
  69
  70 /* The independent variable */
  71 static struct variable *indep_var;
  72
  73 /* Number of dependent variables */
  74 static size_t n_vars;
  75
  76 /* The dependent variables */
  77 static struct variable **vars;
  78
  79
  80 /* A  hash table containing all the distinct values of the independent
  81    variables */
  82 static struct hsh_table *global_group_hash ;
  83
  84 /* The number of distinct values of the independent variable, when all
  85    missing values are disregarded */
  86 static int ostensible_number_of_groups=-1;
  87
  88
  89 /* Function to use for testing for missing values */
  90 static is_missing_func *value_is_missing;
  91
  92
  93 static void run_oneway(const struct casefile *cf, void *_mode);
  94
  95
  96 /* Routines to show the output tables */
  97 static void show_anova_table(void);
  98 static void show_descriptives(void);
  99 static void show_homogeneity(void);
 100
 101 static void show_contrast_coeffs(short *);
 102 static void show_contrast_tests(short *);
 103
 104
 105 enum stat_table_t {STAT_DESC = 1, STAT_HOMO = 2};
 106
 107 static enum stat_table_t stat_tables ;
 108
 109 void output_oneway(void);
 110
 111
 112 int
 113 cmd_oneway(void)
 114 {
 115   int i;
 116
 117   if ( !parse_oneway(&cmd) )
 118     return CMD_FAILURE;
 119
 120   /* If /MISSING=INCLUDE is set, then user missing values are ignored */
 121   if (cmd.incl == ONEWAY_INCLUDE )
 122     value_is_missing = mv_is_value_system_missing;
 123   else
 124     value_is_missing = mv_is_value_missing;
 125
 126   /* What statistics were requested */
 127   if ( cmd.sbc_statistics )
 128     {
 129
 130       for (i = 0 ; i < ONEWAY_ST_count ; ++i )
 131         {
 132           if  ( ! cmd.a_statistics[i]  ) continue;
 133
 134           switch (i) {
 135           case ONEWAY_ST_DESCRIPTIVES:
 136             stat_tables |= STAT_DESC;
 137             break;
 138           case ONEWAY_ST_HOMOGENEITY:
 139             stat_tables |= STAT_HOMO;
 140             break;
 141           }
 142         }
 143     }
 144
 145   multipass_procedure_with_splits (run_oneway, &cmd);
 146
 147   free (vars);
 148   free_oneway (&cmd);
 149
 150   return CMD_SUCCESS;
 151 }
 152
 153
 154 void
 155 output_oneway(void)
 156 {
 157   size_t i;
 158   short *bad_contrast ;
 159
 160   bad_contrast = xnmalloc (cmd.sbc_contrast, sizeof *bad_contrast);
 161
 162   /* Check the sanity of the given contrast values */
 163   for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 164     {
 165       int j;
 166       double sum = 0;
 167
 168       bad_contrast[i] = 0;
 169       if ( subc_list_double_count(&cmd.dl_contrast[i]) !=
 170            ostensible_number_of_groups )
 171         {
 172           msg(SW,
 173               _("Number of contrast coefficients must equal the number of groups"));
 174           bad_contrast[i] = 1;
 175           continue;
 176         }
 177
 178       for (j=0; j < ostensible_number_of_groups ; ++j )
 179         sum += subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],j);
 180
 181       if ( sum != 0.0 )
 182         msg(SW,_("Coefficients for contrast %d do not total zero"),i + 1);
 183     }
 184
 185   if ( stat_tables & STAT_DESC )
 186     show_descriptives();
 187
 188   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
 189     show_homogeneity();
 190
 191   show_anova_table();
 192
 193   if (cmd.sbc_contrast )
 194     {
 195       show_contrast_coeffs(bad_contrast);
 196       show_contrast_tests(bad_contrast);
 197     }
 198
 199
 200   free(bad_contrast);
 201
 202   /* Clean up */
 203   for (i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 204     {
 205       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 206
 207       hsh_destroy(group_hash);
 208     }
 209
 210   hsh_destroy(global_group_hash);
 211
 212 }
 213
 214
 215
 216
 217 /* Parser for the variables sub command */
 218 static int
 219 oneway_custom_variables(struct cmd_oneway *cmd UNUSED)
 220 {
 221
 222   lex_match('=');
 223
 224   if ((token != T_ID || dict_lookup_var (default_dict, tokid) == NULL)
 225       && token != T_ALL)
 226     return 2;
 227
 228
 229   if (!parse_variables (default_dict, &vars, &n_vars,
 230                         PV_DUPLICATE
 231                         | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH) )
 232     {
 233       free (vars);
 234       return 0;
 235     }
 236
 237   assert(n_vars);
 238
 239   if ( ! lex_match(T_BY))
 240     return 2;
 241
 242
 243   indep_var = parse_variable();
 244
 245   if ( !indep_var )
 246     {
 247       msg(SE,_("`%s' is not a variable name"),tokid);
 248       return 0;
 249     }
 250
 251
 252   return 1;
 253 }
 254
 255
 256 /* Show the ANOVA table */
 257 static void
 258 show_anova_table(void)
 259 {
 260   size_t i;
 261   int n_cols =7;
 262   size_t n_rows = n_vars * 3 + 1;
 263
 264   struct tab_table *t;
 265
 266
 267   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 268   tab_headers (t, 2, 0, 1, 0);
 269   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 270
 271
 272   tab_box (t,
 273            TAL_2, TAL_2,
 274            -1, TAL_1,
 275            0, 0,
 276            n_cols - 1, n_rows - 1);
 277
 278   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1 );
 279   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 280   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 281
 282   tab_text (t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sum of Squares"));
 283   tab_text (t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 284   tab_text (t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean Square"));
 285   tab_text (t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("F"));
 286   tab_text (t, 6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 287
 288
 289   for ( i=0 ; i < n_vars ; ++i )
 290     {
 291       struct group_statistics *totals = &group_proc_get (vars[i])->ugs;
 292       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 293       struct hsh_iterator g;
 294       struct group_statistics *gs;
 295       double ssa=0;
 296       const char *s = var_to_string(vars[i]);
 297
 298       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 299            gs != 0;
 300            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 301         {
 302           ssa += (gs->sum * gs->sum)/gs->n;
 303         }
 304
 305       ssa -= ( totals->sum * totals->sum ) / totals->n ;
 306
 307       tab_text (t, 0, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 308       tab_text (t, 1, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Between Groups"));
 309       tab_text (t, 1, i * 3 + 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Within Groups"));
 310       tab_text (t, 1, i * 3 + 3, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Total"));
 311
 312       if (i > 0)
 313         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , i * 3 + 1);
 314
 315       {
 316         struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 317         const double sst = totals->ssq - ( totals->sum * totals->sum) / totals->n ;
 318         const double df1 = gp->n_groups - 1;
 319         const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 320         const double msa = ssa / df1;
 321
 322         gp->mse  = (sst - ssa) / df2;
 323
 324
 325         /* Sums of Squares */
 326         tab_float (t, 2, i * 3 + 1, 0, ssa, 10, 2);
 327         tab_float (t, 2, i * 3 + 3, 0, sst, 10, 2);
 328         tab_float (t, 2, i * 3 + 2, 0, sst - ssa, 10, 2);
 329
 330
 331         /* Degrees of freedom */
 332         tab_float (t, 3, i * 3 + 1, 0, df1, 4, 0);
 333         tab_float (t, 3, i * 3 + 2, 0, df2, 4, 0);
 334         tab_float (t, 3, i * 3 + 3, 0, totals->n - 1, 4, 0);
 335
 336         /* Mean Squares */
 337         tab_float (t, 4, i * 3 + 1, TAB_RIGHT, msa, 8, 3);
 338         tab_float (t, 4, i * 3 + 2, TAB_RIGHT, gp->mse, 8, 3);
 339
 340
 341         {
 342           const double F = msa/gp->mse ;
 343
 344           /* The F value */
 345           tab_float (t, 5, i * 3 + 1, 0,  F, 8, 3);
 346
 347           /* The significance */
 348           tab_float (t, 6, i * 3 + 1, 0, gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 349         }
 350
 351       }
 352
 353     }
 354
 355
 356   tab_title (t, 0, _("ANOVA"));
 357   tab_submit (t);
 358
 359
 360 }
 361
 362 /* Show the descriptives table */
 363 static void
 364 show_descriptives(void)
 365 {
 366   size_t v;
 367   int n_cols =10;
 368   struct tab_table *t;
 369   int row;
 370
 371   const double confidence=0.95;
 372   const double q = (1.0 - confidence) / 2.0;
 373
 374
 375   int n_rows = 2 ;
 376
 377   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 378     n_rows += group_proc_get (vars[v])->n_groups + 1;
 379
 380   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 381   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 382   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 383
 384
 385   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 386   tab_box (t,
 387            TAL_2, TAL_2,
 388            -1, TAL_1,
 389            0, 0,
 390            n_cols - 1, n_rows - 1);
 391
 392   /* Underline headers */
 393   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2 );
 394   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 395
 396   tab_text (t, 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 397   tab_text (t, 3, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 398   tab_text (t, 4, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 399   tab_text (t, 5, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 400
 401
 402   tab_vline(t, TAL_0, 7, 0, 0);
 403   tab_hline(t, TAL_1, 6, 7, 1);
 404   tab_joint_text (t, 6, 0, 7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, _("%g%% Confidence Interval for Mean"),confidence*100.0);
 405
 406   tab_text (t, 6, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower Bound"));
 407   tab_text (t, 7, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper Bound"));
 408
 409   tab_text (t, 8, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Minimum"));
 410   tab_text (t, 9, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Maximum"));
 411
 412
 413   tab_title (t, 0, _("Descriptives"));
 414
 415
 416   row = 2;
 417   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 418     {
 419       double T;
 420       double std_error;
 421
 422       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 423
 424       struct group_statistics *gs;
 425       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 426
 427       const char *s = var_to_string(vars[v]);
 428
 429       struct group_statistics *const *gs_array = hsh_sort(gp->group_hash);
 430       int count = 0;
 431
 432       tab_text (t, 0, row, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 433       if ( v > 0)
 434         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , row);
 435
 436       for (count = 0 ; count < hsh_count(gp->group_hash) ; ++count)
 437         {
 438           gs = gs_array[count];
 439
 440           tab_text (t, 1, row + count,
 441                     TAB_LEFT | TAT_TITLE ,value_to_string(&gs->id,indep_var));
 442
 443           /* Now fill in the numbers ... */
 444
 445           tab_float (t, 2, row + count, 0, gs->n, 8,0);
 446
 447           tab_float (t, 3, row + count, 0, gs->mean,8,2);
 448
 449           tab_float (t, 4, row + count, 0, gs->std_dev,8,2);
 450
 451           std_error = gs->std_dev/sqrt(gs->n) ;
 452           tab_float (t, 5, row + count, 0,
 453                      std_error, 8,2);
 454
 455           /* Now the confidence interval */
 456
 457           T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,gs->n - 1);
 458
 459           tab_float(t, 6, row + count, 0,
 460                     gs->mean - T * std_error, 8, 2);
 461
 462           tab_float(t, 7, row + count, 0,
 463                     gs->mean + T * std_error, 8, 2);
 464
 465           /* Min and Max */
 466
 467           tab_float(t, 8, row + count, 0,  gs->minimum, 8, 2);
 468           tab_float(t, 9, row + count, 0,  gs->maximum, 8, 2);
 469
 470         }
 471
 472       tab_text (t, 1, row + count,
 473                 TAB_LEFT | TAT_TITLE ,_("Total"));
 474
 475       tab_float (t, 2, row + count, 0, totals->n, 8,0);
 476
 477       tab_float (t, 3, row + count, 0, totals->mean, 8,2);
 478
 479       tab_float (t, 4, row + count, 0, totals->std_dev,8,2);
 480
 481       std_error = totals->std_dev/sqrt(totals->n) ;
 482
 483       tab_float (t, 5, row + count, 0, std_error, 8,2);
 484
 485       /* Now the confidence interval */
 486
 487       T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,totals->n - 1);
 488
 489       tab_float(t, 6, row + count, 0,
 490                 totals->mean - T * std_error, 8, 2);
 491
 492       tab_float(t, 7, row + count, 0,
 493                 totals->mean + T * std_error, 8, 2);
 494
 495       /* Min and Max */
 496
 497       tab_float(t, 8, row + count, 0,  totals->minimum, 8, 2);
 498       tab_float(t, 9, row + count, 0,  totals->maximum, 8, 2);
 499
 500       row += gp->n_groups + 1;
 501     }
 502
 503
 504   tab_submit (t);
 505
 506
 507 }
 508
 509 /* Show the homogeneity table */
 510 static void
 511 show_homogeneity(void)
 512 {
 513   size_t v;
 514   int n_cols = 5;
 515   size_t n_rows = n_vars + 1;
 516
 517   struct tab_table *t;
 518
 519
 520   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 521   tab_headers (t, 1, 0, 1, 0);
 522   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 523
 524   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 525   tab_box (t,
 526            TAL_2, TAL_2,
 527            -1, TAL_1,
 528            0, 0,
 529            n_cols - 1, n_rows - 1);
 530
 531
 532   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 533   tab_vline(t, TAL_2, 1, 0, n_rows - 1);
 534
 535
 536   tab_text (t,  1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Levene Statistic"));
 537   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df1"));
 538   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df2"));
 539   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 540
 541
 542   tab_title (t, 0, _("Test of Homogeneity of Variances"));
 543
 544   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 545     {
 546       double F;
 547       const struct variable *var = vars[v];
 548       const struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 549       const char *s = var_to_string(var);
 550       const struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 551
 552       const double df1 = gp->n_groups - 1;
 553       const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 554
 555       tab_text (t, 0, v + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 556
 557       F = gp->levene;
 558       tab_float (t, 1, v + 1, TAB_RIGHT, F, 8,3);
 559       tab_float (t, 2, v + 1, TAB_RIGHT, df1 ,8,0);
 560       tab_float (t, 3, v + 1, TAB_RIGHT, df2 ,8,0);
 561
 562       /* Now the significance */
 563       tab_float (t, 4, v + 1, TAB_RIGHT,gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 564     }
 565
 566   tab_submit (t);
 567
 568
 569 }
 570
 571
 572 /* Show the contrast coefficients table */
 573 static void
 574 show_contrast_coeffs(short *bad_contrast)
 575 {
 576   int n_cols = 2 + ostensible_number_of_groups;
 577   int n_rows = 2 + cmd.sbc_contrast;
 578   union value *group_value;
 579   int count = 0 ;
 580   void *const *group_values ;
 581
 582   struct tab_table *t;
 583
 584   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 585   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 586   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 587
 588   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 589   tab_box (t,
 590            TAL_2, TAL_2,
 591            -1, TAL_1,
 592            0, 0,
 593            n_cols - 1, n_rows - 1);
 594
 595   tab_box (t,
 596            -1,-1,
 597            TAL_0, TAL_0,
 598            2, 0,
 599            n_cols - 1, 0);
 600
 601   tab_box (t,
 602            -1,-1,
 603            TAL_0, TAL_0,
 604            0,0,
 605            1,1);
 606
 607   tab_hline(t, TAL_1, 2, n_cols - 1, 1);
 608   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2);
 609
 610   tab_vline(t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 611
 612   tab_title (t, 0, _("Contrast Coefficients"));
 613
 614   tab_text (t,  0, 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 615
 616
 617   tab_joint_text (t, 2, 0, n_cols - 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 618                   var_to_string(indep_var));
 619
 620   group_values = hsh_sort(global_group_hash);
 621   for (count = 0 ;
 622        count < hsh_count(global_group_hash) ;
 623        ++count)
 624     {
 625       int i;
 626       group_value = group_values[count];
 627
 628       tab_text (t, count + 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 629                 value_to_string(group_value, indep_var));
 630
 631       for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 632         {
 633           tab_text(t, 1, i + 2, TAB_CENTER | TAT_PRINTF, "%d", i + 1);
 634
 635           if ( bad_contrast[i] )
 636             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT, "?" );
 637           else
 638             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT | TAT_PRINTF, "%g",
 639                      subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i], count)
 640                      );
 641         }
 642     }
 643
 644   tab_submit (t);
 645 }
 646
 647
 648 /* Show the results of the contrast tests */
 649 static void
 650 show_contrast_tests(short *bad_contrast)
 651 {
 652   size_t v;
 653   int n_cols = 8;
 654   size_t n_rows = 1 + n_vars * 2 * cmd.sbc_contrast;
 655
 656   struct tab_table *t;
 657
 658   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 659   tab_headers (t, 3, 0, 1, 0);
 660   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 661
 662   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 663   tab_box (t,
 664            TAL_2, TAL_2,
 665            -1, TAL_1,
 666            0, 0,
 667            n_cols - 1, n_rows - 1);
 668
 669   tab_box (t,
 670            -1,-1,
 671            TAL_0, TAL_0,
 672            0, 0,
 673            2, 0);
 674
 675   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 676   tab_vline(t, TAL_2, 3, 0, n_rows - 1);
 677
 678
 679   tab_title (t, 0, _("Contrast Tests"));
 680
 681   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 682   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Value of Contrast"));
 683   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 684   tab_text (t,  5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
 685   tab_text (t,  6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 686   tab_text (t,  7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
 687
 688   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 689     {
 690       int i;
 691       int lines_per_variable = 2 * cmd.sbc_contrast;
 692
 693
 694       tab_text (t,  0, (v * lines_per_variable) + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 695                 var_to_string(vars[v]));
 696
 697       for ( i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 698         {
 699           int ci;
 700           double contrast_value = 0.0;
 701           double coef_msq = 0.0;
 702           struct group_proc *grp_data = group_proc_get (vars[v]);
 703           struct hsh_table *group_hash = grp_data->group_hash;
 704
 705           void *const *group_stat_array;
 706
 707           double T;
 708           double std_error_contrast ;
 709           double df;
 710           double sec_vneq=0.0;
 711
 712
 713           /* Note: The calculation of the degrees of freedom in the
 714              "variances not equal" case is painfull!!
 715              The following formula may help to understand it:
 716              \frac{\left(\sum_{i=1}^k{c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}}\right)^2}
 717              {
 718              \sum_{i=1}^k\left(
 719              \frac{\left(c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}\right)^2}  {n_i-1}
 720              \right)
 721              }
 722           */
 723
 724           double df_denominator = 0.0;
 725           double df_numerator = 0.0;
 726           if ( i == 0 )
 727             {
 728               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 729                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 730                         _("Assume equal variances"));
 731
 732               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 733                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 734                         _("Does not assume equal"));
 735             }
 736
 737           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 738                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 739
 740
 741           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 742                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 743
 744
 745           if ( bad_contrast[i])
 746             continue;
 747
 748           group_stat_array = hsh_sort(group_hash);
 749
 750           for (ci = 0 ; ci < hsh_count(group_hash) ;  ++ci)
 751             {
 752               const double coef = subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i], ci);
 753               struct group_statistics *gs = group_stat_array[ci];
 754
 755               const double winv = (gs->std_dev * gs->std_dev) / gs->n;
 756
 757               contrast_value += coef * gs->mean;
 758
 759               coef_msq += (coef * coef) / gs->n ;
 760
 761               sec_vneq += (coef * coef) * (gs->std_dev * gs->std_dev ) /gs->n ;
 762
 763               df_numerator += (coef * coef) * winv;
 764               df_denominator += pow2((coef * coef) * winv) / (gs->n - 1);
 765             }
 766           sec_vneq = sqrt(sec_vneq);
 767
 768           df_numerator = pow2(df_numerator);
 769
 770           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 771                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 772
 773           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1 +
 774                      cmd.sbc_contrast,
 775                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 776
 777           std_error_contrast = sqrt(grp_data->mse * coef_msq);
 778
 779           /* Std. Error */
 780           tab_float (t,  4, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 781                      TAB_RIGHT, std_error_contrast,
 782                      8,3);
 783
 784           T = fabs(contrast_value / std_error_contrast) ;
 785
 786           /* T Statistic */
 787
 788           tab_float (t,  5, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 789                      TAB_RIGHT, T,
 790                      8,3);
 791
 792           df = grp_data->ugs.n - grp_data->n_groups;
 793
 794           /* Degrees of Freedom */
 795           tab_float (t,  6, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 796                      TAB_RIGHT,  df,
 797                      8,0);
 798
 799
 800           /* Significance TWO TAILED !!*/
 801           tab_float (t,  7, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 802                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 803                      8,3);
 804
 805
 806           /* Now for the Variances NOT Equal case */
 807
 808           /* Std. Error */
 809           tab_float (t,  4,
 810                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 811                      TAB_RIGHT, sec_vneq,
 812                      8,3);
 813
 814
 815           T = contrast_value / sec_vneq;
 816           tab_float (t,  5,
 817                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 818                      TAB_RIGHT, T,
 819                      8,3);
 820
 821
 822           df = df_numerator / df_denominator;
 823
 824           tab_float (t,  6,
 825                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 826                      TAB_RIGHT, df,
 827                      8,3);
 828
 829           /* The Significance */
 830
 831           tab_float (t, 7, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 832                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 833                      8,3);
 834
 835
 836         }
 837
 838       if ( v > 0 )
 839         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1, (v * lines_per_variable) + 1);
 840     }
 841
 842   tab_submit (t);
 843
 844 }
 845
 846
 847 /* ONEWAY ANOVA Calculations */
 848
 849 static void  postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 850
 851 static void  precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 852
 853
 854
 855 /* Pre calculations */
 856 static void
 857 precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
 858 {
 859   size_t i=0;
 860
 861   for(i=0; i< n_vars ; ++i)
 862     {
 863       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 864       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 865
 866       /* Create a hash for each of the dependent variables.
 867          The hash contains a group_statistics structure,
 868          and is keyed by value of the independent variable */
 869
 870       gp->group_hash =
 871         hsh_create(4,
 872                    (hsh_compare_func *) compare_group,
 873                    (hsh_hash_func *) hash_group,
 874                    (hsh_free_func *) free_group,
 875                    (void *) indep_var->width );
 876
 877
 878       totals->sum=0;
 879       totals->n=0;
 880       totals->ssq=0;
 881       totals->sum_diff=0;
 882       totals->maximum = - DBL_MAX;
 883       totals->minimum = DBL_MAX;
 884     }
 885 }
 886
 887
 888 static void
 889 run_oneway(const struct casefile *cf, void *cmd_)
 890 {
 891   struct casereader *r;
 892   struct ccase c;
 893
 894   struct cmd_oneway *cmd = (struct cmd_oneway *) cmd_;
 895
 896   global_group_hash = hsh_create(4,
 897                                  (hsh_compare_func *) compare_values,
 898                                  (hsh_hash_func *) hash_value,
 899                                  0,
 900                                  (void *) indep_var->width );
 901   precalc(cmd);
 902
 903   for(r = casefile_get_reader (cf);
 904       casereader_read (r, &c) ;
 905       case_destroy (&c))
 906     {
 907       size_t i;
 908
 909       const double weight =
 910         dict_get_case_weight(default_dict,&c,&bad_weight_warn);
 911
 912       const union value *indep_val = case_data (&c, indep_var->fv);
 913
 914       /* Deal with missing values */
 915       if ( value_is_missing(&indep_var->miss, indep_val) )
 916         continue;
 917
 918       /* Skip the entire case if /MISSING=LISTWISE is set */
 919       if ( cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE )
 920         {
 921           for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
 922             {
 923               const struct variable *v = vars[i];
 924               const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 925
 926               if (value_is_missing(&v->miss, val) )
 927                 break;
 928             }
 929           if ( i != n_vars )
 930             continue;
 931
 932         }
 933
 934
 935       hsh_insert ( global_group_hash, (void *) indep_val );
 936
 937       for ( i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 938         {
 939           const struct variable *v = vars[i];
 940
 941           const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 942
 943           struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 944           struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
 945
 946           struct group_statistics *gs;
 947
 948           gs = hsh_find(group_hash, (void *) indep_val );
 949
 950           if ( ! gs )
 951             {
 952               gs = xmalloc (sizeof *gs);
 953               gs->id = *indep_val;
 954               gs->sum=0;
 955               gs->n=0;
 956               gs->ssq=0;
 957               gs->sum_diff=0;
 958               gs->minimum = DBL_MAX;
 959               gs->maximum = -DBL_MAX;
 960
 961               hsh_insert ( group_hash, (void *) gs );
 962             }
 963
 964           if (! value_is_missing(&v->miss, val) )
 965             {
 966               struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 967
 968               totals->n+=weight;
 969               totals->sum+=weight * val->f;
 970               totals->ssq+=weight * val->f * val->f;
 971
 972               if ( val->f * weight  < totals->minimum )
 973                 totals->minimum = val->f * weight;
 974
 975               if ( val->f * weight  > totals->maximum )
 976                 totals->maximum = val->f * weight;
 977
 978               gs->n+=weight;
 979               gs->sum+=weight * val->f;
 980               gs->ssq+=weight * val->f * val->f;
 981
 982               if ( val->f * weight  < gs->minimum )
 983                 gs->minimum = val->f * weight;
 984
 985               if ( val->f * weight  > gs->maximum )
 986                 gs->maximum = val->f * weight;
 987             }
 988
 989           gp->n_groups = hsh_count ( group_hash );
 990         }
 991
 992     }
 993   casereader_destroy (r);
 994
 995   postcalc(cmd);
 996
 997
 998   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
 999     levene(cf, indep_var, n_vars, vars,
1000            (cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE) ? LEV_LISTWISE : LEV_ANALYSIS ,
1001            value_is_missing);
1002
1003   ostensible_number_of_groups = hsh_count (global_group_hash);
1004
1005
1006   output_oneway();
1007
1008
1009 }
1010
1011
1012 /* Post calculations for the ONEWAY command */
1013 void
1014 postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
1015 {
1016   size_t i=0;
1017
1018
1019   for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
1020     {
1021       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
1022       struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
1023       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
1024
1025       struct hsh_iterator g;
1026       struct group_statistics *gs;
1027
1028       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
1029            gs != 0;
1030            gs = hsh_next(group_hash,&g))
1031         {
1032           gs->mean=gs->sum / gs->n;
1033           gs->s_std_dev= sqrt(
1034                               ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1035                               ) ;
1036
1037           gs->std_dev= sqrt(
1038                             gs->n/(gs->n-1) *
1039                             ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1040                             ) ;
1041
1042           gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1043           gs->mean_diff= gs->sum_diff / gs->n;
1044
1045         }
1046
1047
1048
1049       totals->mean = totals->sum / totals->n;
1050       totals->std_dev= sqrt(
1051                             totals->n/(totals->n-1) *
1052                             ( (totals->ssq / totals->n ) - totals->mean * totals->mean )
1053                             ) ;
1054
1055       totals->se_mean = totals->std_dev / sqrt(totals->n);
1056
1057     }
1058 }