src/oneway.q

   1 /* PSPP - One way ANOVA. -*-c-*-
   2
   3 Copyright (C) 1997-9, 2000 Free Software Foundation, Inc.
   4 Author: John Darrington 2004
   5
   6 This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8 published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9 License, or (at your option) any later version.
  10
  11 This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  14 General Public License for more details.
  15
  16 You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 along with this program; if not, write to the Free Software
  18 Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
  19 02111-1307, USA. */
  20
  21 #include <config.h>
  22 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  23 #include "error.h"
  24 #include <stdio.h>
  25 #include <stdlib.h>
  26 #include <math.h>
  27 #include "alloc.h"
  28 #include "str.h"
  29 #include "case.h"
  30 #include "command.h"
  31 #include "lexer.h"
  32 #include "error.h"
  33 #include "magic.h"
  34 #include "misc.h"
  35 #include "tab.h"
  36 #include "som.h"
  37 #include "value-labels.h"
  38 #include "var.h"
  39 #include "vfm.h"
  40 #include "hash.h"
  41 #include "casefile.h"
  42 #include "group_proc.h"
  43 #include "group.h"
  44 #include "levene.h"
  45
  46 /* (specification)
  47    "ONEWAY" (oneway_):
  48    *variables=custom;
  49    +missing=miss:!analysis/listwise,
  50    incl:include/!exclude;
  51    contrast= double list;
  52    statistics[st_]=descriptives,homogeneity.
  53 */
  54 /* (declarations) */
  55 /* (functions) */
  56
  57
  58
  59 static int bad_weight_warn = 1;
  60
  61
  62 static struct cmd_oneway cmd;
  63
  64 /* The independent variable */
  65 static struct variable *indep_var;
  66
  67 /* Number of dependent variables */
  68 static int n_vars;
  69
  70 /* The dependent variables */
  71 static struct variable **vars;
  72
  73
  74 /* A  hash table containing all the distinct values of the independent
  75    variables */
  76 static struct hsh_table *global_group_hash ;
  77
  78 /* The number of distinct values of the independent variable, when all
  79    missing values are disregarded */
  80 static int ostensible_number_of_groups=-1;
  81
  82
  83 /* Function to use for testing for missing values */
  84 static is_missing_func value_is_missing;
  85
  86
  87 static void run_oneway(const struct casefile *cf, void *_mode);
  88
  89
  90 /* Routines to show the output tables */
  91 static void show_anova_table(void);
  92 static void show_descriptives(void);
  93 static void show_homogeneity(void);
  94
  95 static void show_contrast_coeffs(short *);
  96 static void show_contrast_tests(short *);
  97
  98
  99 enum stat_table_t {STAT_DESC = 1, STAT_HOMO = 2};
 100
 101 static enum stat_table_t stat_tables ;
 102
 103 void output_oneway(void);
 104
 105
 106 int
 107 cmd_oneway(void)
 108 {
 109   int i;
 110
 111   if ( !parse_oneway(&cmd) )
 112     return CMD_FAILURE;
 113
 114   /* If /MISSING=INCLUDE is set, then user missing values are ignored */
 115   if (cmd.incl == ONEWAY_INCLUDE )
 116     value_is_missing = is_system_missing;
 117   else
 118     value_is_missing = is_missing;
 119
 120   /* What statistics were requested */
 121   if ( cmd.sbc_statistics )
 122     {
 123
 124       for (i = 0 ; i < ONEWAY_ST_count ; ++i )
 125         {
 126           if  ( ! cmd.a_statistics[i]  ) continue;
 127
 128           switch (i) {
 129           case ONEWAY_ST_DESCRIPTIVES:
 130             stat_tables |= STAT_DESC;
 131             break;
 132           case ONEWAY_ST_HOMOGENEITY:
 133             stat_tables |= STAT_HOMO;
 134             break;
 135           }
 136         }
 137     }
 138
 139   multipass_procedure_with_splits (run_oneway, &cmd);
 140
 141
 142   return CMD_SUCCESS;
 143 }
 144
 145
 146 void
 147 output_oneway(void)
 148 {
 149
 150   int i;
 151   short *bad_contrast ;
 152
 153   bad_contrast = xmalloc ( sizeof (short) * cmd.sbc_contrast );
 154
 155   /* Check the sanity of the given contrast values */
 156   for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 157     {
 158       int j;
 159       double sum = 0;
 160
 161       bad_contrast[i] = 0;
 162       if ( subc_list_double_count(&cmd.dl_contrast[i]) !=
 163            ostensible_number_of_groups )
 164         {
 165           msg(SW,
 166               _("Number of contrast coefficients must equal the number of groups"));
 167           bad_contrast[i] = 1;
 168           continue;
 169         }
 170
 171       for (j=0; j < ostensible_number_of_groups ; ++j )
 172         sum += subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],j);
 173
 174       if ( sum != 0.0 )
 175         msg(SW,_("Coefficients for contrast %d do not total zero"),i + 1);
 176     }
 177
 178   if ( stat_tables & STAT_DESC )
 179     show_descriptives();
 180
 181   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
 182     show_homogeneity();
 183
 184   show_anova_table();
 185
 186   if (cmd.sbc_contrast )
 187     {
 188       show_contrast_coeffs(bad_contrast);
 189       show_contrast_tests(bad_contrast);
 190     }
 191
 192
 193   free(bad_contrast);
 194
 195   /* Clean up */
 196   for (i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 197     {
 198       struct hsh_table *group_hash = vars[i]->p.grp_data.group_hash;
 199
 200       hsh_destroy(group_hash);
 201     }
 202
 203   hsh_destroy(global_group_hash);
 204
 205 }
 206
 207
 208
 209
 210 /* Parser for the variables sub command */
 211 static int
 212 oneway_custom_variables(struct cmd_oneway *cmd UNUSED)
 213 {
 214
 215   lex_match('=');
 216
 217   if ((token != T_ID || dict_lookup_var (default_dict, tokid) == NULL)
 218       && token != T_ALL)
 219     return 2;
 220
 221
 222   if (!parse_variables (default_dict, &vars, &n_vars,
 223                         PV_DUPLICATE
 224                         | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH) )
 225     {
 226       free (vars);
 227       return 0;
 228     }
 229
 230   assert(n_vars);
 231
 232   if ( ! lex_match(T_BY))
 233     return 2;
 234
 235
 236   indep_var = parse_variable();
 237
 238   if ( !indep_var )
 239     {
 240       msg(SE,_("`%s' is not a variable name"),tokid);
 241       return 0;
 242     }
 243
 244
 245   return 1;
 246 }
 247
 248
 249 /* Show the ANOVA table */
 250 static void
 251 show_anova_table(void)
 252 {
 253   int i;
 254   int n_cols =7;
 255   int n_rows = n_vars * 3 + 1;
 256
 257   struct tab_table *t;
 258
 259
 260   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 261   tab_headers (t, 2, 0, 1, 0);
 262   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 263
 264
 265   tab_box (t,
 266            TAL_2, TAL_2,
 267            -1, TAL_1,
 268            0, 0,
 269            n_cols - 1, n_rows - 1);
 270
 271   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1 );
 272   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 273   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 274
 275   tab_text (t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sum of Squares"));
 276   tab_text (t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 277   tab_text (t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean Square"));
 278   tab_text (t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("F"));
 279   tab_text (t, 6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 280
 281
 282   for ( i=0 ; i < n_vars ; ++i )
 283     {
 284       struct group_statistics *totals = &vars[i]->p.grp_data.ugs;
 285       struct hsh_table *group_hash = vars[i]->p.grp_data.group_hash;
 286       struct hsh_iterator g;
 287       struct group_statistics *gs;
 288       double ssa=0;
 289
 290
 291       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 292            gs != 0;
 293            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 294         {
 295           ssa += (gs->sum * gs->sum)/gs->n;
 296         }
 297
 298       ssa -= ( totals->sum * totals->sum ) / totals->n ;
 299
 300       const char *s = var_to_string(vars[i]);
 301
 302       tab_text (t, 0, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 303       tab_text (t, 1, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Between Groups"));
 304       tab_text (t, 1, i * 3 + 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Within Groups"));
 305       tab_text (t, 1, i * 3 + 3, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Total"));
 306
 307       if (i > 0)
 308         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , i * 3 + 1);
 309
 310       {
 311         const double sst = totals->ssq - ( totals->sum * totals->sum) / totals->n ;
 312         const double df1 = vars[i]->p.grp_data.n_groups - 1;
 313         const double df2 = totals->n - vars[i]->p.grp_data.n_groups ;
 314         const double msa = ssa / df1;
 315
 316         vars[i]->p.grp_data.mse  = (sst - ssa) / df2;
 317
 318
 319         /* Sums of Squares */
 320         tab_float (t, 2, i * 3 + 1, 0, ssa, 10, 2);
 321         tab_float (t, 2, i * 3 + 3, 0, sst, 10, 2);
 322         tab_float (t, 2, i * 3 + 2, 0, sst - ssa, 10, 2);
 323
 324
 325         /* Degrees of freedom */
 326         tab_float (t, 3, i * 3 + 1, 0, df1, 4, 0);
 327         tab_float (t, 3, i * 3 + 2, 0, df2, 4, 0);
 328         tab_float (t, 3, i * 3 + 3, 0, totals->n - 1, 4, 0);
 329
 330         /* Mean Squares */
 331         tab_float (t, 4, i * 3 + 1, TAB_RIGHT, msa, 8, 3);
 332         tab_float (t, 4, i * 3 + 2, TAB_RIGHT, vars[i]->p.grp_data.mse, 8, 3);
 333
 334
 335         {
 336           const double F = msa/vars[i]->p.grp_data.mse ;
 337
 338           /* The F value */
 339           tab_float (t, 5, i * 3 + 1, 0,  F, 8, 3);
 340
 341           /* The significance */
 342           tab_float (t, 6, i * 3 + 1, 0, gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 343         }
 344
 345       }
 346
 347     }
 348
 349
 350   tab_title (t, 0, _("ANOVA"));
 351   tab_submit (t);
 352
 353
 354 }
 355
 356 /* Show the descriptives table */
 357 static void
 358 show_descriptives(void)
 359 {
 360   int v;
 361   int n_cols =10;
 362   struct tab_table *t;
 363   int row;
 364
 365   const double confidence=0.95;
 366   const double q = (1.0 - confidence) / 2.0;
 367
 368
 369   int n_rows = 2 ;
 370
 371
 372
 373   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 374     n_rows += vars[v]->p.grp_data.n_groups + 1;
 375
 376   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 377   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 378   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 379
 380
 381   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 382   tab_box (t,
 383            TAL_2, TAL_2,
 384            -1, TAL_1,
 385            0, 0,
 386            n_cols - 1, n_rows - 1);
 387
 388   /* Underline headers */
 389   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2 );
 390   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 391
 392   tab_text (t, 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 393   tab_text (t, 3, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 394   tab_text (t, 4, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 395   tab_text (t, 5, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 396
 397
 398   tab_vline(t, TAL_0, 7, 0, 0);
 399   tab_hline(t, TAL_1, 6, 7, 1);
 400   tab_joint_text (t, 6, 0, 7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, _("%g%% Confidence Interval for Mean"),confidence*100.0);
 401
 402   tab_text (t, 6, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower Bound"));
 403   tab_text (t, 7, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper Bound"));
 404
 405   tab_text (t, 8, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Minimum"));
 406   tab_text (t, 9, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Maximum"));
 407
 408
 409   tab_title (t, 0, _("Descriptives"));
 410
 411
 412   row = 2;
 413   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 414     {
 415       double T;
 416       double std_error;
 417
 418
 419       struct hsh_iterator g;
 420       struct group_statistics *gs;
 421       struct group_statistics *totals = &vars[v]->p.grp_data.ugs;
 422
 423       int count = 0 ;
 424       const char *s = var_to_string(vars[v]);
 425
 426       struct hsh_table *group_hash = vars[v]->p.grp_data.group_hash;
 427
 428
 429       tab_text (t, 0, row, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 430       if ( v > 0)
 431         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , row);
 432
 433
 434       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 435            gs != 0;
 436            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 437         {
 438           const char *s = val_labs_find(indep_var->val_labs, gs->id );
 439
 440           if ( s )
 441             tab_text (t, 1, row + count,
 442                       TAB_LEFT | TAT_TITLE ,s);
 443           else if ( indep_var->width != 0 )
 444             tab_text (t, 1, row + count,
 445                       TAB_LEFT | TAT_TITLE, gs->id.s);
 446           else
 447             tab_text (t, 1, row + count,
 448                       TAB_LEFT | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%g", gs->id.f);
 449
 450
 451           /* Now fill in the numbers ... */
 452
 453           tab_float (t, 2, row + count, 0, gs->n, 8,0);
 454
 455           tab_float (t, 3, row + count, 0, gs->mean,8,2);
 456
 457           tab_float (t, 4, row + count, 0, gs->std_dev,8,2);
 458
 459           std_error = gs->std_dev/sqrt(gs->n) ;
 460           tab_float (t, 5, row + count, 0,
 461                      std_error, 8,2);
 462
 463           /* Now the confidence interval */
 464
 465           T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,gs->n - 1);
 466
 467           tab_float(t, 6, row + count, 0,
 468                     gs->mean - T * std_error, 8, 2);
 469
 470           tab_float(t, 7, row + count, 0,
 471                     gs->mean + T * std_error, 8, 2);
 472
 473           /* Min and Max */
 474
 475           tab_float(t, 8, row + count, 0,  gs->minimum, 8, 2);
 476           tab_float(t, 9, row + count, 0,  gs->maximum, 8, 2);
 477
 478           count++ ;
 479         }
 480
 481       tab_text (t, 1, row + count,
 482                 TAB_LEFT | TAT_TITLE ,_("Total"));
 483
 484       tab_float (t, 2, row + count, 0, totals->n, 8,0);
 485
 486       tab_float (t, 3, row + count, 0, totals->mean, 8,2);
 487
 488       tab_float (t, 4, row + count, 0, totals->std_dev,8,2);
 489
 490       std_error = totals->std_dev/sqrt(totals->n) ;
 491
 492       tab_float (t, 5, row + count, 0, std_error, 8,2);
 493
 494       /* Now the confidence interval */
 495
 496       T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,totals->n - 1);
 497
 498       tab_float(t, 6, row + count, 0,
 499                 totals->mean - T * std_error, 8, 2);
 500
 501       tab_float(t, 7, row + count, 0,
 502                 totals->mean + T * std_error, 8, 2);
 503
 504       /* Min and Max */
 505
 506       tab_float(t, 8, row + count, 0,  totals->minimum, 8, 2);
 507       tab_float(t, 9, row + count, 0,  totals->maximum, 8, 2);
 508
 509       row += vars[v]->p.grp_data.n_groups + 1;
 510     }
 511
 512
 513   tab_submit (t);
 514
 515
 516 }
 517
 518 /* Show the homogeneity table */
 519 static void
 520 show_homogeneity(void)
 521 {
 522   int v;
 523   int n_cols = 5;
 524   int n_rows = n_vars + 1;
 525
 526   struct tab_table *t;
 527
 528
 529   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 530   tab_headers (t, 1, 0, 1, 0);
 531   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 532
 533   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 534   tab_box (t,
 535            TAL_2, TAL_2,
 536            -1, TAL_1,
 537            0, 0,
 538            n_cols - 1, n_rows - 1);
 539
 540
 541   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 542   tab_vline(t, TAL_2, 1, 0, n_rows - 1);
 543
 544
 545   tab_text (t,  1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Levene Statistic"));
 546   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df1"));
 547   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df2"));
 548   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 549
 550
 551   tab_title (t, 0, _("Test of Homogeneity of Variances"));
 552
 553   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 554     {
 555       double F;
 556       const struct variable *var = vars[v];
 557       const char *s = var_to_string(var);
 558       const struct group_statistics *totals = &var->p.grp_data.ugs;
 559
 560       const double df1 = var->p.grp_data.n_groups - 1;
 561       const double df2 = totals->n - var->p.grp_data.n_groups ;
 562
 563       tab_text (t, 0, v + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 564
 565       F = var->p.grp_data.levene;
 566       tab_float (t, 1, v + 1, TAB_RIGHT, F, 8,3);
 567       tab_float (t, 2, v + 1, TAB_RIGHT, df1 ,8,0);
 568       tab_float (t, 3, v + 1, TAB_RIGHT, df2 ,8,0);
 569
 570       /* Now the significance */
 571       tab_float (t, 4, v + 1, TAB_RIGHT,gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 572     }
 573
 574   tab_submit (t);
 575
 576
 577 }
 578
 579
 580 /* Show the contrast coefficients table */
 581 static void
 582 show_contrast_coeffs(short *bad_contrast)
 583 {
 584   int n_cols = 2 + ostensible_number_of_groups;
 585   int n_rows = 2 + cmd.sbc_contrast;
 586   struct hsh_iterator g;
 587   union value *group_value;
 588   int count = 0 ;
 589
 590
 591   struct tab_table *t;
 592
 593
 594   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 595   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 596   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 597
 598   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 599   tab_box (t,
 600            TAL_2, TAL_2,
 601            -1, TAL_1,
 602            0, 0,
 603            n_cols - 1, n_rows - 1);
 604
 605
 606   tab_box (t,
 607            -1,-1,
 608            TAL_0, TAL_0,
 609            2, 0,
 610            n_cols - 1, 0);
 611
 612   tab_box (t,
 613            -1,-1,
 614            TAL_0, TAL_0,
 615            0,0,
 616            1,1);
 617
 618
 619   tab_hline(t, TAL_1, 2, n_cols - 1, 1);
 620
 621
 622   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2);
 623   tab_vline(t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 624
 625
 626   tab_title (t, 0, _("Contrast Coefficients"));
 627
 628   tab_text (t,  0, 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 629
 630
 631
 632   tab_joint_text (t, 2, 0, n_cols - 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 633                   var_to_string(indep_var));
 634
 635   for (group_value =  hsh_first (global_group_hash,&g);
 636        group_value != 0;
 637        group_value = hsh_next(global_group_hash,&g))
 638     {
 639       int i;
 640
 641       tab_text (t, count + 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 642                 value_to_string(group_value,indep_var));
 643
 644       for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 645         {
 646
 647           tab_text(t, 1, i + 2, TAB_CENTER | TAT_PRINTF, "%d", i + 1);
 648
 649           if ( bad_contrast[i] )
 650             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT, "?" );
 651           else
 652             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT | TAT_PRINTF, "%g",
 653                      subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],count)
 654                      );
 655         }
 656
 657       count++ ;
 658     }
 659
 660   tab_submit (t);
 661
 662 }
 663
 664
 665 /* Show the results of the contrast tests */
 666 static void
 667 show_contrast_tests(short *bad_contrast)
 668 {
 669   int v;
 670   int n_cols = 8;
 671   int n_rows = 1 + n_vars * 2 * cmd.sbc_contrast;
 672
 673   struct tab_table *t;
 674
 675   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 676   tab_headers (t, 3, 0, 1, 0);
 677   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 678
 679   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 680   tab_box (t,
 681            TAL_2, TAL_2,
 682            -1, TAL_1,
 683            0, 0,
 684            n_cols - 1, n_rows - 1);
 685
 686   tab_box (t,
 687            -1,-1,
 688            TAL_0, TAL_0,
 689            0, 0,
 690            2, 0);
 691
 692   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 693   tab_vline(t, TAL_2, 3, 0, n_rows - 1);
 694
 695
 696   tab_title (t, 0, _("Contrast Tests"));
 697
 698   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 699   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Value of Contrast"));
 700   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 701   tab_text (t,  5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
 702   tab_text (t,  6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 703   tab_text (t,  7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
 704
 705   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 706     {
 707       int i;
 708       int lines_per_variable = 2 * cmd.sbc_contrast;
 709
 710
 711       tab_text (t,  0, (v * lines_per_variable) + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 712                 var_to_string(vars[v]));
 713
 714       for ( i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 715         {
 716           int ci;
 717           double contrast_value = 0.0;
 718           double coef_msq = 0.0;
 719           struct group_proc *grp_data = &vars[v]->p.grp_data ;
 720           struct hsh_table *group_hash = grp_data->group_hash;
 721           struct hsh_iterator g;
 722           struct group_statistics *gs;
 723
 724           double T;
 725           double std_error_contrast ;
 726           double df;
 727           double sec_vneq=0.0;
 728
 729
 730           /* Note: The calculation of the degrees of freedom in the variances
 731              not  equal case is painfull!!
 732              The following formula may help to understand it:
 733              \frac{\left(\sum_{i=1}^k{c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}}\right)^2}
 734              {
 735              \sum_{i=1}^k\left(
 736              \frac{\left(c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}\right)^2}  {n_i-1}
 737              \right)
 738              }
 739           */
 740
 741           double df_denominator = 0.0;
 742           double df_numerator = 0.0;
 743
 744
 745           if ( i == 0 )
 746             {
 747               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 748                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 749                         _("Assume equal variances"));
 750
 751               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 752                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 753                         _("Does not assume equal"));
 754             }
 755
 756           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 757                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 758
 759
 760           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 761                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 762
 763
 764           if ( bad_contrast[i])
 765             continue;
 766
 767           /* FIXME: Potential danger here.
 768              We're ASSUMING THE array is in the order corresponding to the
 769              hash order. */
 770           for (ci = 0, gs = hsh_first (group_hash,&g);
 771                gs != 0;
 772                ++ci, gs = hsh_next(group_hash,&g))
 773             {
 774
 775               const double coef = subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],ci);
 776               const double winv = (gs->std_dev * gs->std_dev) / gs->n;
 777
 778               contrast_value += coef * gs->mean;
 779
 780               coef_msq += (coef * coef) / gs->n ;
 781
 782               sec_vneq += (coef * coef) * (gs->std_dev * gs->std_dev ) /gs->n ;
 783
 784               df_numerator += (coef * coef) * winv;
 785               df_denominator += pow2((coef * coef) * winv) / (gs->n - 1);
 786
 787             }
 788           sec_vneq = sqrt(sec_vneq);
 789
 790           df_numerator = pow2(df_numerator);
 791
 792           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 793                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 794
 795           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1 +
 796                      cmd.sbc_contrast,
 797                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 798
 799           std_error_contrast = sqrt(vars[v]->p.grp_data.mse * coef_msq);
 800
 801           /* Std. Error */
 802           tab_float (t,  4, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 803                      TAB_RIGHT, std_error_contrast,
 804                      8,3);
 805
 806           T = fabs(contrast_value / std_error_contrast) ;
 807
 808           /* T Statistic */
 809
 810           tab_float (t,  5, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 811                      TAB_RIGHT, T,
 812                      8,3);
 813
 814           df = grp_data->ugs.n - grp_data->n_groups;
 815
 816           /* Degrees of Freedom */
 817           tab_float (t,  6, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 818                      TAB_RIGHT,  df,
 819                      8,0);
 820
 821
 822           /* Significance TWO TAILED !!*/
 823           tab_float (t,  7, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 824                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 825                      8,3);
 826
 827
 828           /* Now for the Variances NOT Equal case */
 829
 830           /* Std. Error */
 831           tab_float (t,  4,
 832                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 833                      TAB_RIGHT, sec_vneq,
 834                      8,3);
 835
 836
 837           T = contrast_value / sec_vneq;
 838           tab_float (t,  5,
 839                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 840                      TAB_RIGHT, T,
 841                      8,3);
 842
 843
 844           df = df_numerator / df_denominator;
 845
 846           tab_float (t,  6,
 847                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 848                      TAB_RIGHT, df,
 849                      8,3);
 850
 851           /* The Significance */
 852
 853           tab_float (t, 7, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 854                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 855                      8,3);
 856
 857
 858         }
 859
 860       if ( v > 0 )
 861         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1, (v * lines_per_variable) + 1);
 862     }
 863
 864   tab_submit (t);
 865
 866 }
 867
 868
 869 /* ONEWAY ANOVA Calculations */
 870
 871 static void  postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 872
 873 static void  precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 874
 875
 876
 877 /* Pre calculations */
 878 static void
 879 precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
 880 {
 881   int i=0;
 882
 883   for(i=0; i< n_vars ; ++i)
 884     {
 885       struct group_statistics *totals = &vars[i]->p.grp_data.ugs;
 886
 887       /* Create a hash for each of the dependent variables.
 888          The hash contains a group_statistics structure,
 889          and is keyed by value of the independent variable */
 890
 891       vars[i]->p.grp_data.group_hash =
 892         hsh_create(4,
 893                    (hsh_compare_func *) compare_group,
 894                    (hsh_hash_func *) hash_group,
 895                    (hsh_free_func *) free_group,
 896                    (void *) indep_var->width );
 897
 898
 899       totals->sum=0;
 900       totals->n=0;
 901       totals->ssq=0;
 902       totals->sum_diff=0;
 903       totals->maximum = - DBL_MAX;
 904       totals->minimum = DBL_MAX;
 905     }
 906 }
 907
 908
 909 static void
 910 run_oneway(const struct casefile *cf, void *cmd_)
 911 {
 912   struct casereader *r;
 913   struct ccase c;
 914
 915   struct cmd_oneway *cmd = (struct cmd_oneway *) cmd_;
 916
 917   global_group_hash = hsh_create(4,
 918                                  (hsh_compare_func *) compare_values,
 919                                  (hsh_hash_func *) hash_value,
 920                                  0,
 921                                  (void *) indep_var->width );
 922   precalc(cmd);
 923
 924   for(r = casefile_get_reader (cf);
 925       casereader_read (r, &c) ;
 926       case_destroy (&c))
 927     {
 928       int i;
 929
 930       const double weight =
 931         dict_get_case_weight(default_dict,&c,&bad_weight_warn);
 932
 933       const union value *indep_val = case_data (&c, indep_var->fv);
 934
 935       /* Deal with missing values */
 936       if ( value_is_missing(indep_val,indep_var) )
 937         continue;
 938
 939       /* Skip the entire case if /MISSING=LISTWISE is set */
 940       if ( cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE )
 941         {
 942           for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
 943             {
 944               const struct variable *v = vars[i];
 945               const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 946
 947               if (value_is_missing(val,v) )
 948                 break;
 949             }
 950           if ( i != n_vars )
 951             continue;
 952
 953         }
 954
 955
 956       hsh_insert ( global_group_hash, (void *) indep_val );
 957
 958       for ( i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 959         {
 960           const struct variable *v = vars[i];
 961
 962           const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 963
 964           struct hsh_table *group_hash = vars[i]->p.grp_data.group_hash;
 965
 966           struct group_statistics *gs;
 967
 968           gs = hsh_find(group_hash, (void *) indep_val );
 969
 970           if ( ! gs )
 971             {
 972               gs = (struct group_statistics *)
 973                 xmalloc (sizeof(struct group_statistics));
 974
 975               gs->id = *indep_val;
 976               gs->sum=0;
 977               gs->n=0;
 978               gs->ssq=0;
 979               gs->sum_diff=0;
 980               gs->minimum = DBL_MAX;
 981               gs->maximum = -DBL_MAX;
 982
 983               hsh_insert ( group_hash, (void *) gs );
 984             }
 985
 986           if (! value_is_missing(val,v) )
 987             {
 988               struct group_statistics *totals = &vars[i]->p.grp_data.ugs;
 989
 990               totals->n+=weight;
 991               totals->sum+=weight * val->f;
 992               totals->ssq+=weight * val->f * val->f;
 993
 994               if ( val->f * weight  < totals->minimum )
 995                 totals->minimum = val->f * weight;
 996
 997               if ( val->f * weight  > totals->maximum )
 998                 totals->maximum = val->f * weight;
 999
1000               gs->n+=weight;
1001               gs->sum+=weight * val->f;
1002               gs->ssq+=weight * val->f * val->f;
1003
1004               if ( val->f * weight  < gs->minimum )
1005                 gs->minimum = val->f * weight;
1006
1007               if ( val->f * weight  > gs->maximum )
1008                 gs->maximum = val->f * weight;
1009             }
1010
1011           vars[i]->p.grp_data.n_groups = hsh_count ( group_hash );
1012         }
1013
1014     }
1015   casereader_destroy (r);
1016
1017   postcalc(cmd);
1018
1019
1020   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
1021     levene(cf, indep_var, n_vars, vars,
1022            (cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE) ? LEV_LISTWISE : LEV_ANALYSIS ,
1023            value_is_missing);
1024
1025   ostensible_number_of_groups = hsh_count (global_group_hash);
1026
1027
1028   output_oneway();
1029
1030
1031 }
1032
1033
1034 /* Post calculations for the ONEWAY command */
1035 void
1036 postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
1037 {
1038   int i=0;
1039
1040
1041   for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
1042     {
1043       struct hsh_table *group_hash = vars[i]->p.grp_data.group_hash;
1044       struct group_statistics *totals = &vars[i]->p.grp_data.ugs;
1045
1046       struct hsh_iterator g;
1047       struct group_statistics *gs;
1048
1049       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
1050            gs != 0;
1051            gs = hsh_next(group_hash,&g))
1052         {
1053           gs->mean=gs->sum / gs->n;
1054           gs->s_std_dev= sqrt(
1055                               ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1056                               ) ;
1057
1058           gs->std_dev= sqrt(
1059                             gs->n/(gs->n-1) *
1060                             ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1061                             ) ;
1062
1063           gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1064           gs->mean_diff= gs->sum_diff / gs->n;
1065
1066         }
1067
1068
1069
1070       totals->mean = totals->sum / totals->n;
1071       totals->std_dev= sqrt(
1072                             totals->n/(totals->n-1) *
1073                             ( (totals->ssq / totals->n ) - totals->mean * totals->mean )
1074                             ) ;
1075
1076       totals->se_mean = totals->std_dev / sqrt(totals->n);
1077
1078     }
1079 }