pintos-os.org Git - pspp/blob - src/language/stats/npar.c

   1 /* PSPP - a program for statistical analysis. -*-c-*-
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   3
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   8
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  13
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  15    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. */
  16
  17 #include <config.h>
  18
  19 #include "language/stats/npar.h"
  20
  21 #include <stdlib.h>
  22 #include <math.h>
  23
  24 #include "data/case.h"
  25 #include "data/casegrouper.h"
  26 #include "data/casereader.h"
  27 #include "data/dataset.h"
  28 #include "data/dictionary.h"
  29 #include "data/settings.h"
  30 #include "data/variable.h"
  31 #include "language/command.h"
  32 #include "language/lexer/lexer.h"
  33 #include "language/lexer/value-parser.h"
  34 #include "language/lexer/variable-parser.h"
  35 #include "language/stats/binomial.h"
  36 #include "language/stats/chisquare.h"
  37 #include "language/stats/ks-one-sample.h"
  38 #include "language/stats/cochran.h"
  39 #include "language/stats/friedman.h"
  40 #include "language/stats/jonckheere-terpstra.h"
  41 #include "language/stats/kruskal-wallis.h"
  42 #include "language/stats/mann-whitney.h"
  43 #include "language/stats/mcnemar.h"
  44 #include "language/stats/median.h"
  45 #include "language/stats/npar-summary.h"
  46 #include "language/stats/runs.h"
  47 #include "language/stats/sign.h"
  48 #include "language/stats/wilcoxon.h"
  49 #include "libpspp/array.h"
  50 #include "libpspp/assertion.h"
  51 #include "libpspp/cast.h"
  52 #include "libpspp/hash-functions.h"
  53 #include "libpspp/hmapx.h"
  54 #include "libpspp/message.h"
  55 #include "libpspp/pool.h"
  56 #include "libpspp/str.h"
  57 #include "libpspp/taint.h"
  58 #include "math/moments.h"
  59
  60 #include "gl/xalloc.h"
  61
  62 #include "gettext.h"
  63 #define _(msgid) gettext (msgid)
  64
  65 /* Settings for subcommand specifiers. */
  66 enum missing_type
  67   {
  68     MISS_ANALYSIS,
  69     MISS_LISTWISE,
  70   };
  71
  72 /* Array indices for STATISTICS subcommand. */
  73 enum
  74   {
  75     NPAR_ST_DESCRIPTIVES = 0,
  76     NPAR_ST_QUARTILES = 1,
  77     NPAR_ST_ALL = 2,
  78     NPAR_ST_count
  79   };
  80
  81 /* NPAR TESTS structure. */
  82 struct cmd_npar_tests
  83   {
  84     /* Count variables indicating how many
  85        of the subcommands have been given. */
  86     int chisquare;
  87     int cochran;
  88     int binomial;
  89     int ks_one_sample;
  90     int wilcoxon;
  91     int sign;
  92     int runs;
  93     int friedman;
  94     int kendall;
  95     int kruskal_wallis;
  96     int mann_whitney;
  97     int mcnemar;
  98     int median;
  99     int jonckheere_terpstra;
 100     int missing;
 101     int method;
 102     int statistics;
 103
 104     /* How missing values should be treated */
 105     long miss;
 106
 107     /* Which statistics have been requested */
 108     int a_statistics[NPAR_ST_count];
 109   };
 110
 111
 112 struct npar_specs
 113 {
 114   struct pool *pool;
 115   struct npar_test **test;
 116   size_t n_tests;
 117
 118   const struct variable **vv; /* Compendium of all variables
 119                                   (those mentioned on ANY subcommand */
 120   int n_vars; /* Number of variables in vv */
 121
 122   enum mv_class filter;    /* Missing values to filter. */
 123
 124   bool descriptives;       /* Descriptive statistics should be calculated */
 125   bool quartiles;          /* Quartiles should be calculated */
 126
 127   bool exact;  /* Whether exact calculations have been requested */
 128   double timer;   /* Maximum time (in minutes) to wait for exact calculations */
 129 };
 130
 131
 132 /* Prototype for custom subcommands of NPAR TESTS. */
 133 static int npar_chisquare (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 134 static int npar_binomial (struct lexer *, struct dataset *,  struct npar_specs *);
 135 static int npar_ks_one_sample (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 136 static int npar_runs (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 137 static int npar_friedman (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 138 static int npar_kendall (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 139 static int npar_cochran (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 140 static int npar_wilcoxon (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 141 static int npar_sign (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 142 static int npar_kruskal_wallis (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 143 static int npar_jonckheere_terpstra (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 144 static int npar_mann_whitney (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 145 static int npar_mcnemar (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 146 static int npar_median (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 147
 148 static int npar_method (struct lexer *, struct npar_specs *);
 149
 150 /* Command parsing functions. */
 151 static int parse_npar_tests (struct lexer *lexer, struct dataset *ds, struct cmd_npar_tests *p,
 152                              struct npar_specs *npar_specs );
 153
 154 static int
 155 parse_npar_tests (struct lexer *lexer, struct dataset *ds, struct cmd_npar_tests *npt,
 156                   struct npar_specs *nps)
 157 {
 158   npt->binomial = 0;
 159   npt->chisquare = 0;
 160   npt->ks_one_sample = 0;
 161   npt->cochran = 0;
 162   npt->friedman = 0;
 163   npt->kruskal_wallis = 0;
 164   npt->mann_whitney = 0;
 165   npt->jonckheere_terpstra = 0;
 166   npt->mcnemar = 0;
 167   npt->runs = 0;
 168   npt->sign = 0;
 169   npt->wilcoxon = 0;
 170   npt->missing = 0;
 171   npt->miss = MISS_ANALYSIS;
 172   npt->method = 0;
 173   npt->statistics = 0;
 174   memset (npt->a_statistics, 0, sizeof npt->a_statistics);
 175   for (;;)
 176     {
 177       if (lex_match_id (lexer, "COCHRAN"))
 178         {
 179           npt->cochran++;
 180           switch (npar_cochran (lexer, ds, nps))
 181             {
 182             case 0:
 183               goto lossage;
 184             case 1:
 185               break;
 186             case 2:
 187               lex_error (lexer, NULL);
 188               goto lossage;
 189             default:
 190               NOT_REACHED ();
 191             }
 192         }
 193       else if (lex_match_id (lexer, "FRIEDMAN"))
 194         {
 195           npt->friedman++;
 196           switch (npar_friedman (lexer, ds, nps))
 197             {
 198             case 0:
 199               goto lossage;
 200             case 1:
 201               break;
 202             case 2:
 203               lex_error (lexer, NULL);
 204               goto lossage;
 205             default:
 206               NOT_REACHED ();
 207             }
 208         }
 209       else if (lex_match_id (lexer, "KENDALL"))
 210         {
 211           npt->kendall++;
 212           switch (npar_kendall (lexer, ds, nps))
 213             {
 214             case 0:
 215               goto lossage;
 216             case 1:
 217               break;
 218             case 2:
 219               lex_error (lexer, NULL);
 220               goto lossage;
 221             default:
 222               NOT_REACHED ();
 223             }
 224         }
 225       else if (lex_match_id (lexer, "RUNS"))
 226         {
 227           npt->runs++;
 228           switch (npar_runs (lexer, ds, nps))
 229             {
 230             case 0:
 231               goto lossage;
 232             case 1:
 233               break;
 234             case 2:
 235               lex_error (lexer, NULL);
 236               goto lossage;
 237             default:
 238               NOT_REACHED ();
 239             }
 240         }
 241       else if (lex_match_id (lexer, "CHISQUARE"))
 242         {
 243           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 244           npt->chisquare++;
 245           switch (npar_chisquare (lexer, ds, nps))
 246             {
 247             case 0:
 248               goto lossage;
 249             case 1:
 250               break;
 251             case 2:
 252               lex_error (lexer, NULL);
 253               goto lossage;
 254             case 3:
 255               continue;
 256             default:
 257               NOT_REACHED ();
 258             }
 259         }
 260       else if (lex_match_id (lexer, "BINOMIAL"))
 261         {
 262           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 263           npt->binomial++;
 264           switch (npar_binomial (lexer, ds, nps))
 265             {
 266             case 0:
 267               goto lossage;
 268             case 1:
 269               break;
 270             case 2:
 271               lex_error (lexer, NULL);
 272               goto lossage;
 273             default:
 274               NOT_REACHED ();
 275             }
 276         }
 277       else if (lex_match_phrase (lexer, "K-S") ||
 278                lex_match_phrase (lexer, "KOLMOGOROV-SMIRNOV"))
 279         {
 280           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 281           npt->ks_one_sample++;
 282           switch (npar_ks_one_sample (lexer, ds, nps))
 283             {
 284             case 0:
 285               goto lossage;
 286             case 1:
 287               break;
 288             case 2:
 289               lex_error (lexer, NULL);
 290               goto lossage;
 291             default:
 292               NOT_REACHED ();
 293             }
 294         }
 295       else if (lex_match_phrase (lexer, "J-T") ||
 296                lex_match_phrase (lexer, "JONCKHEERE-TERPSTRA"))
 297         {
 298           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 299           npt->jonckheere_terpstra++;
 300           switch (npar_jonckheere_terpstra (lexer, ds, nps))
 301             {
 302             case 0:
 303               goto lossage;
 304             case 1:
 305               break;
 306             case 2:
 307               lex_error (lexer, NULL);
 308               goto lossage;
 309             default:
 310               NOT_REACHED ();
 311             }
 312         }
 313       else if (lex_match_phrase (lexer, "K-W") ||
 314                lex_match_phrase (lexer, "KRUSKAL-WALLIS"))
 315         {
 316           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 317           npt->kruskal_wallis++;
 318           switch (npar_kruskal_wallis (lexer, ds, nps))
 319             {
 320             case 0:
 321               goto lossage;
 322             case 1:
 323               break;
 324             case 2:
 325               lex_error (lexer, NULL);
 326               goto lossage;
 327             default:
 328               NOT_REACHED ();
 329             }
 330         }
 331       else if (lex_match_phrase (lexer, "MCNEMAR"))
 332         {
 333           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 334           npt->mcnemar++;
 335           switch (npar_mcnemar (lexer, ds, nps))
 336             {
 337             case 0:
 338               goto lossage;
 339             case 1:
 340               break;
 341             case 2:
 342               lex_error (lexer, NULL);
 343               goto lossage;
 344             default:
 345               NOT_REACHED ();
 346             }
 347         }
 348       else if (lex_match_phrase (lexer, "M-W") ||
 349                lex_match_phrase (lexer, "MANN-WHITNEY"))
 350         {
 351           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 352           npt->mann_whitney++;
 353           switch (npar_mann_whitney (lexer, ds, nps))
 354             {
 355             case 0:
 356               goto lossage;
 357             case 1:
 358               break;
 359             case 2:
 360               lex_error (lexer, NULL);
 361               goto lossage;
 362             default:
 363               NOT_REACHED ();
 364             }
 365         }
 366       else if (lex_match_phrase (lexer, "MEDIAN"))
 367         {
 368           npt->median++;
 369
 370           switch (npar_median (lexer, ds, nps))
 371             {
 372             case 0:
 373               goto lossage;
 374             case 1:
 375               break;
 376             case 2:
 377               lex_error (lexer, NULL);
 378               goto lossage;
 379             default:
 380               NOT_REACHED ();
 381             }
 382         }
 383       else if (lex_match_id (lexer, "WILCOXON"))
 384         {
 385           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 386           npt->wilcoxon++;
 387           switch (npar_wilcoxon (lexer, ds, nps))
 388             {
 389             case 0:
 390               goto lossage;
 391             case 1:
 392               break;
 393             case 2:
 394               lex_error (lexer, NULL);
 395               goto lossage;
 396             default:
 397               NOT_REACHED ();
 398             }
 399         }
 400       else if (lex_match_id (lexer, "SIGN"))
 401         {
 402           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 403           npt->sign++;
 404           switch (npar_sign (lexer, ds, nps))
 405             {
 406             case 0:
 407               goto lossage;
 408             case 1:
 409               break;
 410             case 2:
 411               lex_error (lexer, NULL);
 412               goto lossage;
 413             default:
 414               NOT_REACHED ();
 415             }
 416         }
 417       else if (lex_match_id (lexer, "MISSING"))
 418         {
 419           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 420           npt->missing++;
 421           if (npt->missing > 1)
 422             {
 423               lex_sbc_only_once ("MISSING");
 424               goto lossage;
 425             }
 426           while (lex_token (lexer) != T_SLASH && lex_token (lexer) != T_ENDCMD)
 427             {
 428               if (lex_match_id (lexer, "ANALYSIS"))
 429                 npt->miss = MISS_ANALYSIS;
 430               else if (lex_match_id (lexer, "LISTWISE"))
 431                 npt->miss = MISS_LISTWISE;
 432               else if (lex_match_id (lexer, "INCLUDE"))
 433                 nps->filter = MV_SYSTEM;
 434               else if (lex_match_id (lexer, "EXCLUDE"))
 435                 nps->filter = MV_ANY;
 436               else
 437                 {
 438                   lex_error (lexer, NULL);
 439                   goto lossage;
 440                 }
 441               lex_match (lexer, T_COMMA);
 442             }
 443         }
 444       else if (lex_match_id (lexer, "METHOD"))
 445         {
 446           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 447           npt->method++;
 448           if (npt->method > 1)
 449             {
 450               lex_sbc_only_once ("METHOD");
 451               goto lossage;
 452             }
 453           switch (npar_method (lexer, nps))
 454             {
 455             case 0:
 456               goto lossage;
 457             case 1:
 458               break;
 459             case 2:
 460               lex_error (lexer, NULL);
 461               goto lossage;
 462             default:
 463               NOT_REACHED ();
 464             }
 465         }
 466       else if (lex_match_id (lexer, "STATISTICS"))
 467         {
 468           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 469           npt->statistics++;
 470           while (lex_token (lexer) != T_SLASH && lex_token (lexer) != T_ENDCMD)
 471             {
 472               if (lex_match_id (lexer, "DESCRIPTIVES"))
 473                 npt->a_statistics[NPAR_ST_DESCRIPTIVES] = 1;
 474               else if (lex_match_id (lexer, "QUARTILES"))
 475                 npt->a_statistics[NPAR_ST_QUARTILES] = 1;
 476               else if (lex_match (lexer, T_ALL))
 477                 npt->a_statistics[NPAR_ST_ALL] = 1;
 478               else
 479                 {
 480                   lex_error (lexer, NULL);
 481                   goto lossage;
 482                 }
 483               lex_match (lexer, T_COMMA);
 484             }
 485         }
 486       else if ( settings_get_syntax () != COMPATIBLE && lex_match_id (lexer, "ALGORITHM"))
 487         {
 488           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 489           if (lex_match_id (lexer, "COMPATIBLE"))
 490             settings_set_cmd_algorithm (COMPATIBLE);
 491           else if (lex_match_id (lexer, "ENHANCED"))
 492             settings_set_cmd_algorithm (ENHANCED);
 493           }
 494         if (!lex_match (lexer, T_SLASH))
 495           break;
 496       }
 497
 498     if (lex_token (lexer) != T_ENDCMD)
 499       {
 500         lex_error (lexer, _("expecting end of command"));
 501         goto lossage;
 502       }
 503
 504   return true;
 505
 506 lossage:
 507   return false;
 508 }
 509
 510
 511 static void one_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
 512                                          struct hmapx *);
 513
 514 static void two_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
 515                                          struct hmapx *);
 516
 517 static void n_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
 518                                        struct hmapx *);
 519
 520 static void
 521 npar_execute (struct casereader *input,
 522              const struct npar_specs *specs,
 523              const struct dataset *ds)
 524 {
 525   int t;
 526   struct descriptives *summary_descriptives = NULL;
 527
 528   for ( t = 0 ; t < specs->n_tests; ++t )
 529     {
 530       const struct npar_test *test = specs->test[t];
 531       if ( NULL == test->execute )
 532         {
 533           msg (SW, _("NPAR subcommand not currently implemented."));
 534           continue;
 535         }
 536       test->execute (ds, casereader_clone (input), specs->filter, test, specs->exact, specs->timer);
 537     }
 538
 539   if ( specs->descriptives )
 540     {
 541       summary_descriptives = xnmalloc (sizeof (*summary_descriptives),
 542                                        specs->n_vars);
 543
 544       npar_summary_calc_descriptives (summary_descriptives,
 545                                       casereader_clone (input),
 546                                       dataset_dict (ds),
 547                                       specs->vv, specs->n_vars,
 548                                       specs->filter);
 549     }
 550
 551   if ( (specs->descriptives || specs->quartiles)
 552        && !taint_has_tainted_successor (casereader_get_taint (input)) )
 553     do_summary_box (summary_descriptives, specs->vv, specs->n_vars );
 554
 555   free (summary_descriptives);
 556   casereader_destroy (input);
 557 }
 558
 559 int
 560 cmd_npar_tests (struct lexer *lexer, struct dataset *ds)
 561 {
 562   struct cmd_npar_tests cmd;
 563   bool ok;
 564   int i;
 565   struct npar_specs npar_specs = {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
 566   struct casegrouper *grouper;
 567   struct casereader *input, *group;
 568   struct hmapx var_map = HMAPX_INITIALIZER (var_map);
 569
 570
 571   npar_specs.pool = pool_create ();
 572   npar_specs.filter = MV_ANY;
 573   npar_specs.n_vars = -1;
 574   npar_specs.vv = NULL;
 575
 576   if ( ! parse_npar_tests (lexer, ds, &cmd, &npar_specs) )
 577     {
 578       pool_destroy (npar_specs.pool);
 579       return CMD_FAILURE;
 580     }
 581
 582   for (i = 0; i < npar_specs.n_tests; ++i )
 583     {
 584       const struct npar_test *test = npar_specs.test[i];
 585       test->insert_variables (test, &var_map);
 586     }
 587
 588   {
 589     struct hmapx_node *node;
 590     struct variable *var;
 591     npar_specs.n_vars = 0;
 592
 593     HMAPX_FOR_EACH (var, node, &var_map)
 594       {
 595         npar_specs.n_vars ++;
 596         npar_specs.vv = pool_nrealloc (npar_specs.pool, npar_specs.vv, npar_specs.n_vars, sizeof (*npar_specs.vv));
 597         npar_specs.vv[npar_specs.n_vars - 1] = var;
 598       }
 599   }
 600
 601   sort (npar_specs.vv, npar_specs.n_vars, sizeof (*npar_specs.vv),
 602          compare_var_ptrs_by_name, NULL);
 603
 604   if ( cmd.statistics )
 605     {
 606       int i;
 607
 608       for ( i = 0 ; i < NPAR_ST_count; ++i )
 609         {
 610           if ( cmd.a_statistics[i] )
 611             {
 612               switch ( i )
 613                 {
 614                 case NPAR_ST_DESCRIPTIVES:
 615                   npar_specs.descriptives = true;
 616                   break;
 617                 case NPAR_ST_QUARTILES:
 618                   npar_specs.quartiles = true;
 619                   break;
 620                 case NPAR_ST_ALL:
 621                   npar_specs.quartiles = true;
 622                   npar_specs.descriptives = true;
 623                   break;
 624                 default:
 625                   NOT_REACHED ();
 626                 };
 627             }
 628         }
 629     }
 630
 631   input = proc_open (ds);
 632   if ( cmd.miss == MISS_LISTWISE )
 633     {
 634       input = casereader_create_filter_missing (input,
 635                                                 npar_specs.vv,
 636                                                 npar_specs.n_vars,
 637                                                 npar_specs.filter,
 638                                                 NULL, NULL);
 639     }
 640
 641
 642   grouper = casegrouper_create_splits (input, dataset_dict (ds));
 643   while (casegrouper_get_next_group (grouper, &group))
 644     npar_execute (group, &npar_specs, ds);
 645   ok = casegrouper_destroy (grouper);
 646   ok = proc_commit (ds) && ok;
 647
 648   pool_destroy (npar_specs.pool);
 649   hmapx_destroy (&var_map);
 650
 651   return ok ? CMD_SUCCESS : CMD_CASCADING_FAILURE;
 652 }
 653
 654 static int
 655 npar_runs (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 656            struct npar_specs *specs)
 657 {
 658   struct runs_test *rt = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*rt));
 659   struct one_sample_test *tp = &rt->parent;
 660   struct npar_test *nt = &tp->parent;
 661
 662   nt->execute = runs_execute;
 663   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 664
 665   if ( lex_force_match (lexer, T_LPAREN) )
 666     {
 667       if ( lex_match_id (lexer, "MEAN"))
 668         {
 669           rt->cp_mode = CP_MEAN;
 670         }
 671       else if (lex_match_id (lexer, "MEDIAN"))
 672         {
 673           rt->cp_mode = CP_MEDIAN;
 674         }
 675       else if (lex_match_id (lexer, "MODE"))
 676         {
 677           rt->cp_mode = CP_MODE;
 678         }
 679       else if (lex_is_number (lexer))
 680         {
 681           rt->cutpoint = lex_number (lexer);
 682           rt->cp_mode = CP_CUSTOM;
 683           lex_get (lexer);
 684         }
 685       else
 686         {
 687           lex_error (lexer, _("Expecting MEAN, MEDIAN, MODE or number"));
 688           return 0;
 689         }
 690
 691       lex_force_match (lexer, T_RPAREN);
 692       lex_force_match (lexer, T_EQUALS);
 693       if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 694                                   &tp->vars, &tp->n_vars,
 695                                   PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 696         {
 697           return 2;
 698         }
 699     }
 700
 701   specs->n_tests++;
 702   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 703                               specs->test,
 704                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 705
 706   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 707
 708   return 1;
 709 }
 710
 711 static int
 712 npar_friedman (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 713                struct npar_specs *specs)
 714 {
 715   struct friedman_test *ft = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*ft));
 716   struct one_sample_test *ost = &ft->parent;
 717   struct npar_test *nt = &ost->parent;
 718
 719   ft->kendalls_w = false;
 720   nt->execute = friedman_execute;
 721   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 722
 723   lex_match (lexer, T_EQUALS);
 724
 725   if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 726                                    &ost->vars, &ost->n_vars,
 727                                    PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 728     {
 729       return 2;
 730     }
 731
 732   specs->n_tests++;
 733   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 734                               specs->test,
 735                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 736
 737   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 738
 739   return 1;
 740 }
 741
 742 static int
 743 npar_kendall (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 744                struct npar_specs *specs)
 745 {
 746   struct friedman_test *kt = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*kt));
 747   struct one_sample_test *ost = &kt->parent;
 748   struct npar_test *nt = &ost->parent;
 749
 750   kt->kendalls_w = true;
 751   nt->execute = friedman_execute;
 752   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 753
 754   lex_match (lexer, T_EQUALS);
 755
 756   if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 757                                    &ost->vars, &ost->n_vars,
 758                                    PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 759     {
 760       return 2;
 761     }
 762
 763   specs->n_tests++;
 764   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 765                               specs->test,
 766                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 767
 768   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 769
 770   return 1;
 771 }
 772
 773
 774 static int
 775 npar_cochran (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 776                struct npar_specs *specs)
 777 {
 778   struct one_sample_test *ft = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*ft));
 779   struct npar_test *nt = &ft->parent;
 780
 781   nt->execute = cochran_execute;
 782   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 783
 784   lex_match (lexer, T_EQUALS);
 785
 786   if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 787                                    &ft->vars, &ft->n_vars,
 788                                    PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 789     {
 790       return 2;
 791     }
 792
 793   specs->n_tests++;
 794   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 795                               specs->test,
 796                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 797
 798   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 799
 800   return 1;
 801 }
 802
 803
 804 static int
 805 npar_chisquare (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 806                 struct npar_specs *specs)
 807 {
 808   struct chisquare_test *cstp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*cstp));
 809   struct one_sample_test *tp = &cstp->parent;
 810   struct npar_test *nt = &tp->parent;
 811   int retval = 1;
 812
 813   nt->execute = chisquare_execute;
 814   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 815
 816   if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 817                                    &tp->vars, &tp->n_vars,
 818                                    PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE))
 819     {
 820       return 2;
 821     }
 822
 823   cstp->ranged = false;
 824
 825   if ( lex_match (lexer, T_LPAREN))
 826     {
 827       cstp->ranged = true;
 828       if ( ! lex_force_num (lexer)) return 0;
 829       cstp->lo = lex_integer (lexer);
 830       lex_get (lexer);
 831       lex_force_match (lexer, T_COMMA);
 832       if (! lex_force_num (lexer) ) return 0;
 833       cstp->hi = lex_integer (lexer);
 834       if ( cstp->lo >= cstp->hi )
 835         {
 836           msg (ME,
 837               _("The specified value of HI (%d) is "
 838                 "lower than the specified value of LO (%d)"),
 839               cstp->hi, cstp->lo);
 840           return 0;
 841         }
 842       lex_get (lexer);
 843       if (! lex_force_match (lexer, T_RPAREN)) return 0;
 844     }
 845
 846   cstp->n_expected = 0;
 847   cstp->expected = NULL;
 848   if (lex_match_phrase (lexer, "/EXPECTED"))
 849     {
 850       lex_force_match (lexer, T_EQUALS);
 851       if ( ! lex_match_id (lexer, "EQUAL") )
 852         {
 853           double f;
 854           int n;
 855           while ( lex_is_number (lexer) )
 856             {
 857               int i;
 858               n = 1;
 859               f = lex_number (lexer);
 860               lex_get (lexer);
 861               if ( lex_match (lexer, T_ASTERISK))
 862                 {
 863                   n = f;
 864                   f = lex_number (lexer);
 865                   lex_get (lexer);
 866                 }
 867               lex_match (lexer, T_COMMA);
 868
 869               cstp->n_expected += n;
 870               cstp->expected = pool_realloc (specs->pool,
 871                                              cstp->expected,
 872                                              sizeof (double) *
 873                                              cstp->n_expected);
 874               for ( i = cstp->n_expected - n ;
 875                     i < cstp->n_expected;
 876                     ++i )
 877                 cstp->expected[i] = f;
 878
 879             }
 880         }
 881     }
 882
 883   if ( cstp->ranged && cstp->n_expected > 0 &&
 884        cstp->n_expected != cstp->hi - cstp->lo + 1 )
 885     {
 886       msg (ME,
 887           _("%d expected values were given, but the specified "
 888             "range (%d-%d) requires exactly %d values."),
 889           cstp->n_expected, cstp->lo, cstp->hi,
 890           cstp->hi - cstp->lo +1);
 891       return 0;
 892     }
 893
 894   specs->n_tests++;
 895   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 896                               specs->test,
 897                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 898
 899   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 900
 901   return retval;
 902 }
 903
 904
 905 static int
 906 npar_binomial (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 907                struct npar_specs *specs)
 908 {
 909   struct binomial_test *btp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*btp));
 910   struct one_sample_test *tp = &btp->parent;
 911   struct npar_test *nt = &tp->parent;
 912   bool equals = false;
 913
 914   nt->execute = binomial_execute;
 915   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 916
 917   btp->category1 = btp->category2 = btp->cutpoint = SYSMIS;
 918
 919   btp->p = 0.5;
 920
 921   if ( lex_match (lexer, T_LPAREN) )
 922     {
 923       equals = false;
 924       if ( lex_force_num (lexer) )
 925         {
 926           btp->p = lex_number (lexer);
 927           lex_get (lexer);
 928           lex_force_match (lexer, T_RPAREN);
 929         }
 930       else
 931         return 0;
 932     }
 933   else
 934     equals = true;
 935
 936   if (equals || lex_match (lexer, T_EQUALS) )
 937     {
 938       if (parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 939                                       &tp->vars, &tp->n_vars,
 940                                       PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE) )
 941         {
 942           if (lex_match (lexer, T_LPAREN))
 943             {
 944               lex_force_num (lexer);
 945               btp->category1 = lex_number (lexer);
 946               lex_get (lexer);
 947               if ( lex_match (lexer, T_COMMA))
 948                 {
 949                   if ( ! lex_force_num (lexer) ) return 2;
 950                   btp->category2 = lex_number (lexer);
 951                   lex_get (lexer);
 952                 }
 953               else
 954                 {
 955                   btp->cutpoint = btp->category1;
 956                 }
 957
 958               lex_force_match (lexer, T_RPAREN);
 959             }
 960         }
 961       else
 962         return 2;
 963
 964     }
 965
 966   specs->n_tests++;
 967   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 968                               specs->test,
 969                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 970
 971   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 972
 973   return 1;
 974 }
 975
 976
 977
 978 static void
 979 ks_one_sample_parse_params (struct lexer *lexer, struct ks_one_sample_test *kst, int params)
 980 {
 981   assert (params == 1 || params == 2);
 982
 983   if (lex_is_number (lexer))
 984     {
 985       kst->p[0] = lex_number (lexer);
 986
 987       lex_get (lexer);
 988       if ( params == 2)
 989         {
 990           lex_match (lexer, T_COMMA);
 991           if (lex_force_num (lexer))
 992             {
 993               kst->p[1] = lex_number (lexer);
 994               lex_get (lexer);
 995             }
 996         }
 997     }
 998 }
 999
1000 static int
1001 npar_ks_one_sample (struct lexer *lexer, struct dataset *ds, struct npar_specs *specs)
1002 {
1003   struct ks_one_sample_test *kst = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*kst));
1004   struct one_sample_test *tp = &kst->parent;
1005   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1006
1007   nt->execute = ks_one_sample_execute;
1008   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
1009
1010   kst->p[0] = kst->p[1] = SYSMIS;
1011
1012   if (! lex_force_match (lexer, T_LPAREN))
1013     return 2;
1014
1015   if (lex_match_id (lexer, "NORMAL"))
1016     {
1017       kst->dist = KS_NORMAL;
1018       ks_one_sample_parse_params (lexer, kst, 2);
1019     }
1020   else if (lex_match_id (lexer, "POISSON"))
1021     {
1022       kst->dist = KS_POISSON;
1023       ks_one_sample_parse_params (lexer, kst, 1);
1024     }
1025   else if (lex_match_id (lexer, "UNIFORM"))
1026     {
1027       kst->dist = KS_UNIFORM;
1028       ks_one_sample_parse_params (lexer, kst, 2);
1029     }
1030   else if (lex_match_id (lexer, "EXPONENTIAL"))
1031     {
1032       kst->dist = KS_EXPONENTIAL;
1033       ks_one_sample_parse_params (lexer, kst, 1);
1034     }
1035   else
1036     return 2;
1037
1038   if (! lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
1039     return 2;
1040
1041   lex_match (lexer, T_EQUALS);
1042
1043   if (! parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
1044                                   &tp->vars, &tp->n_vars,
1045                                   PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE) )
1046     return 2;
1047
1048   specs->n_tests++;
1049   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1050                               specs->test,
1051                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1052
1053   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1054
1055   return 1;
1056 }
1057
1058
1059 static bool
1060 parse_two_sample_related_test (struct lexer *lexer,
1061                                const struct dictionary *dict,
1062                                struct two_sample_test *test_parameters,
1063                                struct pool *pool)
1064 {
1065   int n = 0;
1066   bool paired = false;
1067   bool with = false;
1068   const struct variable **vlist1;
1069   size_t n_vlist1;
1070
1071   const struct variable **vlist2;
1072   size_t n_vlist2;
1073
1074   test_parameters->parent.insert_variables = two_sample_insert_variables;
1075
1076   if (!parse_variables_const_pool (lexer, pool,
1077                                    dict,
1078                                    &vlist1, &n_vlist1,
1079                                    PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE) )
1080     return false;
1081
1082   if ( lex_match (lexer, T_WITH))
1083     {
1084       with = true;
1085       if ( !parse_variables_const_pool (lexer, pool, dict,
1086                                         &vlist2, &n_vlist2,
1087                                         PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE) )
1088         return false;
1089
1090       paired = (lex_match (lexer, T_LPAREN) &&
1091                 lex_match_id (lexer, "PAIRED") && lex_match (lexer, T_RPAREN));
1092     }
1093
1094
1095   if ( with )
1096     {
1097       if (paired)
1098         {
1099           if ( n_vlist1 != n_vlist2)
1100             msg (SE, _("PAIRED was specified but the number of variables "
1101                        "preceding WITH (%zu) did not match the number "
1102                        "following (%zu)."), n_vlist1, n_vlist2);
1103
1104           test_parameters->n_pairs = n_vlist1 ;
1105         }
1106       else
1107         {
1108           test_parameters->n_pairs = n_vlist1 * n_vlist2;
1109         }
1110     }
1111   else
1112     {
1113       test_parameters->n_pairs = (n_vlist1 * (n_vlist1 - 1)) / 2 ;
1114     }
1115
1116   test_parameters->pairs =
1117     pool_alloc (pool, sizeof ( variable_pair) * test_parameters->n_pairs);
1118
1119   if ( with )
1120     {
1121       if (paired)
1122         {
1123           int i;
1124           assert (n_vlist1 == n_vlist2);
1125           for ( i = 0 ; i < n_vlist1; ++i )
1126             {
1127               test_parameters->pairs[n][0] = vlist1[i];
1128               test_parameters->pairs[n][1] = vlist2[i];
1129               n++;
1130             }
1131         }
1132       else
1133         {
1134           int i,j;
1135           for ( i = 0 ; i < n_vlist1; ++i )
1136             {
1137               for ( j = 0 ; j < n_vlist2; ++j )
1138                 {
1139                   test_parameters->pairs[n][0] = vlist1[i];
1140                   test_parameters->pairs[n][1] = vlist2[j];
1141                   n++;
1142                 }
1143             }
1144         }
1145     }
1146   else
1147     {
1148       int i,j;
1149       for ( i = 0 ; i < n_vlist1 - 1; ++i )
1150         {
1151           for ( j = i + 1 ; j < n_vlist1; ++j )
1152             {
1153               assert ( n < test_parameters->n_pairs);
1154               test_parameters->pairs[n][0] = vlist1[i];
1155               test_parameters->pairs[n][1] = vlist1[j];
1156               n++;
1157             }
1158         }
1159     }
1160
1161   assert ( n == test_parameters->n_pairs);
1162
1163   return true;
1164 }
1165
1166
1167 static bool
1168 parse_n_sample_related_test (struct lexer *lexer,
1169                              const struct dictionary *dict,
1170                              struct n_sample_test *nst,
1171                              struct pool *pool
1172                              )
1173 {
1174   if (!parse_variables_const_pool (lexer, pool,
1175                                    dict,
1176                                    &nst->vars, &nst->n_vars,
1177                                    PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE) )
1178     return false;
1179
1180   if ( ! lex_force_match (lexer, T_BY))
1181     return false;
1182
1183   nst->indep_var = parse_variable_const (lexer, dict);
1184
1185   if ( ! lex_force_match (lexer, T_LPAREN))
1186     return false;
1187
1188   value_init (&nst->val1, var_get_width (nst->indep_var));
1189   if ( ! parse_value (lexer, &nst->val1, nst->indep_var))
1190     {
1191       value_destroy (&nst->val1, var_get_width (nst->indep_var));
1192       return false;
1193     }
1194
1195   lex_match (lexer, T_COMMA);
1196
1197   value_init (&nst->val2, var_get_width (nst->indep_var));
1198   if ( ! parse_value (lexer, &nst->val2, nst->indep_var))
1199     {
1200       value_destroy (&nst->val2, var_get_width (nst->indep_var));
1201       return false;
1202     }
1203
1204   if ( ! lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
1205     return false;
1206
1207   return true;
1208 }
1209
1210 static int
1211 npar_wilcoxon (struct lexer *lexer,
1212                struct dataset *ds,
1213                struct npar_specs *specs )
1214 {
1215   struct two_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1216   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1217   nt->execute = wilcoxon_execute;
1218
1219   if (!parse_two_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1220                                       tp, specs->pool) )
1221     return 0;
1222
1223   specs->n_tests++;
1224   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1225                               specs->test,
1226                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1227   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1228
1229   return 1;
1230 }
1231
1232
1233 static int
1234 npar_mann_whitney (struct lexer *lexer,
1235                struct dataset *ds,
1236                struct npar_specs *specs )
1237 {
1238   struct n_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1239   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1240
1241   nt->insert_variables = n_sample_insert_variables;
1242   nt->execute = mann_whitney_execute;
1243
1244   if (!parse_n_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1245                                     tp, specs->pool) )
1246     return 0;
1247
1248   specs->n_tests++;
1249   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1250                               specs->test,
1251                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1252   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1253
1254   return 1;
1255 }
1256
1257
1258 static int
1259 npar_median (struct lexer *lexer,
1260              struct dataset *ds,
1261              struct npar_specs *specs)
1262 {
1263   struct median_test *mt = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*mt));
1264   struct n_sample_test *tp = &mt->parent;
1265   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1266
1267   mt->median = SYSMIS;
1268
1269   if ( lex_match (lexer, T_LPAREN))
1270     {
1271       lex_force_num (lexer);
1272       mt->median = lex_number (lexer);
1273       lex_get (lexer);
1274       lex_force_match (lexer, T_RPAREN);
1275     }
1276
1277   lex_match (lexer, T_EQUALS);
1278
1279   nt->insert_variables = n_sample_insert_variables;
1280   nt->execute = median_execute;
1281
1282   if (!parse_n_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1283                                     tp, specs->pool) )
1284     return 0;
1285
1286   specs->n_tests++;
1287   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1288                               specs->test,
1289                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1290   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1291
1292   return 1;
1293 }
1294
1295
1296 static int
1297 npar_sign (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
1298            struct npar_specs *specs)
1299 {
1300   struct two_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1301   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1302
1303   nt->execute = sign_execute;
1304
1305   if (!parse_two_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1306                                       tp, specs->pool) )
1307     return 0;
1308
1309   specs->n_tests++;
1310   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1311                               specs->test,
1312                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1313   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1314
1315   return 1;
1316 }
1317
1318
1319 static int
1320 npar_mcnemar (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
1321            struct npar_specs *specs)
1322 {
1323   struct two_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1324   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1325
1326   nt->execute = mcnemar_execute;
1327
1328   if (!parse_two_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1329                                       tp, specs->pool) )
1330     return 0;
1331
1332   specs->n_tests++;
1333   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1334                               specs->test,
1335                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1336   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1337
1338   return 1;
1339 }
1340
1341
1342 static int
1343 npar_jonckheere_terpstra (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
1344                       struct npar_specs *specs)
1345 {
1346   struct n_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1347   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1348
1349   nt->insert_variables = n_sample_insert_variables;
1350
1351   nt->execute = jonckheere_terpstra_execute;
1352
1353   if (!parse_n_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1354                                       tp, specs->pool) )
1355     return 0;
1356
1357   specs->n_tests++;
1358   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1359                               specs->test,
1360                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1361   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1362
1363   return 1;
1364 }
1365
1366 static int
1367 npar_kruskal_wallis (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
1368                       struct npar_specs *specs)
1369 {
1370   struct n_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1371   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1372
1373   nt->insert_variables = n_sample_insert_variables;
1374
1375   nt->execute = kruskal_wallis_execute;
1376
1377   if (!parse_n_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1378                                       tp, specs->pool) )
1379     return 0;
1380
1381   specs->n_tests++;
1382   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1383                               specs->test,
1384                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1385   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1386
1387   return 1;
1388 }
1389
1390 static void
1391 insert_variable_into_map (struct hmapx *var_map, const struct variable *var)
1392 {
1393   size_t hash = hash_pointer (var, 0);
1394   struct hmapx_node *node;
1395   const struct variable *v = NULL;
1396
1397   HMAPX_FOR_EACH_WITH_HASH (v, node, hash, var_map)
1398     {
1399       if ( v == var)
1400         return ;
1401     }
1402
1403   hmapx_insert (var_map, CONST_CAST (struct variable *, var), hash);
1404 }
1405
1406 /* Insert the variables for TEST into VAR_MAP */
1407 static void
1408 one_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
1409                              struct hmapx *var_map)
1410 {
1411   int i;
1412   const struct one_sample_test *ost = UP_CAST (test, const struct one_sample_test, parent);
1413
1414   for ( i = 0 ; i < ost->n_vars ; ++i )
1415     insert_variable_into_map (var_map, ost->vars[i]);
1416 }
1417
1418
1419 static void
1420 two_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
1421                              struct hmapx *var_map)
1422 {
1423   int i;
1424   const struct two_sample_test *tst = UP_CAST (test, const struct two_sample_test, parent);
1425
1426   for ( i = 0 ; i < tst->n_pairs ; ++i )
1427     {
1428       variable_pair *pair = &tst->pairs[i];
1429
1430       insert_variable_into_map (var_map, (*pair)[0]);
1431       insert_variable_into_map (var_map, (*pair)[1]);
1432     }
1433 }
1434
1435 static void
1436 n_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
1437                            struct hmapx *var_map)
1438 {
1439   int i;
1440   const struct n_sample_test *tst = UP_CAST (test, const struct n_sample_test, parent);
1441
1442   for ( i = 0 ; i < tst->n_vars ; ++i )
1443     insert_variable_into_map (var_map, tst->vars[i]);
1444
1445   insert_variable_into_map (var_map, tst->indep_var);
1446 }
1447
1448
1449 static int
1450 npar_method (struct lexer *lexer,  struct npar_specs *specs)
1451 {
1452   if ( lex_match_id (lexer, "EXACT") )
1453     {
1454       specs->exact = true;
1455       specs->timer = 0.0;
1456       if (lex_match_id (lexer, "TIMER"))
1457         {
1458           specs->timer = 5.0;
1459
1460           if ( lex_match (lexer, T_LPAREN))
1461             {
1462               if ( lex_force_num (lexer) )
1463                 {
1464                   specs->timer = lex_number (lexer);
1465                   lex_get (lexer);
1466                 }
1467               lex_force_match (lexer, T_RPAREN);
1468             }
1469         }
1470     }
1471
1472   return 1;
1473 }