pintos-os.org Git - pspp/blob - tests/language/stats/glm.at

   1 dnl PSPP - a program for statistical analysis.
   2 dnl Copyright (C) 2017 Free Software Foundation, Inc.
   3 dnl
   4 dnl This program is free software: you can redistribute it and/or modify
   5 dnl it under the terms of the GNU General Public License as published by
   6 dnl the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
   7 dnl (at your option) any later version.
   8 dnl
   9 dnl This program is distributed in the hope that it will be useful,
  10 dnl but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11 dnl MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  12 dnl GNU General Public License for more details.
  13 dnl
  14 dnl You should have received a copy of the GNU General Public License
  15 dnl along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  16 dnl AT_BANNER([GLM procedure])
  17
  18 AT_SETUP([GLM latin square design])
  19
  20 dnl This example comes from :
  21 dnl  http://ssnds.uwo.ca/statsexamples/spssanova/latinsquareresults.html
  22 AT_DATA([latin.sps], [dnl
  23 set format = F20.3.
  24 data list notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
  25 begin data.
  26 1 1 6  3.5
  27 1 2 2  8.9
  28 1 3 3  9.6
  29 1 4 4 10.5
  30 1 5 5  3.1
  31 1 6 1  5.9
  32 2 1 2  4.2
  33 2 2 6  1.9
  34 2 3 5  3.7
  35 2 4 3 10.2
  36 2 5 1  7.2
  37 2 6 4  7.6
  38 3 1 1  6.7
  39 3 2 4  5.8
  40 3 3 6 -2.7
  41 3 4 2  4.6
  42 3 5 3  4.0
  43 3 6 5 -0.7
  44 4 1 4  6.6
  45 4 2 1  4.5
  46 4 3 2  3.7
  47 4 4 5  3.7
  48 4 5 6 -3.3
  49 4 6 3  3.0
  50 5 1 3  4.1
  51 5 2 5  2.4
  52 5 3 4  6.0
  53 5 4 1  5.1
  54 5 5 2  3.5
  55 5 6 6  4.0
  56 6 1 5  3.8
  57 6 2 3  5.8
  58 6 3 1  7.0
  59 6 4 6  3.8
  60 6 5 4  5.0
  61 6 6 2  8.6
  62 end data.
  63
  64 variable labels a 'Factor A' b 'Factor B' c 'Factor C' y 'Criterion'.
  65
  66 glm y by   b a c
  67   /intercept=include
  68   /criteria=alpha(.05)
  69   /design = a b c
  70   .
  71 ])
  72
  73 AT_CHECK([pspp -O format=csv latin.sps | sed 's/329.62[[678]]/329.62/'], [0],
  74   [dnl
  75 Table: Tests of Between-Subjects Effects
  76 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
  77 Corrected Model,263.064,15,17.538,5.269,.000
  78 Intercept,815.103,1,815.103,244.910,.000
  79 Factor A,78.869,5,15.774,4.739,.005
  80 Factor B,28.599,5,5.720,1.719,.176
  81 Factor C,155.596,5,31.119,9.350,.000
  82 Error,66.563,20,3.328,,
  83 Total,1144.730,36,,,
  84 Corrected Total,329.62,35,,,
  85 ])
  86
  87 AT_CLEANUP
  88
  89 AT_SETUP([GLM 2 by 2 factorial design])
  90
  91 AT_DATA([2by2.sps], [dnl
  92 set format = F20.3.
  93 data list notable  list /Factor0 * Factor1 * points (F10).
  94 begin data.
  95 1       4       332
  96 1       4       380
  97 1       4       371
  98 1       4       366
  99 1       4       354
 100 1       0       259.5
 101 1       0       302.5
 102 1       0       296
 103 1       0       349
 104 1       0       309
 105 2       4       354.67
 106 2       4       353.5
 107 2       4       304
 108 2       4       365
 109 2       4       339
 110 2       0       306
 111 2       0       339
 112 2       0       353
 113 2       0       351
 114 2       0       333
 115 end data.
 116
 117 glm points by Factor0 Factor1
 118   /intercept=include
 119   /criteria=alpha(.05)
 120   .
 121 ])
 122
 123
 124 AT_CHECK([pspp -O format=csv 2by2.sps ], [0],
 125   [dnl
 126 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 127 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 128 Corrected Model,8667.053,3,2889.018,5.043,.012
 129 Intercept,2256018.640,1,2256018.640,3937.693,.000
 130 Factor0,313.394,1,313.394,.547,.470
 131 Factor1,5157.508,1,5157.508,9.002,.008
 132 Factor0 * Factor1,3196.150,1,3196.150,5.579,.031
 133 Error,9166.865,16,572.929,,
 134 Total,2273852.559,20,,,
 135 Corrected Total,17833.918,19,,,
 136 ])
 137
 138 AT_CLEANUP
 139
 140
 141 AT_SETUP([GLM Type I and II Sums of Squares])
 142
 143 dnl  The following example comes from
 144 dnl  http://www.uvm.edu/~dhowell/StatPages/More_Stuff/Type1-3.pdf
 145 AT_DATA([data-inc.sps], [dnl
 146 set decimal = dot.
 147 set format=F20.3.
 148 data list notable list /dv * Agrp * B0 * B1 * B2 * i0 * i1 * i2 * sss *.
 149 begin data.
 150 5   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 151 7   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 152 9   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 153 8   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 154 2   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 155 5   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 156 7   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 157 3   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 158 9   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 159 8   1  0  0  1  0  0  1 1.00
 160 11  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 161 12  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 162 14  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 163 11  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 164 15  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 165 16  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 166 10  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 167 9   1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 168 7  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 169 9  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 170 10 -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 171 9  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 172 3  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 173 8  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 174 9  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 175 11 -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 176 9  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 177 12 -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 178 14 -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 179 8  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 180 7  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 181 11 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 182 14 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 183 10 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 184 12 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 185 13 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 186 11 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 187 12 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 188 end data.
 189
 190 do if B0 = -1 AND B1 = -1 AND B2 = -1.
 191 compute Bgrp = 4.
 192 end if.
 193
 194 do if B0 = 0 AND B1 = 0 AND B2 = 1.
 195 compute Bgrp = 3.
 196 end if.
 197
 198 do if B0 = 0 AND B1 = 1 AND B2 = 0.
 199 compute Bgrp = 2.
 200 end if.
 201
 202 do if B0 = 1 AND B1 = 0 AND B2 = 0.
 203 compute Bgrp = 1.
 204 end if.
 205 ])
 206
 207 AT_DATA([type1.sps], [dnl
 208 include 'data-inc.sps'.
 209
 210 glm dv by Agrp Bgrp
 211         /method = sstype (1)
 212         .
 213
 214 glm dv by Agrp Bgrp
 215         /method = sstype (1)
 216         /design Bgrp Agrp Bgrp * Agrp
 217         .
 218 ])
 219
 220
 221 AT_CHECK([pspp -O format=csv type1.sps], [0],
 222   [dnl
 223 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 224 Source,Type I Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 225 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 226 Intercept,,,,,
 227 Agrp,9.579,1,9.579,1.566,.220
 228 Bgrp,186.225,3,62.075,10.151,.000
 229 Agrp * Bgrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 230 Error,183.457,30,6.115,,
 231 Total,3810.000,38,,,
 232 Corrected Total,399.474,37,,,
 233
 234 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 235 Source,Type I Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 236 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 237 Intercept,,,,,
 238 Bgrp,193.251,3,64.417,10.534,.000
 239 Agrp,2.553,1,2.553,.418,.523
 240 Bgrp * Agrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 241 Error,183.457,30,6.115,,
 242 Total,3810.000,38,,,
 243 Corrected Total,399.474,37,,,
 244 ])
 245
 246
 247 AT_DATA([type2.sps], [dnl
 248 include 'data-inc.sps'.
 249
 250 glm dv by Agrp Bgrp
 251         /method = sstype (2)
 252         .
 253 ])
 254
 255
 256 AT_CHECK([pspp -O format=csv type2.sps], [0],
 257   [dnl
 258 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 259 Source,Type II Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 260 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 261 Intercept,,,,,
 262 Agrp,2.553,1,2.553,.418,.523
 263 Bgrp,186.225,3,62.075,10.151,.000
 264 Agrp * Bgrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 265 Error,183.457,30,6.115,,
 266 Total,3810.000,38,,,
 267 Corrected Total,399.474,37,,,
 268 ])
 269
 270 AT_CLEANUP
 271
 272
 273
 274 AT_SETUP([GLM excluded intercept])
 275
 276 dnl  The following example comes from
 277 dnl
 278 dnl Rudolf N. Cardinal
 279 dnl Graduate-level statistics for psychology and neuroscience
 280 dnl ANOVA in practice, and complex ANOVA designs
 281 dnl Version of 2 May 2004
 282 dnl
 283 dnl Downloaded from: http://egret.psychol.cam.ac.uk/psychology/graduate/Guide_to_ANOVA.pdf
 284
 285 AT_DATA([intercept-exclude.sps], [dnl
 286 set format = F20.3.
 287
 288 data list notable list /depvar * A *.
 289 begin data.
 290 10     1
 291 14     1
 292 8      1
 293 7      1
 294 2      1
 295 10     1
 296 1      1
 297 3      1
 298 2      1
 299 8.5    1
 300 14.29  2
 301 18.49  2
 302 12.46  2
 303 11.63  2
 304 6.66   2
 305 14.02  2
 306 5.66   2
 307 7.06   2
 308 6.37   2
 309 13.26  2
 310 end data.
 311
 312 GLM depvar by A
 313    /intercept = exclude
 314   .
 315
 316
 317 GLM depvar by A
 318    /intercept = include
 319   .
 320
 321 ])
 322
 323 AT_CHECK([pspp -O format=csv intercept-exclude.sps], [0],
 324   [dnl
 325 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 326 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 327 Model,1636.826,2,818.413,43.556,.000
 328 A,1636.826,2,818.413,43.556,.000
 329 Error,338.216,18,18.790,,
 330 Total,1975.042,20,,,
 331
 332 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 333 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 334 Corrected Model,98.568,1,98.568,5.246,.034
 335 Intercept,1538.258,1,1538.258,81.867,.000
 336 A,98.568,1,98.568,5.246,.034
 337 Error,338.216,18,18.790,,
 338 Total,1975.042,20,,,
 339 Corrected Total,436.784,19,,,
 340 ])
 341
 342 AT_CLEANUP
 343
 344
 345 AT_SETUP([GLM missing values])
 346
 347 AT_DATA([glm.data], [dnl
 348 1 1 6  3.5
 349 1 2 2  8.9
 350 1 3 3  9.6
 351 1 4 4 10.5
 352 1 5 5  3.1
 353 1 6 1  5.9
 354 2 1 2  4.2
 355 2 2 6  1.9
 356 2 3 5  3.7
 357 2 4 3 10.2
 358 2 5 1  7.2
 359 2 6 4  7.6
 360 3 1 1  6.7
 361 3 2 4  5.8
 362 3 3 6 -2.7
 363 3 4 2  4.6
 364 3 5 3  4.0
 365 3 6 5 -0.7
 366 4 1 4  6.6
 367 4 2 1  4.5
 368 4 3 2  3.7
 369 4 4 5  3.7
 370 4 5 6 -3.3
 371 4 6 3  3.0
 372 5 1 3  4.1
 373 5 2 5  2.4
 374 5 3 4  6.0
 375 5 4 1  5.1
 376 5 5 2  3.5
 377 5 6 6  4.0
 378 6 1 5  3.8
 379 6 2 3  5.8
 380 6 3 1  7.0
 381 6 4 6  3.8
 382 6 5 4  5.0
 383 6 6 2  8.6
 384 ])
 385
 386 AT_DATA([glm-miss.sps], [dnl
 387 set format = F20.3.
 388 data list file='glm.data' notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 389
 390 do if a=6.
 391 recode y (else=SYSMIS).
 392 end if.
 393
 394 glm y by   b a c
 395   /criteria=alpha(.05)
 396   /design = a b c
 397   .
 398 ])
 399
 400 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss.sps], [0],  [dnl
 401 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 402 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 403 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 404 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 405 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 406 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 407 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 408 Error,54.253,15,3.617,,
 409 Total,934.250,30,,,
 410 Corrected Total,305.874,29,,,
 411 ])
 412
 413
 414
 415 AT_DATA([glm-miss2.sps], [dnl
 416 set format = F20.3.
 417 data list file='glm.data' notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 418
 419 select if a <> 6.
 420
 421 glm y by   b a c
 422   /criteria=alpha(.05)
 423   /design = a b c
 424   .
 425 ])
 426
 427 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss2.sps], [0],  [dnl
 428 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 429 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 430 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 431 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 432 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 433 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 434 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 435 Error,54.253,15,3.617,,
 436 Total,934.250,30,,,
 437 Corrected Total,305.874,29,,,
 438 ])
 439
 440
 441 dnl Now for some missing values in the factor variables.
 442
 443 AT_DATA([glm-miss3.sps], [dnl
 444 set format = F20.3.
 445 data list file=glm.data notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 446
 447 do if a=6.
 448 recode a (else=SYSMIS).
 449 end if.
 450
 451 glm y by   b a c
 452   /criteria=alpha(.05)
 453   /design = a b c
 454   .
 455 ])
 456
 457 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss3.sps], [0],  [dnl
 458 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 459 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 460 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 461 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 462 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 463 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 464 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 465 Error,54.253,15,3.617,,
 466 Total,934.250,30,,,
 467 Corrected Total,305.874,29,,,
 468 ])
 469
 470 AT_CLEANUP
 471