pintos-os.org Git - pspp/blob - tests/language/stats/glm.at

   1 dnl PSPP - a program for statistical analysis.
   2 dnl Copyright (C) 2017 Free Software Foundation, Inc.
   3 dnl
   4 dnl This program is free software: you can redistribute it and/or modify
   5 dnl it under the terms of the GNU General Public License as published by
   6 dnl the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
   7 dnl (at your option) any later version.
   8 dnl
   9 dnl This program is distributed in the hope that it will be useful,
  10 dnl but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11 dnl MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  12 dnl GNU General Public License for more details.
  13 dnl
  14 dnl You should have received a copy of the GNU General Public License
  15 dnl along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  16 dnl
  17 AT_BANNER([GLM procedure])
  18
  19 AT_SETUP([GLM latin square design])
  20 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
  21
  22 dnl This example comes from :
  23 dnl  http://ssnds.uwo.ca/statsexamples/spssanova/latinsquareresults.html
  24 AT_DATA([latin.sps], [dnl
  25 set format = F20.3.
  26 data list notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
  27 begin data.
  28 1 1 6  3.5
  29 1 2 2  8.9
  30 1 3 3  9.6
  31 1 4 4 10.5
  32 1 5 5  3.1
  33 1 6 1  5.9
  34 2 1 2  4.2
  35 2 2 6  1.9
  36 2 3 5  3.7
  37 2 4 3 10.2
  38 2 5 1  7.2
  39 2 6 4  7.6
  40 3 1 1  6.7
  41 3 2 4  5.8
  42 3 3 6 -2.7
  43 3 4 2  4.6
  44 3 5 3  4.0
  45 3 6 5 -0.7
  46 4 1 4  6.6
  47 4 2 1  4.5
  48 4 3 2  3.7
  49 4 4 5  3.7
  50 4 5 6 -3.3
  51 4 6 3  3.0
  52 5 1 3  4.1
  53 5 2 5  2.4
  54 5 3 4  6.0
  55 5 4 1  5.1
  56 5 5 2  3.5
  57 5 6 6  4.0
  58 6 1 5  3.8
  59 6 2 3  5.8
  60 6 3 1  7.0
  61 6 4 6  3.8
  62 6 5 4  5.0
  63 6 6 2  8.6
  64 end data.
  65
  66 variable labels a 'Factor A' b 'Factor B' c 'Factor C' y 'Criterion'.
  67
  68 glm y by   b a c
  69   /intercept=include
  70   /criteria=alpha(.05)
  71   /design = a b c
  72   .
  73 ])
  74
  75 AT_CHECK([pspp -O format=csv latin.sps | sed 's/329.62[[678]]/329.62/'], [0],
  76   [dnl
  77 Table: Tests of Between-Subjects Effects
  78 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
  79 Corrected Model,263.064,15,17.538,5.269,.000
  80 Intercept,815.103,1,815.103,244.910,.000
  81 Factor A,78.869,5,15.774,4.739,.005
  82 Factor B,28.599,5,5.720,1.719,.176
  83 Factor C,155.596,5,31.119,9.350,.000
  84 Error,66.563,20,3.328,,
  85 Total,1144.730,36,,,
  86 Corrected Total,329.62,35,,,
  87 ])
  88
  89 AT_CLEANUP
  90
  91 AT_SETUP([GLM 2 by 2 factorial design])
  92 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
  93
  94 AT_DATA([2by2.sps], [dnl
  95 set format = F20.3.
  96 data list notable  list /Factor0 * Factor1 * points (F10).
  97 begin data.
  98 1       4       332
  99 1       4       380
 100 1       4       371
 101 1       4       366
 102 1       4       354
 103 1       0       259.5
 104 1       0       302.5
 105 1       0       296
 106 1       0       349
 107 1       0       309
 108 2       4       354.67
 109 2       4       353.5
 110 2       4       304
 111 2       4       365
 112 2       4       339
 113 2       0       306
 114 2       0       339
 115 2       0       353
 116 2       0       351
 117 2       0       333
 118 end data.
 119
 120 glm points by Factor0 Factor1
 121   /intercept=include
 122   /criteria=alpha(.05)
 123   .
 124 ])
 125
 126
 127 AT_CHECK([pspp -O format=csv 2by2.sps ], [0],
 128   [dnl
 129 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 130 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 131 Corrected Model,8667.053,3,2889.018,5.043,.012
 132 Intercept,2256018.640,1,2256018.640,3937.693,.000
 133 Factor0,313.394,1,313.394,.547,.470
 134 Factor1,5157.508,1,5157.508,9.002,.008
 135 Factor0 * Factor1,3196.150,1,3196.150,5.579,.031
 136 Error,9166.865,16,572.929,,
 137 Total,2273852.559,20,,,
 138 Corrected Total,17833.918,19,,,
 139 ])
 140
 141 AT_CLEANUP
 142
 143
 144 AT_SETUP([GLM Type I and II Sums of Squares])
 145 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
 146
 147 dnl  The following example comes from
 148 dnl  http://www.uvm.edu/~dhowell/StatPages/More_Stuff/Type1-3.pdf
 149 AT_DATA([data-inc.sps], [dnl
 150 set decimal = dot.
 151 set format=F20.3.
 152 data list notable list /dv * Agrp * B0 * B1 * B2 * i0 * i1 * i2 * sss *.
 153 begin data.
 154 5   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 155 7   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 156 9   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 157 8   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 158 2   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 159 5   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 160 7   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 161 3   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 162 9   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 163 8   1  0  0  1  0  0  1 1.00
 164 11  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 165 12  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 166 14  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 167 11  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 168 15  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 169 16  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 170 10  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 171 9   1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 172 7  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 173 9  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 174 10 -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 175 9  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 176 3  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 177 8  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 178 9  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 179 11 -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 180 9  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 181 12 -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 182 14 -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 183 8  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 184 7  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 185 11 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 186 14 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 187 10 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 188 12 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 189 13 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 190 11 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 191 12 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 192 end data.
 193
 194 do if B0 = -1 AND B1 = -1 AND B2 = -1.
 195 compute Bgrp = 4.
 196 end if.
 197
 198 do if B0 = 0 AND B1 = 0 AND B2 = 1.
 199 compute Bgrp = 3.
 200 end if.
 201
 202 do if B0 = 0 AND B1 = 1 AND B2 = 0.
 203 compute Bgrp = 2.
 204 end if.
 205
 206 do if B0 = 1 AND B1 = 0 AND B2 = 0.
 207 compute Bgrp = 1.
 208 end if.
 209 ])
 210
 211 AT_DATA([type1.sps], [dnl
 212 include 'data-inc.sps'.
 213
 214 glm dv by Agrp Bgrp
 215         /method = sstype (1)
 216         .
 217
 218 glm dv by Agrp Bgrp
 219         /method = sstype (1)
 220         /design Bgrp Agrp Bgrp * Agrp
 221         .
 222 ])
 223
 224
 225 AT_CHECK([pspp -O format=csv type1.sps], [0],
 226   [dnl
 227 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 228 Source,Type I Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 229 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 230 Intercept,,,,,
 231 Agrp,9.579,1,9.579,1.566,.220
 232 Bgrp,186.225,3,62.075,10.151,.000
 233 Agrp * Bgrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 234 Error,183.457,30,6.115,,
 235 Total,3810.000,38,,,
 236 Corrected Total,399.474,37,,,
 237
 238 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 239 Source,Type I Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 240 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 241 Intercept,,,,,
 242 Bgrp,193.251,3,64.417,10.534,.000
 243 Agrp,2.553,1,2.553,.418,.523
 244 Bgrp * Agrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 245 Error,183.457,30,6.115,,
 246 Total,3810.000,38,,,
 247 Corrected Total,399.474,37,,,
 248 ])
 249
 250
 251 AT_DATA([type2.sps], [dnl
 252 include 'data-inc.sps'.
 253
 254 glm dv by Agrp Bgrp
 255         /method = sstype (2)
 256         .
 257 ])
 258
 259
 260 AT_CHECK([pspp -O format=csv type2.sps], [0],
 261   [dnl
 262 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 263 Source,Type II Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 264 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 265 Intercept,,,,,
 266 Agrp,2.553,1,2.553,.418,.523
 267 Bgrp,186.225,3,62.075,10.151,.000
 268 Agrp * Bgrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 269 Error,183.457,30,6.115,,
 270 Total,3810.000,38,,,
 271 Corrected Total,399.474,37,,,
 272 ])
 273
 274 AT_CLEANUP
 275
 276
 277
 278 AT_SETUP([GLM excluded intercept])
 279 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
 280
 281 dnl  The following example comes from
 282 dnl
 283 dnl Rudolf N. Cardinal
 284 dnl Graduate-level statistics for psychology and neuroscience
 285 dnl ANOVA in practice, and complex ANOVA designs
 286 dnl Version of 2 May 2004
 287 dnl
 288 dnl Downloaded from: http://egret.psychol.cam.ac.uk/psychology/graduate/Guide_to_ANOVA.pdf
 289
 290 AT_DATA([intercept-exclude.sps], [dnl
 291 set format = F20.3.
 292
 293 data list notable list /depvar * A *.
 294 begin data.
 295 10     1
 296 14     1
 297 8      1
 298 7      1
 299 2      1
 300 10     1
 301 1      1
 302 3      1
 303 2      1
 304 8.5    1
 305 14.29  2
 306 18.49  2
 307 12.46  2
 308 11.63  2
 309 6.66   2
 310 14.02  2
 311 5.66   2
 312 7.06   2
 313 6.37   2
 314 13.26  2
 315 end data.
 316
 317 GLM depvar by A
 318    /intercept = exclude
 319   .
 320
 321
 322 GLM depvar by A
 323    /intercept = include
 324   .
 325
 326 ])
 327
 328 AT_CHECK([pspp -O format=csv intercept-exclude.sps], [0],
 329   [dnl
 330 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 331 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 332 Model,1636.826,2,818.413,43.556,.000
 333 A,1636.826,2,818.413,43.556,.000
 334 Error,338.216,18,18.790,,
 335 Total,1975.042,20,,,
 336
 337 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 338 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 339 Corrected Model,98.568,1,98.568,5.246,.034
 340 Intercept,1538.258,1,1538.258,81.867,.000
 341 A,98.568,1,98.568,5.246,.034
 342 Error,338.216,18,18.790,,
 343 Total,1975.042,20,,,
 344 Corrected Total,436.784,19,,,
 345 ])
 346
 347 AT_CLEANUP
 348
 349
 350 AT_SETUP([GLM missing values])
 351 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
 352
 353 AT_DATA([glm.data], [dnl
 354 1 1 6  3.5
 355 1 2 2  8.9
 356 1 3 3  9.6
 357 1 4 4 10.5
 358 1 5 5  3.1
 359 1 6 1  5.9
 360 2 1 2  4.2
 361 2 2 6  1.9
 362 2 3 5  3.7
 363 2 4 3 10.2
 364 2 5 1  7.2
 365 2 6 4  7.6
 366 3 1 1  6.7
 367 3 2 4  5.8
 368 3 3 6 -2.7
 369 3 4 2  4.6
 370 3 5 3  4.0
 371 3 6 5 -0.7
 372 4 1 4  6.6
 373 4 2 1  4.5
 374 4 3 2  3.7
 375 4 4 5  3.7
 376 4 5 6 -3.3
 377 4 6 3  3.0
 378 5 1 3  4.1
 379 5 2 5  2.4
 380 5 3 4  6.0
 381 5 4 1  5.1
 382 5 5 2  3.5
 383 5 6 6  4.0
 384 6 1 5  3.8
 385 6 2 3  5.8
 386 6 3 1  7.0
 387 6 4 6  3.8
 388 6 5 4  5.0
 389 6 6 2  8.6
 390 ])
 391
 392 AT_DATA([glm-miss.sps], [dnl
 393 set format = F20.3.
 394 data list file='glm.data' notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 395
 396 do if a=6.
 397 recode y (else=SYSMIS).
 398 end if.
 399
 400 glm y by   b a c
 401   /criteria=alpha(.05)
 402   /design = a b c
 403   .
 404 ])
 405
 406 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss.sps], [0],  [dnl
 407 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 408 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 409 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 410 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 411 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 412 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 413 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 414 Error,54.253,15,3.617,,
 415 Total,934.250,30,,,
 416 Corrected Total,305.874,29,,,
 417 ])
 418
 419
 420
 421 AT_DATA([glm-miss2.sps], [dnl
 422 set format = F20.3.
 423 data list file='glm.data' notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 424
 425 select if a <> 6.
 426
 427 glm y by   b a c
 428   /criteria=alpha(.05)
 429   /design = a b c
 430   .
 431 ])
 432
 433 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss2.sps], [0],  [dnl
 434 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 435 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 436 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 437 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 438 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 439 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 440 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 441 Error,54.253,15,3.617,,
 442 Total,934.250,30,,,
 443 Corrected Total,305.874,29,,,
 444 ])
 445
 446
 447 dnl Now for some missing values in the factor variables.
 448
 449 AT_DATA([glm-miss3.sps], [dnl
 450 set format = F20.3.
 451 data list file=glm.data notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 452
 453 do if a=6.
 454 recode a (else=SYSMIS).
 455 end if.
 456
 457 glm y by   b a c
 458   /criteria=alpha(.05)
 459   /design = a b c
 460   .
 461 ])
 462
 463 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss3.sps], [0],  [dnl
 464 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 465 Source,Type III Sum of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 466 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 467 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 468 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 469 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 470 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 471 Error,54.253,15,3.617,,
 472 Total,934.250,30,,,
 473 Corrected Total,305.874,29,,,
 474 ])
 475
 476 AT_CLEANUP
 477