a9adb2afc6462a1c272bc33352ebff9b6f43999e
[pspp] / doc / statistics.texi
1 @node Statistics
2 @chapter Statistics
3
4 This chapter documents the statistical procedures that @pspp{} supports so
5 far.
6
7 @menu
8 * DESCRIPTIVES::                Descriptive statistics.
9 * FREQUENCIES::                 Frequency tables.
10 * EXAMINE::                     Testing data for normality.
11 * GRAPH::                       Plot data.
12 * CORRELATIONS::                Correlation tables.
13 * CROSSTABS::                   Crosstabulation tables.
14 * FACTOR::                      Factor analysis and Principal Components analysis.
15 * LOGISTIC REGRESSION::         Bivariate Logistic Regression.
16 * MEANS::                       Average values and other statistics.
17 * NPAR TESTS::                  Nonparametric tests.
18 * T-TEST::                      Test hypotheses about means.
19 * ONEWAY::                      One way analysis of variance.
20 * QUICK CLUSTER::               K-Means clustering.
21 * RANK::                        Compute rank scores.
22 * REGRESSION::                  Linear regression.
23 * RELIABILITY::                 Reliability analysis.
24 * ROC::                         Receiver Operating Characteristic.
25 @end menu
26
27 @node DESCRIPTIVES
28 @section DESCRIPTIVES
29
30 @vindex DESCRIPTIVES
31 @display
32 DESCRIPTIVES
33         /VARIABLES=@var{var_list}
34         /MISSING=@{VARIABLE,LISTWISE@} @{INCLUDE,NOINCLUDE@}
35         /FORMAT=@{LABELS,NOLABELS@} @{NOINDEX,INDEX@} @{LINE,SERIAL@}
36         /SAVE
37         /STATISTICS=@{ALL,MEAN,SEMEAN,STDDEV,VARIANCE,KURTOSIS,
38                      SKEWNESS,RANGE,MINIMUM,MAXIMUM,SUM,DEFAULT,
39                      SESKEWNESS,SEKURTOSIS@}
40         /SORT=@{NONE,MEAN,SEMEAN,STDDEV,VARIANCE,KURTOSIS,SKEWNESS,
41                RANGE,MINIMUM,MAXIMUM,SUM,SESKEWNESS,SEKURTOSIS,NAME@}
42               @{A,D@}
43 @end display
44
45 The @cmd{DESCRIPTIVES} procedure reads the active dataset and outputs
46 descriptive
47 statistics requested by the user.  In addition, it can optionally
48 compute Z-scores.
49
50 The @subcmd{VARIABLES} subcommand, which is required, specifies the list of
51 variables to be analyzed.  Keyword @subcmd{VARIABLES} is optional.
52
53 All other subcommands are optional:
54
55 The @subcmd{MISSING} subcommand determines the handling of missing variables.  If
56 @subcmd{INCLUDE} is set, then user-missing values are included in the
57 calculations.  If @subcmd{NOINCLUDE} is set, which is the default, user-missing
58 values are excluded.  If @subcmd{VARIABLE} is set, then missing values are
59 excluded on a variable by variable basis; if @subcmd{LISTWISE} is set, then
60 the entire case is excluded whenever any value in that case has a
61 system-missing or, if @subcmd{INCLUDE} is set, user-missing value.
62
63 The @subcmd{FORMAT} subcommand affects the output format.  Currently the
64 @subcmd{LABELS/NOLABELS} and @subcmd{NOINDEX/INDEX} settings are not used.
65 When @subcmd{SERIAL} is
66 set, both valid and missing number of cases are listed in the output;
67 when @subcmd{NOSERIAL} is set, only valid cases are listed.
68
69 The @subcmd{SAVE} subcommand causes @cmd{DESCRIPTIVES} to calculate Z scores for all
70 the specified variables.  The Z scores are saved to new variables.
71 Variable names are generated by trying first the original variable name
72 with Z prepended and truncated to a maximum of 8 characters, then the
73 names ZSC000 through ZSC999, STDZ00 through STDZ09, ZZZZ00 through
74 ZZZZ09, ZQZQ00 through ZQZQ09, in that sequence.  In addition, Z score
75 variable names can be specified explicitly on @subcmd{VARIABLES} in the variable
76 list by enclosing them in parentheses after each variable.
77 When Z scores are calculated, @pspp{} ignores @cmd{TEMPORARY},
78 treating temporary transformations as permanent.
79
80 The @subcmd{STATISTICS} subcommand specifies the statistics to be displayed:
81
82 @table @code
83 @item @subcmd{ALL}
84 All of the statistics below.
85 @item @subcmd{MEAN}
86 Arithmetic mean.
87 @item @subcmd{SEMEAN}
88 Standard error of the mean.
89 @item @subcmd{STDDEV}
90 Standard deviation.
91 @item @subcmd{VARIANCE}
92 Variance.
93 @item @subcmd{KURTOSIS}
94 Kurtosis and standard error of the kurtosis.
95 @item @subcmd{SKEWNESS}
96 Skewness and standard error of the skewness.
97 @item @subcmd{RANGE}
98 Range.
99 @item MINIMUM
100 Minimum value.
101 @item MAXIMUM
102 Maximum value.
103 @item SUM
104 Sum.
105 @item DEFAULT
106 Mean, standard deviation of the mean, minimum, maximum.
107 @item SEKURTOSIS
108 Standard error of the kurtosis.
109 @item SESKEWNESS
110 Standard error of the skewness.
111 @end table
112
113 The @subcmd{SORT} subcommand specifies how the statistics should be sorted.  Most
114 of the possible values should be self-explanatory.  @subcmd{NAME} causes the
115 statistics to be sorted by name.  By default, the statistics are listed
116 in the order that they are specified on the @subcmd{VARIABLES} subcommand.
117 The @subcmd{A} and @subcmd{D} settings request an ascending or descending
118 sort order, respectively.
119
120 @node FREQUENCIES
121 @section FREQUENCIES
122
123 @vindex FREQUENCIES
124 @display
125 FREQUENCIES
126         /VARIABLES=@var{var_list}
127         /FORMAT=@{TABLE,NOTABLE,LIMIT(@var{limit})@}
128                 @{AVALUE,DVALUE,AFREQ,DFREQ@}
129         /MISSING=@{EXCLUDE,INCLUDE@}
130         /STATISTICS=@{DEFAULT,MEAN,SEMEAN,MEDIAN,MODE,STDDEV,VARIANCE,
131                      KURTOSIS,SKEWNESS,RANGE,MINIMUM,MAXIMUM,SUM,
132                      SESKEWNESS,SEKURTOSIS,ALL,NONE@}
133         /NTILES=@var{ntiles}
134         /PERCENTILES=percent@dots{}
135         /HISTOGRAM=[MINIMUM(@var{x_min})] [MAXIMUM(@var{x_max})] 
136                    [@{FREQ[(@var{y_max})],PERCENT[(@var{y_max})]@}] [@{NONORMAL,NORMAL@}]
137         /PIECHART=[MINIMUM(@var{x_min})] [MAXIMUM(@var{x_max})]
138                   [@{FREQ,PERCENT@}] [@{NOMISSING,MISSING@}]
139         /BARCHART=[MINIMUM(@var{x_min})] [MAXIMUM(@var{x_max})]
140                   [@{FREQ,PERCENT@}]
141         /ORDER=@{ANALYSIS,VARIABLE@}
142
143
144 (These options are not currently implemented.)
145         /HBAR=@dots{}
146         /GROUPED=@dots{}
147 @end display
148
149 The @cmd{FREQUENCIES} procedure outputs frequency tables for specified
150 variables.
151 @cmd{FREQUENCIES} can also calculate and display descriptive statistics
152 (including median and mode) and percentiles, and various graphical representations
153 of the frequency distribution.
154
155 The @subcmd{VARIABLES} subcommand is the only required subcommand.  Specify the
156 variables to be analyzed.
157
158 The @subcmd{FORMAT} subcommand controls the output format.  It has several
159 possible settings:  
160
161 @itemize @subcmd{}
162 @item
163 @subcmd{TABLE}, the default, causes a frequency table to be output for every
164 variable specified.  @subcmd{NOTABLE} prevents them from being output.  @subcmd{LIMIT}
165 with a numeric argument causes them to be output except when there are
166 more than the specified number of values in the table.
167
168 @item
169 Normally frequency tables are sorted in ascending order by value.  This
170 is @subcmd{AVALUE}.  @subcmd{DVALUE} tables are sorted in descending order by value.
171 @subcmd{AFREQ} and @subcmd{DFREQ} tables are sorted in ascending and descending order,
172 respectively, by frequency count.
173 @end itemize
174
175 The @subcmd{MISSING} subcommand controls the handling of user-missing values.
176 When @subcmd{EXCLUDE}, the default, is set, user-missing values are not included
177 in frequency tables or statistics.  When @subcmd{INCLUDE} is set, user-missing
178 are included.  System-missing values are never included in statistics,
179 but are listed in frequency tables.
180
181 The available @subcmd{STATISTICS} are the same as available 
182 in @cmd{DESCRIPTIVES} (@pxref{DESCRIPTIVES}), with the addition 
183 of @subcmd{MEDIAN}, the data's median
184 value, and MODE, the mode.  (If there are multiple modes, the smallest
185 value is reported.)  By default, the mean, standard deviation of the
186 mean, minimum, and maximum are reported for each variable.
187
188 @cindex percentiles
189 @subcmd{PERCENTILES} causes the specified percentiles to be reported.
190 The percentiles should  be presented at a list of numbers between 0
191 and 100 inclusive.  
192 The @subcmd{NTILES} subcommand causes the percentiles to be reported at the
193 boundaries of the data set divided into the specified number of ranges.
194 For instance, @subcmd{/NTILES=4} would cause quartiles to be reported.
195
196 @cindex histogram
197 The @subcmd{HISTOGRAM} subcommand causes the output to include a histogram for
198 each specified numeric variable.  The X axis by default ranges from
199 the minimum to the maximum value observed in the data, but the @subcmd{MINIMUM}
200 and @subcmd{MAXIMUM} keywords can set an explicit range. 
201 @footnote{The number of
202 bins is chosen according to the Freedman-Diaconis rule:
203 @math{2 \times IQR(x)n^{-1/3}}, where @math{IQR(x)} is the interquartile range of @math{x}
204 and @math{n} is the number of samples.    Note that
205 @cmd{EXAMINE} uses a different algorithm to determine bin sizes.}
206 Histograms are not created for string variables.
207
208 Specify @subcmd{NORMAL} to superimpose a normal curve on the
209 histogram.
210
211 @cindex piechart
212 The @subcmd{PIECHART} subcommand adds a pie chart for each variable to the data.  Each
213 slice represents one value, with the size of the slice proportional to
214 the value's frequency.  By default, all non-missing values are given
215 slices.  
216 The @subcmd{MINIMUM} and @subcmd{MAXIMUM} keywords can be used to limit the
217 displayed slices to a given range of values.  
218 The keyword @subcmd{NOMISSING} causes missing values to be omitted from the
219 piechart.  This is the default.
220 If instead, @subcmd{MISSING} is specified, then a single slice
221 will be included representing all system missing and user-missing cases.
222
223 @cindex bar chart
224 The @subcmd{BARCHART} subcommand produces a bar chart for each variable.
225 The @subcmd{MINIMUM} and @subcmd{MAXIMUM} keywords can be used to omit
226 categories whose counts which lie outside the specified limits.
227 The @subcmd{FREQ} option (default) causes the ordinate to display the frequency
228 of each category, whereas the @subcmd{PERCENT} option will display relative
229 percentages.
230
231 The @subcmd{FREQ} and @subcmd{PERCENT} options on @subcmd{HISTOGRAM} and 
232 @subcmd{PIECHART} are accepted but not currently honoured.
233
234 The @subcmd{ORDER} subcommand is accepted but ignored.
235
236 @node EXAMINE
237 @section EXAMINE
238
239 @vindex EXAMINE
240 @cindex Exploratory data analysis
241 @cindex normality, testing
242
243 @display
244 EXAMINE
245         VARIABLES= @var{var1} [@var{var2}] @dots{} [@var{varN}]
246            [BY @var{factor1} [BY @var{subfactor1}]
247              [ @var{factor2} [BY @var{subfactor2}]]
248              @dots{}
249              [ @var{factor3} [BY @var{subfactor3}]]
250             ]
251         /STATISTICS=@{DESCRIPTIVES, EXTREME[(@var{n})], ALL, NONE@}
252         /PLOT=@{BOXPLOT, NPPLOT, HISTOGRAM, SPREADLEVEL[(@var{t})], ALL, NONE@}
253         /CINTERVAL @var{p}
254         /COMPARE=@{GROUPS,VARIABLES@}
255         /ID=@var{identity_variable}
256         /@{TOTAL,NOTOTAL@}
257         /PERCENTILE=[@var{percentiles}]=@{HAVERAGE, WAVERAGE, ROUND, AEMPIRICAL, EMPIRICAL @}
258         /MISSING=@{LISTWISE, PAIRWISE@} [@{EXCLUDE, INCLUDE@}] 
259                 [@{NOREPORT,REPORT@}]
260
261 @end display
262
263 The @cmd{EXAMINE} command is used to perform exploratory data analysis.
264 In particular, it is useful for testing how closely a distribution follows a
265 normal distribution, and for finding outliers and extreme values.
266
267 The @subcmd{VARIABLES} subcommand is mandatory.  
268 It specifies the dependent variables and optionally variables to use as
269 factors for the analysis.
270 Variables listed before the first @subcmd{BY} keyword (if any) are the 
271 dependent variables.
272 The dependent variables may optionally be followed by a list of
273 factors which tell @pspp{} how to break down the analysis for each
274 dependent variable. 
275
276 Following the dependent variables, factors may be specified.
277 The factors (if desired) should be preceded by a single @subcmd{BY} keyword.
278 The format for each factor is 
279 @display
280 @var{factorvar} [BY @var{subfactorvar}].
281 @end display
282 Each unique combination of the values of  @var{factorvar} and
283 @var{subfactorvar} divide the dataset into @dfn{cells}.
284 Statistics will be calculated for each cell
285 and for the entire dataset (unless @subcmd{NOTOTAL} is given).
286
287 The @subcmd{STATISTICS} subcommand specifies which statistics to show.
288 @subcmd{DESCRIPTIVES} will produce a table showing some parametric and
289 non-parametrics statistics.
290 @subcmd{EXTREME} produces a table showing the extremities of each cell.
291 A number in parentheses, @var{n} determines
292 how many upper and lower extremities to show.
293 The default number is 5.
294
295 The subcommands @subcmd{TOTAL} and @subcmd{NOTOTAL} are mutually exclusive.
296 If @subcmd{TOTAL} appears, then statistics will be produced for the entire dataset
297 as well as for each cell.
298 If @subcmd{NOTOTAL} appears, then statistics will be produced only for the cells
299 (unless no factor variables have been given).
300 These subcommands have no effect if there have  been no factor variables
301 specified.
302
303 @cindex boxplot
304 @cindex histogram
305 @cindex npplot
306 @cindex spreadlevel plot
307 The @subcmd{PLOT} subcommand specifies which plots are to be produced if any.
308 Available plots are @subcmd{HISTOGRAM}, @subcmd{NPPLOT},  @subcmd{BOXPLOT} and
309 @subcmd{SPREADLEVEL}.
310 The first three can be used to visualise how closely each cell conforms to a 
311 normal distribution, whilst the spread vs.@: level plot can be useful to visualise
312 how the variance of differs between factors.
313 Boxplots will also show you the outliers and extreme values.
314 @footnote{@subcmd{HISTOGRAM} uses Sturges' rule to determine the number of
315 bins, as approximately @math{1 + \log2(n)}, where @math{n} is the number of samples.
316 Note that @cmd{FREQUENCIES} uses a different algorithm to find the bin size.}
317
318 The @subcmd{SPREADLEVEL} plot displays the interquartile range versus the 
319 median.  It takes an optional parameter @var{t}, which specifies how the data
320 should be transformed prior to plotting.
321 The given value @var{t} is a power to which the data is raised.  For example, if
322 @var{t} is given as 2, then the data will be squared.
323 Zero, however is a special value.  If @var{t} is 0 or 
324 is omitted, then data will be transformed by taking its natural logarithm instead of
325 raising to the power of @var{t}.
326
327 The @subcmd{COMPARE} subcommand is only relevant if producing boxplots, and it is only 
328 useful there is more than one dependent variable and at least one factor.
329 If 
330 @subcmd{/COMPARE=GROUPS} is specified, then one plot per dependent variable is produced,
331 each of which contain boxplots for all the cells.
332 If @subcmd{/COMPARE=VARIABLES} is specified, then one plot per cell is produced,
333 each containing one boxplot per dependent variable.
334 If the @subcmd{/COMPARE} subcommand is omitted, then @pspp{} behaves as if
335 @subcmd{/COMPARE=GROUPS} were given.
336  
337 The @subcmd{ID} subcommand is relevant only if @subcmd{/PLOT=BOXPLOT} or 
338 @subcmd{/STATISTICS=EXTREME} has been given.
339 If given, it should provide the name of a variable which is to be used
340 to labels extreme values and outliers.
341 Numeric or string variables are permissible.  
342 If the @subcmd{ID} subcommand is not given, then the case number will be used for
343 labelling.
344
345 The @subcmd{CINTERVAL} subcommand specifies the confidence interval to use in
346 calculation of the descriptives command.  The default is 95%.
347
348 @cindex percentiles
349 The @subcmd{PERCENTILES} subcommand specifies which percentiles are to be calculated, 
350 and which algorithm to use for calculating them.  The default is to
351 calculate the 5, 10, 25, 50, 75, 90, 95 percentiles using the
352 @subcmd{HAVERAGE} algorithm.
353
354 The @subcmd{TOTAL} and @subcmd{NOTOTAL} subcommands are mutually exclusive.  If @subcmd{NOTOTAL}
355 is given and factors have been specified in the @subcmd{VARIABLES} subcommand,
356 then then statistics for the unfactored dependent variables are
357 produced in addition to the factored variables.  If there are no
358 factors specified then @subcmd{TOTAL} and @subcmd{NOTOTAL} have no effect.
359
360
361 The following example will generate descriptive statistics and histograms for
362 two variables @var{score1} and @var{score2}.
363 Two factors are given, @i{viz}: @var{gender} and @var{gender} BY @var{culture}.
364 Therefore, the descriptives and histograms will be generated for each
365 distinct  value
366 of @var{gender} @emph{and} for each distinct combination of the values
367 of @var{gender} and @var{race}.
368 Since the @subcmd{NOTOTAL} keyword is given, statistics and histograms for 
369 @var{score1} and @var{score2} covering the  whole dataset are not produced.
370 @example
371 EXAMINE @var{score1} @var{score2} BY 
372         @var{gender}
373         @var{gender} BY @var{culture}
374         /STATISTICS = DESCRIPTIVES
375         /PLOT = HISTOGRAM
376         /NOTOTAL.
377 @end example
378
379 Here is a second example showing how the @cmd{examine} command can be used to find extremities.
380 @example
381 EXAMINE @var{height} @var{weight} BY 
382         @var{gender}
383         /STATISTICS = EXTREME (3)
384         /PLOT = BOXPLOT
385         /COMPARE = GROUPS
386         /ID = @var{name}.
387 @end example
388 In this example, we look at the height and weight of a sample of individuals and
389 how they differ between male and female.
390 A table showing the 3 largest and the 3 smallest values of @var{height} and 
391 @var{weight} for each gender, and for the whole dataset will be shown.
392 Boxplots will also be produced.
393 Because @subcmd{/COMPARE = GROUPS} was given, boxplots for male and female will be
394 shown in the same graphic, allowing us to easily see the difference between
395 the genders.
396 Since the variable @var{name} was specified on the @subcmd{ID} subcommand, this will be
397 used to label the extreme values.
398
399 @strong{Warning!}
400 If many dependent variables are specified, or if factor variables are
401 specified for which
402 there are many distinct values, then @cmd{EXAMINE} will produce a very
403 large quantity of output.
404
405 @node GRAPH
406 @section GRAPH
407
408 @vindex GRAPH
409 @cindex Exploratory data analysis
410 @cindex normality, testing
411
412 @display
413 GRAPH
414         /HISTOGRAM [(NORMAL)]= @var{var}
415         /SCATTERPLOT [(BIVARIATE)] = @var{var1} WITH @var{var2} [BY @var{var3}]
416         /BAR = @{@var{summary-function}(@var{var1}) | @var{count-function}@} BY @var{var2} [BY @var{var3}] 
417         [ /MISSING=@{LISTWISE, VARIABLE@} [@{EXCLUDE, INCLUDE@}] ] 
418                 [@{NOREPORT,REPORT@}]
419
420 @end display
421
422 The @cmd{GRAPH} produces graphical plots of data. Only one of the subcommands 
423 @subcmd{HISTOGRAM} or @subcmd{SCATTERPLOT} can be specified, i.e. only one plot
424 can be produced per call of @cmd{GRAPH}. The @subcmd{MISSING} is optional. 
425
426 @cindex scatterplot
427
428 The subcommand @subcmd{SCATTERPLOT} produces an xy plot of the data. The different 
429 values of the optional third variable @var{var3} will result in different colours and/or
430 markers for the plot. The following is an example for producing a scatterplot.
431
432 @example
433 GRAPH   
434         /SCATTERPLOT = @var{height} WITH @var{weight} BY @var{gender}.
435 @end example
436
437 This example will produce a scatterplot where @var{height} is plotted versus @var{weight}. Depending
438 on the value of the @var{gender} variable, the colour of the datapoint is different. With
439 this plot it is possible to analyze gender differences for @var{height} vs.@: @var{weight} relation.
440
441 @cindex histogram
442
443 The subcommand @subcmd{HISTOGRAM} produces a histogram. Only one variable is allowed for
444 the histogram plot.
445 The keyword @subcmd{NORMAL} may be specified in parentheses, to indicate that the ideal normal curve
446 should be superimposed over the histogram.
447 For an alternative method to produce histograms @pxref{EXAMINE}. The
448 following example produces a histogram plot for the variable @var{weight}.
449
450 @example
451 GRAPH   
452         /HISTOGRAM = @var{weight}.
453 @end example
454
455 @cindex bar chart
456 The subcommand @subcmd{BAR} produces a bar chart.
457 This subcommand requires that a @var{count-function} be specified (with no arguments) or a @var{summary-function} with a variable @var{var1} in parentheses.
458 Following the summary or count function, the keyword @subcmd{BY} should be specified and then a catagorical variable, @var{var2}.
459 The values of the variable @var{var2} determine the labels of the bars to be plotted.
460 Optionally a second categorical variable @var{var3} may be specified in which case a clustered (grouped) bar chart is produced.
461
462 Valid count functions are
463 @table @subcmd
464 @item COUNT
465 The weighted counts of the cases in each category.
466 @item PCT
467 The weighted counts of the cases in each category expressed as a percentage of the total weights of the cases.
468 @item CUFREQ
469 The cumulative weighted counts of the cases in each category.
470 @item CUPCT
471 The cumulative weighted counts of the cases in each category expressed as a percentage of the total weights of the cases.
472 @end table
473
474 The summary function is applied to @var{var1} across all cases in each category.
475 The recognised summary functions are:
476 @table @subcmd
477 @item SUM
478 The sum.
479 @item MEAN
480 The arithmetic mean.
481 @item MAXIMUM
482 The maximum value.
483 @item MINIMUM
484 The minimum value.
485 @end table
486
487 The following examples assume a dataset which is the results of a survey.
488 Each respondent has indicated annual income, their sex and city of residence.
489 One could create a bar chart showing how the mean income varies between of residents of different cities, thus:
490 @example
491 GRAPH  /BAR  = MEAN(@var{income}) BY @var{city}.
492 @end example
493
494 This can be extended to also indicate how income in each city differs between the sexes.
495 @example
496 GRAPH  /BAR  = MEAN(@var{income}) BY @var{city} BY @var{sex}.
497 @end example
498
499 One might also want to see how many respondents there are from each city.  This can be achieved as follows:
500 @example
501 GRAPH  /BAR  = COUNT BY @var{city}.
502 @end example
503
504 Bar charts can also be produced using the @ref{FREQUENCIES} and @ref{CROSSTABS} commands.
505
506 @node CORRELATIONS
507 @section CORRELATIONS
508
509 @vindex CORRELATIONS
510 @display
511 CORRELATIONS
512      /VARIABLES = @var{var_list} [ WITH @var{var_list} ]
513      [
514       .
515       .
516       .
517       /VARIABLES = @var{var_list} [ WITH @var{var_list} ]
518       /VARIABLES = @var{var_list} [ WITH @var{var_list} ]
519      ]
520
521      [ /PRINT=@{TWOTAIL, ONETAIL@} @{SIG, NOSIG@} ]
522      [ /STATISTICS=DESCRIPTIVES XPROD ALL]
523      [ /MISSING=@{PAIRWISE, LISTWISE@} @{INCLUDE, EXCLUDE@} ]
524 @end display    
525
526 @cindex correlation
527 The @cmd{CORRELATIONS} procedure produces tables of the Pearson correlation coefficient
528 for a set of variables.  The significance of the coefficients are also given.
529
530 At least one @subcmd{VARIABLES} subcommand is required. If the @subcmd{WITH} 
531 keyword is used, then a non-square correlation table will be produced.
532 The variables preceding @subcmd{WITH}, will be used as the rows of the table,
533 and the variables following will be the columns of the table.
534 If no @subcmd{WITH} subcommand is given, then a square, symmetrical table using all variables is produced.
535
536
537 The @cmd{MISSING} subcommand determines the handling of missing variables.  
538 If @subcmd{INCLUDE} is set, then user-missing values are included in the
539 calculations, but system-missing values are not.
540 If @subcmd{EXCLUDE} is set, which is the default, user-missing
541 values are excluded as well as system-missing values. 
542
543 If @subcmd{LISTWISE} is set, then the entire case is excluded from analysis
544 whenever any variable  specified in any @cmd{/VARIABLES} subcommand
545 contains a missing value.   
546 If @subcmd{PAIRWISE} is set, then a case is considered missing only if either of the
547 values  for the particular coefficient are missing.
548 The default is @subcmd{PAIRWISE}.
549
550 The @subcmd{PRINT} subcommand is used to control how the reported significance values are printed.
551 If the @subcmd{TWOTAIL} option is used, then a two-tailed test of significance is 
552 printed.  If the @subcmd{ONETAIL} option is given, then a one-tailed test is used.
553 The default is @subcmd{TWOTAIL}.
554
555 If the @subcmd{NOSIG} option is specified, then correlation coefficients with significance less than
556 0.05 are highlighted.
557 If @subcmd{SIG} is specified, then no highlighting is performed.  This is the default.
558
559 @cindex covariance
560 The @subcmd{STATISTICS} subcommand requests additional statistics to be displayed.  The keyword 
561 @subcmd{DESCRIPTIVES} requests that the mean, number of non-missing cases, and the non-biased
562 estimator of the standard deviation are displayed.
563 These statistics will be displayed in a separated table, for all the variables listed
564 in any @subcmd{/VARIABLES} subcommand.
565 The @subcmd{XPROD} keyword requests cross-product deviations and covariance estimators to 
566 be displayed for each pair of variables.
567 The keyword @subcmd{ALL} is the union of @subcmd{DESCRIPTIVES} and @subcmd{XPROD}.
568
569 @node CROSSTABS
570 @section CROSSTABS
571
572 @vindex CROSSTABS
573 @display
574 CROSSTABS
575         /TABLES=@var{var_list} BY @var{var_list} [BY @var{var_list}]@dots{}
576         /MISSING=@{TABLE,INCLUDE,REPORT@}
577         /WRITE=@{NONE,CELLS,ALL@}
578         /FORMAT=@{TABLES,NOTABLES@}
579                 @{PIVOT,NOPIVOT@}
580                 @{AVALUE,DVALUE@}
581                 @{NOINDEX,INDEX@}
582                 @{BOX,NOBOX@}
583         /CELLS=@{COUNT,ROW,COLUMN,TOTAL,EXPECTED,RESIDUAL,SRESIDUAL,
584                 ASRESIDUAL,ALL,NONE@}
585         /STATISTICS=@{CHISQ,PHI,CC,LAMBDA,UC,BTAU,CTAU,RISK,GAMMA,D,
586                      KAPPA,ETA,CORR,ALL,NONE@}
587         /BARCHART
588         
589 (Integer mode.)
590         /VARIABLES=@var{var_list} (@var{low},@var{high})@dots{}
591 @end display
592
593 The @cmd{CROSSTABS} procedure displays crosstabulation
594 tables requested by the user.  It can calculate several statistics for
595 each cell in the crosstabulation tables.  In addition, a number of
596 statistics can be calculated for each table itself.
597
598 The @subcmd{TABLES} subcommand is used to specify the tables to be reported.  Any
599 number of dimensions is permitted, and any number of variables per
600 dimension is allowed.  The @subcmd{TABLES} subcommand may be repeated as many
601 times as needed.  This is the only required subcommand in @dfn{general
602 mode}.  
603
604 Occasionally, one may want to invoke a special mode called @dfn{integer
605 mode}.  Normally, in general mode, @pspp{} automatically determines
606 what values occur in the data.  In integer mode, the user specifies the
607 range of values that the data assumes.  To invoke this mode, specify the
608 @subcmd{VARIABLES} subcommand, giving a range of data values in parentheses for
609 each variable to be used on the @subcmd{TABLES} subcommand.  Data values inside
610 the range are truncated to the nearest integer, then assigned to that
611 value.  If values occur outside this range, they are discarded.  When it
612 is present, the @subcmd{VARIABLES} subcommand must precede the @subcmd{TABLES}
613 subcommand.
614
615 In general mode, numeric and string variables may be specified on
616 TABLES.  In integer mode, only numeric variables are allowed.
617
618 The @subcmd{MISSING} subcommand determines the handling of user-missing values.
619 When set to @subcmd{TABLE}, the default, missing values are dropped on a table by
620 table basis.  When set to @subcmd{INCLUDE}, user-missing values are included in
621 tables and statistics.  When set to @subcmd{REPORT}, which is allowed only in
622 integer mode, user-missing values are included in tables but marked with
623 an @samp{M} (for ``missing'') and excluded from statistical
624 calculations.
625
626 Currently the @subcmd{WRITE} subcommand is ignored.
627
628 The @subcmd{FORMAT} subcommand controls the characteristics of the
629 crosstabulation tables to be displayed.  It has a number of possible
630 settings:
631
632 @itemize @w{}
633 @item
634 @subcmd{TABLES}, the default, causes crosstabulation tables to be output.
635 @subcmd{NOTABLES} suppresses them.
636
637 @item
638 @subcmd{PIVOT}, the default, causes each @subcmd{TABLES} subcommand to be displayed in a
639 pivot table format.  @subcmd{NOPIVOT} causes the old-style crosstabulation format
640 to be used.
641
642 @item
643 @subcmd{AVALUE}, the default, causes values to be sorted in ascending order.
644 @subcmd{DVALUE} asserts a descending sort order.
645
646 @item
647 @subcmd{INDEX} and @subcmd{NOINDEX} are currently ignored.
648
649 @item
650 @subcmd{BOX} and @subcmd{NOBOX} is currently ignored.
651 @end itemize
652
653 The @subcmd{CELLS} subcommand controls the contents of each cell in the displayed
654 crosstabulation table.  The possible settings are:
655
656 @table @asis
657 @item COUNT
658 Frequency count.
659 @item ROW
660 Row percent.
661 @item COLUMN
662 Column percent.
663 @item TOTAL
664 Table percent.
665 @item EXPECTED
666 Expected value.
667 @item RESIDUAL 
668 Residual.
669 @item SRESIDUAL
670 Standardized residual.
671 @item ASRESIDUAL
672 Adjusted standardized residual.
673 @item ALL
674 All of the above.
675 @item NONE
676 Suppress cells entirely.
677 @end table
678
679 @samp{/CELLS} without any settings specified requests @subcmd{COUNT}, @subcmd{ROW},
680 @subcmd{COLUMN}, and @subcmd{TOTAL}.  
681 If @subcmd{CELLS} is not specified at all then only @subcmd{COUNT}
682 will be selected.
683
684 The @subcmd{STATISTICS} subcommand selects statistics for computation:
685
686 @table @asis
687 @item CHISQ
688 @cindex chisquare
689 @cindex chi-square
690
691 Pearson chi-square, likelihood ratio, Fisher's exact test, continuity
692 correction, linear-by-linear association.
693 @item PHI
694 Phi.
695 @item CC
696 Contingency coefficient.
697 @item LAMBDA
698 Lambda.
699 @item UC
700 Uncertainty coefficient.
701 @item BTAU
702 Tau-b.
703 @item CTAU
704 Tau-c.
705 @item RISK
706 Risk estimate.
707 @item GAMMA
708 Gamma.
709 @item D
710 Somers' D.
711 @item KAPPA
712 Cohen's Kappa.
713 @item ETA
714 Eta.
715 @item CORR
716 Spearman correlation, Pearson's r.
717 @item ALL
718 All of the above.
719 @item NONE
720 No statistics.
721 @end table
722
723 Selected statistics are only calculated when appropriate for the
724 statistic.  Certain statistics require tables of a particular size, and
725 some statistics are calculated only in integer mode.
726
727 @samp{/STATISTICS} without any settings selects CHISQ.  If the
728 @subcmd{STATISTICS} subcommand is not given, no statistics are calculated.
729
730 @cindex bar chart
731 The @samp{/BARCHART} subcommand produces a clustered bar chart for the first two
732 variables on each table.
733 If a table has more than two variables, the counts for the third and subsequent levels 
734 will be aggregated and the chart will be produces as if there were only two variables.  
735
736
737 @strong{Please note:} Currently the implementation of @cmd{CROSSTABS} has the
738 following limitations:
739
740 @itemize @bullet
741 @item
742 Significance of some symmetric and directional measures is not calculated.
743 @item
744 Asymptotic standard error is not calculated for
745 Goodman and Kruskal's tau or symmetric Somers' d.
746 @item
747 Approximate T is not calculated for symmetric uncertainty coefficient.
748 @end itemize
749
750 Fixes for any of these deficiencies would be welcomed.
751
752 @node FACTOR
753 @section FACTOR
754
755 @vindex FACTOR
756 @cindex factor analysis
757 @cindex principal components analysis
758 @cindex principal axis factoring
759 @cindex data reduction
760
761 @display
762 FACTOR  VARIABLES=@var{var_list}
763
764         [ /METHOD = @{CORRELATION, COVARIANCE@} ]
765
766         [ /ANALYSIS=@var{var_list} ]
767
768         [ /EXTRACTION=@{PC, PAF@}] 
769
770         [ /ROTATION=@{VARIMAX, EQUAMAX, QUARTIMAX, PROMAX[(@var{k})], NOROTATE@}]
771
772         [ /PRINT=[INITIAL] [EXTRACTION] [ROTATION] [UNIVARIATE] [CORRELATION] [COVARIANCE] [DET] [KMO] [SIG] [ALL] [DEFAULT] ]
773
774         [ /PLOT=[EIGEN] ]
775
776         [ /FORMAT=[SORT] [BLANK(@var{n})] [DEFAULT] ]
777
778         [ /CRITERIA=[FACTORS(@var{n})] [MINEIGEN(@var{l})] [ITERATE(@var{m})] [ECONVERGE (@var{delta})] [DEFAULT] ]
779
780         [ /MISSING=[@{LISTWISE, PAIRWISE@}] [@{INCLUDE, EXCLUDE@}] ]
781 @end display
782
783 The @cmd{FACTOR} command performs Factor Analysis or Principal Axis Factoring on a dataset.  It may be used to find
784 common factors in the data or for data reduction purposes.
785
786 The @subcmd{VARIABLES} subcommand is required.  It lists the variables
787 which are to partake in the analysis.  (The @subcmd{ANALYSIS}
788 subcommand may optionally further limit the variables that
789 participate; it is not useful and implemented only for compatibility.)
790
791 The @subcmd{/EXTRACTION} subcommand is used to specify the way in which factors (components) are extracted from the data.
792 If @subcmd{PC} is specified, then Principal Components Analysis is used.  
793 If @subcmd{PAF} is specified, then Principal Axis Factoring is
794 used. By default Principal Components Analysis will be used.
795
796 The @subcmd{/ROTATION} subcommand is used to specify the method by which the extracted solution will be rotated.
797 Three orthogonal rotation methods are available: 
798 @subcmd{VARIMAX} (which is the default), @subcmd{EQUAMAX}, and @subcmd{QUARTIMAX}.
799 There is one oblique rotation method, @i{viz}: @subcmd{PROMAX}.
800 Optionally you may enter the power of the promax rotation @var{k}, which must be enclosed in parentheses.
801 The default value of @var{k} is 5.
802 If you don't want any rotation to be performed, the word @subcmd{NOROTATE} will prevent the command from performing any
803 rotation on the data. 
804
805 The @subcmd{/METHOD} subcommand should be used to determine whether the covariance matrix or the correlation matrix of the data is
806 to be analysed.  By default, the correlation matrix is analysed.
807
808 The @subcmd{/PRINT} subcommand may be used to select which features of the analysis are reported:
809
810 @itemize 
811 @item @subcmd{UNIVARIATE}
812       A table of mean values, standard deviations and total weights are printed.
813 @item @subcmd{INITIAL}
814       Initial communalities and eigenvalues are printed.
815 @item @subcmd{EXTRACTION}
816       Extracted communalities and eigenvalues are printed.
817 @item @subcmd{ROTATION}
818       Rotated communalities and eigenvalues are printed.
819 @item @subcmd{CORRELATION}
820       The correlation matrix is printed.
821 @item @subcmd{COVARIANCE}
822       The covariance matrix is printed.
823 @item @subcmd{DET}
824       The determinant of the correlation or covariance matrix is printed.
825 @item @subcmd{KMO}
826       The Kaiser-Meyer-Olkin measure of sampling adequacy and the Bartlett test of sphericity is printed.
827 @item @subcmd{SIG}
828       The significance of the elements of correlation matrix is printed.
829 @item @subcmd{ALL}
830       All of the above are printed.
831 @item @subcmd{DEFAULT}
832       Identical to @subcmd{INITIAL} and @subcmd{EXTRACTION}.
833 @end itemize
834
835 If @subcmd{/PLOT=EIGEN} is given, then a ``Scree'' plot of the eigenvalues will be printed.  This can be useful for visualizing
836 which factors (components) should be retained.
837
838 The @subcmd{/FORMAT} subcommand determined how data are to be displayed in loading matrices.  If @subcmd{SORT} is specified, then the variables
839 are sorted in descending order of significance.  If @subcmd{BLANK(@var{n})} is specified, then coefficients whose absolute value is less
840 than @var{n} will not be printed.  If the keyword @subcmd{DEFAULT} is given, or if no @subcmd{/FORMAT} subcommand is given, then no sorting is 
841 performed, and all coefficients will be printed.
842
843 The @subcmd{/CRITERIA} subcommand is used to specify how the number of extracted factors (components) are chosen.
844 If @subcmd{FACTORS(@var{n})} is
845 specified, where @var{n} is an integer, then @var{n} factors will be extracted.  Otherwise, the @subcmd{MINEIGEN} setting will
846 be used.  
847 @subcmd{MINEIGEN(@var{l})} requests that all factors whose eigenvalues are greater than or equal to @var{l} are extracted.
848 The default value of @var{l} is 1.    
849 The @subcmd{ECONVERGE} setting has effect only when iterative algorithms for factor
850 extraction (such as Principal Axis Factoring) are used.   
851 @subcmd{ECONVERGE(@var{delta})} specifies that
852 iteration should cease when
853 the maximum absolute value of the communality estimate between one iteration and the previous is less than @var{delta}. The
854 default value of @var{delta} is 0.001.
855 The @subcmd{ITERATE(@var{m})} may appear any number of times and is used for two different purposes.  
856 It is used to set the maximum number of iterations (@var{m}) for convergence and also to set the maximum number of iterations
857 for rotation.
858 Whether it affects convergence or rotation depends upon which subcommand follows the @subcmd{ITERATE} subcommand.
859 If @subcmd{EXTRACTION} follows, it affects convergence.  
860 If @subcmd{ROTATION} follows, it affects rotation.  
861 If neither @subcmd{ROTATION} nor @subcmd{EXTRACTION} follow a @subcmd{ITERATE} subcommand it will be ignored.
862 The default value of @var{m} is 25.
863
864 The @cmd{MISSING} subcommand determines the handling of missing variables.  
865 If @subcmd{INCLUDE} is set, then user-missing values are included in the
866 calculations, but system-missing values are not.
867 If @subcmd{EXCLUDE} is set, which is the default, user-missing
868 values are excluded as well as system-missing values. 
869 This is the default.
870 If @subcmd{LISTWISE} is set, then the entire case is excluded from analysis
871 whenever any variable  specified in the @cmd{VARIABLES} subcommand
872 contains a missing value.   
873 If @subcmd{PAIRWISE} is set, then a case is considered missing only if either of the
874 values  for the particular coefficient are missing.
875 The default is @subcmd{LISTWISE}.
876
877 @node LOGISTIC REGRESSION
878 @section LOGISTIC REGRESSION
879
880 @vindex LOGISTIC REGRESSION
881 @cindex logistic regression
882 @cindex bivariate logistic regression
883
884 @display
885 LOGISTIC REGRESSION [VARIABLES =] @var{dependent_var} WITH @var{predictors}
886
887      [/CATEGORICAL = @var{categorical_predictors}]
888
889      [@{/NOCONST | /ORIGIN | /NOORIGIN @}]
890
891      [/PRINT = [SUMMARY] [DEFAULT] [CI(@var{confidence})] [ALL]]
892
893      [/CRITERIA = [BCON(@var{min_delta})] [ITERATE(@var{max_interations})]
894                   [LCON(@var{min_likelihood_delta})] [EPS(@var{min_epsilon})]
895                   [CUT(@var{cut_point})]]
896
897      [/MISSING = @{INCLUDE|EXCLUDE@}]
898 @end display
899
900 Bivariate Logistic Regression is used when you want to explain a dichotomous dependent
901 variable in terms of one or more predictor variables.
902
903 The minimum command is
904 @example
905 LOGISTIC REGRESSION @var{y} WITH @var{x1} @var{x2} @dots{} @var{xn}.
906 @end example
907 Here, @var{y} is the dependent variable, which must be dichotomous and @var{x1} @dots{} @var{xn}
908 are the predictor variables whose coefficients the procedure estimates.
909
910 By default, a constant term is included in the model.
911 Hence, the full model is
912 @math{
913 {\bf y} 
914 = b_0 + b_1 {\bf x_1} 
915 + b_2 {\bf x_2} 
916 + \dots
917 + b_n {\bf x_n}
918 }
919
920 Predictor variables which are categorical in nature should be listed on the @subcmd{/CATEGORICAL} subcommand.
921 Simple variables as well as interactions between variables may be listed here.
922
923 If you want a model without the constant term @math{b_0}, use the keyword @subcmd{/ORIGIN}.
924 @subcmd{/NOCONST} is a synonym for @subcmd{/ORIGIN}.
925
926 An iterative Newton-Raphson procedure is used to fit the model.
927 The @subcmd{/CRITERIA} subcommand is used to specify the stopping criteria of the procedure,
928 and other parameters.
929 The value of @var{cut_point} is used in the classification table.  It is the 
930 threshold above which predicted values are considered to be 1.  Values
931 of @var{cut_point} must lie in the range [0,1].
932 During iterations, if any one of the stopping criteria are satisfied, the procedure is
933 considered complete.
934 The stopping criteria are:
935 @itemize
936 @item The number of iterations exceeds @var{max_iterations}.  
937       The default value of @var{max_iterations} is 20.
938 @item The change in the all coefficient estimates are less than @var{min_delta}.
939 The default value of @var{min_delta} is 0.001.
940 @item The magnitude of change in the likelihood estimate is less than @var{min_likelihood_delta}.
941 The default value of @var{min_delta} is zero.
942 This means that this criterion is disabled.
943 @item The differential of the estimated probability for all cases is less than @var{min_epsilon}.
944 In other words, the probabilities are close to zero or one.
945 The default value of @var{min_epsilon} is 0.00000001.
946 @end itemize
947
948
949 The @subcmd{PRINT} subcommand controls the display of optional statistics.
950 Currently there is one such option, @subcmd{CI}, which indicates that the 
951 confidence interval of the odds ratio should be displayed as well as its value.
952 @subcmd{CI} should be followed by an integer in parentheses, to indicate the
953 confidence level of the desired confidence interval.
954
955 The @subcmd{MISSING} subcommand determines the handling of missing
956 variables.  
957 If @subcmd{INCLUDE} is set, then user-missing values are included in the
958 calculations, but system-missing values are not.
959 If @subcmd{EXCLUDE} is set, which is the default, user-missing
960 values are excluded as well as system-missing values. 
961 This is the default.
962
963 @node MEANS
964 @section MEANS
965
966 @vindex MEANS
967 @cindex means
968
969 @display 
970 MEANS [TABLES =] 
971       @{@var{var_list}@} 
972         [ BY @{@var{var_list}@} [BY @{@var{var_list}@} [BY @{@var{var_list}@} @dots{} ]]]
973
974       [ /@{@var{var_list}@} 
975          [ BY @{@var{var_list}@} [BY @{@var{var_list}@} [BY @{@var{var_list}@} @dots{} ]]] ]
976
977       [/CELLS = [MEAN] [COUNT] [STDDEV] [SEMEAN] [SUM] [MIN] [MAX] [RANGE]
978         [VARIANCE] [KURT] [SEKURT] 
979         [SKEW] [SESKEW] [FIRST] [LAST] 
980         [HARMONIC] [GEOMETRIC] 
981         [DEFAULT]
982         [ALL]
983         [NONE] ]
984
985       [/MISSING = [TABLE] [INCLUDE] [DEPENDENT]]
986 @end display 
987
988 You can use the @cmd{MEANS} command to calculate the arithmetic mean and similar
989 statistics, either for the dataset as a whole or for categories of data.
990
991 The simplest form of the command is
992 @example
993 MEANS @var{v}.
994 @end example
995 @noindent which calculates the mean, count and standard deviation for @var{v}.
996 If you specify a grouping variable, for example
997 @example
998 MEANS @var{v} BY @var{g}.
999 @end example
1000 @noindent then the means, counts and standard deviations for @var{v} after having
1001 been grouped by @var{g} will be calculated.
1002 Instead of the mean, count and standard deviation, you could specify the statistics
1003 in which you are interested:
1004 @example
1005 MEANS @var{x} @var{y} BY @var{g}
1006       /CELLS = HARMONIC SUM MIN.
1007 @end example
1008 This example calculates the harmonic mean, the sum and the minimum values of @var{x} and @var{y}
1009 grouped by @var{g}.
1010
1011 The @subcmd{CELLS} subcommand specifies which statistics to calculate.  The available statistics
1012 are:
1013 @itemize
1014 @item @subcmd{MEAN}
1015 @cindex arithmetic mean
1016       The arithmetic mean.
1017 @item @subcmd{COUNT}
1018       The count of the values.
1019 @item @subcmd{STDDEV}
1020       The standard deviation.
1021 @item @subcmd{SEMEAN}
1022       The standard error of the mean.
1023 @item @subcmd{SUM}
1024       The sum of the values.
1025 @item @subcmd{MIN}
1026       The minimum value.
1027 @item @subcmd{MAX}
1028       The maximum value.
1029 @item @subcmd{RANGE}
1030       The difference between the maximum and minimum values.
1031 @item @subcmd{VARIANCE}
1032       The variance.
1033 @item @subcmd{FIRST}
1034       The first value in the category.
1035 @item @subcmd{LAST}
1036       The last value in the category.
1037 @item @subcmd{SKEW}
1038       The skewness.
1039 @item @subcmd{SESKEW}
1040       The standard error of the skewness.
1041 @item @subcmd{KURT}
1042       The kurtosis
1043 @item @subcmd{SEKURT}
1044       The standard error of the kurtosis.
1045 @item @subcmd{HARMONIC}
1046 @cindex harmonic mean
1047       The harmonic mean.
1048 @item @subcmd{GEOMETRIC}
1049 @cindex geometric mean
1050       The geometric mean.
1051 @end itemize
1052
1053 In addition, three special keywords are recognized:
1054 @itemize
1055 @item @subcmd{DEFAULT}
1056       This is the same as @subcmd{MEAN} @subcmd{COUNT} @subcmd{STDDEV}.
1057 @item @subcmd{ALL}
1058       All of the above statistics will be calculated.
1059 @item @subcmd{NONE}
1060       No statistics will be calculated (only a summary will be shown).
1061 @end itemize
1062
1063
1064 More than one @dfn{table} can be specified in a single command. 
1065 Each table is separated by a @samp{/}. For
1066 example
1067 @example
1068 MEANS TABLES =
1069       @var{c} @var{d} @var{e} BY @var{x}
1070       /@var{a} @var{b} BY @var{x} @var{y}
1071       /@var{f} BY @var{y} BY @var{z}.
1072 @end example
1073 has three tables (the @samp{TABLE =} is optional).
1074 The first table has three dependent variables @var{c}, @var{d} and @var{e}
1075 and a single categorical variable @var{x}.
1076 The second table has two dependent variables @var{a} and @var{b}, 
1077 and two categorical variables @var{x} and @var{y}.
1078 The third table has a single dependent variables @var{f}
1079 and a categorical variable formed by the combination of @var{y} and @var{z}.
1080
1081
1082 By default values are omitted from the analysis only if missing values
1083 (either system missing or user missing)
1084 for any of the variables directly involved in their calculation are 
1085 encountered.
1086 This behaviour can be modified with the  @subcmd{/MISSING} subcommand.
1087 Three options are possible: @subcmd{TABLE}, @subcmd{INCLUDE} and @subcmd{DEPENDENT}.
1088
1089 @subcmd{/MISSING = TABLE} causes cases to be dropped if any variable is missing 
1090 in the table specification currently being processed, regardless of 
1091 whether it is needed to calculate the statistic.
1092
1093 @subcmd{/MISSING = INCLUDE} says that user missing values, either in the dependent
1094 variables or in the categorical variables should be taken at their face
1095 value, and not excluded.
1096
1097 @subcmd{/MISSING = DEPENDENT} says that user missing values, in the dependent
1098 variables should be taken at their face value, however cases which 
1099 have user missing values for the categorical variables should be omitted 
1100 from the calculation.
1101
1102 @node NPAR TESTS
1103 @section NPAR TESTS
1104
1105 @vindex NPAR TESTS
1106 @cindex nonparametric tests
1107
1108 @display 
1109 NPAR TESTS
1110      
1111      nonparametric test subcommands
1112      .
1113      .
1114      .
1115      
1116      [ /STATISTICS=@{DESCRIPTIVES@} ]
1117
1118      [ /MISSING=@{ANALYSIS, LISTWISE@} @{INCLUDE, EXCLUDE@} ]
1119
1120      [ /METHOD=EXACT [ TIMER [(@var{n})] ] ]
1121 @end display
1122
1123 @cmd{NPAR TESTS} performs nonparametric tests. 
1124 Non parametric tests make very few assumptions about the distribution of the 
1125 data.
1126 One or more tests may be specified by using the corresponding subcommand.
1127 If the @subcmd{/STATISTICS} subcommand is also specified, then summary statistics are 
1128 produces for each variable that is the subject of any test.
1129
1130 Certain tests may take a long time to execute, if an exact figure is required.
1131 Therefore, by default asymptotic approximations are used unless the
1132 subcommand @subcmd{/METHOD=EXACT} is specified.  
1133 Exact tests give more accurate results, but may take an unacceptably long 
1134 time to perform.  If the @subcmd{TIMER} keyword is used, it sets a maximum time,
1135 after which the test will be abandoned, and a warning message printed.
1136 The time, in minutes, should be specified in parentheses after the @subcmd{TIMER} keyword.
1137 If the @subcmd{TIMER} keyword is given without this figure, then a default value of 5 minutes 
1138 is used.
1139
1140
1141 @menu
1142 * BINOMIAL::                Binomial Test
1143 * CHISQUARE::               Chisquare Test
1144 * COCHRAN::                 Cochran Q Test
1145 * FRIEDMAN::                Friedman Test
1146 * KENDALL::                 Kendall's W Test
1147 * KOLMOGOROV-SMIRNOV::      Kolmogorov Smirnov Test
1148 * KRUSKAL-WALLIS::          Kruskal-Wallis Test
1149 * MANN-WHITNEY::            Mann Whitney U Test
1150 * MCNEMAR::                 McNemar Test
1151 * MEDIAN::                  Median Test
1152 * RUNS::                    Runs Test
1153 * SIGN::                    The Sign Test
1154 * WILCOXON::                Wilcoxon Signed Ranks Test
1155 @end menu
1156
1157
1158 @node    BINOMIAL
1159 @subsection Binomial test
1160 @vindex BINOMIAL
1161 @cindex binomial test
1162
1163 @display 
1164      [ /BINOMIAL[(@var{p})]=@var{var_list}[(@var{value1}[, @var{value2})] ] ]
1165 @end display 
1166
1167 The @subcmd{/BINOMIAL} subcommand compares the observed distribution of a dichotomous 
1168 variable with that of a binomial distribution.
1169 The variable @var{p} specifies the test proportion of the binomial 
1170 distribution.  
1171 The default value of 0.5 is assumed if @var{p} is omitted.
1172
1173 If a single value appears after the variable list, then that value is
1174 used as the threshold to partition the observed values. Values less
1175 than or equal to the threshold value form the first category.  Values
1176 greater than the threshold form the second category. 
1177
1178 If two values appear after the variable list, then they will be used
1179 as the values which a variable must take to be in the respective
1180 category. 
1181 Cases for which a variable takes a value equal to neither of the specified  
1182 values, take no part in the test for that variable.
1183
1184 If no values appear, then the variable must assume dichotomous
1185 values.
1186 If more than two distinct, non-missing values for a variable
1187 under test are encountered then an error occurs.
1188
1189 If the test proportion is equal to 0.5, then a two tailed test is
1190 reported.   For any other test proportion, a one tailed test is
1191 reported.   
1192 For one tailed tests, if the test proportion is less than
1193 or equal to the observed proportion, then the significance of
1194 observing the observed proportion or more is reported.
1195 If the test proportion is more than the observed proportion, then the
1196 significance of observing the observed proportion or less is reported.
1197 That is to say, the test is always performed in the observed
1198 direction. 
1199
1200 @pspp{} uses a very precise approximation to the gamma function to
1201 compute the binomial significance.  Thus, exact results are reported
1202 even for very large sample sizes.
1203
1204
1205
1206 @node    CHISQUARE
1207 @subsection Chisquare Test
1208 @vindex CHISQUARE
1209 @cindex chisquare test
1210
1211
1212 @display
1213      [ /CHISQUARE=@var{var_list}[(@var{lo},@var{hi})] [/EXPECTED=@{EQUAL|@var{f1}, @var{f2} @dots{} @var{fn}@}] ]
1214 @end display 
1215
1216
1217 The @subcmd{/CHISQUARE} subcommand produces a chi-square statistic for the differences 
1218 between the expected and observed frequencies of the categories of a variable. 
1219 Optionally, a range of values may appear after the variable list.  
1220 If a range is given, then non integer values are truncated, and values
1221 outside the  specified range are excluded from the analysis.
1222
1223 The @subcmd{/EXPECTED} subcommand specifies the expected values of each
1224 category.  
1225 There must be exactly one non-zero expected value, for each observed
1226 category, or the @subcmd{EQUAL} keyword must be specified.
1227 You may use the notation @subcmd{@var{n}*@var{f}} to specify @var{n}
1228 consecutive expected categories all taking a frequency of @var{f}.
1229 The frequencies given are proportions, not absolute frequencies.  The
1230 sum of the frequencies need not be 1.
1231 If no @subcmd{/EXPECTED} subcommand is given, then then equal frequencies 
1232 are expected.
1233
1234
1235 @node COCHRAN
1236 @subsection Cochran Q Test
1237 @vindex Cochran
1238 @cindex Cochran Q test
1239 @cindex Q, Cochran Q
1240
1241 @display
1242      [ /COCHRAN = @var{var_list} ]
1243 @end display
1244
1245 The Cochran Q test is used to test for differences between three or more groups.
1246 The data for @var{var_list} in all cases must assume exactly two distinct values (other than missing values). 
1247
1248 The value of Q will be displayed and its Asymptotic significance based on a chi-square distribution.
1249
1250 @node FRIEDMAN
1251 @subsection Friedman Test
1252 @vindex FRIEDMAN
1253 @cindex Friedman test
1254
1255 @display
1256      [ /FRIEDMAN = @var{var_list} ]
1257 @end display
1258
1259 The Friedman test is used to test for differences between repeated measures when
1260 there is no indication that the distributions are normally distributed.
1261
1262 A list of variables which contain the measured data must be given.  The procedure
1263 prints the sum of ranks for each variable, the test statistic and its significance.
1264
1265 @node KENDALL
1266 @subsection Kendall's W Test
1267 @vindex KENDALL
1268 @cindex Kendall's W test
1269 @cindex coefficient of concordance
1270
1271 @display
1272      [ /KENDALL = @var{var_list} ]
1273 @end display
1274
1275 The Kendall test investigates whether an arbitrary number of related samples come from the 
1276 same population.
1277 It is identical to the Friedman test except that the additional statistic W, Kendall's Coefficient of Concordance is printed.
1278 It has the range [0,1] --- a value of zero indicates no agreement between the samples whereas a value of
1279 unity indicates complete agreement.
1280
1281
1282 @node KOLMOGOROV-SMIRNOV
1283 @subsection Kolmogorov-Smirnov Test
1284 @vindex KOLMOGOROV-SMIRNOV
1285 @vindex K-S
1286 @cindex Kolmogorov-Smirnov test
1287
1288 @display
1289      [ /KOLMOGOROV-SMIRNOV (@{NORMAL [@var{mu}, @var{sigma}], UNIFORM [@var{min}, @var{max}], POISSON [@var{lambda}], EXPONENTIAL [@var{scale}] @}) = @var{var_list} ]
1290 @end display
1291
1292 The one sample Kolmogorov-Smirnov subcommand is used to test whether or not a dataset is
1293 drawn from a particular distribution.  Four distributions are supported, @i{viz:}
1294 Normal, Uniform, Poisson and Exponential.
1295
1296 Ideally you should provide the parameters of the distribution against which you wish to test
1297 the data. For example, with the normal distribution  the mean (@var{mu})and standard deviation (@var{sigma})
1298 should be given; with the uniform distribution, the minimum (@var{min})and maximum (@var{max}) value should
1299 be provided.
1300 However, if the parameters are omitted they will be imputed from the data. Imputing the
1301 parameters reduces the power of the test so should be avoided if possible.
1302
1303 In the following example, two variables @var{score} and @var{age} are tested to see if
1304 they follow a normal distribution with a mean of 3.5 and a standard deviation of 2.0.
1305 @example
1306   NPAR TESTS
1307         /KOLMOGOROV-SMIRNOV (normal 3.5 2.0) = @var{score} @var{age}.
1308 @end example
1309 If the variables need to be tested against different distributions, then a separate
1310 subcommand must be used.  For example the following syntax tests @var{score} against
1311 a normal distribution with mean of 3.5 and standard deviation of 2.0 whilst @var{age}
1312 is tested against a normal distribution of mean 40 and standard deviation 1.5.
1313 @example
1314   NPAR TESTS
1315         /KOLMOGOROV-SMIRNOV (normal 3.5 2.0) = @var{score}
1316         /KOLMOGOROV-SMIRNOV (normal 40 1.5) =  @var{age}.
1317 @end example
1318
1319 The abbreviated subcommand  @subcmd{K-S} may be used in place of @subcmd{KOLMOGOROV-SMIRNOV}.
1320
1321 @node KRUSKAL-WALLIS
1322 @subsection Kruskal-Wallis Test
1323 @vindex KRUSKAL-WALLIS
1324 @vindex K-W
1325 @cindex Kruskal-Wallis test
1326
1327 @display
1328      [ /KRUSKAL-WALLIS = @var{var_list} BY var (@var{lower}, @var{upper}) ]
1329 @end display
1330
1331 The Kruskal-Wallis test is used to compare data from an 
1332 arbitrary number of populations.  It does not assume normality.
1333 The data to be compared are specified by @var{var_list}.
1334 The categorical variable determining the groups to which the
1335 data belongs is given by @var{var}. The limits @var{lower} and
1336 @var{upper} specify the valid range of @var{var}. Any cases for
1337 which @var{var} falls outside [@var{lower}, @var{upper}] will be
1338 ignored.
1339
1340 The mean rank of each group as well as the chi-squared value and significance
1341 of the test will be printed.
1342 The abbreviated subcommand  @subcmd{K-W} may be used in place of @subcmd{KRUSKAL-WALLIS}.
1343
1344
1345 @node MANN-WHITNEY
1346 @subsection Mann-Whitney U Test
1347 @vindex MANN-WHITNEY
1348 @vindex M-W
1349 @cindex Mann-Whitney U test
1350 @cindex U, Mann-Whitney U
1351
1352 @display
1353      [ /MANN-WHITNEY = @var{var_list} BY var (@var{group1}, @var{group2}) ]
1354 @end display
1355
1356 The Mann-Whitney subcommand is used to test whether two groups of data come from different populations.
1357 The variables to be tested should be specified in @var{var_list} and the grouping variable, that determines to which group the test variables belong, in @var{var}.
1358 @var{Var} may be either a string or an alpha variable.
1359 @var{Group1} and @var{group2} specify the
1360 two values of @var{var} which determine the groups of the test data.
1361 Cases for which the @var{var} value is neither @var{group1} or @var{group2} will be ignored.
1362
1363 The value of the Mann-Whitney U statistic, the Wilcoxon W, and the significance will be printed.
1364 The abbreviated subcommand  @subcmd{M-W} may be used in place of @subcmd{MANN-WHITNEY}.
1365
1366 @node MCNEMAR
1367 @subsection McNemar Test
1368 @vindex MCNEMAR
1369 @cindex McNemar test
1370
1371 @display
1372      [ /MCNEMAR @var{var_list} [ WITH @var{var_list} [ (PAIRED) ]]]
1373 @end display
1374
1375 Use McNemar's test to analyse the significance of the difference between
1376 pairs of correlated proportions.
1377
1378 If the @code{WITH} keyword is omitted, then tests for all
1379 combinations of the listed variables are performed.
1380 If the @code{WITH} keyword is given, and the @code{(PAIRED)} keyword
1381 is also given, then the number of variables preceding @code{WITH}
1382 must be the same as the number following it.
1383 In this case, tests for each respective pair of variables are
1384 performed.
1385 If the @code{WITH} keyword is given, but the
1386 @code{(PAIRED)} keyword is omitted, then tests for each combination
1387 of variable preceding @code{WITH} against variable following
1388 @code{WITH} are performed.
1389
1390 The data in each variable must be dichotomous.  If there are more
1391 than two distinct variables an error will occur and the test will
1392 not be run.
1393
1394 @node MEDIAN
1395 @subsection Median Test
1396 @vindex MEDIAN
1397 @cindex Median test
1398
1399 @display
1400      [ /MEDIAN [(@var{value})] = @var{var_list} BY @var{variable} (@var{value1}, @var{value2}) ]
1401 @end display
1402
1403 The median test is used to test whether independent samples come from 
1404 populations with a common median.
1405 The median of the populations against which the samples are to be tested
1406 may be given in parentheses immediately after the 
1407 @subcmd{/MEDIAN} subcommand.  If it is not given, the median will be imputed from the 
1408 union of all the samples.
1409
1410 The variables of the samples to be tested should immediately follow the @samp{=} sign. The
1411 keyword @code{BY} must come next, and then the grouping variable.  Two values
1412 in parentheses should follow.  If the first value is greater than the second,
1413 then a 2 sample test is performed using these two values to determine the groups.
1414 If however, the first variable is less than the second, then a @i{k} sample test is
1415 conducted and the group values used are all values encountered which lie in the
1416 range [@var{value1},@var{value2}].
1417
1418
1419 @node RUNS
1420 @subsection Runs Test
1421 @vindex RUNS
1422 @cindex runs test
1423
1424 @display 
1425      [ /RUNS (@{MEAN, MEDIAN, MODE, @var{value}@})  = @var{var_list} ]
1426 @end display
1427
1428 The @subcmd{/RUNS} subcommand tests whether a data sequence is randomly ordered.
1429
1430 It works by examining the number of times a variable's value crosses a given threshold. 
1431 The desired threshold must be specified within parentheses.
1432 It may either be specified as a number or as one of @subcmd{MEAN}, @subcmd{MEDIAN} or @subcmd{MODE}.
1433 Following the threshold specification comes the list of variables whose values are to be
1434 tested.
1435
1436 The subcommand shows the number of runs, the asymptotic significance based on the
1437 length of the data.
1438
1439 @node SIGN
1440 @subsection Sign Test
1441 @vindex SIGN
1442 @cindex sign test
1443
1444 @display
1445      [ /SIGN @var{var_list} [ WITH @var{var_list} [ (PAIRED) ]]]
1446 @end display
1447
1448 The @subcmd{/SIGN} subcommand tests for differences between medians of the 
1449 variables listed.
1450 The test does not make any assumptions about the
1451 distribution of the data.
1452
1453 If the @code{WITH} keyword is omitted, then tests for all
1454 combinations of the listed variables are performed.
1455 If the @code{WITH} keyword is given, and the @code{(PAIRED)} keyword
1456 is also given, then the number of variables preceding @code{WITH}
1457 must be the same as the number following it.
1458 In this case, tests for each respective pair of variables are
1459 performed.
1460 If the @code{WITH} keyword is given, but the
1461 @code{(PAIRED)} keyword is omitted, then tests for each combination
1462 of variable preceding @code{WITH} against variable following
1463 @code{WITH} are performed.
1464
1465 @node WILCOXON
1466 @subsection Wilcoxon Matched Pairs Signed Ranks Test
1467 @vindex WILCOXON
1468 @cindex wilcoxon matched pairs signed ranks test
1469
1470 @display
1471      [ /WILCOXON @var{var_list} [ WITH @var{var_list} [ (PAIRED) ]]]
1472 @end display
1473
1474 The @subcmd{/WILCOXON} subcommand tests for differences between medians of the 
1475 variables listed.
1476 The test does not make any assumptions about the variances of the samples.
1477 It does however assume that the distribution is symmetrical.
1478
1479 If the @subcmd{WITH} keyword is omitted, then tests for all
1480 combinations of the listed variables are performed.
1481 If the @subcmd{WITH} keyword is given, and the @subcmd{(PAIRED)} keyword
1482 is also given, then the number of variables preceding @subcmd{WITH}
1483 must be the same as the number following it.
1484 In this case, tests for each respective pair of variables are
1485 performed.
1486 If the @subcmd{WITH} keyword is given, but the
1487 @subcmd{(PAIRED)} keyword is omitted, then tests for each combination
1488 of variable preceding @subcmd{WITH} against variable following
1489 @subcmd{WITH} are performed.
1490
1491 @node T-TEST
1492 @section T-TEST
1493
1494 @vindex T-TEST
1495
1496 @display
1497 T-TEST
1498         /MISSING=@{ANALYSIS,LISTWISE@} @{EXCLUDE,INCLUDE@}
1499         /CRITERIA=CI(@var{confidence})
1500
1501
1502 (One Sample mode.)
1503         TESTVAL=@var{test_value}
1504         /VARIABLES=@var{var_list}
1505
1506
1507 (Independent Samples mode.)
1508         GROUPS=var(@var{value1} [, @var{value2}])
1509         /VARIABLES=@var{var_list}
1510
1511
1512 (Paired Samples mode.)
1513         PAIRS=@var{var_list} [WITH @var{var_list} [(PAIRED)] ]
1514
1515 @end display
1516
1517
1518 The @cmd{T-TEST} procedure outputs tables used in testing hypotheses about 
1519 means.  
1520 It operates in one of three modes:
1521 @itemize
1522 @item One Sample mode.
1523 @item Independent Groups mode.
1524 @item Paired mode.
1525 @end itemize
1526
1527 @noindent
1528 Each of these modes are described in more detail below.
1529 There are two optional subcommands which are common to all modes.
1530
1531 The @cmd{/CRITERIA} subcommand tells @pspp{} the confidence interval used
1532 in the tests.  The default value is 0.95.
1533
1534
1535 The @cmd{MISSING} subcommand determines the handling of missing
1536 variables.  
1537 If @subcmd{INCLUDE} is set, then user-missing values are included in the
1538 calculations, but system-missing values are not.
1539 If @subcmd{EXCLUDE} is set, which is the default, user-missing
1540 values are excluded as well as system-missing values. 
1541 This is the default.
1542
1543 If @subcmd{LISTWISE} is set, then the entire case is excluded from analysis
1544 whenever any variable  specified in the @subcmd{/VARIABLES}, @subcmd{/PAIRS} or 
1545 @subcmd{/GROUPS} subcommands contains a missing value.   
1546 If @subcmd{ANALYSIS} is set, then missing values are excluded only in the analysis for
1547 which they would be needed. This is the default.
1548
1549
1550 @menu
1551 * One Sample Mode::             Testing against a hypothesized mean
1552 * Independent Samples Mode::    Testing two independent groups for equal mean
1553 * Paired Samples Mode::         Testing two interdependent groups for equal mean
1554 @end menu
1555
1556 @node One Sample Mode
1557 @subsection One Sample Mode
1558
1559 The @subcmd{TESTVAL} subcommand invokes the One Sample mode.
1560 This mode is used to test a population mean against a hypothesized
1561 mean. 
1562 The value given to the @subcmd{TESTVAL} subcommand is the value against
1563 which you wish to test.
1564 In this mode, you must also use the @subcmd{/VARIABLES} subcommand to
1565 tell @pspp{} which variables you wish to test.
1566
1567 @node Independent Samples Mode
1568 @subsection Independent Samples Mode
1569
1570 The @subcmd{GROUPS} subcommand invokes Independent Samples mode or
1571 `Groups' mode. 
1572 This mode is used to test whether two groups of values have the
1573 same population mean.
1574 In this mode, you must also use the @subcmd{/VARIABLES} subcommand to
1575 tell @pspp{} the dependent variables you wish to test.
1576
1577 The variable given in the @subcmd{GROUPS} subcommand is the independent
1578 variable which determines to which group the samples belong.
1579 The values in parentheses are the specific values of the independent
1580 variable for each group.
1581 If the parentheses are omitted and no values are given, the default values 
1582 of 1.0 and 2.0 are assumed.
1583
1584 If the independent variable is numeric, 
1585 it is acceptable to specify only one value inside the parentheses.
1586 If you do this, cases where the independent variable is
1587 greater than or equal to this value belong to the first group, and cases
1588 less than this value belong to the second group.
1589 When using this form of the @subcmd{GROUPS} subcommand, missing values in
1590 the independent variable are excluded on a listwise basis, regardless
1591 of whether @subcmd{/MISSING=LISTWISE} was specified.
1592
1593
1594 @node Paired Samples Mode
1595 @subsection Paired Samples Mode
1596
1597 The @cmd{PAIRS} subcommand introduces Paired Samples mode.
1598 Use this mode when repeated measures have been taken from the same
1599 samples.
1600 If the @subcmd{WITH} keyword is omitted, then tables for all
1601 combinations of variables given in the @cmd{PAIRS} subcommand are
1602 generated. 
1603 If the @subcmd{WITH} keyword is given, and the @subcmd{(PAIRED)} keyword
1604 is also given, then the number of variables preceding @subcmd{WITH}
1605 must be the same as the number following it.
1606 In this case, tables for each respective pair of variables are
1607 generated.
1608 In the event that the @subcmd{WITH} keyword is given, but the
1609 @subcmd{(PAIRED)} keyword is omitted, then tables for each combination
1610 of variable preceding @subcmd{WITH} against variable following
1611 @subcmd{WITH} are generated.
1612
1613
1614 @node ONEWAY
1615 @section ONEWAY
1616
1617 @vindex ONEWAY
1618 @cindex analysis of variance
1619 @cindex ANOVA
1620
1621 @display
1622 ONEWAY
1623         [/VARIABLES = ] @var{var_list} BY @var{var}
1624         /MISSING=@{ANALYSIS,LISTWISE@} @{EXCLUDE,INCLUDE@}
1625         /CONTRAST= @var{value1} [, @var{value2}] ... [,@var{valueN}]
1626         /STATISTICS=@{DESCRIPTIVES,HOMOGENEITY@}
1627         /POSTHOC=@{BONFERRONI, GH, LSD, SCHEFFE, SIDAK, TUKEY, ALPHA ([@var{value}])@}
1628 @end display
1629
1630 The @cmd{ONEWAY} procedure performs a one-way analysis of variance of
1631 variables factored by a single independent variable.
1632 It is used to compare the means of a population
1633 divided into more than two groups. 
1634
1635 The dependent variables to be analysed should be given in the @subcmd{VARIABLES}
1636 subcommand.  
1637 The list of variables must be followed by the @subcmd{BY} keyword and
1638 the name of the independent (or factor) variable.
1639
1640 You can use the @subcmd{STATISTICS} subcommand to tell @pspp{} to display
1641 ancillary information.  The options accepted are:
1642 @itemize
1643 @item DESCRIPTIVES
1644 Displays descriptive statistics about the groups factored by the independent
1645 variable.
1646 @item HOMOGENEITY
1647 Displays the Levene test of Homogeneity of Variance for the
1648 variables and their groups.
1649 @end itemize
1650
1651 The @subcmd{CONTRAST} subcommand is used when you anticipate certain
1652 differences between the groups.
1653 The subcommand must be followed by a list of numerals which are the
1654 coefficients of the groups to be tested.
1655 The number of coefficients must correspond to the number of distinct
1656 groups (or values of the independent variable).
1657 If the total sum of the coefficients are not zero, then @pspp{} will
1658 display a warning, but will proceed with the analysis.
1659 The @subcmd{CONTRAST} subcommand may be given up to 10 times in order
1660 to specify different contrast tests.
1661 The @subcmd{MISSING} subcommand defines how missing values are handled.
1662 If @subcmd{LISTWISE} is specified then cases which have missing values for 
1663 the independent variable or any dependent variable will be ignored.
1664 If @subcmd{ANALYSIS} is specified, then cases will be ignored if the independent
1665 variable is missing or if the dependent variable currently being 
1666 analysed is missing.  The default is @subcmd{ANALYSIS}.
1667 A setting of @subcmd{EXCLUDE} means that variables whose values are
1668 user-missing are to be excluded from the analysis. A setting of
1669 @subcmd{INCLUDE} means they are to be included.  The default is @subcmd{EXCLUDE}.
1670
1671 Using the @code{POSTHOC} subcommand you can perform multiple
1672 pairwise comparisons on the data. The following comparison methods
1673 are available:
1674 @itemize
1675 @item @subcmd{LSD}
1676 Least Significant Difference.
1677 @item @subcmd{TUKEY}
1678 Tukey Honestly Significant Difference.
1679 @item @subcmd{BONFERRONI}
1680 Bonferroni test.
1681 @item @subcmd{SCHEFFE}
1682 Scheff@'e's test.
1683 @item @subcmd{SIDAK}
1684 Sidak test.
1685 @item @subcmd{GH}
1686 The Games-Howell test.
1687 @end itemize
1688
1689 @noindent
1690 The optional syntax @code{ALPHA(@var{value})} is used to indicate
1691 that @var{value} should be used as the
1692 confidence level for which the posthoc tests will be performed.
1693 The default is 0.05.
1694
1695 @node QUICK CLUSTER
1696 @section QUICK CLUSTER
1697 @vindex QUICK CLUSTER
1698
1699 @cindex K-means clustering
1700 @cindex clustering
1701
1702 @display
1703 QUICK CLUSTER @var{var_list}
1704       [/CRITERIA=CLUSTERS(@var{k}) [MXITER(@var{max_iter})] CONVERGE(@var{epsilon}) [NOINITIAL]]
1705       [/MISSING=@{EXCLUDE,INCLUDE@} @{LISTWISE, PAIRWISE@}]
1706       [/PRINT=@{INITIAL@} @{CLUSTERS@}]
1707 @end display
1708
1709 The @cmd{QUICK CLUSTER} command performs k-means clustering on the
1710 dataset.  This is useful when you wish to allocate cases into clusters
1711 of similar values and you already know the number of clusters.
1712
1713 The minimum specification is @samp{QUICK CLUSTER} followed by the names
1714 of the variables which contain the cluster data.  Normally you will also
1715 want to specify @subcmd{/CRITERIA=CLUSTERS(@var{k})} where @var{k} is the
1716 number of clusters.  If this is not specified, then @var{k} defaults to 2.
1717
1718 If you use @subcmd{/CRITERIA=NOINITIAL} then a naive algorithm to select
1719 the initial clusters is used.   This will provide for faster execution but
1720 less well separated initial clusters and hence possibly an inferior final
1721 result.
1722
1723
1724 @cmd{QUICK CLUSTER} uses an iterative algorithm to select the clusters centers.
1725 The subcommand  @subcmd{/CRITERIA=MXITER(@var{max_iter})} sets the maximum number of iterations.
1726 During classification, @pspp{} will continue iterating until until @var{max_iter}
1727 iterations have been done or the convergence criterion (see below) is fulfilled.
1728 The default value of @var{max_iter} is 2.
1729
1730 If however, you specify @subcmd{/CRITERIA=NOUPDATE} then after selecting the initial centers,
1731 no further update to the cluster centers is done.  In this case, @var{max_iter}, if specified.
1732 is ignored.
1733
1734 The subcommand  @subcmd{/CRITERIA=CONVERGE(@var{epsilon})} is used
1735 to set the convergence criterion.  The value of convergence criterion is  @var{epsilon}
1736 times the minimum distance between the @emph{initial} cluster centers.  Iteration stops when
1737 the  mean cluster distance between  one iteration and the next  
1738 is less than the convergence criterion.  The default value of @var{epsilon} is zero.
1739
1740 The @subcmd{MISSING} subcommand determines the handling of missing variables.  
1741 If @subcmd{INCLUDE} is set, then user-missing values are considered at their face
1742 value and not as missing values.
1743 If @subcmd{EXCLUDE} is set, which is the default, user-missing
1744 values are excluded as well as system-missing values. 
1745
1746 If @subcmd{LISTWISE} is set, then the entire case is excluded from the analysis
1747 whenever any of the clustering variables contains a missing value.   
1748 If @subcmd{PAIRWISE} is set, then a case is considered missing only if all the
1749 clustering variables contain missing values.  Otherwise it is clustered
1750 on the basis of the non-missing values.
1751 The default is @subcmd{LISTWISE}.
1752
1753 The @subcmd{PRINT} subcommand requests additional output to be printed.
1754 If @subcmd{INITIAL} is set, then the initial cluster memberships will
1755 be printed.
1756 If @subcmd{CLUSTERS} is set, the cluster memberships of the individual
1757 cases will be displayed (potentially generating lengthy output).
1758
1759
1760 @node RANK
1761 @section RANK
1762
1763 @vindex RANK
1764 @display
1765 RANK
1766         [VARIABLES=] @var{var_list} [@{A,D@}] [BY @var{var_list}]
1767         /TIES=@{MEAN,LOW,HIGH,CONDENSE@}
1768         /FRACTION=@{BLOM,TUKEY,VW,RANKIT@}
1769         /PRINT[=@{YES,NO@}
1770         /MISSING=@{EXCLUDE,INCLUDE@}
1771
1772         /RANK [INTO @var{var_list}]
1773         /NTILES(k) [INTO @var{var_list}]
1774         /NORMAL [INTO @var{var_list}]
1775         /PERCENT [INTO @var{var_list}]
1776         /RFRACTION [INTO @var{var_list}]
1777         /PROPORTION [INTO @var{var_list}]
1778         /N [INTO @var{var_list}]
1779         /SAVAGE [INTO @var{var_list}]
1780 @end display
1781
1782 The @cmd{RANK} command ranks variables and stores the results into new
1783 variables. 
1784
1785 The @subcmd{VARIABLES} subcommand, which is mandatory, specifies one or
1786 more variables whose values are to be ranked.  
1787 After each variable, @samp{A} or @samp{D} may appear, indicating that
1788 the variable is to be ranked in ascending or descending order.
1789 Ascending is the default.
1790 If a @subcmd{BY} keyword appears, it should be followed by a list of variables
1791 which are to serve as group variables.  
1792 In this case, the cases are gathered into groups, and ranks calculated
1793 for each group.
1794
1795 The @subcmd{TIES} subcommand specifies how tied values are to be treated.  The
1796 default is to take the mean value of all the tied cases.
1797
1798 The @subcmd{FRACTION} subcommand specifies how proportional ranks are to be
1799 calculated.  This only has any effect if @subcmd{NORMAL} or @subcmd{PROPORTIONAL} rank
1800 functions are requested.
1801
1802 The @subcmd{PRINT} subcommand may be used to specify that a summary of the rank
1803 variables created should appear in the output.
1804
1805 The function subcommands are @subcmd{RANK}, @subcmd{NTILES}, @subcmd{NORMAL}, @subcmd{PERCENT}, @subcmd{RFRACTION},
1806 @subcmd{PROPORTION} and @subcmd{SAVAGE}.  Any number of function subcommands may appear.
1807 If none are given, then the default is RANK.
1808 The @subcmd{NTILES} subcommand must take an integer specifying the number of
1809 partitions into which values should be ranked.
1810 Each subcommand may be followed by the @subcmd{INTO} keyword and a list of
1811 variables which are the variables to be created and receive the rank
1812 scores.  There may be as many variables specified as there are
1813 variables named on the @subcmd{VARIABLES} subcommand.  If fewer are specified,
1814 then the variable names are automatically created.
1815
1816 The @subcmd{MISSING} subcommand determines how user missing values are to be
1817 treated. A setting of @subcmd{EXCLUDE} means that variables whose values are
1818 user-missing are to be excluded from the rank scores. A setting of
1819 @subcmd{INCLUDE} means they are to be included.  The default is @subcmd{EXCLUDE}.
1820
1821 @include regression.texi
1822
1823
1824 @node RELIABILITY
1825 @section RELIABILITY
1826
1827 @vindex RELIABILITY
1828 @display
1829 RELIABILITY
1830         /VARIABLES=@var{var_list}
1831         /SCALE (@var{name}) = @{@var{var_list}, ALL@}
1832         /MODEL=@{ALPHA, SPLIT[(@var{n})]@}
1833         /SUMMARY=@{TOTAL,ALL@}
1834         /MISSING=@{EXCLUDE,INCLUDE@}
1835 @end display
1836
1837 @cindex Cronbach's Alpha
1838 The @cmd{RELIABILITY} command performs reliability analysis on the data.
1839
1840 The @subcmd{VARIABLES} subcommand is required. It determines the set of variables 
1841 upon which analysis is to be performed.
1842
1843 The @subcmd{SCALE} subcommand determines which variables reliability is to be 
1844 calculated for.  If it is omitted, then analysis for all variables named
1845 in the @subcmd{VARIABLES} subcommand will be used.
1846 Optionally, the @var{name} parameter may be specified to set a string name 
1847 for the scale.
1848
1849 The @subcmd{MODEL} subcommand determines the type of analysis. If @subcmd{ALPHA} is specified, 
1850 then Cronbach's Alpha is calculated for the scale.  If the model is @subcmd{SPLIT}, 
1851 then the variables  are divided into 2 subsets.  An optional parameter 
1852 @var{n} may be given, to specify how many variables to be in the first subset.
1853 If @var{n} is omitted, then it defaults to one half of the variables in the 
1854 scale, or one half minus one if there are an odd number of variables.
1855 The default model is @subcmd{ALPHA}.
1856
1857 By default, any cases with user missing, or system missing values for 
1858 any variables given 
1859 in the @subcmd{VARIABLES} subcommand will be omitted from analysis.
1860 The @subcmd{MISSING} subcommand determines whether user missing values are to 
1861 be included or excluded in the analysis.
1862
1863 The @subcmd{SUMMARY} subcommand determines the type of summary analysis to be performed.
1864 Currently there is only one type: @subcmd{SUMMARY=TOTAL}, which displays per-item
1865 analysis tested against the totals.
1866
1867
1868
1869 @node ROC
1870 @section ROC
1871
1872 @vindex ROC
1873 @cindex Receiver Operating Characteristic
1874 @cindex Area under curve
1875
1876 @display
1877 ROC     @var{var_list} BY @var{state_var} (@var{state_value})
1878         /PLOT = @{ CURVE [(REFERENCE)], NONE @}
1879         /PRINT = [ SE ] [ COORDINATES ]
1880         /CRITERIA = [ CUTOFF(@{INCLUDE,EXCLUDE@}) ]
1881           [ TESTPOS (@{LARGE,SMALL@}) ]
1882           [ CI (@var{confidence}) ]
1883           [ DISTRIBUTION (@{FREE, NEGEXPO @}) ]
1884         /MISSING=@{EXCLUDE,INCLUDE@}
1885 @end display
1886
1887
1888 The @cmd{ROC} command is used to plot the receiver operating characteristic curve 
1889 of a dataset, and to estimate the area under the curve.
1890 This is useful for analysing the efficacy of a variable as a predictor of a state of nature.
1891
1892 The mandatory @var{var_list} is the list of predictor variables.
1893 The variable @var{state_var} is the variable whose values represent the actual states, 
1894 and @var{state_value} is the value of this variable which represents the positive state.
1895
1896 The optional subcommand @subcmd{PLOT} is used to determine if and how the @subcmd{ROC} curve is drawn.
1897 The keyword @subcmd{CURVE} means that the @subcmd{ROC} curve should be drawn, and the optional keyword @subcmd{REFERENCE},
1898 which should be enclosed in parentheses, says that the diagonal reference line should be drawn.
1899 If the keyword @subcmd{NONE} is given, then no @subcmd{ROC} curve is drawn.
1900 By default, the curve is drawn with no reference line.
1901
1902 The optional subcommand @subcmd{PRINT} determines which additional tables should be printed.
1903 Two additional tables are available. 
1904 The @subcmd{SE} keyword says that standard error of the area under the curve should be printed as well as
1905 the area itself.
1906 In addition, a p-value under the null hypothesis that the area under the curve equals 0.5 will be
1907 printed.
1908 The @subcmd{COORDINATES} keyword says that a table of coordinates of the @subcmd{ROC} curve should be printed.
1909
1910 The @subcmd{CRITERIA} subcommand has four optional parameters:
1911 @itemize @bullet
1912 @item The @subcmd{TESTPOS} parameter may be @subcmd{LARGE} or @subcmd{SMALL}.
1913 @subcmd{LARGE} is the default, and says that larger values in the predictor variables are to be 
1914 considered positive.  @subcmd{SMALL} indicates that smaller values should be considered positive.
1915
1916 @item The @subcmd{CI} parameter specifies the confidence interval that should be printed.
1917 It has no effect if the @subcmd{SE} keyword in the @subcmd{PRINT} subcommand has not been given.
1918
1919 @item The @subcmd{DISTRIBUTION} parameter determines the method to be used when estimating the area
1920 under the curve.  
1921 There are two possibilities, @i{viz}: @subcmd{FREE} and @subcmd{NEGEXPO}.
1922 The @subcmd{FREE} method uses a non-parametric estimate, and the @subcmd{NEGEXPO} method a bi-negative 
1923 exponential distribution estimate.
1924 The @subcmd{NEGEXPO} method should only be used when the number of positive actual states is
1925 equal to the number of negative actual states.
1926 The default is @subcmd{FREE}.
1927
1928 @item The @subcmd{CUTOFF} parameter is for compatibility and is ignored.
1929 @end itemize
1930
1931 The @subcmd{MISSING} subcommand determines whether user missing values are to 
1932 be included or excluded in the analysis.  The default behaviour is to
1933 exclude them.
1934 Cases are excluded on a listwise basis; if any of the variables in @var{var_list} 
1935 or if the variable @var{state_var} is missing, then the entire case will be 
1936 excluded.