Merge branch 'master' into rewrite-sheet

Conflicts:

lib/gtksheet/automake.mk
po/en_GB.po

Fail more gracefully when the file specified on the command line is
neither system nor portable file.

Fixed problems when configured with --without-libplot

Don't canonicalise pathnames of included files.

Fixes bug #24553

Corrected problem with mismatched linefeed characters.

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Updated British translations.

Rewrote the command line parser using argp.

Reimplemented the command line parser using argp.
Removed some unimplemented options and added the ability
for the gui to open system or portable files whose names
are specified on the command line.

covariance-matrix.c: Added one-pass algorithm to compute covariance
matrices.  New structure covariance_matrix contains the covariance
matrix, related data and member functions. Added different routines to
handle pairwise or listwise deletion of missing values.  Added many
new functions.

glm.q: Changed run_glm to use the new interface to the covariance
matrix. Removed unused function data_pass_one().

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Remove reference to sa_restorer, because it's not part of POSIX.

Prevented compilation on Cygwin.  Reported by unknown-1

New .gitignore file

Fixed return type of design_matrix_get_case_count.

design_matrix_get_case_count was declared as returning a void
but it tried to return a value.  Changed it to returning size_t

glm.q: Removed code to us QR decomposition, which requires the entire data
set to be stored in a matrix.

glm.q: fit_model: New function.

design-matrix.[ch]: Added array of size_t's to store the number of
data for each variable in struct design_matrix. Added accessor
functions design_matrix_increment_case_count,
design_matrix_set_case_count and design_matrix_get_case_count.

covariance_accumulate: New function for one-pass computation of the
covariance matrix.

Added hash table to temporarily store the elements that will be in the
covariance matrix. The hash consists of the new data structure
covariance_accumulator. New functions hash_numeric_alpha,
covariance_accumulator_compare, match_nodes,
covariance_accumulator_free, covariance_hsh_create,
covariance_accumulator_hash, to assist with the hashing.

update_product: New function.

covariance_accumulator_to_matrix: New function to put hash elements
into the covariance matrix.

get_center: New function to center a value prior to adding it to
the covariance matrix.

covariance_matrix_insert: New function to add a value to the
covariance matrix.

Set the DECIMAL point character from the LC_NUMERIC
component of the current locale.

Allow value labels for non integer values.

Mark variables as unused

Make pspp_linreg_with_cov() void, since it doesn't actually return a value.

Use const consistently in linreg routines, to avert warnings.

Fix GCC 4.3 warning about uninitialized structure member.

Fix warning due to unmunge() returning a const string that needs to be freed.

Advise not to build in a directory whose name contains a space or apostrophe.

Thanks to Richard Brittain <Richard.Brittain@dartmouth.edu> for pointing
out the problem.

Add prototype for design_matrix_clone() to design-matrix.h.

Eliminate unused variable.

Fix typo in comment.

Parenthesize more defensively in macro definition.

Eliminate unused code in glm.q, regression.q.

Fix GCC 4.3 warnings about parameters of incomplete type.

Implement variable and data file attributes.

Make str_copy_rpad() behave properly with a DST_SIZE of 0.

Make [ and ] valid tokens in the lexer.

The VARIABLE ATTRIBUTE and DATAFILE ATTRIBUTE commands use [ and ]
to designate array elements.  This is the first use for these tokens
in the language implemented by PSPP, so until now these characters
were rejected with an error whenever they appeared in a syntax file
outside a comment or a quoted string.

Fix build when build and source directories are separate.

Merge commit 'origin/stable'

Conflicts:

tests/automake.mk

Update NEWS for 0.6.1.

Fixed problems when building with --enable-relocatable

Added the INSTALLDIR macro to tests/dissect-sysfile.
Relocated the pathname of the splash screen graphic.

Allow hyphens in {sub}command names.

Extend the lexer so as to allow hypens to appear
in the identifiers which of subcommands.

Add generated c files to .gitignore

Use Gnulib module "regex", to fix linking on Mingw.

The GUI code uses POSIX regular expressions, which Mingw has in a separate
library (-lregex).  We could just search for that library, but by including
our own implementation (via Gnulib) we also work around known bugs in
system regular expression implementations.

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Moved the datasheet testing code out of src/{libspp,data}

Avoids high level things (such as moments) from appearing
in libpspp-core, which prevented it from being used standalone.

Update NEWS for 0.6.1-rc2.

Add ".sav" or ".por" suffix to filename when saving with Save_As

Closes bug #23137

(This is a cross-port of commit 169887f6d6d7bf5c10d5b05786aa3fd252040c93
from the master branch, originally authored and committed by John
Darrington.)

Only use -fgnu89-inline if the compiler actually supports it.

Jason Stover pointed out that we were using -fgnu89-inline even when the
compiler didn't support it.  Obviously that's not good.

Also warn about missing prerequisites as we encounter them (bug #24445).

It can happen that configure bails out in the middle due to some issue
that PSPP cannot directly control; for example, AC_CHECK_SIZEOF exits
unconditionally if it fails.  If this happens then, before, we would fail
to warn about missing required prerequisites that could well have been
the actual cause of the failure, because we only warn about these at
the end of the run.

Now, we warn about missing prerequisites both at time of detection and
in a summary at the end, to head off this problem.

Thanks to Jim Orr for allowing me to notice the problem.

Add note to INSTALL explaining how to use libraries from /usr/local.

Several users have had trouble building PSPP with self-built GSL, etc.
that were installed to /usr/local.  Explain how to do it here to be
more friendly to Unix novices.

Thanks to Jim Orr for making me realize that this was important.

Add pspp-dev.dvi to CLEANFILES.

Automake does not seem to clean this file automatically.  (Is this an
Automake bug?)

Append $(EXEEXT_FOR_BUILD) to output file name when building q2c.

Thanks to "Michel Boaventura" <michel.boaventura@gmail.com> for reporting
this problem and to John Darrington for assisting with the solution.

Update NEWS for 0.6.1 release.

Enable recode unsupported RECODE mappings.

Fixes bug #21578

Avoid the C99-only feature of declaring a variable as part of a for statement.

Avoid bug in GCC 4.3 in hmap-test.  Add comment warning about the bug.

See patch #6637 for additional commentary.

New hmap and hmapx hash table implementations.

These new hash table implementations should yield better performance
than the older one, for at least two reasons.  First, they are based
on "separate chaining" rather than "open addressing", and thus do not
suffer from clustering, which is likely to be an issue with the hash
functions that we have been using.  Second, they are carefully written
to generate simple code that should inline well.

Also, move the existing hash functions into a new pair of files,
src/lib/hash-functions.[ch].  This allows users of the new hash tables
to use them without including the older hash table header.

Updated the description of the --with-gui-tools flag.

Some users were misunderstanding the purpose of this flag,
and using it in normal builds, and suffering the consequences.
This description, hopefully, makes it clear that they don't
need it.

Whitespace changes only

Avoid forcing an int into a void *

Add .la to gitignore

Fixed minor build problems.

Fixed two build problems which crept in when moving to
libtool libraries. One manifested itslef when building
on a system with ncurses in a non-standard place.  The
other when building after configured with --enable-debug

Avoid crash when recovering from syntax error in RELIABILITY.

Mark variable as unused.

Moved all static libraries to libtool libraries.

By default, this means that both pspp and psppire
will use two shared libraries.  If static libraries
are desired, then this can be achieved by configuring
with LDFLAGS=-static-libtool-libs

Closes patch #6633

Used pow2(x) instead of x * x where appropriate.

Added the /WILCOXON subcommand to NPAR TESTS

Implemented wilcoxon signed rank test.  Thanks to Ben
for review.  Closes patch #6635

Added the MEDIAN function to AGGREGATE.

Users can now aggregate data by the median.
Closes bug #11975

coeff_init: Do not use coeff[0] as the intercept.
rearrange_covariance_matrix: Fix permutation of rows/columns.
run_glm: Account for categorical values.
cmd_glm: Drop double-allocation of model
linreg.h: Declare pspp_linreg_with_cov().

pspp_coeff_var_to_coeff: Guard against a null pointer in coefs[i]->v_info.
regression.q: Pass variable lists to pspp_linreg_cache_alloc.
pspp_linreg_cache_alloc: Take variable lists as arguments to allow easier access
 later and computation of number of coefficients during allocation.
rearrange_covariance_matrix: Use the new stored list of variables in the linreg_cache
     instead of calling pspp_linreg_get_vars().
cache_init: Move computation of n_coeffs to pspp_linreg_cache_alloc().

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Conflicts:

po/en_GB.po

Added some error checking to casereader_create_append_rank

Thanks to Ben Pfaff for this suggestion.

Use pow2 function instead of SQR macro.

Thanks to Ben Pfaff for this suggestion.

Don't append % to count totals.

There was an erroneous '%' appended to the totals for count
values. This change removes it.  Fixes bug #24003

Don't destroy dictionary on error if we didn't create it.

Avoid assertion failure on bad input.  Closes bug #24031

Fixed bug which caused a crash if "end data." was not left aligned.

Added src/math/statistic.h to dist files.

Added README to distributed files

Added new casetranslator for appending ranks.

New function casereader_create_append_rank, which
returns a translating casereader which appends the
rank of the variable upon which the casereader is
sorted.

New function: var_create_internal.

Added a new function for creating "internal" variables.
Ie, those which don't appear in any dictionary, and
are for the purposes of internal calculations.

Downgraded mismatched gtk warning.

Changed the notice about mismatched gtk version from g_critical
to g_warning, since usually it's not particularly serious.

Implemented the reliability command.

Added a cut down version of the reliability command.
This version supports calculation of the Cronbach alpha
statistic.  Closes bug #24021

Do not use const in pspp_linreg_get_vars. Use correct covariance
matrix in pspp_linreg_with_cov. Initialize model cache in glm.q

Add ".sav" or ".por" suffix to filename when saving with Save_As

Closes bug #23137

Add n_missing argument to casereader_create_filter_missing

Add a new argument to casereader_create_filter_missing, which,
if non-null, receives the number of cases filtered out by the
new reader.  Update all callers of this function.

Fixed some issues calculating percentiles when missing values are involved.

Added an extra argument to order_stats_accumulate, to indicate which classes
of missing values should be excluded.  Added an internal cumulative weight
counter, to ensure that the declared total weight agrees with that which is
encountered.

Fixed some breakage in comment lines.

Rewrote the EXAMINE command.

Made use of the new casegrouper construct instead of relying on hashes.
Rewrote the percentiles calculations so as not to require dynamically
allocating memory for all the data. Encapsulated many of the other statistics'
calculations, so as to have similar interfaces.

Added design_matrix_clone() to clone a design matrix.

Added some common glob patterns to .gitignore

Oops.  Neglected to add new files.

Actually I'm *sure* that I did do "git add" on all these,
but for whatever reason git didn't check them in.
Hopefully it's right this time.  One day I'll work out
how to use git effectively.  One day ...

Add casereader_create_append_numeric function.

This change provides a new casereader translator which
appends a numeric value to casereader; the value to be
determined by a user supplied function.

Added a n_missing parameter to casereader_create_filter_missing.

Also update all callers.  Thanks to Ben for reviewing this patch.

Complete re-implementation of the EXAMINE command.

The implementation now avoids storing large amounts of data on the
heap.  Instead it uses the casereader functionality and
the casegrouper structure instead of hashes to store group data.
Added documentation for the /ID subcommand which was missing.

Better encapsulated the calculation of boxplot data, extreme
values, histograms, NP plots and percentiles and others. Made
the start of a common base interface for statistic calculations.
Also updated the frequencies code to fit new interfaces.

Added a test for bug #23852

Renumber development branch (master) to 0.7.0

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Work around bug #24033 (appending to output in cygwin).

Cygwin (and perhaps other w32 platforms) cannot write to a file
whilst it is open for reading.  This kludge therefore closes the
output after pasting into the output viewer and re-opens when new
data is appended.  It'll be slow if the output file becomes large.

Start generating ChangeLog automatically from Git commit messages.

Thus, at the same time we rename the existing ChangeLog files to
OChangeLog and add them to EXTRA_DIST to make sure that they get
distributed.

Estimate parameters. Moved some code to re-usable functions.

Pointer DEPVAR is now required to be set correctly in linreg.c

Initial versions of functions to estimate parameters
via the covariance matrix

Initialise label for piechart slices.
(Closes bug #24014

Bump minor version number so that git builds are distinct from released version

Use standard C99 isfinite, isnan, isinf in place of GSL substitutes.

In change a9afcdd22, "Use gsl_isnan instead of isnan, ...," isfinite,
isnan, and isinf were changed to use the GSL substitutes because of
lack of portability of the C99 versions.  Now, gnulib has portable
versions of all of these, so change them back.

This commit changes calls to gsl_finite() to call isfinite() instead
of the equivalent finite().  isfinite() is correct here: both gsl_finite()
and finite() return true for NaNs, which is a surprising result given
that a NaN is definitely not finite, but isfinite() returns false and,
more importantly, behaves as actually wanted in each place it is used
in PSPP code.

This commit requires upgrading gnulib to at least change 5183a0e3c,
"Add missing dependencies on new m4/exponent[fdl].m4 files," or later,
and re-running "make -f Smake".