Merge commit 'origin/stable'

Conflicts:

tests/automake.mk

Update NEWS for 0.6.1.

Fixed problems when building with --enable-relocatable

Added the INSTALLDIR macro to tests/dissect-sysfile.
Relocated the pathname of the splash screen graphic.

Allow hyphens in {sub}command names.

Extend the lexer so as to allow hypens to appear
in the identifiers which of subcommands.

Add generated c files to .gitignore

Use Gnulib module "regex", to fix linking on Mingw.

The GUI code uses POSIX regular expressions, which Mingw has in a separate
library (-lregex).  We could just search for that library, but by including
our own implementation (via Gnulib) we also work around known bugs in
system regular expression implementations.

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Moved the datasheet testing code out of src/{libspp,data}

Avoids high level things (such as moments) from appearing
in libpspp-core, which prevented it from being used standalone.

Update NEWS for 0.6.1-rc2.

Add ".sav" or ".por" suffix to filename when saving with Save_As

Closes bug #23137

(This is a cross-port of commit 169887f6d6d7bf5c10d5b05786aa3fd252040c93
from the master branch, originally authored and committed by John
Darrington.)

Only use -fgnu89-inline if the compiler actually supports it.

Jason Stover pointed out that we were using -fgnu89-inline even when the
compiler didn't support it.  Obviously that's not good.

Also warn about missing prerequisites as we encounter them (bug #24445).

It can happen that configure bails out in the middle due to some issue
that PSPP cannot directly control; for example, AC_CHECK_SIZEOF exits
unconditionally if it fails.  If this happens then, before, we would fail
to warn about missing required prerequisites that could well have been
the actual cause of the failure, because we only warn about these at
the end of the run.

Now, we warn about missing prerequisites both at time of detection and
in a summary at the end, to head off this problem.

Thanks to Jim Orr for allowing me to notice the problem.

Add note to INSTALL explaining how to use libraries from /usr/local.

Several users have had trouble building PSPP with self-built GSL, etc.
that were installed to /usr/local.  Explain how to do it here to be
more friendly to Unix novices.

Thanks to Jim Orr for making me realize that this was important.

Add pspp-dev.dvi to CLEANFILES.

Automake does not seem to clean this file automatically.  (Is this an
Automake bug?)

Append $(EXEEXT_FOR_BUILD) to output file name when building q2c.

Thanks to "Michel Boaventura" <michel.boaventura@gmail.com> for reporting
this problem and to John Darrington for assisting with the solution.

Update NEWS for 0.6.1 release.

Enable recode unsupported RECODE mappings.

Fixes bug #21578

Avoid the C99-only feature of declaring a variable as part of a for statement.

Avoid bug in GCC 4.3 in hmap-test.  Add comment warning about the bug.

See patch #6637 for additional commentary.

New hmap and hmapx hash table implementations.

These new hash table implementations should yield better performance
than the older one, for at least two reasons.  First, they are based
on "separate chaining" rather than "open addressing", and thus do not
suffer from clustering, which is likely to be an issue with the hash
functions that we have been using.  Second, they are carefully written
to generate simple code that should inline well.

Also, move the existing hash functions into a new pair of files,
src/lib/hash-functions.[ch].  This allows users of the new hash tables
to use them without including the older hash table header.

Updated the description of the --with-gui-tools flag.

Some users were misunderstanding the purpose of this flag,
and using it in normal builds, and suffering the consequences.
This description, hopefully, makes it clear that they don't
need it.

Whitespace changes only

Avoid forcing an int into a void *

Add .la to gitignore

Fixed minor build problems.

Fixed two build problems which crept in when moving to
libtool libraries. One manifested itslef when building
on a system with ncurses in a non-standard place.  The
other when building after configured with --enable-debug

Avoid crash when recovering from syntax error in RELIABILITY.

Mark variable as unused.

Moved all static libraries to libtool libraries.

By default, this means that both pspp and psppire
will use two shared libraries.  If static libraries
are desired, then this can be achieved by configuring
with LDFLAGS=-static-libtool-libs

Closes patch #6633

Used pow2(x) instead of x * x where appropriate.

Added the /WILCOXON subcommand to NPAR TESTS

Implemented wilcoxon signed rank test.  Thanks to Ben
for review.  Closes patch #6635

Added the MEDIAN function to AGGREGATE.

Users can now aggregate data by the median.
Closes bug #11975

coeff_init: Do not use coeff[0] as the intercept.
rearrange_covariance_matrix: Fix permutation of rows/columns.
run_glm: Account for categorical values.
cmd_glm: Drop double-allocation of model
linreg.h: Declare pspp_linreg_with_cov().

pspp_coeff_var_to_coeff: Guard against a null pointer in coefs[i]->v_info.
regression.q: Pass variable lists to pspp_linreg_cache_alloc.
pspp_linreg_cache_alloc: Take variable lists as arguments to allow easier access
 later and computation of number of coefficients during allocation.
rearrange_covariance_matrix: Use the new stored list of variables in the linreg_cache
     instead of calling pspp_linreg_get_vars().
cache_init: Move computation of n_coeffs to pspp_linreg_cache_alloc().

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Conflicts:

po/en_GB.po

Added some error checking to casereader_create_append_rank

Thanks to Ben Pfaff for this suggestion.

Use pow2 function instead of SQR macro.

Thanks to Ben Pfaff for this suggestion.

Don't append % to count totals.

There was an erroneous '%' appended to the totals for count
values. This change removes it.  Fixes bug #24003

Don't destroy dictionary on error if we didn't create it.

Avoid assertion failure on bad input.  Closes bug #24031

Fixed bug which caused a crash if "end data." was not left aligned.

Added src/math/statistic.h to dist files.

Added README to distributed files

Added new casetranslator for appending ranks.

New function casereader_create_append_rank, which
returns a translating casereader which appends the
rank of the variable upon which the casereader is
sorted.

New function: var_create_internal.

Added a new function for creating "internal" variables.
Ie, those which don't appear in any dictionary, and
are for the purposes of internal calculations.

Downgraded mismatched gtk warning.

Changed the notice about mismatched gtk version from g_critical
to g_warning, since usually it's not particularly serious.

Implemented the reliability command.

Added a cut down version of the reliability command.
This version supports calculation of the Cronbach alpha
statistic.  Closes bug #24021

Do not use const in pspp_linreg_get_vars. Use correct covariance
matrix in pspp_linreg_with_cov. Initialize model cache in glm.q

Add ".sav" or ".por" suffix to filename when saving with Save_As

Closes bug #23137

Add n_missing argument to casereader_create_filter_missing

Add a new argument to casereader_create_filter_missing, which,
if non-null, receives the number of cases filtered out by the
new reader.  Update all callers of this function.

Fixed some issues calculating percentiles when missing values are involved.

Added an extra argument to order_stats_accumulate, to indicate which classes
of missing values should be excluded.  Added an internal cumulative weight
counter, to ensure that the declared total weight agrees with that which is
encountered.

Fixed some breakage in comment lines.

Rewrote the EXAMINE command.

Made use of the new casegrouper construct instead of relying on hashes.
Rewrote the percentiles calculations so as not to require dynamically
allocating memory for all the data. Encapsulated many of the other statistics'
calculations, so as to have similar interfaces.

Added design_matrix_clone() to clone a design matrix.

Added some common glob patterns to .gitignore

Oops.  Neglected to add new files.

Actually I'm *sure* that I did do "git add" on all these,
but for whatever reason git didn't check them in.
Hopefully it's right this time.  One day I'll work out
how to use git effectively.  One day ...

Add casereader_create_append_numeric function.

This change provides a new casereader translator which
appends a numeric value to casereader; the value to be
determined by a user supplied function.

Added a n_missing parameter to casereader_create_filter_missing.

Also update all callers.  Thanks to Ben for reviewing this patch.

Complete re-implementation of the EXAMINE command.

The implementation now avoids storing large amounts of data on the
heap.  Instead it uses the casereader functionality and
the casegrouper structure instead of hashes to store group data.
Added documentation for the /ID subcommand which was missing.

Better encapsulated the calculation of boxplot data, extreme
values, histograms, NP plots and percentiles and others. Made
the start of a common base interface for statistic calculations.
Also updated the frequencies code to fit new interfaces.

Added a test for bug #23852

Renumber development branch (master) to 0.7.0

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Work around bug #24033 (appending to output in cygwin).

Cygwin (and perhaps other w32 platforms) cannot write to a file
whilst it is open for reading.  This kludge therefore closes the
output after pasting into the output viewer and re-opens when new
data is appended.  It'll be slow if the output file becomes large.

Start generating ChangeLog automatically from Git commit messages.

Thus, at the same time we rename the existing ChangeLog files to
OChangeLog and add them to EXTRA_DIST to make sure that they get
distributed.

Estimate parameters. Moved some code to re-usable functions.

Pointer DEPVAR is now required to be set correctly in linreg.c

Initial versions of functions to estimate parameters
via the covariance matrix

Initialise label for piechart slices.
(Closes bug #24014

Bump minor version number so that git builds are distinct from released version

Use standard C99 isfinite, isnan, isinf in place of GSL substitutes.

In change a9afcdd22, "Use gsl_isnan instead of isnan, ...," isfinite,
isnan, and isinf were changed to use the GSL substitutes because of
lack of portability of the C99 versions.  Now, gnulib has portable
versions of all of these, so change them back.

This commit changes calls to gsl_finite() to call isfinite() instead
of the equivalent finite().  isfinite() is correct here: both gsl_finite()
and finite() return true for NaNs, which is a surprising result given
that a NaN is definitely not finite, but isfinite() returns false and,
more importantly, behaves as actually wanted in each place it is used
in PSPP code.

This commit requires upgrading gnulib to at least change 5183a0e3c,
"Add missing dependencies on new m4/exponent[fdl].m4 files," or later,
and re-running "make -f Smake".

Constness

Changed the default WORKSPACE value to 64MB.
Corrected documentation of WORKSPACE.
When --testing-mode is set, workspace can now be arbitrarily low.

New function for adding a numbering column to a casereader.

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Conflicts:

src/math/ChangeLog

Merge with recent change by Jason.

Removed the value_cnt associated with the caseordering
Made sure that sort_execute returns a casereader the same
dimensions as its subject.

Dropped weight argument. Corrected update of entries of the covariance matrix

No longer store entire data set in memory.
Accumulate covariance matrix using covariance_pass_two

Why does git only commit some of the changes if you don't pass the -a flag?

Deleted lib/gsl-extras and updated gsl dependence to 1.8

Recurse to simplify flow of covariance_pass_two(). Move tests for V2 into for loop.

Merge branch 'master' of ssh://jstover@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Fixed update of covariance matrix when both variables are categorical.
Added function to access counted categories.

Make PSPP_LINK2_IFELSE macro work with Autoconf earlier than 2.62.

Fixed updating of covariance matrix when both variables
are categorical. Reported by John Darrington

Added functions to compute covariance matrix.

Autodetect and fix GSL use of GCC-style "extern inline".

Enable users of dist tarballs to use --enable-gui-tools.

Formerly, we didn't distribute the necessary files.

Remove 'de' from LINGUAS and delete po/de.po.

Suggested by Andreas Streichardt <mop@globalpark.de>, who points out
that the poor German translations annoy German users.

Remove obsolete .gitignore entries.

Remove files from .gitignore that are specific to blp's workflow.

These files to ignore are supposed to be listed in the user's
core.gitexcludes file (see gitignore(5)), not in the repository's
.gitignore files.

Rename .cvsignore files to .gitignore.

Thus, Git will now ignore the same files that CVS did.

Fixed bug 23567. Added accessor functions to get/set means and standard deviations for variables associated with struct coeffs. Fixed corresponding values in tests.

removed src/math/linreg/

moved src/math/linreg.[ch] to src/math

Fix typo in AC_PREREQ command name.

Final changes for 0.6.0 release.

Updated about dialog text.

Updated authors' contributions.

Fixed bugs which manifested themselves as bus errors on solaris.

Added a --enable-anachronistic-dependencies flag to configure, which allows psppire to be built against older versions of GTK and other libraries.

Applied patch #6515 : Allow dlls to be built on w32 platforms

Made all the tests respect the PSPP_TEST_NO_CLEANUP environment variable.