Rewrite the I/O port code.

The contents of these functions was derived from code used in the
Massachusetts Institute of Technology's 6.828 advanced operating
systems course.

I deleted the contents of these functions and then rewrote them from
scratch without reference to the earlier code, working only from the
function comments (which I wrote earlier).

added section "Accessing User Memory", including explanation of why
pinning is necessary
added FAQ for why stack growth may cause page faults above stack pointer
minor edits to other sections

fixed backtrace to work with -O (now conforms to
http://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc/Return-Address.html )

added btthreadall to dump all threads
added loadusersymbols to load user symbols from file
updated documentation to reflect behavior of qemu's and bochs's gdbstubs

Implement a proper block layer with partition support.

This is in preparation for introducing new block devices, in
particular USB storage-based block devices so that Pintos can boot
from USB memory sticks on notebook and desktop PCs.

This block layer was inspired by one from Anthony Romano
<chz@vt.edu> but it has been extensively (perhaps entirely) rewritten.
Thus, bugs must certainly be blamed on the committer.

Make backtraces slightly more reliable.

We now ignore pointers that are not null but still clearly wild.

We could check that there's really a valid PDE and PTE (I think Linux
does this) but it would take more code and be ugly.

Add PC speaker driver and connect it to '\a' in the VGA console.

Based on code from Anthony Romano <chz@vt.edu> but with extensive changes.

Rename ram_pages to init_ram_pages.

This makes it conform to the Pintos convention that a global symbol name
begin with its module's name.

Get rid of power_off_when_done global variable.

This global variable was not named according to the convention that a
global variable name start with its module name.  Furthermore, its usage
was somewhat scattered across the source tree.

This commit introduces new functions shutdown() and shutdown_configure()
to improve the situation.

Remove prototypes for removed functions power_off(), reboot().

Ignore files produced by "makeinfo".

Mark shutdown_reboot() and shutdown_power_off() as NO_RETURN.

Also, make shutdown_reboot() actually behave that way, by trying to reboot
forever instead of giving up after some number of tries.

Allow Bochs users to reboot by clicking the "user" button.

The "user_shortcut" Bochs option allows specifying a key combination to
send to the VM when the user clicks on the "user" button in the Bochs
headerbar.

From Godmar, crossported from his usb-integration-aug08 branch.

Terminate the backtrace that debug_backtrace() would output.

From Godmar, crossported from his usb-integration-aug08 branch.

Use 9600 bps for Pintos serial, to match the speed used by the loader.

It is important that Pintos and its loader use the same serial speed, so
that a terminal program connected to a serial port can be set to a sane
speed.  The ideal choice would be 115200 bps, for maximum speed, but the
Pintos loader uses the BIOS to do serial output, and the BIOS supports a
maximum speed of 9600 bps.

From Godmar, crossported from his usb-integration-aug08 branch.

Move reboot() and power_off() to new file, and rename to fit convention.

added note regarding console lock

Correct comment describing list_remove() behavior.

Thanks to Godmar for pointing out the problem.

Add FAQ item to explain doubled test names in output.

Suggested by Godmar.

Eliminate user_page_limit global symbol.

The name "user_page_limit" did not follow the naming convention, which
stated that its name should start with palloc_ since it is defined in
palloc.c.  But it was only used in one function, so it was better off
as a function parameter anyhow.

Found by Godmar with his process-linker-map.pl.

Don't make interrupt stubs global symbols.

The stubs are only referenced within intr-stubs.S so there is no reason
for them to be exported.

Found with Godmar's process-linker-map.pl.

Rename base_page_dir to init_page_dir.

This makes its name fit the convention that the file name is used as
a prefix for global symbol names.

Found by Godmar with his process-linker-map.pl script.

Rename schedule_tail() to thread_schedule_tail().

This makes its name fit the convention that the file name is used as
a prefix for global symbol names.

Found by Godmar with his process-linker-map.pl script.

Make kernel_pool, user_pool static, since they are used only in palloc.c

Found by Godmar with his process-linker-map.pl.

Rename .cvsignore files to .gitignore.

removed trailing whitespace

clarified specification for wait() system call

added documentation for thread_foreach functions

Always make the scratch disk an even multiple of a cylinder in size.

The pintos script tried to do so before but "print" and "syswrite"
are buffered differently and interfere with one another.

Thanks to Karan Misra <kmisra@stanford.edu> for pointing out the
problem and confirming the solution.

- added thread_foreach
- added debug_backtrace_all
- updated P1 solution to take advantage of this new code

removed 'address' option for Bochs.
It makes Bochs > 2.2.6 fail with "[MEM0 ] ROM: System BIOS must end at 0xfffff"
and, according to http://www.nabble.com/Strange-error-message-when-bringing-up-a-CVS-build-td7532679.html
isn't even necessary for 2.2.6

cleaned up comments for reboot code and adopted GNU coding standards

Reboot when Ctrl+Alt+Del is pressed.

Suggested by Anthony Romano.
Implementation with assistance from and reviewed by Godmar Back.

Improve comments.

Suggested by Godmar Back.

New option -r to reboot the VM after actions are complete.

From Godmar Back, with minor tweaks.

Use standard POSIX "ustar" format for the scratch disk.

This should make it easier to work with scratch disks directly,
instead of through the "pintos" script.

With naming suggestion from Godmar Back.

RTC support.

Adapted from Anthony Romano's patch with the following changes:

        * Style adjusted to fit rest of Pintos.

        * Don't modify the RTC registers.  It shouldn't be necessary.
          We shouldn't need any initialization in fact.

        * Drop rtc_set_time stub.

        * Do handle time advancing while reading the RTC registers in
          rtc_get_time, using the strategy from Linux.

        * Fix leap year handling: adding (year / 4) * 24 * 60 * 60 is
          wrong for first 2 months of a leap year; the test (year & 4)
          should be (year % 4).

        * Simplify month code.

        * Drop enable_rtc_int, disable_rtc_int, rtc_updating that are
          not needed.

        * Update documentation.

Use macros for 8259A PIC registers, instead of writing them literally.

Based on patch from Anthony Romano <chz@vt.edu>, so update authorship
information given that Anthony is going to be contributing quite a
bit.

Use --build-id=none to avoid build-id sections on FC8.

These build-id sections cause the Pintos ELF loader to reject
binaries.  The preferred way to eliminate them would be to add
/DISCARD/ : { *(.note.gnu.build-id) }
to the linker script, but (as reported by Godmar Back) this causes a
segmentation fault in ld, as reported in a bug filed at:
http://sourceware.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=5025

Fix asm constraints to avoid SI, DI for byte and word access.
Thanks to Ed Lyle Karrels <karrels@stanford.edu> for reporting the
problem.

Fix bug in --sim and --debug options reported by Bob Lantz.

Specify rounding for priority calculations.

Pointed out by Ed Karrels <karrels@stanford.edu>.

No longer recommend SourceForge.

Really it seems like a bad idea for students.

Make recent Texinfo accept devel.texi.

Wording improvements, from "Valentin I. Spitkovsky"
<vspitkovsky@yahoo.com>.

Reference to threads/exception.c should be to userprog/exception.c.

Thanks to Matt Jones <mkjones@stanford.edu> for reporting this bug.

Explain why a null pointer sentinel must be pushed on the stack.
From Valentin I. Spitkovsky <vspitkovsky@yahoo.com>.

Grammar fixes.
From Valentin I. Spitkovsky <vspitkovsky@yahoo.com>.

Use -fno-stack-protector with GCC versions that support it, to fix a
linker error on platform on which -fstack-protector is default, such
as recent versions of Ubuntu.

Fix typos.

Reported by Valentin I. Spitkovsky <vspitkovsky@yahoo.com>.

Fix reversal of "acquire" and "release" in Locks section.

Reported by Valentin I. Spitkovsky <vspitkovsky@yahoo.com>.

- moved all instructions that related to local CVS/group setup in localcvsinstructions.texi
- added variables recommendsourceforge, recommendvnc, and recommendcygwin to include/exclude
  recommendations to use sourceforge, VNC, and Cygwin, resp.

- add localsettings.texi which contains Stanford-local macros and variables
- threads.texi - removed comment about being welcome to implement priority donation for semaphores
- vm.texi - added FAQ about how to resume.  It truely is a FAQ, at least here at Tech.
- debug.texi - updated Bochs build instructions

added IGNORE_USER_FAULTS clause to match specification

fixed typo: "pass" should be "fail"

Clean some more files.

Fix warning.

Correctly initialize the esp0 pointer in the TSS for the initial
kernel thread.  Shouldn't actually matter in practice, because that
pointer is only used on a user->kernel transition, and the initial
kernel thread never runs a user process.

Reported by Godmar Back.

Ignore tags and cscope files.

Improve comment on thread_unblock().
Suggested by Godmar Back.

Fix bugs in -j and -r options reported by Godmar Back.

Fix bug in jitter reported by Godmar Back (BIOS wouldn't finish
initializing).

Fix specification of "write" system call to match the file system
implementation and the tests.

Describe cscope.

Delete question about pwd.c program, as agreed with Godmar earlier.

Improve wording.
From Godmar Back.

Explain the semantics of exec in more detail.
From Godmar Back.

Add helpful comment.
From Godmar Back.

Add "cscope" target.

Rename execute_thread() to start_process().
Thanks to Godmar Back for pointing out that it could be better named.

Clarify that create and remove work on files, not on file descriptors.
Thanks to Godmar Back for pointing out the need.

Fix bug in *-persistence tests when prerequisites fail.
Reported by Tanvi Vyas <tanvi@stanford.edu>.

Fix inconstiency in recent_cpu update description.

Fix typo.

Clarify description of "wait" syscall.  Thanks to Evan Kutter
<ejk@stanford.edu> for describing the issue.

Improve example for "Can a thread's priority change while it is on the
ready queue?" FAQ.  From Godmar Back.

added patch to make bochs work with gdb 6.5

Fix order of checks on load average.
From a CS140 student, via Ben Sapp.

Add i86pc to unames detected as x86 (used by Solaris).
From Michael Gregory <mpgreg@stanford.edu>.

fixed grammar/typo

Set VERBOSE to empty string by default, which prevents an environment
variable named VERBOSE from causing trouble but still allows it to be
overridden by the user on the command line.  (Some of the Stanford
machines set VERBOSE=yes in the environment by default on log-in.)

Remove unnecessary semicolon that gives GNU make 3.80 fits.

Don't call bx_gdbstub_exception when we're not compiling the gdb stub.
Thanks to Godmar Back for pointing this out.

Add -MF to GCC invocation to make ccache happy on Fedora Core 6.

clarified stack limit issue and removed comment about first instruction faulting in stack page

- removed @ref to "printf Reboots" since this no longer applies and the @anchor is gone
- fixed typo print -> printf

adjusted scores for P4 as discussed

Cosmetic fix: make first column wider to account for longer names in p4.

- adjustments to scores for P3 as discussed.
- increased problem size for page-* tests to force eviction

adjustments to scores for P2 as discussed.

- added priority-donate-chain test which tests 8-level deep nested donation
- adjusted weights for P1 Grading file

Separate persistence tests from the extended filesys tests.
Suggested by Godmar Back.

New page-merge-mm, page-merge-stk tests.
Thanks to Godmar Back for suggestion.

Make comment more readable.

Fix expected output.

Don't require distinguishing data and metadata for caching.

Another suggestion for implementation order.

From Godmar.

Fix comment.

When printing a directory tree, indicate explicitly if it's empty.

Parse command-line options much earlier, so that thread_mlfqs is
initialized before thread_init() gets hold of it.

Also allow console output much earlier, by doing initialization
whenever we call into it first and by only trying to take the console
lock after threads have been initialized.

Don't try to take the console lock after the kernel panics, to avoid
getting nailed so hard by bugs in lock_acquire().

Suggested by Godmar Back.

New target to generate cscope.files.