Applied patch set 6 by Ben, derived from Anthony's megapatch, and minor
patches by me.  This introduces, among others:
- booting from BIOS
- PCI support
- USB support
- RTC support
- PCSpeaker support

Use --build-id=none to avoid build-id sections on FC8.

These build-id sections cause the Pintos ELF loader to reject
binaries.  The preferred way to eliminate them would be to add
/DISCARD/ : { *(.note.gnu.build-id) }
to the linker script, but (as reported by Godmar Back) this causes a
segmentation fault in ld, as reported in a bug filed at:
http://sourceware.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=5025

Fix asm constraints to avoid SI, DI for byte and word access.
Thanks to Ed Lyle Karrels <karrels@stanford.edu> for reporting the
problem.

Fix bug in --sim and --debug options reported by Bob Lantz.

Specify rounding for priority calculations.

Pointed out by Ed Karrels <karrels@stanford.edu>.

No longer recommend SourceForge.

Really it seems like a bad idea for students.

Make recent Texinfo accept devel.texi.

Wording improvements, from "Valentin I. Spitkovsky"
<vspitkovsky@yahoo.com>.

Reference to threads/exception.c should be to userprog/exception.c.

Thanks to Matt Jones <mkjones@stanford.edu> for reporting this bug.

Explain why a null pointer sentinel must be pushed on the stack.
From Valentin I. Spitkovsky <vspitkovsky@yahoo.com>.

Grammar fixes.
From Valentin I. Spitkovsky <vspitkovsky@yahoo.com>.

Use -fno-stack-protector with GCC versions that support it, to fix a
linker error on platform on which -fstack-protector is default, such
as recent versions of Ubuntu.

Fix typos.

Reported by Valentin I. Spitkovsky <vspitkovsky@yahoo.com>.

Fix reversal of "acquire" and "release" in Locks section.

Reported by Valentin I. Spitkovsky <vspitkovsky@yahoo.com>.

- moved all instructions that related to local CVS/group setup in localcvsinstructions.texi
- added variables recommendsourceforge, recommendvnc, and recommendcygwin to include/exclude
  recommendations to use sourceforge, VNC, and Cygwin, resp.

- add localsettings.texi which contains Stanford-local macros and variables
- threads.texi - removed comment about being welcome to implement priority donation for semaphores
- vm.texi - added FAQ about how to resume.  It truely is a FAQ, at least here at Tech.
- debug.texi - updated Bochs build instructions

added IGNORE_USER_FAULTS clause to match specification

fixed typo: "pass" should be "fail"

Clean some more files.

Fix warning.

Correctly initialize the esp0 pointer in the TSS for the initial
kernel thread.  Shouldn't actually matter in practice, because that
pointer is only used on a user->kernel transition, and the initial
kernel thread never runs a user process.

Reported by Godmar Back.

Ignore tags and cscope files.

Improve comment on thread_unblock().
Suggested by Godmar Back.

Fix bugs in -j and -r options reported by Godmar Back.

Fix bug in jitter reported by Godmar Back (BIOS wouldn't finish
initializing).

Fix specification of "write" system call to match the file system
implementation and the tests.

Describe cscope.

Delete question about pwd.c program, as agreed with Godmar earlier.

Improve wording.
From Godmar Back.

Explain the semantics of exec in more detail.
From Godmar Back.

Add helpful comment.
From Godmar Back.

Add "cscope" target.

Rename execute_thread() to start_process().
Thanks to Godmar Back for pointing out that it could be better named.

Clarify that create and remove work on files, not on file descriptors.
Thanks to Godmar Back for pointing out the need.

Fix bug in *-persistence tests when prerequisites fail.
Reported by Tanvi Vyas <tanvi@stanford.edu>.

Fix inconstiency in recent_cpu update description.

Fix typo.

Clarify description of "wait" syscall.  Thanks to Evan Kutter
<ejk@stanford.edu> for describing the issue.

Improve example for "Can a thread's priority change while it is on the
ready queue?" FAQ.  From Godmar Back.

added patch to make bochs work with gdb 6.5

Fix order of checks on load average.
From a CS140 student, via Ben Sapp.

Add i86pc to unames detected as x86 (used by Solaris).
From Michael Gregory <mpgreg@stanford.edu>.

fixed grammar/typo

Set VERBOSE to empty string by default, which prevents an environment
variable named VERBOSE from causing trouble but still allows it to be
overridden by the user on the command line.  (Some of the Stanford
machines set VERBOSE=yes in the environment by default on log-in.)

Remove unnecessary semicolon that gives GNU make 3.80 fits.

Don't call bx_gdbstub_exception when we're not compiling the gdb stub.
Thanks to Godmar Back for pointing this out.

Add -MF to GCC invocation to make ccache happy on Fedora Core 6.

clarified stack limit issue and removed comment about first instruction faulting in stack page

- removed @ref to "printf Reboots" since this no longer applies and the @anchor is gone
- fixed typo print -> printf

adjusted scores for P4 as discussed

Cosmetic fix: make first column wider to account for longer names in p4.

- adjustments to scores for P3 as discussed.
- increased problem size for page-* tests to force eviction

adjustments to scores for P2 as discussed.

- added priority-donate-chain test which tests 8-level deep nested donation
- adjusted weights for P1 Grading file

Separate persistence tests from the extended filesys tests.
Suggested by Godmar Back.

New page-merge-mm, page-merge-stk tests.
Thanks to Godmar Back for suggestion.

Make comment more readable.

Fix expected output.

Don't require distinguishing data and metadata for caching.

Another suggestion for implementation order.

From Godmar.

Fix comment.

When printing a directory tree, indicate explicitly if it's empty.

Parse command-line options much earlier, so that thread_mlfqs is
initialized before thread_init() gets hold of it.

Also allow console output much earlier, by doing initialization
whenever we call into it first and by only trying to take the console
lock after threads have been initialized.

Don't try to take the console lock after the kernel panics, to avoid
getting nailed so hard by bugs in lock_acquire().

Suggested by Godmar Back.

New target to generate cscope.files.

Make it possible to ignore page faults in GDB.
From su.class.cs140 and Godmar Back.

Revert the bitmap randomization change, which had the side effect of
causing enough disk fragmentation for the base (extent-based) file
system that in some cases tests would fail.  Also, it confused the
hell out of everyone.  Failed experiment.

When reading files out of the scratch disk, don't die with an error
exit code if there's a bad signature, because that's a guest error not
a host error.  (If we do exit with an error code, it fouls up the
grading process.)  Instead, just make sure that the host file(s) we
were supposed to retrieve is unlinked.

Fix error message when archive fails to open.

Explain that multiple file descriptors for a single file are
independent.
From Godmar Back.

Note that struct file, struct dir are per-thread.
From Godmar Back.

Add Project 4 Suggested Order of Implementation section,
from slides written by Godmar Back.

Explain better what we expect from the buffer cache.

Use mkdir, not create.
Thanks to "Yuriy" for reporting this bug.

Clarify condition on BUF_SIZE in monitor example.
Thanks to Terje Mathiesen for pointing out this issue.

Add comment.

Drop use of volatile in favor of explicit memory barriers.
Document this use of barriers.

Also verify that running "make clean" deletes all the files in the
build directory except for the Makefile itself.

Clean tests/vm/zeros.

Adopt consistent style in asm statements.

Add memory clobbers to several asm statements,
to prevent reordering.

Make sure loops_per_tick doesn't overflow to zero.

Also clean results, grade.

Add "memory" as clobber to the asm used by barrier().
Otherwise at least some versions of GCC assume that no changes to
memory can take place.

Also clean bochsout.txt, bochsrc.txt.

Minor style updates.

Rewrite of multi-oom.  Now descends 10 times and expects to reach the same
depth every time.  In addition, fires off some children that consume resources
and then crash.  Much more difficult than before.

- when ignoring exit codes, ignore exit(-1) also (previously didn't allow '-')

make loop counter volatile to prevent gcc4.1 from optimizing away entire loop body

added accidentally omitted $ to make operand immediate

clarify use of timer_sleep or acceptable alternatives for implementing
write-behind cache flushing.

Clarify purpose and rationale.
From Godmar Back.

Remove O_EXCL from flags used to create files to be copied out of a
Pintos scratch disk, in get_scratch_file.
Thanks to Godmar Back for pointing out the problem.

Delete .tar, .get-output, and .get-errors files on "clean" target.
Thanks to Godmar Back for pointing out the problem.

added IGNORE_USER_FAULTS flag - so students may report failed stack growth

corrected wrong statement about content of f->esp when page fault
occurs in kernel mode.  See [IA32-v3a], figure 5.4 in section 5.12.1.1.

Improve comment.

Sleep until recent_cpu actually decays.

Add hints about not doing too much work in timer interrupt.

Fix message.
From Godmar Back.

When out of memory+swap, just panic the kernel.

Add -O to CFLAGS to try to catch uninitialized variable errors.