Move assignment to _end_kernel_text inside .rodata.

Without this change, any orphan, read-only sections (such as .eh_frame
from libgcc) will be placed by GNU ld between .rodata and
_end_kernel_text.  The result is that _end_kernel_text gets pushed
into the middle of a page that now contains some read-only and some
read/write data.  After paging_init() marks that page read-only, the
first write to it (in intr_init() in my case) causes Pintos to go
ka-boom!

With this change, orphan read-only sections just don't get marked
read-only in the page tables.  Big deal.

Fix two bugs in the base Pintos code:

1. Idle thread doesn't get initialized well: it hangs around on the
   ready list until we have idle time.  Fix by using a semaphore to
   make sure the idle thread gets initialized.

2. After idle thread does get initialized, it can get put back on the
   ready list if you yield from the timer interrupt.  Fix by not ever
   putting the idle thread on the ready list.

Plus fix a bug in the sample solution that tends to mask #2:

3. Doesn't yield from timer interrupt when unblocking a thread.  Fix
   by yielding from timer interrupt when unblocking a thread (of
   higher priority).

Also, fix something that confused students:

4. Rename enable_mlfqs to thread_mlfqs and move it to thread.c (to
   reduce confusion about where it is declared), and heavily comment
   to ensure that students know when it gets initialized.

These problems were drawn to my attention by Godmar Back.  Thanks!

fixed left-over, now-wrong comment about how decrease in numeric priority means increase in effective priority

fixed typo in wrong iterator example

Fix issue reported by Godmar Back:

    I may have found a problem with the triple fault patch, though I don't
    know how to solve it.
    If you add a *(int *)0=42 right after paging_init(), but before
    intr_init(), gdb will just hang:

...

    where it hangs while Pintos prints:

    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    etc.

    It stops properly if I don't next-step (that is, if I just let it run.)

Convert tabs to spaces to make cut-and-paste to interactive shell
work.

Make kernel code pages read-only.
From Godmar Back, with changes.

Clarify summary section.

Change several "die"s to "fail"s in read_tar.
Reported by Haobo Xu <haoboxu@stanford.edu>.

B5: Include "open by a process" as a reason to disallow removing a
directory.

Minor wording improvement.

A2: We want to see the work in the calculation, not just the final
result.

May also consult course staff.

make_tar_archive() needs to initialize `success'.
Thanks to "Morgan" <theatomicbob@excite.com> for reporting this bug.

Clarify length.

Fix comment.

Fix comment.

Improve comment on sema_down.
Thanks to Haobo Xu for pointing this out.

Add an identifier to each question in the design document templates,
so that they are easier to refer to individually.

Add a label for each question.

Fix typo.

"woken up" => "awakened"

Add additional explanation to the spontaneous reboot output.

Make requirements consistent with doc template wording.

Point out that all_list and all_elem don't exist in the tree we provide.

New FAQ.

Fix summary.
Thanks to Samanth Lingampalli <samanthl@stanford.edu> and Haobo Xu
<haoboxu@stanford.edu> for input.

Don't say that the design doc itself is 50% of the grade.

Use test -f because Solaris sh does not support -e.
(Idiots can't read POSIX spec I guess.)

Recommend zcat piping into tar x, instead of tar xzf, because some of
the Leland machines don't have GNU tar and thus don't support "z".

Allow user fault messages in output in bad-* tests.
Add "pass;" at end of each bad-* test checker script.

@ need to be escaped.

Add some comments.
From chris@seberino.org.

Point out that the tarball does not include the doc directory.
From chris@seberino.org.

Capitalize QEMU properly.
From chris@seberino.org.

added bad-jump/read/write bad-jump2/read2/write2 to check that process
that attempt to execute/read/write NULL or a kernel address, resp., are
properly terminated.

defined 'test_name' for msg()/vmsg() to work properly

Make quoting consistent.

Point to installation instructions.

Replace GSX Server support with VMware Player support.
Fully support serial terminal with Player.

Add installation chapter to manual.  Remove now-redundant files from
src/utils, src/misc.

Update copyright years in license.  Add license to manual.

Fix typos.

Add support for "keyboard" input over the serial port.
Revise documentation accordingly.
Revise reference solution accordingly.
Change real Return key to produce \r, to match what is received on
serial port.
Update shell example program to expect \r at end of file.
Modify testing makefiles to supply /dev/null as input.
Add squish-pty help program to deal with Bochs,
and modify "pintos" to use it.

Don't put white space before call to $(eval) because that makes GNU
make 3.80 on vine barf.

Increase timeout for MLFQS tests to 480 seconds, which is necessary
sometimes.

Add utils to CLEAN_SUBDIRS.

Fix two bugs:
- If -s used with GSX, really don't provide serial port.
- Call File::Temp::cleanup() inside eval to cope with old versions
  of File::Temp that didn't have cleanup.

Fix stupidity in last check-in.

Add patch to support serial terminals under Solaris.

Add priority-donate-lower to rubric.

Reduce number of simultaneously waking threads to 3,
in lieu of increasing instructions-per-second (ips) for Bochs.

When using -k, make sure to flush all of the subprocess's output to
stdout, even after the subprocess has died.

Make stdout unbuffered while filtering output.

Comment.

Add "-k" option to pintos script.  When used, pintos will scan the
serial output for key words like "Kernel PANIC" and, if found,
terminate the run.  This is useful for making sure that things like
triple faults or recursive panics don't waste a lot of time by finally
terminating only upon a timeout that might be as much as 10 minutes.
Add "-k" to the command line used in the test scripts.

Also, pintos now saves and restores the terminal settings across the
call to the simulator.  This is because qemu turns off local echo and
doesn't restore it if killed by a signal.

Put "abort" in "User process abort" in all caps, analogous to "Kernel
PANIC".

Disable networking when running qemu,
to suppress prompt for sudo password (if enabled).

Add file system persistence tests:

Change Make.tests to invoke pintos a second time for the extended
filesys tests, and in that run to tar up the file system contents and
copy it out.
Update grading scripts to check the generated tarballs.

Update documentation.

Update documented requirements for remove() of a directory to give
basically the options offered by POSIX, and update the tests to check
for these behaviors.

Remove dir-lsdir test, which no longer made sense given that readdir
is used so heavily in other tests.

Merge dir-mk-vine and dir-rm-vine tests into a single dir-vine test,
which is now much more stringent.

Merge dir-rm-cwd-cd and dir-rm-cwd into a single dir-rm-cwd test,
which is now much more stringent.

Check that a non-empty directory cannot be removed.

Update scoring rubrics.

Make the default simulator qemu for project 2...4,
instead of just doing so in tests/Makefile.
Update documentation to match.

qemu is much faster than Bochs.

Enclose kernel command line arguments that contain spaces in quotes
when printing.

Add EXIT_FAILURE, EXIT_SUCCESS to syscall.h,
and use them in the example programs.
Add comments to syscall.h.

File system project updates:
Require support for . and ...
Add inumber system call, so getcwd can be implemented,
and inode_get_inumber() function.
Implement these features in the reference solution.
Add "pwd" example program and require explanation of it in design
document.
Implement "cd" in shell.
Add -l option to "ls" example program.
Describe interpretation of unusual file names.
Remove filesys_self_test().
Update TODO.

Add test that compiles the examples.

Wording.

Fix comment style.

Remove obsolete files.

Wordsmithing.

Wordsmithing.

Update bibliography.

Wordsmithing.
Document block allocator functions.

Comment.

Wordsmithing.

Wordsmithing.

Comment.

Wordsmithing.
Cite papers on semaphores, monitors.

Wordsmithing.

Wordsmithing.

Wordsmithing.
Update description of main()'s calling order.

Consistently spell "file name" and "file system" as two words.

Add file_get_inode() for symmetry with dir_get_inode().

Comments.

Replace lsdir system call by readdir, isdir system calls,
which are far less offensive to good taste.
Add dir_get_inode() and dir_readdir() functions.
Remove dir_list(), filesys_list().  The latter was unused.
Update project documentation, solutions, and tests.
Rewrite "ls" example program to use the new interface, and add the
ability to specify a directory name and a "long format" feature.
Add "cd" command to shell.

Improve readability.

Improve automatic test failure interpretation by extending backtrace
to the binary that failed.

Remove unused variable.

Ignore mcat.

Make directory interface more like file interface.
In reference solution, push locking up to inode layer, simplifying
changes to directory code.

Wording.

Fix menu.

Wording.

Wording.

Wording.

Test interaction between priority donation and thread_set_priority().
Suggestion from Godmar Back.

Formatting.

Randomize the bits that bitmap_scan() returns, to make student errors
that assume contiguous memory allocation show up.

Fix comment typo.

Add test that checks that recent_cpu decays properly for blocked
threads.
Suggested by Godmar Back.

Update docs to say that a pointer to an inode should not limit you to
64 open files.

Add a test for P1 that checks that multiple threads can properly wake
up at the same clock tick.