Clean some more files.

Fix warning.

Correctly initialize the esp0 pointer in the TSS for the initial
kernel thread.  Shouldn't actually matter in practice, because that
pointer is only used on a user->kernel transition, and the initial
kernel thread never runs a user process.

Reported by Godmar Back.

Ignore tags and cscope files.

Improve comment on thread_unblock().
Suggested by Godmar Back.

Fix bugs in -j and -r options reported by Godmar Back.

Fix bug in jitter reported by Godmar Back (BIOS wouldn't finish
initializing).

Fix specification of "write" system call to match the file system
implementation and the tests.

Describe cscope.

Delete question about pwd.c program, as agreed with Godmar earlier.

Improve wording.
From Godmar Back.

Explain the semantics of exec in more detail.
From Godmar Back.

Add helpful comment.
From Godmar Back.

Add "cscope" target.

Rename execute_thread() to start_process().
Thanks to Godmar Back for pointing out that it could be better named.

Clarify that create and remove work on files, not on file descriptors.
Thanks to Godmar Back for pointing out the need.

Fix bug in *-persistence tests when prerequisites fail.
Reported by Tanvi Vyas <tanvi@stanford.edu>.

Fix inconstiency in recent_cpu update description.

Fix typo.

Clarify description of "wait" syscall.  Thanks to Evan Kutter
<ejk@stanford.edu> for describing the issue.

Improve example for "Can a thread's priority change while it is on the
ready queue?" FAQ.  From Godmar Back.

added patch to make bochs work with gdb 6.5

Fix order of checks on load average.
From a CS140 student, via Ben Sapp.

Add i86pc to unames detected as x86 (used by Solaris).
From Michael Gregory <mpgreg@stanford.edu>.

fixed grammar/typo

Set VERBOSE to empty string by default, which prevents an environment
variable named VERBOSE from causing trouble but still allows it to be
overridden by the user on the command line.  (Some of the Stanford
machines set VERBOSE=yes in the environment by default on log-in.)

Remove unnecessary semicolon that gives GNU make 3.80 fits.

Don't call bx_gdbstub_exception when we're not compiling the gdb stub.
Thanks to Godmar Back for pointing this out.

Add -MF to GCC invocation to make ccache happy on Fedora Core 6.

clarified stack limit issue and removed comment about first instruction faulting in stack page

- removed @ref to "printf Reboots" since this no longer applies and the @anchor is gone
- fixed typo print -> printf

adjusted scores for P4 as discussed

Cosmetic fix: make first column wider to account for longer names in p4.

- adjustments to scores for P3 as discussed.
- increased problem size for page-* tests to force eviction

adjustments to scores for P2 as discussed.

- added priority-donate-chain test which tests 8-level deep nested donation
- adjusted weights for P1 Grading file

Separate persistence tests from the extended filesys tests.
Suggested by Godmar Back.

New page-merge-mm, page-merge-stk tests.
Thanks to Godmar Back for suggestion.

Make comment more readable.

Fix expected output.

Don't require distinguishing data and metadata for caching.

Another suggestion for implementation order.

From Godmar.

Fix comment.

When printing a directory tree, indicate explicitly if it's empty.

Parse command-line options much earlier, so that thread_mlfqs is
initialized before thread_init() gets hold of it.

Also allow console output much earlier, by doing initialization
whenever we call into it first and by only trying to take the console
lock after threads have been initialized.

Don't try to take the console lock after the kernel panics, to avoid
getting nailed so hard by bugs in lock_acquire().

Suggested by Godmar Back.

New target to generate cscope.files.

Make it possible to ignore page faults in GDB.
From su.class.cs140 and Godmar Back.

Revert the bitmap randomization change, which had the side effect of
causing enough disk fragmentation for the base (extent-based) file
system that in some cases tests would fail.  Also, it confused the
hell out of everyone.  Failed experiment.

When reading files out of the scratch disk, don't die with an error
exit code if there's a bad signature, because that's a guest error not
a host error.  (If we do exit with an error code, it fouls up the
grading process.)  Instead, just make sure that the host file(s) we
were supposed to retrieve is unlinked.

Fix error message when archive fails to open.

Explain that multiple file descriptors for a single file are
independent.
From Godmar Back.

Note that struct file, struct dir are per-thread.
From Godmar Back.

Add Project 4 Suggested Order of Implementation section,
from slides written by Godmar Back.

Explain better what we expect from the buffer cache.

Use mkdir, not create.
Thanks to "Yuriy" for reporting this bug.

Clarify condition on BUF_SIZE in monitor example.
Thanks to Terje Mathiesen for pointing out this issue.

Add comment.

Drop use of volatile in favor of explicit memory barriers.
Document this use of barriers.

Also verify that running "make clean" deletes all the files in the
build directory except for the Makefile itself.

Clean tests/vm/zeros.

Adopt consistent style in asm statements.

Add memory clobbers to several asm statements,
to prevent reordering.

Make sure loops_per_tick doesn't overflow to zero.

Also clean results, grade.

Add "memory" as clobber to the asm used by barrier().
Otherwise at least some versions of GCC assume that no changes to
memory can take place.

Also clean bochsout.txt, bochsrc.txt.

Minor style updates.

Rewrite of multi-oom.  Now descends 10 times and expects to reach the same
depth every time.  In addition, fires off some children that consume resources
and then crash.  Much more difficult than before.

- when ignoring exit codes, ignore exit(-1) also (previously didn't allow '-')

make loop counter volatile to prevent gcc4.1 from optimizing away entire loop body

added accidentally omitted $ to make operand immediate

clarify use of timer_sleep or acceptable alternatives for implementing
write-behind cache flushing.

Clarify purpose and rationale.
From Godmar Back.

Remove O_EXCL from flags used to create files to be copied out of a
Pintos scratch disk, in get_scratch_file.
Thanks to Godmar Back for pointing out the problem.

Delete .tar, .get-output, and .get-errors files on "clean" target.
Thanks to Godmar Back for pointing out the problem.

added IGNORE_USER_FAULTS flag - so students may report failed stack growth

corrected wrong statement about content of f->esp when page fault
occurs in kernel mode.  See [IA32-v3a], figure 5.4 in section 5.12.1.1.

Improve comment.

Sleep until recent_cpu actually decays.

Add hints about not doing too much work in timer interrupt.

Fix message.
From Godmar Back.

When out of memory+swap, just panic the kernel.

Add -O to CFLAGS to try to catch uninitialized variable errors.

Make Pintos able to build with "gcc -m32" on x86-64 hosts without the
need for the host to have any 32-bit libraries (specifically, without
needing libgcc).

Fix logarithms.
Thanks to Haobo Xu <haoboxu@stanford.edu>.

Irq 7 is special.  It is not just the parallel port.  It can also be a
"spurious" irq, one that is not associated with any particular device.
Real hardware can generate spurious irqs for various reasons (try
Google for details), but it never occurred to me that simulated
hardware would ever do so.

However, it can, at least under Bochs.  Pintos programs the PIT to
interrupt at 100 Hz.  The PIT does so by generating a output signal
that stays high most of the time but drops low for a single clock
cycle 100 times per second.  The low-to-high transition causes the
timer interrupt.

The problem occurs when we've been doing work with interrupts
disabled, causing a timer interrupt to be delayed.  If we enable
interrupts on the same clock cycle as the PIT's high-to-low
transition, we will still get an interrupt, because the interrupt
controller latched the presence of an interrupt.  However, when the
CPU attempts to determine the irq number, the interrupt controller
sees that all of its incoming interrupt lines are low.  Thus, it
reports irq 7 to the CPU, and we end up with an interrupt 0x27.

It doesn't happen very often, because there's only a 1-cycle window,
and it requires that we do a good deal of work with interrupts off,
and it can only happen if no other interrupts (e.g. serial) are
pending.  But it's darned annoying when it happens.

Here's a filtered excerpt from a Bochs log with debugging enabled
where you can see the problem.  The first interrupt (32 or 0x20) is
properly a timer interrupt, because irq line 0 is high.  The second
interrupt (39 or 0x27) is the spurious one; you can see that irq line
0 went low on the same cycle.

00080033515d[PIC  ] IRQ line 4 now low
00080033827d[PIC  ] IRQ line 4 now high
00080033970d[PIC  ] IRQ line 0 now low
00080033971d[PIC  ] IRQ line 0 now high
00080033989d[PIC  ] IRQ line 4 now low
00080034068d[CPU  ] interrupt(): vector = 32, INT = 0, EXT = 1
00080043970d[PIC  ] IRQ line 0 now low
00080043971d[PIC  ] IRQ line 0 now high
00080053971d[PIC  ] IRQ line 0 now low
00080053971d[PIC  ] IRQ line 0 now high
00080063971d[PIC  ] IRQ line 0 now low
00080063972d[PIC  ] IRQ line 0 now high
00080073971d[PIC  ] IRQ line 0 now low
00080073972d[PIC  ] IRQ line 0 now high
00080083971d[PIC  ] IRQ line 0 now low
00080083971d[CPU  ] interrupt(): vector = 39, INT = 0, EXT = 1
00080083972d[PIC  ] IRQ line 0 now high
00080084538d[PIC  ] IRQ line 4 now high

This change causes irqs 7 and 15 (0x27 and 0x2f) to be ignored when no
handler is provided.

Problem reported by Godmar Back.

Update.

Minor doc improvements.
From Godmar Back.

Make list_entry, hash_entry more type-safe.
Suggestion from Godmar Back.

Fix confusing spacing in example

Create idle thread with minimum priority.
Suggested by Godmar Back.

Change "Memory Barriers" to "Optimization Barriers".
Thanks to Joshua Haberman for pointing out the issue.

Move assignment to _end_kernel_text inside .rodata.

Without this change, any orphan, read-only sections (such as .eh_frame
from libgcc) will be placed by GNU ld between .rodata and
_end_kernel_text.  The result is that _end_kernel_text gets pushed
into the middle of a page that now contains some read-only and some
read/write data.  After paging_init() marks that page read-only, the
first write to it (in intr_init() in my case) causes Pintos to go
ka-boom!

With this change, orphan read-only sections just don't get marked
read-only in the page tables.  Big deal.

Fix two bugs in the base Pintos code:

1. Idle thread doesn't get initialized well: it hangs around on the
   ready list until we have idle time.  Fix by using a semaphore to
   make sure the idle thread gets initialized.

2. After idle thread does get initialized, it can get put back on the
   ready list if you yield from the timer interrupt.  Fix by not ever
   putting the idle thread on the ready list.

Plus fix a bug in the sample solution that tends to mask #2:

3. Doesn't yield from timer interrupt when unblocking a thread.  Fix
   by yielding from timer interrupt when unblocking a thread (of
   higher priority).

Also, fix something that confused students:

4. Rename enable_mlfqs to thread_mlfqs and move it to thread.c (to
   reduce confusion about where it is declared), and heavily comment
   to ensure that students know when it gets initialized.

These problems were drawn to my attention by Godmar Back.  Thanks!

fixed left-over, now-wrong comment about how decrease in numeric priority means increase in effective priority

fixed typo in wrong iterator example

Fix issue reported by Godmar Back:

    I may have found a problem with the triple fault patch, though I don't
    know how to solve it.
    If you add a *(int *)0=42 right after paging_init(), but before
    intr_init(), gdb will just hang:

...

    where it hangs while Pintos prints:

    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    Triple fault: stopping for gdb
    etc.

    It stops properly if I don't next-step (that is, if I just let it run.)

Convert tabs to spaces to make cut-and-paste to interactive shell
work.

Make kernel code pages read-only.
From Godmar Back, with changes.

Clarify summary section.

Change several "die"s to "fail"s in read_tar.
Reported by Haobo Xu <haoboxu@stanford.edu>.