src/oneway.q

   1 /* PSPP - One way ANOVA. -*-c-*-
   2
   3 Copyright (C) 1997-9, 2000 Free Software Foundation, Inc.
   4 Author: John Darrington 2004
   5
   6 This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8 published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9 License, or (at your option) any later version.
  10
  11 This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  14 General Public License for more details.
  15
  16 You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 along with this program; if not, write to the Free Software
  18 Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
  19 02111-1307, USA. */
  20
  21 #include <config.h>
  22 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  23 #include "error.h"
  24 #include <stdio.h>
  25 #include <stdlib.h>
  26 #include <math.h>
  27 #include "alloc.h"
  28 #include "str.h"
  29 #include "case.h"
  30 #include "dictionary.h"
  31 #include "command.h"
  32 #include "lexer.h"
  33 #include "error.h"
  34 #include "magic.h"
  35 #include "misc.h"
  36 #include "tab.h"
  37 #include "som.h"
  38 #include "value-labels.h"
  39 #include "var.h"
  40 #include "vfm.h"
  41 #include "hash.h"
  42 #include "casefile.h"
  43 #include "group_proc.h"
  44 #include "group.h"
  45 #include "levene.h"
  46 /* (headers) */
  47
  48 /* (specification)
  49    "ONEWAY" (oneway_):
  50    *variables=custom;
  51    +missing=miss:!analysis/listwise,
  52    incl:include/!exclude;
  53    contrast= double list;
  54    statistics[st_]=descriptives,homogeneity.
  55 */
  56 /* (declarations) */
  57 /* (functions) */
  58
  59
  60
  61 static int bad_weight_warn = 1;
  62
  63
  64 static struct cmd_oneway cmd;
  65
  66 /* The independent variable */
  67 static struct variable *indep_var;
  68
  69 /* Number of dependent variables */
  70 static int n_vars;
  71
  72 /* The dependent variables */
  73 static struct variable **vars;
  74
  75
  76 /* A  hash table containing all the distinct values of the independent
  77    variables */
  78 static struct hsh_table *global_group_hash ;
  79
  80 /* The number of distinct values of the independent variable, when all
  81    missing values are disregarded */
  82 static int ostensible_number_of_groups=-1;
  83
  84
  85 /* Function to use for testing for missing values */
  86 static is_missing_func value_is_missing;
  87
  88
  89 static void run_oneway(const struct casefile *cf, void *_mode);
  90
  91
  92 /* Routines to show the output tables */
  93 static void show_anova_table(void);
  94 static void show_descriptives(void);
  95 static void show_homogeneity(void);
  96
  97 static void show_contrast_coeffs(short *);
  98 static void show_contrast_tests(short *);
  99
 100
 101 enum stat_table_t {STAT_DESC = 1, STAT_HOMO = 2};
 102
 103 static enum stat_table_t stat_tables ;
 104
 105 void output_oneway(void);
 106
 107
 108 int
 109 cmd_oneway(void)
 110 {
 111   int i;
 112
 113   if ( !parse_oneway(&cmd) )
 114     return CMD_FAILURE;
 115
 116   /* If /MISSING=INCLUDE is set, then user missing values are ignored */
 117   if (cmd.incl == ONEWAY_INCLUDE )
 118     value_is_missing = is_system_missing;
 119   else
 120     value_is_missing = is_missing;
 121
 122   /* What statistics were requested */
 123   if ( cmd.sbc_statistics )
 124     {
 125
 126       for (i = 0 ; i < ONEWAY_ST_count ; ++i )
 127         {
 128           if  ( ! cmd.a_statistics[i]  ) continue;
 129
 130           switch (i) {
 131           case ONEWAY_ST_DESCRIPTIVES:
 132             stat_tables |= STAT_DESC;
 133             break;
 134           case ONEWAY_ST_HOMOGENEITY:
 135             stat_tables |= STAT_HOMO;
 136             break;
 137           }
 138         }
 139     }
 140
 141   multipass_procedure_with_splits (run_oneway, &cmd);
 142
 143
 144   return CMD_SUCCESS;
 145 }
 146
 147
 148 void
 149 output_oneway(void)
 150 {
 151
 152   int i;
 153   short *bad_contrast ;
 154
 155   bad_contrast = xmalloc ( sizeof (short) * cmd.sbc_contrast );
 156
 157   /* Check the sanity of the given contrast values */
 158   for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 159     {
 160       int j;
 161       double sum = 0;
 162
 163       bad_contrast[i] = 0;
 164       if ( subc_list_double_count(&cmd.dl_contrast[i]) !=
 165            ostensible_number_of_groups )
 166         {
 167           msg(SW,
 168               _("Number of contrast coefficients must equal the number of groups"));
 169           bad_contrast[i] = 1;
 170           continue;
 171         }
 172
 173       for (j=0; j < ostensible_number_of_groups ; ++j )
 174         sum += subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],j);
 175
 176       if ( sum != 0.0 )
 177         msg(SW,_("Coefficients for contrast %d do not total zero"),i + 1);
 178     }
 179
 180   if ( stat_tables & STAT_DESC )
 181     show_descriptives();
 182
 183   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
 184     show_homogeneity();
 185
 186   show_anova_table();
 187
 188   if (cmd.sbc_contrast )
 189     {
 190       show_contrast_coeffs(bad_contrast);
 191       show_contrast_tests(bad_contrast);
 192     }
 193
 194
 195   free(bad_contrast);
 196
 197   /* Clean up */
 198   for (i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 199     {
 200       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 201
 202       hsh_destroy(group_hash);
 203     }
 204
 205   hsh_destroy(global_group_hash);
 206
 207 }
 208
 209
 210
 211
 212 /* Parser for the variables sub command */
 213 static int
 214 oneway_custom_variables(struct cmd_oneway *cmd UNUSED)
 215 {
 216
 217   lex_match('=');
 218
 219   if ((token != T_ID || dict_lookup_var (default_dict, tokid) == NULL)
 220       && token != T_ALL)
 221     return 2;
 222
 223
 224   if (!parse_variables (default_dict, &vars, &n_vars,
 225                         PV_DUPLICATE
 226                         | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH) )
 227     {
 228       free (vars);
 229       return 0;
 230     }
 231
 232   assert(n_vars);
 233
 234   if ( ! lex_match(T_BY))
 235     return 2;
 236
 237
 238   indep_var = parse_variable();
 239
 240   if ( !indep_var )
 241     {
 242       msg(SE,_("`%s' is not a variable name"),tokid);
 243       return 0;
 244     }
 245
 246
 247   return 1;
 248 }
 249
 250
 251 /* Show the ANOVA table */
 252 static void
 253 show_anova_table(void)
 254 {
 255   int i;
 256   int n_cols =7;
 257   int n_rows = n_vars * 3 + 1;
 258
 259   struct tab_table *t;
 260
 261
 262   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 263   tab_headers (t, 2, 0, 1, 0);
 264   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 265
 266
 267   tab_box (t,
 268            TAL_2, TAL_2,
 269            -1, TAL_1,
 270            0, 0,
 271            n_cols - 1, n_rows - 1);
 272
 273   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1 );
 274   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 275   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 276
 277   tab_text (t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sum of Squares"));
 278   tab_text (t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 279   tab_text (t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean Square"));
 280   tab_text (t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("F"));
 281   tab_text (t, 6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 282
 283
 284   for ( i=0 ; i < n_vars ; ++i )
 285     {
 286       struct group_statistics *totals = &group_proc_get (vars[i])->ugs;
 287       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 288       struct hsh_iterator g;
 289       struct group_statistics *gs;
 290       double ssa=0;
 291
 292
 293       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 294            gs != 0;
 295            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 296         {
 297           ssa += (gs->sum * gs->sum)/gs->n;
 298         }
 299
 300       ssa -= ( totals->sum * totals->sum ) / totals->n ;
 301
 302       const char *s = var_to_string(vars[i]);
 303
 304       tab_text (t, 0, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 305       tab_text (t, 1, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Between Groups"));
 306       tab_text (t, 1, i * 3 + 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Within Groups"));
 307       tab_text (t, 1, i * 3 + 3, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Total"));
 308
 309       if (i > 0)
 310         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , i * 3 + 1);
 311
 312       {
 313         struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 314         const double sst = totals->ssq - ( totals->sum * totals->sum) / totals->n ;
 315         const double df1 = gp->n_groups - 1;
 316         const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 317         const double msa = ssa / df1;
 318
 319         gp->mse  = (sst - ssa) / df2;
 320
 321
 322         /* Sums of Squares */
 323         tab_float (t, 2, i * 3 + 1, 0, ssa, 10, 2);
 324         tab_float (t, 2, i * 3 + 3, 0, sst, 10, 2);
 325         tab_float (t, 2, i * 3 + 2, 0, sst - ssa, 10, 2);
 326
 327
 328         /* Degrees of freedom */
 329         tab_float (t, 3, i * 3 + 1, 0, df1, 4, 0);
 330         tab_float (t, 3, i * 3 + 2, 0, df2, 4, 0);
 331         tab_float (t, 3, i * 3 + 3, 0, totals->n - 1, 4, 0);
 332
 333         /* Mean Squares */
 334         tab_float (t, 4, i * 3 + 1, TAB_RIGHT, msa, 8, 3);
 335         tab_float (t, 4, i * 3 + 2, TAB_RIGHT, gp->mse, 8, 3);
 336
 337
 338         {
 339           const double F = msa/gp->mse ;
 340
 341           /* The F value */
 342           tab_float (t, 5, i * 3 + 1, 0,  F, 8, 3);
 343
 344           /* The significance */
 345           tab_float (t, 6, i * 3 + 1, 0, gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 346         }
 347
 348       }
 349
 350     }
 351
 352
 353   tab_title (t, 0, _("ANOVA"));
 354   tab_submit (t);
 355
 356
 357 }
 358
 359 /* Show the descriptives table */
 360 static void
 361 show_descriptives(void)
 362 {
 363   int v;
 364   int n_cols =10;
 365   struct tab_table *t;
 366   int row;
 367
 368   const double confidence=0.95;
 369   const double q = (1.0 - confidence) / 2.0;
 370
 371
 372   int n_rows = 2 ;
 373
 374
 375
 376   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 377     n_rows += group_proc_get (vars[v])->n_groups + 1;
 378
 379   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 380   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 381   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 382
 383
 384   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 385   tab_box (t,
 386            TAL_2, TAL_2,
 387            -1, TAL_1,
 388            0, 0,
 389            n_cols - 1, n_rows - 1);
 390
 391   /* Underline headers */
 392   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2 );
 393   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 394
 395   tab_text (t, 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 396   tab_text (t, 3, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 397   tab_text (t, 4, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 398   tab_text (t, 5, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 399
 400
 401   tab_vline(t, TAL_0, 7, 0, 0);
 402   tab_hline(t, TAL_1, 6, 7, 1);
 403   tab_joint_text (t, 6, 0, 7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, _("%g%% Confidence Interval for Mean"),confidence*100.0);
 404
 405   tab_text (t, 6, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower Bound"));
 406   tab_text (t, 7, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper Bound"));
 407
 408   tab_text (t, 8, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Minimum"));
 409   tab_text (t, 9, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Maximum"));
 410
 411
 412   tab_title (t, 0, _("Descriptives"));
 413
 414
 415   row = 2;
 416   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 417     {
 418       double T;
 419       double std_error;
 420
 421       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 422
 423       struct hsh_iterator g;
 424       struct group_statistics *gs;
 425       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 426
 427       int count = 0 ;
 428       const char *s = var_to_string(vars[v]);
 429
 430       struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
 431
 432
 433       tab_text (t, 0, row, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 434       if ( v > 0)
 435         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , row);
 436
 437
 438       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 439            gs != 0;
 440            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 441         {
 442           const char *s = val_labs_find(indep_var->val_labs, gs->id );
 443
 444           if ( s )
 445             tab_text (t, 1, row + count,
 446                       TAB_LEFT | TAT_TITLE ,s);
 447           else if ( indep_var->width != 0 )
 448             tab_text (t, 1, row + count,
 449                       TAB_LEFT | TAT_TITLE, gs->id.s);
 450           else
 451             tab_text (t, 1, row + count,
 452                       TAB_LEFT | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%g", gs->id.f);
 453
 454
 455           /* Now fill in the numbers ... */
 456
 457           tab_float (t, 2, row + count, 0, gs->n, 8,0);
 458
 459           tab_float (t, 3, row + count, 0, gs->mean,8,2);
 460
 461           tab_float (t, 4, row + count, 0, gs->std_dev,8,2);
 462
 463           std_error = gs->std_dev/sqrt(gs->n) ;
 464           tab_float (t, 5, row + count, 0,
 465                      std_error, 8,2);
 466
 467           /* Now the confidence interval */
 468
 469           T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,gs->n - 1);
 470
 471           tab_float(t, 6, row + count, 0,
 472                     gs->mean - T * std_error, 8, 2);
 473
 474           tab_float(t, 7, row + count, 0,
 475                     gs->mean + T * std_error, 8, 2);
 476
 477           /* Min and Max */
 478
 479           tab_float(t, 8, row + count, 0,  gs->minimum, 8, 2);
 480           tab_float(t, 9, row + count, 0,  gs->maximum, 8, 2);
 481
 482           count++ ;
 483         }
 484
 485       tab_text (t, 1, row + count,
 486                 TAB_LEFT | TAT_TITLE ,_("Total"));
 487
 488       tab_float (t, 2, row + count, 0, totals->n, 8,0);
 489
 490       tab_float (t, 3, row + count, 0, totals->mean, 8,2);
 491
 492       tab_float (t, 4, row + count, 0, totals->std_dev,8,2);
 493
 494       std_error = totals->std_dev/sqrt(totals->n) ;
 495
 496       tab_float (t, 5, row + count, 0, std_error, 8,2);
 497
 498       /* Now the confidence interval */
 499
 500       T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,totals->n - 1);
 501
 502       tab_float(t, 6, row + count, 0,
 503                 totals->mean - T * std_error, 8, 2);
 504
 505       tab_float(t, 7, row + count, 0,
 506                 totals->mean + T * std_error, 8, 2);
 507
 508       /* Min and Max */
 509
 510       tab_float(t, 8, row + count, 0,  totals->minimum, 8, 2);
 511       tab_float(t, 9, row + count, 0,  totals->maximum, 8, 2);
 512
 513       row += gp->n_groups + 1;
 514     }
 515
 516
 517   tab_submit (t);
 518
 519
 520 }
 521
 522 /* Show the homogeneity table */
 523 static void
 524 show_homogeneity(void)
 525 {
 526   int v;
 527   int n_cols = 5;
 528   int n_rows = n_vars + 1;
 529
 530   struct tab_table *t;
 531
 532
 533   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 534   tab_headers (t, 1, 0, 1, 0);
 535   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 536
 537   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 538   tab_box (t,
 539            TAL_2, TAL_2,
 540            -1, TAL_1,
 541            0, 0,
 542            n_cols - 1, n_rows - 1);
 543
 544
 545   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 546   tab_vline(t, TAL_2, 1, 0, n_rows - 1);
 547
 548
 549   tab_text (t,  1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Levene Statistic"));
 550   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df1"));
 551   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df2"));
 552   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 553
 554
 555   tab_title (t, 0, _("Test of Homogeneity of Variances"));
 556
 557   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 558     {
 559       double F;
 560       const struct variable *var = vars[v];
 561       const struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 562       const char *s = var_to_string(var);
 563       const struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 564
 565       const double df1 = gp->n_groups - 1;
 566       const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 567
 568       tab_text (t, 0, v + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 569
 570       F = gp->levene;
 571       tab_float (t, 1, v + 1, TAB_RIGHT, F, 8,3);
 572       tab_float (t, 2, v + 1, TAB_RIGHT, df1 ,8,0);
 573       tab_float (t, 3, v + 1, TAB_RIGHT, df2 ,8,0);
 574
 575       /* Now the significance */
 576       tab_float (t, 4, v + 1, TAB_RIGHT,gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 577     }
 578
 579   tab_submit (t);
 580
 581
 582 }
 583
 584
 585 /* Show the contrast coefficients table */
 586 static void
 587 show_contrast_coeffs(short *bad_contrast)
 588 {
 589   int n_cols = 2 + ostensible_number_of_groups;
 590   int n_rows = 2 + cmd.sbc_contrast;
 591   struct hsh_iterator g;
 592   union value *group_value;
 593   int count = 0 ;
 594
 595
 596   struct tab_table *t;
 597
 598
 599   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 600   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 601   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 602
 603   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 604   tab_box (t,
 605            TAL_2, TAL_2,
 606            -1, TAL_1,
 607            0, 0,
 608            n_cols - 1, n_rows - 1);
 609
 610
 611   tab_box (t,
 612            -1,-1,
 613            TAL_0, TAL_0,
 614            2, 0,
 615            n_cols - 1, 0);
 616
 617   tab_box (t,
 618            -1,-1,
 619            TAL_0, TAL_0,
 620            0,0,
 621            1,1);
 622
 623
 624   tab_hline(t, TAL_1, 2, n_cols - 1, 1);
 625
 626
 627   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2);
 628   tab_vline(t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 629
 630
 631   tab_title (t, 0, _("Contrast Coefficients"));
 632
 633   tab_text (t,  0, 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 634
 635
 636
 637   tab_joint_text (t, 2, 0, n_cols - 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 638                   var_to_string(indep_var));
 639
 640   for (group_value =  hsh_first (global_group_hash,&g);
 641        group_value != 0;
 642        group_value = hsh_next(global_group_hash,&g))
 643     {
 644       int i;
 645
 646       tab_text (t, count + 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 647                 value_to_string(group_value,indep_var));
 648
 649       for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 650         {
 651
 652           tab_text(t, 1, i + 2, TAB_CENTER | TAT_PRINTF, "%d", i + 1);
 653
 654           if ( bad_contrast[i] )
 655             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT, "?" );
 656           else
 657             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT | TAT_PRINTF, "%g",
 658                      subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],count)
 659                      );
 660         }
 661
 662       count++ ;
 663     }
 664
 665   tab_submit (t);
 666
 667 }
 668
 669
 670 /* Show the results of the contrast tests */
 671 static void
 672 show_contrast_tests(short *bad_contrast)
 673 {
 674   int v;
 675   int n_cols = 8;
 676   int n_rows = 1 + n_vars * 2 * cmd.sbc_contrast;
 677
 678   struct tab_table *t;
 679
 680   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 681   tab_headers (t, 3, 0, 1, 0);
 682   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 683
 684   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 685   tab_box (t,
 686            TAL_2, TAL_2,
 687            -1, TAL_1,
 688            0, 0,
 689            n_cols - 1, n_rows - 1);
 690
 691   tab_box (t,
 692            -1,-1,
 693            TAL_0, TAL_0,
 694            0, 0,
 695            2, 0);
 696
 697   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 698   tab_vline(t, TAL_2, 3, 0, n_rows - 1);
 699
 700
 701   tab_title (t, 0, _("Contrast Tests"));
 702
 703   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 704   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Value of Contrast"));
 705   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 706   tab_text (t,  5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
 707   tab_text (t,  6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 708   tab_text (t,  7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
 709
 710   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 711     {
 712       int i;
 713       int lines_per_variable = 2 * cmd.sbc_contrast;
 714
 715
 716       tab_text (t,  0, (v * lines_per_variable) + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 717                 var_to_string(vars[v]));
 718
 719       for ( i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 720         {
 721           int ci;
 722           double contrast_value = 0.0;
 723           double coef_msq = 0.0;
 724           struct group_proc *grp_data = group_proc_get (vars[v]);
 725           struct hsh_table *group_hash = grp_data->group_hash;
 726           struct hsh_iterator g;
 727           struct group_statistics *gs;
 728
 729           double T;
 730           double std_error_contrast ;
 731           double df;
 732           double sec_vneq=0.0;
 733
 734
 735           /* Note: The calculation of the degrees of freedom in the variances
 736              not  equal case is painfull!!
 737              The following formula may help to understand it:
 738              \frac{\left(\sum_{i=1}^k{c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}}\right)^2}
 739              {
 740              \sum_{i=1}^k\left(
 741              \frac{\left(c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}\right)^2}  {n_i-1}
 742              \right)
 743              }
 744           */
 745
 746           double df_denominator = 0.0;
 747           double df_numerator = 0.0;
 748
 749
 750           if ( i == 0 )
 751             {
 752               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 753                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 754                         _("Assume equal variances"));
 755
 756               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 757                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 758                         _("Does not assume equal"));
 759             }
 760
 761           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 762                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 763
 764
 765           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 766                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 767
 768
 769           if ( bad_contrast[i])
 770             continue;
 771
 772           /* FIXME: Potential danger here.
 773              We're ASSUMING THE array is in the order corresponding to the
 774              hash order. */
 775           for (ci = 0, gs = hsh_first (group_hash,&g);
 776                gs != 0;
 777                ++ci, gs = hsh_next(group_hash,&g))
 778             {
 779
 780               const double coef = subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],ci);
 781               const double winv = (gs->std_dev * gs->std_dev) / gs->n;
 782
 783               contrast_value += coef * gs->mean;
 784
 785               coef_msq += (coef * coef) / gs->n ;
 786
 787               sec_vneq += (coef * coef) * (gs->std_dev * gs->std_dev ) /gs->n ;
 788
 789               df_numerator += (coef * coef) * winv;
 790               df_denominator += pow2((coef * coef) * winv) / (gs->n - 1);
 791
 792             }
 793           sec_vneq = sqrt(sec_vneq);
 794
 795           df_numerator = pow2(df_numerator);
 796
 797           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 798                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 799
 800           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1 +
 801                      cmd.sbc_contrast,
 802                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 803
 804           std_error_contrast = sqrt(grp_data->mse * coef_msq);
 805
 806           /* Std. Error */
 807           tab_float (t,  4, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 808                      TAB_RIGHT, std_error_contrast,
 809                      8,3);
 810
 811           T = fabs(contrast_value / std_error_contrast) ;
 812
 813           /* T Statistic */
 814
 815           tab_float (t,  5, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 816                      TAB_RIGHT, T,
 817                      8,3);
 818
 819           df = grp_data->ugs.n - grp_data->n_groups;
 820
 821           /* Degrees of Freedom */
 822           tab_float (t,  6, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 823                      TAB_RIGHT,  df,
 824                      8,0);
 825
 826
 827           /* Significance TWO TAILED !!*/
 828           tab_float (t,  7, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 829                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 830                      8,3);
 831
 832
 833           /* Now for the Variances NOT Equal case */
 834
 835           /* Std. Error */
 836           tab_float (t,  4,
 837                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 838                      TAB_RIGHT, sec_vneq,
 839                      8,3);
 840
 841
 842           T = contrast_value / sec_vneq;
 843           tab_float (t,  5,
 844                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 845                      TAB_RIGHT, T,
 846                      8,3);
 847
 848
 849           df = df_numerator / df_denominator;
 850
 851           tab_float (t,  6,
 852                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 853                      TAB_RIGHT, df,
 854                      8,3);
 855
 856           /* The Significance */
 857
 858           tab_float (t, 7, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 859                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 860                      8,3);
 861
 862
 863         }
 864
 865       if ( v > 0 )
 866         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1, (v * lines_per_variable) + 1);
 867     }
 868
 869   tab_submit (t);
 870
 871 }
 872
 873
 874 /* ONEWAY ANOVA Calculations */
 875
 876 static void  postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 877
 878 static void  precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 879
 880
 881
 882 /* Pre calculations */
 883 static void
 884 precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
 885 {
 886   int i=0;
 887
 888   for(i=0; i< n_vars ; ++i)
 889     {
 890       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 891       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 892
 893       /* Create a hash for each of the dependent variables.
 894          The hash contains a group_statistics structure,
 895          and is keyed by value of the independent variable */
 896
 897       gp->group_hash =
 898         hsh_create(4,
 899                    (hsh_compare_func *) compare_group,
 900                    (hsh_hash_func *) hash_group,
 901                    (hsh_free_func *) free_group,
 902                    (void *) indep_var->width );
 903
 904
 905       totals->sum=0;
 906       totals->n=0;
 907       totals->ssq=0;
 908       totals->sum_diff=0;
 909       totals->maximum = - DBL_MAX;
 910       totals->minimum = DBL_MAX;
 911     }
 912 }
 913
 914
 915 static void
 916 run_oneway(const struct casefile *cf, void *cmd_)
 917 {
 918   struct casereader *r;
 919   struct ccase c;
 920
 921   struct cmd_oneway *cmd = (struct cmd_oneway *) cmd_;
 922
 923   global_group_hash = hsh_create(4,
 924                                  (hsh_compare_func *) compare_values,
 925                                  (hsh_hash_func *) hash_value,
 926                                  0,
 927                                  (void *) indep_var->width );
 928   precalc(cmd);
 929
 930   for(r = casefile_get_reader (cf);
 931       casereader_read (r, &c) ;
 932       case_destroy (&c))
 933     {
 934       int i;
 935
 936       const double weight =
 937         dict_get_case_weight(default_dict,&c,&bad_weight_warn);
 938
 939       const union value *indep_val = case_data (&c, indep_var->fv);
 940
 941       /* Deal with missing values */
 942       if ( value_is_missing(indep_val,indep_var) )
 943         continue;
 944
 945       /* Skip the entire case if /MISSING=LISTWISE is set */
 946       if ( cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE )
 947         {
 948           for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
 949             {
 950               const struct variable *v = vars[i];
 951               const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 952
 953               if (value_is_missing(val,v) )
 954                 break;
 955             }
 956           if ( i != n_vars )
 957             continue;
 958
 959         }
 960
 961
 962       hsh_insert ( global_group_hash, (void *) indep_val );
 963
 964       for ( i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 965         {
 966           const struct variable *v = vars[i];
 967
 968           const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 969
 970           struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 971           struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
 972
 973           struct group_statistics *gs;
 974
 975           gs = hsh_find(group_hash, (void *) indep_val );
 976
 977           if ( ! gs )
 978             {
 979               gs = (struct group_statistics *)
 980                 xmalloc (sizeof(struct group_statistics));
 981
 982               gs->id = *indep_val;
 983               gs->sum=0;
 984               gs->n=0;
 985               gs->ssq=0;
 986               gs->sum_diff=0;
 987               gs->minimum = DBL_MAX;
 988               gs->maximum = -DBL_MAX;
 989
 990               hsh_insert ( group_hash, (void *) gs );
 991             }
 992
 993           if (! value_is_missing(val,v) )
 994             {
 995               struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 996
 997               totals->n+=weight;
 998               totals->sum+=weight * val->f;
 999               totals->ssq+=weight * val->f * val->f;
1000
1001               if ( val->f * weight  < totals->minimum )
1002                 totals->minimum = val->f * weight;
1003
1004               if ( val->f * weight  > totals->maximum )
1005                 totals->maximum = val->f * weight;
1006
1007               gs->n+=weight;
1008               gs->sum+=weight * val->f;
1009               gs->ssq+=weight * val->f * val->f;
1010
1011               if ( val->f * weight  < gs->minimum )
1012                 gs->minimum = val->f * weight;
1013
1014               if ( val->f * weight  > gs->maximum )
1015                 gs->maximum = val->f * weight;
1016             }
1017
1018           gp->n_groups = hsh_count ( group_hash );
1019         }
1020
1021     }
1022   casereader_destroy (r);
1023
1024   postcalc(cmd);
1025
1026
1027   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
1028     levene(cf, indep_var, n_vars, vars,
1029            (cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE) ? LEV_LISTWISE : LEV_ANALYSIS ,
1030            value_is_missing);
1031
1032   ostensible_number_of_groups = hsh_count (global_group_hash);
1033
1034
1035   output_oneway();
1036
1037
1038 }
1039
1040
1041 /* Post calculations for the ONEWAY command */
1042 void
1043 postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
1044 {
1045   int i=0;
1046
1047
1048   for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
1049     {
1050       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
1051       struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
1052       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
1053
1054       struct hsh_iterator g;
1055       struct group_statistics *gs;
1056
1057       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
1058            gs != 0;
1059            gs = hsh_next(group_hash,&g))
1060         {
1061           gs->mean=gs->sum / gs->n;
1062           gs->s_std_dev= sqrt(
1063                               ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1064                               ) ;
1065
1066           gs->std_dev= sqrt(
1067                             gs->n/(gs->n-1) *
1068                             ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1069                             ) ;
1070
1071           gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1072           gs->mean_diff= gs->sum_diff / gs->n;
1073
1074         }
1075
1076
1077
1078       totals->mean = totals->sum / totals->n;
1079       totals->std_dev= sqrt(
1080                             totals->n/(totals->n-1) *
1081                             ( (totals->ssq / totals->n ) - totals->mean * totals->mean )
1082                             ) ;
1083
1084       totals->se_mean = totals->std_dev / sqrt(totals->n);
1085
1086     }
1087 }