src/language/stats/t-test.q

   1 /* PSPP - computes sample statistics. -*-c-*-
   2
   3    Copyright (C) 1997-9, 2000 Free Software Foundation, Inc.
   4    Written by John Williams <johnr.williams@stonebow.otago.ac.nz>.
   5    Almost completly re-written by John Darrington 2004
   6
   7    This program is free software; you can redistribute it and/or
   8    modify it under the terms of the GNU General Public License as
   9    published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
  10    License, or (at your option) any later version.
  11
  12    This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  13    WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  15    General Public License for more details.
  16
  17    You should have received a copy of the GNU General Public License
  18    along with this program; if not, write to the Free Software
  19    Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA
  20    02110-1301, USA. */
  21
  22 #include <config.h>
  23
  24 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  25 #include <math.h>
  26 #include <stdio.h>
  27 #include <stdlib.h>
  28
  29 #include <data/case.h>
  30 #include <data/casefile.h>
  31 #include <data/dictionary.h>
  32 #include <data/procedure.h>
  33 #include <data/value-labels.h>
  34 #include <data/variable.h>
  35 #include <data/casefilter.h>
  36
  37 #include <language/command.h>
  38 #include <language/dictionary/split-file.h>
  39 #include <language/lexer/lexer.h>
  40 #include <libpspp/alloc.h>
  41 #include <libpspp/assertion.h>
  42 #include <libpspp/compiler.h>
  43 #include <libpspp/hash.h>
  44 #include <libpspp/magic.h>
  45 #include <libpspp/message.h>
  46 #include <libpspp/message.h>
  47 #include <libpspp/misc.h>
  48 #include <libpspp/str.h>
  49 #include <math/group-proc.h>
  50 #include <math/levene.h>
  51 #include <output/manager.h>
  52 #include <output/table.h>
  53
  54 #include "size_max.h"
  55
  56 #include "gettext.h"
  57 #define _(msgid) gettext (msgid)
  58
  59 /* (headers) */
  60
  61 /* (specification)
  62    "T-TEST" (tts_):
  63      +groups=custom;
  64      testval=double;
  65      +variables=varlist("PV_NO_SCRATCH | PV_NUMERIC");
  66      +pairs=custom;
  67      missing=miss:!analysis/listwise,
  68             incl:include/!exclude;
  69      +format=fmt:!labels/nolabels;
  70      criteria=:cin(d:criteria,"%s > 0. && %s < 1.").
  71 */
  72 /* (declarations) */
  73 /* (functions) */
  74
  75
  76 /* Variable for the GROUPS subcommand, if given. */
  77 static struct variable *indep_var;
  78
  79 enum comparison
  80   {
  81     CMP_LE = -2,
  82     CMP_EQ = 0,
  83   };
  84
  85 struct group_properties
  86 {
  87   /* The comparison criterion */
  88   enum comparison criterion;
  89
  90   /* The width of the independent variable */
  91   int indep_width ;
  92
  93   union {
  94     /* The value of the independent variable at which groups are determined to
  95        belong to one group or the other */
  96     double critical_value;
  97
  98
  99     /* The values of the independent variable for each group */
 100     union value g_value[2];
 101   } v ;
 102
 103 };
 104
 105
 106 static struct group_properties gp ;
 107
 108
 109
 110 /* PAIRS: Number of pairs to be compared ; each pair. */
 111 static int n_pairs = 0 ;
 112 struct pair
 113 {
 114   /* The variables comprising the pair */
 115   struct variable *v[2];
 116
 117   /* The number of valid variable pairs */
 118   double n;
 119
 120   /* The sum of the members */
 121   double sum[2];
 122
 123   /* sum of squares of the members */
 124   double ssq[2];
 125
 126   /* Std deviation of the members */
 127   double std_dev[2];
 128
 129
 130   /* Sample Std deviation of the members */
 131   double s_std_dev[2];
 132
 133   /* The means of the members */
 134   double mean[2];
 135
 136   /* The correlation coefficient between the variables */
 137   double correlation;
 138
 139   /* The sum of the differences */
 140   double sum_of_diffs;
 141
 142   /* The sum of the products */
 143   double sum_of_prod;
 144
 145   /* The mean of the differences */
 146   double mean_diff;
 147
 148   /* The sum of the squares of the differences */
 149   double ssq_diffs;
 150
 151   /* The std deviation of the differences */
 152   double std_dev_diff;
 153 };
 154
 155 static struct pair *pairs=0;
 156
 157 static int parse_value (struct lexer *lexer, union value * v, int type) ;
 158
 159 /* Structures and Functions for the Statistics Summary Box */
 160 struct ssbox;
 161 typedef void populate_ssbox_func(struct ssbox *ssb,
 162                                             struct cmd_t_test *cmd);
 163 typedef void finalize_ssbox_func(struct ssbox *ssb);
 164
 165 struct ssbox
 166 {
 167   struct tab_table *t;
 168
 169   populate_ssbox_func *populate;
 170   finalize_ssbox_func *finalize;
 171
 172 };
 173
 174 /* Create a ssbox */
 175 void ssbox_create(struct ssbox *ssb,   struct cmd_t_test *cmd, int mode);
 176
 177 /* Populate a ssbox according to cmd */
 178 void ssbox_populate(struct ssbox *ssb, struct cmd_t_test *cmd);
 179
 180 /* Submit and destroy a ssbox */
 181 void ssbox_finalize(struct ssbox *ssb);
 182
 183 /* A function to create, populate and submit the Paired Samples Correlation
 184    box */
 185 void pscbox(void);
 186
 187
 188 /* Structures and Functions for the Test Results Box */
 189 struct trbox;
 190
 191 typedef void populate_trbox_func(struct trbox *trb,
 192                                  struct cmd_t_test *cmd);
 193 typedef void finalize_trbox_func(struct trbox *trb);
 194
 195 struct trbox {
 196   struct tab_table *t;
 197   populate_trbox_func *populate;
 198   finalize_trbox_func *finalize;
 199 };
 200
 201 /* Create a trbox */
 202 void trbox_create(struct trbox *trb,   struct cmd_t_test *cmd, int mode);
 203
 204 /* Populate a ssbox according to cmd */
 205 void trbox_populate(struct trbox *trb, struct cmd_t_test *cmd);
 206
 207 /* Submit and destroy a ssbox */
 208 void trbox_finalize(struct trbox *trb);
 209
 210 /* Which mode was T-TEST invoked */
 211 enum {
 212   T_1_SAMPLE = 0 ,
 213   T_IND_SAMPLES,
 214   T_PAIRED
 215 };
 216
 217
 218 static int common_calc (const struct dictionary *dict,
 219                         const struct ccase *, void *,
 220                         const struct casefilter *filter);
 221 static void common_precalc (struct cmd_t_test *);
 222 static void common_postcalc (struct cmd_t_test *);
 223
 224 static int one_sample_calc (const struct dictionary *dict, const struct ccase *, void *, const struct casefilter *);
 225 static void one_sample_precalc (struct cmd_t_test *);
 226 static void one_sample_postcalc (struct cmd_t_test *);
 227
 228 static int  paired_calc (const struct dictionary *dict, const struct ccase *,
 229                          struct cmd_t_test*, const struct casefilter *);
 230 static void paired_precalc (struct cmd_t_test *);
 231 static void paired_postcalc (struct cmd_t_test *);
 232
 233 static void group_precalc (struct cmd_t_test *);
 234 static int  group_calc (const struct dictionary *dict, const struct ccase *,
 235                         struct cmd_t_test *, const struct casefilter *);
 236 static void group_postcalc (struct cmd_t_test *);
 237
 238
 239 static bool calculate(const struct ccase *first,
 240                       const struct casefile *cf, void *_mode,
 241                       const struct dataset *ds);
 242
 243 static  int mode;
 244
 245 static struct cmd_t_test cmd;
 246
 247 static bool bad_weight_warn = false;
 248
 249
 250 static int compare_group_binary(const struct group_statistics *a,
 251                                 const struct group_statistics *b,
 252                                 const struct group_properties *p);
 253
 254
 255 static unsigned  hash_group_binary(const struct group_statistics *g,
 256                                    const struct group_properties *p);
 257
 258
 259
 260 int
 261 cmd_t_test (struct lexer *lexer, struct dataset *ds)
 262 {
 263   bool ok;
 264
 265   if ( !parse_t_test (lexer, ds, &cmd, NULL) )
 266     return CMD_FAILURE;
 267
 268   if (! cmd.sbc_criteria)
 269     cmd.criteria=0.95;
 270
 271   {
 272     int m=0;
 273     if (cmd.sbc_testval) ++m;
 274     if (cmd.sbc_groups) ++m;
 275     if (cmd.sbc_pairs) ++m;
 276
 277     if ( m != 1)
 278       {
 279         msg(SE,
 280             _("TESTVAL, GROUPS and PAIRS subcommands are mutually exclusive.")
 281             );
 282         free_t_test(&cmd);
 283         return CMD_FAILURE;
 284       }
 285   }
 286
 287   if (cmd.sbc_testval)
 288     mode=T_1_SAMPLE;
 289   else if (cmd.sbc_groups)
 290     mode=T_IND_SAMPLES;
 291   else
 292     mode=T_PAIRED;
 293
 294   if ( mode == T_PAIRED)
 295     {
 296       if (cmd.sbc_variables)
 297         {
 298           msg(SE, _("VARIABLES subcommand is not appropriate with PAIRS"));
 299           free_t_test(&cmd);
 300           return CMD_FAILURE;
 301         }
 302       else
 303         {
 304           /* Iterate through the pairs and put each variable that is a
 305              member of a pair into cmd.v_variables */
 306
 307           int i;
 308           struct hsh_iterator hi;
 309           struct hsh_table *hash;
 310           struct variable *v;
 311
 312           hash = hsh_create (n_pairs, compare_var_names, hash_var_name, 0, 0);
 313
 314           for (i=0; i < n_pairs; ++i)
 315             {
 316               hsh_insert(hash,pairs[i].v[0]);
 317               hsh_insert(hash,pairs[i].v[1]);
 318             }
 319
 320           assert(cmd.n_variables == 0);
 321           cmd.n_variables = hsh_count(hash);
 322
 323           cmd.v_variables = xnrealloc (cmd.v_variables, cmd.n_variables,
 324                                        sizeof *cmd.v_variables);
 325           /* Iterate through the hash */
 326           for (i=0,v = (struct variable *) hsh_first(hash,&hi);
 327                v != 0;
 328                v=hsh_next(hash,&hi) )
 329             cmd.v_variables[i++]=v;
 330
 331           hsh_destroy(hash);
 332         }
 333     }
 334   else if ( !cmd.sbc_variables)
 335     {
 336       msg(SE, _("One or more VARIABLES must be specified."));
 337       free_t_test(&cmd);
 338       return CMD_FAILURE;
 339     }
 340
 341   bad_weight_warn = true;
 342
 343   ok = multipass_procedure_with_splits (ds, calculate, &cmd);
 344
 345   n_pairs=0;
 346   free(pairs);
 347   pairs=0;
 348
 349   if ( mode == T_IND_SAMPLES)
 350     {
 351       int v;
 352       /* Destroy any group statistics we created */
 353       for (v = 0 ; v < cmd.n_variables ; ++v )
 354         {
 355           struct group_proc *grpp = group_proc_get (cmd.v_variables[v]);
 356           hsh_destroy (grpp->group_hash);
 357         }
 358     }
 359
 360   free_t_test(&cmd);
 361   return ok ? CMD_SUCCESS : CMD_CASCADING_FAILURE;
 362 }
 363
 364 static int
 365 tts_custom_groups (struct lexer *lexer, struct dataset *ds, struct cmd_t_test *cmd UNUSED, void *aux UNUSED)
 366 {
 367   int n_group_values=0;
 368
 369   lex_match (lexer, '=');
 370
 371   indep_var = parse_variable (lexer, dataset_dict (ds));
 372   if (!indep_var)
 373     {
 374       lex_error (lexer, "expecting variable name in GROUPS subcommand");
 375       return 0;
 376     }
 377
 378   if (var_is_long_string (indep_var))
 379     {
 380       msg (SE, _("Long string variable %s is not valid here."),
 381            var_get_name (indep_var));
 382       return 0;
 383     }
 384
 385   if (!lex_match (lexer, '('))
 386     {
 387       if (var_is_numeric (indep_var))
 388         {
 389           gp.v.g_value[0].f = 1;
 390           gp.v.g_value[1].f = 2;
 391
 392           gp.criterion = CMP_EQ;
 393
 394           n_group_values = 2;
 395
 396           return 1;
 397         }
 398       else
 399         {
 400           msg (SE, _("When applying GROUPS to a string variable, two "
 401                      "values must be specified."));
 402           return 0;
 403         }
 404     }
 405
 406   if (!parse_value (lexer, &gp.v.g_value[0], var_get_type (indep_var)))
 407       return 0;
 408
 409   lex_match (lexer, ',');
 410   if (lex_match (lexer, ')'))
 411     {
 412       if (var_is_alpha (indep_var))
 413         {
 414           msg (SE, _("When applying GROUPS to a string variable, two "
 415                      "values must be specified."));
 416           return 0;
 417         }
 418       gp.criterion = CMP_LE;
 419       gp.v.critical_value = gp.v.g_value[0].f;
 420
 421       n_group_values = 1;
 422       return 1;
 423     }
 424
 425   if (!parse_value (lexer, &gp.v.g_value[1], var_get_type (indep_var)))
 426     return 0;
 427
 428   n_group_values = 2;
 429   if (!lex_force_match (lexer, ')'))
 430     return 0;
 431
 432   if ( n_group_values == 2 )
 433     gp.criterion = CMP_EQ ;
 434   else
 435     gp.criterion = CMP_LE ;
 436
 437
 438   return 1;
 439 }
 440
 441
 442 static int
 443 tts_custom_pairs (struct lexer *lexer, struct dataset *ds, struct cmd_t_test *cmd UNUSED, void *aux UNUSED)
 444 {
 445   struct variable **vars;
 446   size_t n_vars;
 447   size_t n_pairs_local;
 448
 449   size_t n_before_WITH;
 450   size_t n_after_WITH = SIZE_MAX;
 451   int paired ; /* Was the PAIRED keyword given ? */
 452
 453   lex_match (lexer, '=');
 454
 455   n_vars=0;
 456   if (!parse_variables (lexer, dataset_dict (ds), &vars, &n_vars,
 457                         PV_DUPLICATE | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH))
 458     {
 459       free (vars);
 460       return 0;
 461     }
 462   assert (n_vars);
 463
 464   n_before_WITH = 0;
 465   if (lex_match (lexer, T_WITH))
 466     {
 467       n_before_WITH = n_vars;
 468       if (!parse_variables (lexer, dataset_dict (ds), &vars, &n_vars,
 469                             PV_DUPLICATE | PV_APPEND
 470                             | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH))
 471         {
 472           free (vars);
 473           return 0;
 474         }
 475       n_after_WITH = n_vars - n_before_WITH;
 476     }
 477
 478   paired = (lex_match (lexer, '(') && lex_match_id (lexer, "PAIRED") && lex_match (lexer, ')'));
 479
 480   /* Determine the number of pairs needed */
 481   if (paired)
 482     {
 483       if (n_before_WITH != n_after_WITH)
 484         {
 485           free (vars);
 486           msg (SE, _("PAIRED was specified but the number of variables "
 487                      "preceding WITH (%d) did not match the number "
 488                      "following (%d)."),
 489                n_before_WITH, n_after_WITH );
 490           return 0;
 491         }
 492       n_pairs_local = n_before_WITH;
 493     }
 494   else if (n_before_WITH > 0) /* WITH keyword given, but not PAIRED keyword */
 495     {
 496       n_pairs_local = n_before_WITH * n_after_WITH ;
 497     }
 498   else /* Neither WITH nor PAIRED keyword given */
 499     {
 500       if (n_vars < 2)
 501         {
 502           free (vars);
 503           msg (SE, _("At least two variables must be specified "
 504                      "on PAIRS."));
 505           return 0;
 506         }
 507
 508       /* how many ways can you pick 2 from n_vars ? */
 509       n_pairs_local = n_vars * (n_vars - 1) / 2;
 510     }
 511
 512
 513   /* Allocate storage for the pairs */
 514   pairs = xnrealloc (pairs, n_pairs + n_pairs_local, sizeof *pairs);
 515
 516   /* Populate the pairs with the appropriate variables */
 517   if ( paired )
 518     {
 519       int i;
 520
 521       assert(n_pairs_local == n_vars / 2);
 522       for (i = 0; i < n_pairs_local; ++i)
 523         {
 524           pairs[i].v[n_pairs] = vars[i];
 525           pairs[i].v[n_pairs + 1] = vars[i + n_pairs_local];
 526         }
 527     }
 528   else if (n_before_WITH > 0) /* WITH keyword given, but not PAIRED keyword */
 529     {
 530       int i,j;
 531       size_t p = n_pairs;
 532
 533       for(i=0 ; i < n_before_WITH ; ++i )
 534         {
 535           for(j=0 ; j < n_after_WITH ; ++j)
 536             {
 537               pairs[p].v[0] = vars[i];
 538               pairs[p].v[1] = vars[j+n_before_WITH];
 539               ++p;
 540             }
 541         }
 542     }
 543   else /* Neither WITH nor PAIRED given */
 544     {
 545       size_t i,j;
 546       size_t p=n_pairs;
 547
 548       for(i=0 ; i < n_vars ; ++i )
 549         {
 550           for(j=i+1 ; j < n_vars ; ++j)
 551             {
 552               pairs[p].v[0] = vars[i];
 553               pairs[p].v[1] = vars[j];
 554               ++p;
 555             }
 556         }
 557     }
 558
 559   n_pairs+=n_pairs_local;
 560
 561   free (vars);
 562   return 1;
 563 }
 564
 565 /* Parses the current token (numeric or string, depending on type)
 566     value v and returns success. */
 567 static int
 568 parse_value (struct lexer *lexer, union value * v, int type )
 569 {
 570   if (type == NUMERIC)
 571     {
 572       if (!lex_force_num (lexer))
 573         return 0;
 574       v->f = lex_tokval (lexer);
 575     }
 576   else
 577     {
 578       if (!lex_force_string (lexer))
 579         return 0;
 580       strncpy (v->s, ds_cstr (lex_tokstr (lexer)), ds_length (lex_tokstr (lexer)));
 581     }
 582
 583   lex_get (lexer);
 584
 585   return 1;
 586 }
 587
 588
 589 /* Implementation of the SSBOX object */
 590
 591 void ssbox_base_init(struct ssbox *this, int cols,int rows);
 592
 593 void ssbox_base_finalize(struct ssbox *ssb);
 594
 595 void ssbox_one_sample_init(struct ssbox *this,
 596                            struct cmd_t_test *cmd );
 597
 598 void ssbox_independent_samples_init(struct ssbox *this,
 599                                     struct cmd_t_test *cmd);
 600
 601 void ssbox_paired_init(struct ssbox *this,
 602                            struct cmd_t_test *cmd);
 603
 604
 605 /* Factory to create an ssbox */
 606 void
 607 ssbox_create(struct ssbox *ssb, struct cmd_t_test *cmd, int mode)
 608 {
 609     switch (mode)
 610       {
 611       case T_1_SAMPLE:
 612         ssbox_one_sample_init(ssb,cmd);
 613         break;
 614       case T_IND_SAMPLES:
 615         ssbox_independent_samples_init(ssb,cmd);
 616         break;
 617       case T_PAIRED:
 618         ssbox_paired_init(ssb,cmd);
 619         break;
 620       default:
 621         NOT_REACHED ();
 622       }
 623 }
 624
 625
 626
 627 /* Despatcher for the populate method */
 628 void
 629 ssbox_populate(struct ssbox *ssb,struct cmd_t_test *cmd)
 630 {
 631   ssb->populate(ssb,cmd);
 632 }
 633
 634
 635 /* Despatcher for finalize */
 636 void
 637 ssbox_finalize(struct ssbox *ssb)
 638 {
 639   ssb->finalize(ssb);
 640 }
 641
 642
 643 /* Submit the box and clear up */
 644 void
 645 ssbox_base_finalize(struct ssbox *ssb)
 646 {
 647   tab_submit(ssb->t);
 648 }
 649
 650
 651
 652 /* Initialize a ssbox struct */
 653 void
 654 ssbox_base_init(struct ssbox *this, int cols,int rows)
 655 {
 656   this->finalize = ssbox_base_finalize;
 657   this->t = tab_create (cols, rows, 0);
 658
 659   tab_columns (this->t, SOM_COL_DOWN, 1);
 660   tab_headers (this->t,0,0,1,0);
 661   tab_box (this->t, TAL_2, TAL_2, TAL_0, TAL_1, 0, 0, cols -1, rows -1 );
 662   tab_hline(this->t, TAL_2,0,cols-1,1);
 663   tab_dim (this->t, tab_natural_dimensions);
 664 }
 665
 666 void  ssbox_one_sample_populate(struct ssbox *ssb,
 667                               struct cmd_t_test *cmd);
 668
 669 /* Initialize the one_sample ssbox */
 670 void
 671 ssbox_one_sample_init(struct ssbox *this,
 672                            struct cmd_t_test *cmd )
 673 {
 674   const int hsize=5;
 675   const int vsize=cmd->n_variables+1;
 676
 677   this->populate = ssbox_one_sample_populate;
 678
 679   ssbox_base_init(this, hsize,vsize);
 680   tab_title (this->t, _("One-Sample Statistics"));
 681   tab_vline(this->t, TAL_2, 1,0,vsize - 1);
 682   tab_text (this->t, 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 683   tab_text (this->t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 684   tab_text (this->t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 685   tab_text (this->t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("SE. Mean"));
 686 }
 687
 688 void ssbox_independent_samples_populate(struct ssbox *ssb,
 689                                         struct cmd_t_test *cmd);
 690
 691 /* Initialize the independent samples ssbox */
 692 void
 693 ssbox_independent_samples_init(struct ssbox *this,
 694         struct cmd_t_test *cmd)
 695 {
 696   int hsize=6;
 697   int vsize = cmd->n_variables*2 +1;
 698
 699   this->populate = ssbox_independent_samples_populate;
 700
 701   ssbox_base_init(this, hsize,vsize);
 702   tab_vline (this->t, TAL_GAP, 1, 0,vsize - 1);
 703   tab_title (this->t, _("Group Statistics"));
 704   tab_text (this->t, 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, var_get_name (indep_var));
 705   tab_text (this->t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 706   tab_text (this->t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 707   tab_text (this->t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 708   tab_text (this->t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("SE. Mean"));
 709 }
 710
 711
 712 /* Populate the ssbox for independent samples */
 713 void
 714 ssbox_independent_samples_populate(struct ssbox *ssb,
 715                               struct cmd_t_test *cmd)
 716 {
 717   int i;
 718
 719   char *val_lab0=0;
 720   char *val_lab1=0;
 721   double indep_value[2];
 722
 723   char prefix[2][3]={"",""};
 724
 725   if ( var_is_numeric (indep_var) )
 726     {
 727       val_lab0 = val_labs_find( indep_var->val_labs,gp.v.g_value[0]);
 728       val_lab1 = val_labs_find( indep_var->val_labs,gp.v.g_value[1]);
 729     }
 730   else
 731     {
 732       val_lab0 = gp.v.g_value[0].s;
 733       val_lab1 = gp.v.g_value[1].s;
 734     }
 735
 736   if (gp.criterion == CMP_LE )
 737     {
 738       strcpy(prefix[0],"< ");
 739       strcpy(prefix[1],">=");
 740       indep_value[0] = gp.v.critical_value;
 741       indep_value[1] = gp.v.critical_value;
 742     }
 743   else
 744     {
 745       indep_value[0] = gp.v.g_value[0].f;
 746       indep_value[1] = gp.v.g_value[1].f;
 747     }
 748
 749   assert(ssb->t);
 750
 751   for (i=0; i < cmd->n_variables; ++i)
 752     {
 753       struct variable *var = cmd->v_variables[i];
 754       struct hsh_table *grp_hash = group_proc_get (var)->group_hash;
 755       int count=0;
 756
 757       tab_text (ssb->t, 0, i*2+1, TAB_LEFT,
 758                 var_get_name (cmd->v_variables[i]));
 759
 760       if (val_lab0)
 761         tab_text (ssb->t, 1, i*2+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF,
 762                   "%s%s", prefix[0], val_lab0);
 763       else
 764           tab_text (ssb->t, 1, i*2+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF,
 765                     "%s%g", prefix[0], indep_value[0]);
 766
 767
 768       if (val_lab1)
 769         tab_text (ssb->t, 1, i*2+1+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF,
 770                   "%s%s", prefix[1], val_lab1);
 771       else
 772           tab_text (ssb->t, 1, i*2+1+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF,
 773                     "%s%g", prefix[1], indep_value[1]);
 774
 775
 776       /* Fill in the group statistics */
 777       for ( count = 0 ; count < 2 ; ++count )
 778         {
 779           union value search_val;
 780
 781           struct group_statistics *gs;
 782
 783           if ( gp.criterion == CMP_LE )
 784             {
 785               if ( count == 0 )
 786                 {
 787                   /*  less than ( < )  case */
 788                   search_val.f = gp.v.critical_value - 1.0;
 789                 }
 790               else
 791                 {
 792                   /* >= case  */
 793                   search_val.f = gp.v.critical_value + 1.0;
 794                 }
 795             }
 796           else
 797             {
 798               search_val = gp.v.g_value[count];
 799             }
 800
 801           gs = hsh_find(grp_hash, (void *) &search_val);
 802           assert(gs);
 803
 804           tab_float(ssb->t, 2 ,i*2+count+1, TAB_RIGHT, gs->n, 2, 0);
 805           tab_float(ssb->t, 3 ,i*2+count+1, TAB_RIGHT, gs->mean, 8, 2);
 806           tab_float(ssb->t, 4 ,i*2+count+1, TAB_RIGHT, gs->std_dev, 8, 3);
 807           tab_float(ssb->t, 5 ,i*2+count+1, TAB_RIGHT, gs->se_mean, 8, 3);
 808         }
 809     }
 810 }
 811
 812
 813 void ssbox_paired_populate(struct ssbox *ssb,
 814                            struct cmd_t_test *cmd);
 815
 816 /* Initialize the paired values ssbox */
 817 void
 818 ssbox_paired_init(struct ssbox *this, struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
 819 {
 820   int hsize=6;
 821
 822   int vsize = n_pairs*2+1;
 823
 824   this->populate = ssbox_paired_populate;
 825
 826   ssbox_base_init(this, hsize,vsize);
 827   tab_title (this->t, _("Paired Sample Statistics"));
 828   tab_vline(this->t,TAL_GAP,1,0,vsize-1);
 829   tab_vline(this->t,TAL_2,2,0,vsize-1);
 830   tab_text (this->t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 831   tab_text (this->t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 832   tab_text (this->t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 833   tab_text (this->t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("SE. Mean"));
 834 }
 835
 836
 837 /* Populate the ssbox for paired values */
 838 void
 839 ssbox_paired_populate(struct ssbox *ssb,struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
 840 {
 841   int i;
 842
 843   assert(ssb->t);
 844
 845   for (i=0; i < n_pairs; ++i)
 846     {
 847       int j;
 848
 849       tab_text (ssb->t, 0, i*2+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF , _("Pair %d"),i);
 850
 851       for (j=0 ; j < 2 ; ++j)
 852         {
 853           struct group_statistics *gs;
 854
 855           gs = &group_proc_get (pairs[i].v[j])->ugs;
 856
 857           /* Titles */
 858
 859           tab_text (ssb->t, 1, i*2+j+1, TAB_LEFT,
 860                     var_get_name (pairs[i].v[j]));
 861
 862           /* Values */
 863           tab_float (ssb->t,2, i*2+j+1, TAB_RIGHT, pairs[i].mean[j], 8, 2);
 864           tab_float (ssb->t,3, i*2+j+1, TAB_RIGHT, pairs[i].n, 2, 0);
 865           tab_float (ssb->t,4, i*2+j+1, TAB_RIGHT, pairs[i].std_dev[j], 8, 3);
 866           tab_float (ssb->t,5, i*2+j+1, TAB_RIGHT, pairs[i].std_dev[j]/sqrt(pairs[i].n), 8, 3);
 867
 868         }
 869     }
 870 }
 871
 872 /* Populate the one sample ssbox */
 873 void
 874 ssbox_one_sample_populate(struct ssbox *ssb, struct cmd_t_test *cmd)
 875 {
 876   int i;
 877
 878   assert(ssb->t);
 879
 880   for (i=0; i < cmd->n_variables; ++i)
 881     {
 882       struct group_statistics *gs = &group_proc_get (cmd->v_variables[i])->ugs;
 883
 884       tab_text (ssb->t, 0, i+1, TAB_LEFT, var_get_name (cmd->v_variables[i]));
 885       tab_float (ssb->t,1, i+1, TAB_RIGHT, gs->n, 2, 0);
 886       tab_float (ssb->t,2, i+1, TAB_RIGHT, gs->mean, 8, 2);
 887       tab_float (ssb->t,3, i+1, TAB_RIGHT, gs->std_dev, 8, 2);
 888       tab_float (ssb->t,4, i+1, TAB_RIGHT, gs->se_mean, 8, 3);
 889     }
 890
 891 }
 892
 893
 894
 895 /* Implementation of the Test Results box struct */
 896
 897 void trbox_base_init(struct trbox *self,size_t n_vars, int cols);
 898 void trbox_base_finalize(struct trbox *trb);
 899
 900 void trbox_independent_samples_init(struct trbox *trb,
 901                                     struct cmd_t_test *cmd );
 902
 903 void trbox_independent_samples_populate(struct trbox *trb,
 904                                         struct cmd_t_test *cmd);
 905
 906 void trbox_one_sample_init(struct trbox *self,
 907                       struct cmd_t_test *cmd );
 908
 909 void trbox_one_sample_populate(struct trbox *trb,
 910                                struct cmd_t_test *cmd);
 911
 912 void trbox_paired_init(struct trbox *self,
 913                        struct cmd_t_test *cmd );
 914
 915 void trbox_paired_populate(struct trbox *trb,
 916                       struct cmd_t_test *cmd);
 917
 918
 919
 920 /* Create a trbox according to mode*/
 921 void
 922 trbox_create(struct trbox *trb,
 923              struct cmd_t_test *cmd, int mode)
 924 {
 925     switch (mode)
 926       {
 927       case T_1_SAMPLE:
 928         trbox_one_sample_init(trb,cmd);
 929         break;
 930       case T_IND_SAMPLES:
 931         trbox_independent_samples_init(trb,cmd);
 932         break;
 933       case T_PAIRED:
 934         trbox_paired_init(trb,cmd);
 935         break;
 936       default:
 937         NOT_REACHED ();
 938       }
 939 }
 940
 941 /* Populate a trbox according to cmd */
 942 void
 943 trbox_populate(struct trbox *trb, struct cmd_t_test *cmd)
 944 {
 945   trb->populate(trb,cmd);
 946 }
 947
 948 /* Submit and destroy a trbox */
 949 void
 950 trbox_finalize(struct trbox *trb)
 951 {
 952   trb->finalize(trb);
 953 }
 954
 955 /* Initialize the independent samples trbox */
 956 void
 957 trbox_independent_samples_init(struct trbox *self,
 958                            struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
 959 {
 960   const int hsize=11;
 961   const int vsize=cmd->n_variables*2+3;
 962
 963   assert(self);
 964   self->populate = trbox_independent_samples_populate;
 965
 966   trbox_base_init(self,cmd->n_variables*2,hsize);
 967   tab_title(self->t,_("Independent Samples Test"));
 968   tab_hline(self->t,TAL_1,2,hsize-1,1);
 969   tab_vline(self->t,TAL_2,2,0,vsize-1);
 970   tab_vline(self->t,TAL_1,4,0,vsize-1);
 971   tab_box(self->t,-1,-1,-1,TAL_1, 2,1,hsize-2,vsize-1);
 972   tab_hline(self->t,TAL_1, hsize-2,hsize-1,2);
 973   tab_box(self->t,-1,-1,-1,TAL_1, hsize-2,2,hsize-1,vsize-1);
 974   tab_joint_text(self->t, 2, 0, 3, 0,
 975                  TAB_CENTER,_("Levene's Test for Equality of Variances"));
 976   tab_joint_text(self->t, 4,0,hsize-1,0,
 977                  TAB_CENTER,_("t-test for Equality of Means"));
 978
 979   tab_text(self->t,2,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("F"));
 980   tab_text(self->t,3,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Sig."));
 981   tab_text(self->t,4,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("t"));
 982   tab_text(self->t,5,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("df"));
 983   tab_text(self->t,6,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Sig. (2-tailed)"));
 984   tab_text(self->t,7,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Mean Difference"));
 985   tab_text(self->t,8,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Std. Error Difference"));
 986   tab_text(self->t,9,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Lower"));
 987   tab_text(self->t,10,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Upper"));
 988
 989   tab_joint_text(self->t, 9, 1, 10, 1, TAB_CENTER | TAT_PRINTF,
 990                  _("%g%% Confidence Interval of the Difference"),
 991                  cmd->criteria*100.0);
 992
 993 }
 994
 995 /* Populate the independent samples trbox */
 996 void
 997 trbox_independent_samples_populate(struct trbox *self,
 998                                    struct cmd_t_test *cmd )
 999 {
1000   int i;
1001
1002   assert(self);
1003   for (i=0; i < cmd->n_variables; ++i)
1004     {
1005       double p,q;
1006
1007       double t;
1008       double df;
1009
1010       double df1, df2;
1011
1012       double pooled_variance;
1013       double std_err_diff;
1014       double mean_diff;
1015
1016       struct variable *var = cmd->v_variables[i];
1017       struct group_proc *grp_data = group_proc_get (var);
1018
1019       struct hsh_table *grp_hash = grp_data->group_hash;
1020
1021       struct group_statistics *gs0 ;
1022       struct group_statistics *gs1 ;
1023
1024       union value search_val;
1025
1026       if ( gp.criterion == CMP_LE )
1027         search_val.f = gp.v.critical_value - 1.0;
1028       else
1029         search_val = gp.v.g_value[0];
1030
1031       gs0 = hsh_find(grp_hash, (void *) &search_val);
1032       assert(gs0);
1033
1034       if ( gp.criterion == CMP_LE )
1035         search_val.f = gp.v.critical_value + 1.0;
1036       else
1037         search_val = gp.v.g_value[1];
1038
1039       gs1 = hsh_find(grp_hash, (void *) &search_val);
1040       assert(gs1);
1041
1042
1043       tab_text (self->t, 0, i*2+3, TAB_LEFT, var_get_name (cmd->v_variables[i]));
1044
1045       tab_text (self->t, 1, i*2+3, TAB_LEFT, _("Equal variances assumed"));
1046
1047
1048       tab_float(self->t, 2, i*2+3, TAB_CENTER, grp_data->levene, 8,3);
1049
1050       /* Now work out the significance of the Levene test */
1051       df1 = 1; df2 = grp_data->ugs.n - 2;
1052       q = gsl_cdf_fdist_Q(grp_data->levene, df1, df2);
1053
1054       tab_float(self->t, 3, i*2+3, TAB_CENTER, q, 8,3 );
1055
1056       df = gs0->n + gs1->n - 2.0 ;
1057       tab_float (self->t, 5, i*2+3, TAB_RIGHT, df, 2, 0);
1058
1059       pooled_variance = ( (gs0->n )*pow2(gs0->s_std_dev)
1060                           +
1061                           (gs1->n )*pow2(gs1->s_std_dev)
1062                         ) / df  ;
1063
1064       t = (gs0->mean - gs1->mean) / sqrt(pooled_variance) ;
1065       t /= sqrt((gs0->n + gs1->n)/(gs0->n*gs1->n));
1066
1067       tab_float (self->t, 4, i*2+3, TAB_RIGHT, t, 8, 3);
1068
1069       p = gsl_cdf_tdist_P(t, df);
1070       q = gsl_cdf_tdist_Q(t, df);
1071
1072       tab_float(self->t, 6, i*2+3, TAB_RIGHT, 2.0*(t>0?q:p) , 8, 3);
1073
1074       mean_diff = gs0->mean - gs1->mean;
1075       tab_float(self->t, 7, i*2+3, TAB_RIGHT, mean_diff, 8, 3);
1076
1077
1078       std_err_diff = sqrt( pow2(gs0->se_mean) + pow2(gs1->se_mean));
1079       tab_float(self->t, 8, i*2+3, TAB_RIGHT, std_err_diff, 8, 3);
1080
1081
1082       /* Now work out the confidence interval */
1083       q = (1 - cmd->criteria)/2.0;  /* 2-tailed test */
1084
1085       t = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,df);
1086       tab_float(self->t, 9, i*2+3, TAB_RIGHT,
1087                 mean_diff - t * std_err_diff, 8, 3);
1088
1089       tab_float(self->t, 10, i*2+3, TAB_RIGHT,
1090                 mean_diff + t * std_err_diff, 8, 3);
1091
1092
1093       {
1094         double se2;
1095       /* Now for the \sigma_1 != \sigma_2 case */
1096       tab_text (self->t, 1, i*2+3+1,
1097                 TAB_LEFT, _("Equal variances not assumed"));
1098
1099
1100       se2 = (pow2(gs0->s_std_dev)/(gs0->n -1) ) +
1101         (pow2(gs1->s_std_dev)/(gs1->n -1) );
1102
1103       t = mean_diff / sqrt(se2) ;
1104       tab_float (self->t, 4, i*2+3+1, TAB_RIGHT, t, 8, 3);
1105
1106       df = pow2(se2) / (
1107                        (pow2(pow2(gs0->s_std_dev)/(gs0->n - 1 ))
1108                         /(gs0->n -1 )
1109                         )
1110                        +
1111                        (pow2(pow2(gs1->s_std_dev)/(gs1->n - 1 ))
1112                         /(gs1->n -1 )
1113                         )
1114                        ) ;
1115       tab_float (self->t, 5, i*2+3+1, TAB_RIGHT, df, 8, 3);
1116
1117       p = gsl_cdf_tdist_P(t, df);
1118       q = gsl_cdf_tdist_Q(t, df);
1119
1120       tab_float(self->t, 6, i*2+3+1, TAB_RIGHT, 2.0*(t>0?q:p) , 8, 3);
1121
1122       /* Now work out the confidence interval */
1123       q = (1 - cmd->criteria)/2.0;  /* 2-tailed test */
1124
1125       t = gsl_cdf_tdist_Qinv(q, df);
1126
1127       tab_float(self->t, 7, i*2+3+1, TAB_RIGHT, mean_diff, 8, 3);
1128
1129
1130       tab_float(self->t, 8, i*2+3+1, TAB_RIGHT, std_err_diff, 8, 3);
1131
1132
1133       tab_float(self->t, 9, i*2+3+1, TAB_RIGHT,
1134                 mean_diff - t * std_err_diff, 8, 3);
1135
1136       tab_float(self->t, 10, i*2+3+1, TAB_RIGHT,
1137                 mean_diff + t * std_err_diff, 8, 3);
1138
1139       }
1140     }
1141 }
1142
1143 /* Initialize the paired samples trbox */
1144 void
1145 trbox_paired_init(struct trbox *self,
1146                            struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
1147 {
1148
1149   const int hsize=10;
1150   const int vsize=n_pairs+3;
1151
1152   self->populate = trbox_paired_populate;
1153
1154   trbox_base_init(self,n_pairs,hsize);
1155   tab_title (self->t, _("Paired Samples Test"));
1156   tab_hline(self->t,TAL_1,2,6,1);
1157   tab_vline(self->t,TAL_2,2,0,vsize - 1);
1158   tab_joint_text(self->t,2,0,6,0,TAB_CENTER,_("Paired Differences"));
1159   tab_box(self->t,-1,-1,-1,TAL_1, 2,1,6,vsize-1);
1160   tab_box(self->t,-1,-1,-1,TAL_1, 6,0,hsize-1,vsize-1);
1161   tab_hline(self->t,TAL_1,5,6, 2);
1162   tab_vline(self->t,TAL_GAP,6,0,1);
1163
1164   tab_joint_text(self->t, 5, 1, 6, 1, TAB_CENTER | TAT_PRINTF,
1165                  _("%g%% Confidence Interval of the Difference"),
1166                  cmd->criteria*100.0);
1167
1168   tab_text (self->t, 2, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
1169   tab_text (self->t, 3, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
1170   tab_text (self->t, 4, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error Mean"));
1171   tab_text (self->t, 5, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower"));
1172   tab_text (self->t, 6, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper"));
1173   tab_text (self->t, 7, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
1174   tab_text (self->t, 8, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
1175   tab_text (self->t, 9, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
1176 }
1177
1178 /* Populate the paired samples trbox */
1179 void
1180 trbox_paired_populate(struct trbox *trb,
1181                               struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
1182 {
1183   int i;
1184
1185   for (i=0; i < n_pairs; ++i)
1186     {
1187       double p,q;
1188       double se_mean;
1189
1190       double n = pairs[i].n;
1191       double t;
1192       double df = n - 1;
1193
1194       tab_text (trb->t, 0, i+3, TAB_LEFT | TAT_PRINTF, _("Pair %d"),i);
1195
1196       tab_text (trb->t, 1, i+3, TAB_LEFT | TAT_PRINTF, "%s - %s",
1197                 var_get_name (pairs[i].v[0]),
1198                 var_get_name (pairs[i].v[1]));
1199
1200       tab_float(trb->t, 2, i+3, TAB_RIGHT, pairs[i].mean_diff, 8, 4);
1201
1202       tab_float(trb->t, 3, i+3, TAB_RIGHT, pairs[i].std_dev_diff, 8, 5);
1203
1204       /* SE Mean */
1205       se_mean = pairs[i].std_dev_diff / sqrt(n) ;
1206       tab_float(trb->t, 4, i+3, TAB_RIGHT, se_mean, 8,5 );
1207
1208       /* Now work out the confidence interval */
1209       q = (1 - cmd->criteria)/2.0;  /* 2-tailed test */
1210
1211       t = gsl_cdf_tdist_Qinv(q, df);
1212
1213       tab_float(trb->t, 5, i+3, TAB_RIGHT,
1214                 pairs[i].mean_diff - t * se_mean , 8, 4);
1215
1216       tab_float(trb->t, 6, i+3, TAB_RIGHT,
1217                 pairs[i].mean_diff + t * se_mean , 8, 4);
1218
1219       t = (pairs[i].mean[0] - pairs[i].mean[1])
1220         / sqrt (
1221                 ( pow2 (pairs[i].s_std_dev[0]) + pow2 (pairs[i].s_std_dev[1]) -
1222                   2 * pairs[i].correlation *
1223                   pairs[i].s_std_dev[0] * pairs[i].s_std_dev[1] )
1224                 / (n - 1)
1225                 );
1226
1227       tab_float(trb->t, 7, i+3, TAB_RIGHT, t , 8,3 );
1228
1229       /* Degrees of freedom */
1230       tab_float(trb->t, 8, i+3, TAB_RIGHT, df , 2, 0 );
1231
1232       p = gsl_cdf_tdist_P(t,df);
1233       q = gsl_cdf_tdist_P(t,df);
1234
1235       tab_float(trb->t, 9, i+3, TAB_RIGHT, 2.0*(t>0?q:p) , 8, 3);
1236
1237     }
1238 }
1239
1240 /* Initialize the one sample trbox */
1241 void
1242 trbox_one_sample_init(struct trbox *self, struct cmd_t_test *cmd )
1243 {
1244   const int hsize=7;
1245   const int vsize=cmd->n_variables+3;
1246
1247   self->populate = trbox_one_sample_populate;
1248
1249   trbox_base_init(self, cmd->n_variables,hsize);
1250   tab_title (self->t, _("One-Sample Test"));
1251   tab_hline(self->t, TAL_1, 1, hsize - 1, 1);
1252   tab_vline(self->t, TAL_2, 1, 0, vsize - 1);
1253
1254   tab_joint_text(self->t, 1, 0, hsize-1,0, TAB_CENTER | TAT_PRINTF,
1255                  _("Test Value = %f"), cmd->n_testval[0]);
1256
1257   tab_box(self->t, -1, -1, -1, TAL_1, 1,1,hsize-1,vsize-1);
1258
1259
1260   tab_joint_text(self->t,5,1,6,1,TAB_CENTER  | TAT_PRINTF,
1261                  _("%g%% Confidence Interval of the Difference"),
1262                  cmd->criteria*100.0);
1263
1264   tab_vline(self->t,TAL_GAP,6,1,1);
1265   tab_hline(self->t,TAL_1,5,6,2);
1266   tab_text (self->t, 1, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
1267   tab_text (self->t, 2, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
1268   tab_text (self->t, 3, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
1269   tab_text (self->t, 4, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean Difference"));
1270   tab_text (self->t, 5, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower"));
1271   tab_text (self->t, 6, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper"));
1272
1273 }
1274
1275
1276 /* Populate the one sample trbox */
1277 void
1278 trbox_one_sample_populate(struct trbox *trb, struct cmd_t_test *cmd)
1279 {
1280   int i;
1281
1282   assert(trb->t);
1283
1284   for (i=0; i < cmd->n_variables; ++i)
1285     {
1286       double t;
1287       double p,q;
1288       double df;
1289       struct group_statistics *gs = &group_proc_get (cmd->v_variables[i])->ugs;
1290
1291
1292       tab_text (trb->t, 0, i+3, TAB_LEFT, var_get_name (cmd->v_variables[i]));
1293
1294       t = (gs->mean - cmd->n_testval[0] ) * sqrt(gs->n) / gs->std_dev ;
1295
1296       tab_float (trb->t, 1, i+3, TAB_RIGHT, t, 8,3);
1297
1298       /* degrees of freedom */
1299       df = gs->n - 1;
1300
1301       tab_float (trb->t, 2, i+3, TAB_RIGHT, df, 8,0);
1302
1303       p = gsl_cdf_tdist_P(t, df);
1304       q = gsl_cdf_tdist_Q(t, df);
1305
1306       /* Multiply by 2 to get 2-tailed significance, makeing sure we've got
1307          the correct tail*/
1308       tab_float (trb->t, 3, i+3, TAB_RIGHT, 2.0*(t>0?q:p), 8,3);
1309
1310       tab_float (trb->t, 4, i+3, TAB_RIGHT, gs->mean_diff, 8,3);
1311
1312
1313       q = (1 - cmd->criteria)/2.0;  /* 2-tailed test */
1314       t = gsl_cdf_tdist_Qinv(q, df);
1315
1316       tab_float (trb->t, 5, i+3, TAB_RIGHT,
1317                  gs->mean_diff - t * gs->se_mean, 8,4);
1318
1319       tab_float (trb->t, 6, i+3, TAB_RIGHT,
1320                  gs->mean_diff + t * gs->se_mean, 8,4);
1321     }
1322 }
1323
1324 /* Base initializer for the generalized trbox */
1325 void
1326 trbox_base_init(struct trbox *self, size_t data_rows, int cols)
1327 {
1328   const size_t rows = 3 + data_rows;
1329
1330   self->finalize = trbox_base_finalize;
1331   self->t = tab_create (cols, rows, 0);
1332   tab_headers (self->t,0,0,3,0);
1333   tab_box (self->t, TAL_2, TAL_2, TAL_0, TAL_0, 0, 0, cols -1, rows -1);
1334   tab_hline(self->t, TAL_2,0,cols-1,3);
1335   tab_dim (self->t, tab_natural_dimensions);
1336 }
1337
1338
1339 /* Base finalizer for the trbox */
1340 void
1341 trbox_base_finalize(struct trbox *trb)
1342 {
1343   tab_submit(trb->t);
1344 }
1345
1346
1347 /* Create , populate and submit the Paired Samples Correlation box */
1348 void
1349 pscbox(void)
1350 {
1351   const int rows=1+n_pairs;
1352   const int cols=5;
1353   int i;
1354
1355   struct tab_table *table;
1356
1357   table = tab_create (cols,rows,0);
1358
1359   tab_columns (table, SOM_COL_DOWN, 1);
1360   tab_headers (table,0,0,1,0);
1361   tab_box (table, TAL_2, TAL_2, TAL_0, TAL_1, 0, 0, cols -1, rows -1 );
1362   tab_hline(table, TAL_2, 0, cols - 1, 1);
1363   tab_vline(table, TAL_2, 2, 0, rows - 1);
1364   tab_dim(table, tab_natural_dimensions);
1365   tab_title(table, _("Paired Samples Correlations"));
1366
1367   /* column headings */
1368   tab_text(table, 2,0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
1369   tab_text(table, 3,0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Correlation"));
1370   tab_text(table, 4,0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig."));
1371
1372   for (i=0; i < n_pairs; ++i)
1373     {
1374       double p,q;
1375
1376       double df = pairs[i].n -2;
1377
1378       double correlation_t =
1379         pairs[i].correlation * sqrt(df) /
1380         sqrt(1 - pow2(pairs[i].correlation));
1381
1382
1383       /* row headings */
1384       tab_text(table, 0,i+1, TAB_LEFT | TAT_TITLE | TAT_PRINTF,
1385                _("Pair %d"), i);
1386
1387       tab_text(table, 1,i+1, TAB_LEFT | TAT_TITLE | TAT_PRINTF,
1388                _("%s & %s"),
1389                var_get_name (pairs[i].v[0]),
1390                var_get_name (pairs[i].v[1]));
1391
1392
1393       /* row data */
1394       tab_float(table, 2, i+1, TAB_RIGHT, pairs[i].n, 4, 0);
1395       tab_float(table, 3, i+1, TAB_RIGHT, pairs[i].correlation, 8, 3);
1396
1397       p = gsl_cdf_tdist_P(correlation_t, df);
1398       q = gsl_cdf_tdist_Q(correlation_t, df);
1399
1400       tab_float(table, 4, i+1, TAB_RIGHT, 2.0*(correlation_t>0?q:p), 8, 3);
1401     }
1402
1403   tab_submit(table);
1404 }
1405
1406
1407
1408
1409 /* Calculation Implementation */
1410
1411 /* Per case calculations common to all variants of the T test */
1412 static int
1413 common_calc (const struct dictionary *dict,
1414              const struct ccase *c,
1415              void *_cmd,
1416              const struct casefilter *filter)
1417 {
1418   int i;
1419   struct cmd_t_test *cmd = (struct cmd_t_test *)_cmd;
1420
1421   double weight = dict_get_case_weight (dict, c, &bad_weight_warn);
1422
1423
1424   /* Listwise has to be implicit if the independent variable is missing ?? */
1425   if ( cmd->sbc_groups )
1426     {
1427       if ( casefilter_variable_missing (filter, c, indep_var) )
1428         return 0;
1429     }
1430
1431   for(i = 0; i < cmd->n_variables ; ++i)
1432     {
1433       struct variable *v = cmd->v_variables[i];
1434
1435       if (! casefilter_variable_missing (filter, c, v) )
1436         {
1437           struct group_statistics *gs;
1438           const union value *val = case_data (c, v->fv);
1439           gs = &group_proc_get (cmd->v_variables[i])->ugs;
1440
1441           gs->n += weight;
1442           gs->sum += weight * val->f;
1443           gs->ssq += weight * val->f * val->f;
1444         }
1445     }
1446   return 0;
1447 }
1448
1449 /* Pre calculations common to all variants of the T test */
1450 static void
1451 common_precalc ( struct cmd_t_test *cmd )
1452 {
1453   int i=0;
1454
1455   for(i=0; i< cmd->n_variables ; ++i)
1456     {
1457       struct group_statistics *gs;
1458       gs= &group_proc_get (cmd->v_variables[i])->ugs;
1459
1460       gs->sum=0;
1461       gs->n=0;
1462       gs->ssq=0;
1463       gs->sum_diff=0;
1464     }
1465 }
1466
1467 /* Post calculations common to all variants of the T test */
1468 void
1469 common_postcalc (struct cmd_t_test *cmd)
1470 {
1471   int i=0;
1472
1473   for(i=0; i< cmd->n_variables ; ++i)
1474     {
1475       struct group_statistics *gs;
1476       gs= &group_proc_get (cmd->v_variables[i])->ugs;
1477
1478       gs->mean=gs->sum / gs->n;
1479       gs->s_std_dev= sqrt(
1480                          ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1481                          ) ;
1482
1483       gs->std_dev= sqrt(
1484                          gs->n/(gs->n-1) *
1485                          ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1486                          ) ;
1487
1488       gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1489       gs->mean_diff= gs->sum_diff / gs->n;
1490     }
1491 }
1492
1493 /* Per case calculations for one sample t test  */
1494 static int
1495 one_sample_calc (const struct dictionary *dict,
1496                  const struct ccase *c, void *cmd_,
1497                  const struct casefilter *filter)
1498 {
1499   int i;
1500
1501   struct cmd_t_test *cmd = (struct cmd_t_test *)cmd_;
1502
1503   double weight = dict_get_case_weight (dict, c, &bad_weight_warn);
1504
1505
1506   for(i=0; i< cmd->n_variables ; ++i)
1507     {
1508       struct group_statistics *gs;
1509       struct variable *v = cmd->v_variables[i];
1510       const union value *val = case_data (c, v->fv);
1511
1512       gs= &group_proc_get (cmd->v_variables[i])->ugs;
1513
1514       if ( ! casefilter_variable_missing (filter, c, v))
1515         gs->sum_diff += weight * (val->f - cmd->n_testval[0]);
1516     }
1517
1518   return 0;
1519 }
1520
1521 /* Pre calculations for one sample t test */
1522 static void
1523 one_sample_precalc ( struct cmd_t_test *cmd )
1524 {
1525   int i=0;
1526
1527   for(i=0; i< cmd->n_variables ; ++i)
1528     {
1529       struct group_statistics *gs;
1530       gs= &group_proc_get (cmd->v_variables[i])->ugs;
1531
1532       gs->sum_diff=0;
1533     }
1534 }
1535
1536 /* Post calculations for one sample t test */
1537 static void
1538 one_sample_postcalc (struct cmd_t_test *cmd)
1539 {
1540   int i=0;
1541
1542   for(i=0; i< cmd->n_variables ; ++i)
1543     {
1544       struct group_statistics *gs;
1545       gs= &group_proc_get (cmd->v_variables[i])->ugs;
1546
1547       gs->mean_diff = gs->sum_diff / gs->n ;
1548     }
1549 }
1550
1551
1552
1553 static void
1554 paired_precalc (struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
1555 {
1556   int i;
1557
1558   for(i=0; i < n_pairs ; ++i )
1559     {
1560       pairs[i].n = 0;
1561       pairs[i].sum[0] = 0;      pairs[i].sum[1] = 0;
1562       pairs[i].ssq[0] = 0;      pairs[i].ssq[1] = 0;
1563       pairs[i].sum_of_prod = 0;
1564       pairs[i].correlation = 0;
1565       pairs[i].sum_of_diffs = 0;
1566       pairs[i].ssq_diffs = 0;
1567     }
1568
1569 }
1570
1571
1572 static int
1573 paired_calc (const struct dictionary *dict, const struct ccase *c,
1574              struct cmd_t_test *cmd UNUSED, const struct casefilter *filter)
1575 {
1576   int i;
1577
1578   double weight = dict_get_case_weight (dict, c, &bad_weight_warn);
1579
1580   for(i=0; i < n_pairs ; ++i )
1581     {
1582       struct variable *v0 = pairs[i].v[0];
1583       struct variable *v1 = pairs[i].v[1];
1584
1585       const union value *val0 = case_data (c, v0->fv);
1586       const union value *val1 = case_data (c, v1->fv);
1587
1588       if (  ! casefilter_variable_missing (filter, c, v0) &&
1589             ! casefilter_variable_missing (filter, c, v1) )
1590         {
1591           pairs[i].n += weight;
1592           pairs[i].sum[0] += weight * val0->f;
1593           pairs[i].sum[1] += weight * val1->f;
1594
1595           pairs[i].ssq[0] += weight * pow2(val0->f);
1596           pairs[i].ssq[1] += weight * pow2(val1->f);
1597
1598           pairs[i].sum_of_prod += weight * val0->f * val1->f ;
1599
1600           pairs[i].sum_of_diffs += weight * ( val0->f - val1->f ) ;
1601           pairs[i].ssq_diffs += weight * pow2(val0->f - val1->f);
1602         }
1603     }
1604
1605   return 0;
1606 }
1607
1608 static void
1609 paired_postcalc (struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
1610 {
1611   int i;
1612
1613   for(i=0; i < n_pairs ; ++i )
1614     {
1615       int j;
1616       const double n = pairs[i].n;
1617
1618       for (j=0; j < 2 ; ++j)
1619         {
1620           pairs[i].mean[j] = pairs[i].sum[j] / n ;
1621           pairs[i].s_std_dev[j] = sqrt((pairs[i].ssq[j] / n -
1622                                               pow2(pairs[i].mean[j]))
1623                                      );
1624
1625           pairs[i].std_dev[j] = sqrt(n/(n-1)*(pairs[i].ssq[j] / n -
1626                                               pow2(pairs[i].mean[j]))
1627                                      );
1628         }
1629
1630       pairs[i].correlation = pairs[i].sum_of_prod / pairs[i].n -
1631         pairs[i].mean[0] * pairs[i].mean[1] ;
1632       /* correlation now actually contains the covariance */
1633
1634       pairs[i].correlation /= pairs[i].std_dev[0] * pairs[i].std_dev[1];
1635       pairs[i].correlation *= pairs[i].n / ( pairs[i].n - 1 );
1636
1637       pairs[i].mean_diff = pairs[i].sum_of_diffs / n ;
1638
1639       pairs[i].std_dev_diff = sqrt (  n / (n - 1) * (
1640                                     ( pairs[i].ssq_diffs / n )
1641                                     -
1642                                     pow2(pairs[i].mean_diff )
1643                                     ) );
1644     }
1645 }
1646
1647 static void
1648 group_precalc (struct cmd_t_test *cmd )
1649 {
1650   int i;
1651   int j;
1652
1653   for(i=0; i< cmd->n_variables ; ++i)
1654     {
1655       struct group_proc *ttpr = group_proc_get (cmd->v_variables[i]);
1656
1657       /* There's always 2 groups for a T - TEST */
1658       ttpr->n_groups = 2;
1659
1660       gp.indep_width = var_get_width (indep_var);
1661
1662       ttpr->group_hash = hsh_create(2,
1663                                     (hsh_compare_func *) compare_group_binary,
1664                                     (hsh_hash_func *) hash_group_binary,
1665                                     (hsh_free_func *) free_group,
1666                                     (void *) &gp );
1667
1668       for (j=0 ; j < 2 ; ++j)
1669         {
1670
1671           struct group_statistics *gs = xmalloc (sizeof *gs);
1672
1673           gs->sum = 0;
1674           gs->n = 0;
1675           gs->ssq = 0;
1676
1677           if ( gp.criterion == CMP_EQ )
1678             {
1679               gs->id = gp.v.g_value[j];
1680             }
1681           else
1682             {
1683               if ( j == 0 )
1684                 gs->id.f = gp.v.critical_value - 1.0 ;
1685               else
1686                 gs->id.f = gp.v.critical_value + 1.0 ;
1687             }
1688
1689           hsh_insert ( ttpr->group_hash, (void *) gs );
1690
1691         }
1692     }
1693
1694 }
1695
1696 static int
1697 group_calc (const struct dictionary *dict,
1698             const struct ccase *c, struct cmd_t_test *cmd,
1699             const struct casefilter *filter)
1700 {
1701   int i;
1702
1703   const double weight =
1704     dict_get_case_weight (dict, c, &bad_weight_warn);
1705
1706   const union value *gv;
1707
1708   if ( casefilter_variable_missing (filter, c, indep_var))
1709     return 0;
1710
1711   gv = case_data (c, indep_var->fv);
1712
1713   for(i=0; i< cmd->n_variables ; ++i)
1714     {
1715       struct variable *var = cmd->v_variables[i];
1716       const union value *val = case_data (c, var->fv);
1717       struct hsh_table *grp_hash = group_proc_get (var)->group_hash;
1718       struct group_statistics *gs;
1719
1720       gs = hsh_find(grp_hash, (void *) gv);
1721
1722       /* If the independent variable doesn't match either of the values
1723          for this case then move on to the next case */
1724       if ( ! gs )
1725         return 0;
1726
1727       if ( ! casefilter_variable_missing (filter, c, var) )
1728         {
1729           gs->n += weight;
1730           gs->sum += weight * val->f;
1731           gs->ssq += weight * pow2(val->f);
1732         }
1733     }
1734
1735   return 0;
1736 }
1737
1738
1739 static void
1740 group_postcalc ( struct cmd_t_test *cmd )
1741 {
1742   int i;
1743
1744   for (i = 0; i < cmd->n_variables ; ++i)
1745     {
1746       struct variable *var = cmd->v_variables[i];
1747       struct hsh_table *grp_hash = group_proc_get (var)->group_hash;
1748       struct hsh_iterator g;
1749       struct group_statistics *gs;
1750       int count=0;
1751
1752       for (gs =  hsh_first (grp_hash,&g);
1753            gs != 0;
1754            gs = hsh_next(grp_hash,&g))
1755         {
1756           gs->mean = gs->sum / gs->n;
1757
1758           gs->s_std_dev= sqrt(
1759                               ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1760                               ) ;
1761
1762           gs->std_dev= sqrt(
1763                             gs->n/(gs->n-1) *
1764                             ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1765                             ) ;
1766
1767           gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1768           count ++;
1769         }
1770       assert(count == 2);
1771     }
1772 }
1773
1774
1775
1776 static bool
1777 calculate(const struct ccase *first, const struct casefile *cf,
1778           void *cmd_, const struct dataset *ds)
1779 {
1780   const struct dictionary *dict = dataset_dict (ds);
1781   struct ssbox stat_summary_box;
1782   struct trbox test_results_box;
1783
1784   struct casereader *r;
1785   struct ccase c;
1786
1787   struct cmd_t_test *cmd = (struct cmd_t_test *) cmd_;
1788
1789   struct casefilter *filter = casefilter_create (cmd->miss != TTS_INCLUDE,
1790                                                  NULL, 0);
1791
1792   if ( cmd->miss == TTS_LISTWISE )
1793     casefilter_add_variables (filter,
1794                               cmd->v_variables, cmd->n_variables);
1795
1796   output_split_file_values (ds, first);
1797   common_precalc (cmd);
1798   for(r = casefile_get_reader (cf, filter);
1799       casereader_read (r, &c) ;
1800       case_destroy (&c))
1801     {
1802       common_calc (dict, &c, cmd, filter);
1803     }
1804
1805   casereader_destroy (r);
1806   common_postcalc (cmd);
1807
1808   switch(mode)
1809     {
1810     case T_1_SAMPLE:
1811       one_sample_precalc (cmd);
1812       for(r = casefile_get_reader (cf, filter);
1813           casereader_read (r, &c) ;
1814           case_destroy (&c))
1815         {
1816           one_sample_calc (dict, &c, cmd, filter);
1817         }
1818       casereader_destroy (r);
1819       one_sample_postcalc (cmd);
1820       break;
1821     case T_PAIRED:
1822       paired_precalc(cmd);
1823       for(r = casefile_get_reader (cf, filter);
1824           casereader_read (r, &c) ;
1825           case_destroy (&c))
1826         {
1827           paired_calc (dict, &c, cmd, filter);
1828         }
1829       casereader_destroy (r);
1830       paired_postcalc (cmd);
1831
1832       break;
1833     case T_IND_SAMPLES:
1834
1835       group_precalc(cmd);
1836       for(r = casefile_get_reader (cf, filter);
1837           casereader_read (r, &c) ;
1838           case_destroy (&c))
1839         {
1840           group_calc (dict, &c, cmd, filter);
1841         }
1842       casereader_destroy (r);
1843       group_postcalc(cmd);
1844
1845       levene (dict, cf, indep_var, cmd->n_variables, cmd->v_variables,
1846               filter);
1847       break;
1848     }
1849
1850   casefilter_destroy (filter);
1851
1852   ssbox_create(&stat_summary_box,cmd,mode);
1853   ssbox_populate(&stat_summary_box,cmd);
1854   ssbox_finalize(&stat_summary_box);
1855
1856   if ( mode == T_PAIRED)
1857       pscbox();
1858
1859   trbox_create(&test_results_box,cmd,mode);
1860   trbox_populate(&test_results_box,cmd);
1861   trbox_finalize(&test_results_box);
1862
1863   return true;
1864 }
1865
1866 short which_group(const struct group_statistics *g,
1867                   const struct group_properties *p);
1868
1869 /* Return -1 if the id of a is less than b; +1 if greater than and
1870    0 if equal */
1871 static int
1872 compare_group_binary(const struct group_statistics *a,
1873                      const struct group_statistics *b,
1874                      const struct group_properties *p)
1875 {
1876   short flag_a;
1877   short flag_b;
1878
1879   if ( p->criterion == CMP_LE )
1880     {
1881       /* less-than-or-equal comparision is not meaningfull for
1882          alpha variables, so we shouldn't ever arrive here */
1883       assert(p->indep_width == 0 ) ;
1884
1885       flag_a = ( a->id.f < p->v.critical_value ) ;
1886       flag_b = ( b->id.f < p->v.critical_value ) ;
1887     }
1888   else
1889     {
1890       flag_a = which_group(a, p);
1891       flag_b = which_group(b, p);
1892     }
1893
1894   if (flag_a < flag_b )
1895     return -1;
1896
1897   return (flag_a > flag_b);
1898 }
1899
1900 /* This is a degenerate case of a hash, since it can only return three possible
1901    values.  It's really a comparison, being used as a hash function */
1902
1903 static unsigned
1904 hash_group_binary(const struct group_statistics *g,
1905                   const struct group_properties *p)
1906 {
1907   short flag = -1;
1908
1909   if ( p->criterion == CMP_LE )
1910     {
1911       /* Not meaningfull to do a less than compare for alpha values ? */
1912       assert(p->indep_width == 0 ) ;
1913       flag = ( g->id.f < p->v.critical_value ) ;
1914     }
1915   else if ( p->criterion == CMP_EQ)
1916     {
1917       flag = which_group(g,p);
1918     }
1919   else
1920     NOT_REACHED ();
1921
1922   return flag;
1923 }
1924
1925 /* return 0 if G belongs to group 0,
1926           1 if it belongs to group 1,
1927           2 if it belongs to neither group */
1928 short
1929 which_group(const struct group_statistics *g,
1930             const struct group_properties *p)
1931 {
1932
1933   if ( 0 == compare_values (&g->id, &p->v.g_value[0], p->indep_width))
1934     return 0;
1935
1936   if ( 0 == compare_values (&g->id, &p->v.g_value[1], p->indep_width))
1937     return 1;
1938
1939   return 2;
1940 }
1941