Merge remote branch 'origin/master' into psppsheet

Logistic Regression: Ignore cases with missing dependent variables.

Prior to this change, cases with missing values in the predictor
variables were ignored, but cases with missing values only in the
dependent variable would provoke an error.  Subsequent to this change
such cases are also ignored.  This seems to be the behaviour of other
software, despite what their documentation may suggest.

Logistic Regression: Added options dialog box

Logistic Regression: Added a test to check the confidence interval display

Logistic Regression: Fix bug where some confidence intervals were not reported.

Logistic Regression: Calculate the logs of the likelihood instead of the raw value.

The likelihood values can become extremely large which can result in
lost precision in a double.  This change therefore calculates the
logarithms of the likelihoods instead of their actual value.

Logistic Regression Dialog: Added missing shortcut target.

Changed the labels of the Regression menu to keep them shorter.

Added rudimentary version of the Logistic Regression Dialog

Analyze Menu: New submenu for Regression

Move the Linear Regression menuitem into a new submenu Regression.
This is in preparation for a new menuitem for Logistic Regression

Fix (again) problems displaying a GtkSourceView widget on Cygwin

Under certain compiler options, the effect of the gtk_*get_type
function call was optimised away.  This change fixes that.  It
seems that both static and volatile are necessary, in order to
avoid the compiler from complaining and/or optimising the call
away.

Logistic Regression: Optimise the classification calculations.

Instead of calculating the logit of the prediction for each case,
pre-calculate the inverse logit of the threshold before the process
starts.  This should give a small performance gain..

Fixed Texinfo problems which arise under Texinfo 4.13.90

Logistic Regression: Added the Classification Table

Added a table to logistic regression to show how the predicted values
would be classified by the calculated coefficients.

logistic.c: minor refactoring

Fix possible memory corruption when creating dialogs with selectors.

The PsppireSelector widget's class structure contains a map of selectors
indexed by the source widget with which they are associated.  Until now, that
map was never depopulated.   This could have caused problems if newly created
widgets happened to use the same address as old, destroyed ones.  This change
removes selectors from the map upon destruction.

Logistic Regression: Handle missing categoricals

Ensure that missing values on categorical predictors are handled properly.

Logistic Regression: Fix crash if categorical variable has no distinct values

Remove empty _finalize function

Find dialog: Don't crash when searching for a non-existant label.

Small refactoring and cleanup of psppire-selector.c

Made explicit variables from some expressions.  This provides
the opportinutiy to test if they are valid.

Remove _base_init and base_finalize functions from psppire-selector

Gtk+ documentation recommends these are avoided in modern code.
They differ only from class_init in the case where the class has subclasses,
which PsppireSelector does not.

Merge 'master' into 'psppsheet'.

Logistic Regression: Added categorical variable support

With this commit Logistic Regression now supports the /CATEGORICALS
subcommand, allowing a dependent variable to be regressed against one
or more categorical predictor variables.

pspp-sheet-view: Make Home and End go to left and right of sheet.

Requested by rocko mazuki <rockorocko@gmail.com>.

pspp-sheet-view: Enable Home and End in sheet.

However, they go to the top and bottom.

pspp-sheet-view: Refactor pspp_sheet_view_event().

This form seems easier to extend to new key combinations that include
Cnotrol or Shift or Alt.

gui: Rename psppire_data_sheet_show_variable().

psppire_data_sheet_goto_variable() is a more accurate name for the revised
behavior of this function.

psppire-data-sheet: Set cursor on row in psppire_data_sheet_show_variable().

psppire_data_sheet_show_variable() only ensured that the variable in
question was visible in the data sheet.  This commit makes it also put
the cursor on the variable's column.  This affects the function's two
callers: the Find Dialog now selects a cell instead of an entire row,
and double-clicking a row number in the variable sheet now does likewise.

This solves a problem reported by John Darrington, who reported that
double-clicking on a row number in the variable sheet did not change
the selected cell but only switched to the data sheet.

psppire-button-editable: Fix infinite recursion in button-release-event.

"release" and "button-release-event" are different.  Before commit
8f843c3a5e905c (Avoid deprecated function: gtk_button_released),
psppire_button_editable_button_release() invoked the former.  That commit
changed it to invoke the latter, which is the same signal that the
function itself implements, hence causing infinite recursion.  This commit
changes it to invoke the former.

Without this commit, the following instructions reliably crash for me:

1. Load a data file, click over to variables tab.
2. Click on a ... button in the Type column.
3. Click on Cancel button in Type dialog.
4. Click on the same ... button as before.

With this commit, those instructions don't crash (the Type dialog pops
back up after step 4, as it should).

Reported by John Darrington.

Categoricals.c: Ensure that categories are processed order of their categorical variable(s).

Some procedures require that categoricals are processed in a particular order.
Mathematically, the order is irrelevant, however for reporting purposes it is
sometimes required.  This change adds a level of indirection, so that the codes
are allocated in ascending order of the categorical variable.

Categoricals: Provide separate functions for effects and dummy coding.

Until now, the function categoricals_get_code_for_case returned the
"effects" coding (ie, a bipolar code).  Some uses require "dummy" coding
(a binary coding).  This change provides seperate functions to return
whatever is desired.

Conflicts:

src/language/stats/logistic.c

Fixed some compiler warnings, which arose from recent commits.

Added mnemonics to rank types dialog

Added markup to GUI elements where necessary

Fix bug in parse_design_interaction.

Previously this function would crash if it failed to succesfully parse
an interaction. This change fixes that.

Categoricals: Accept null pointer as subject.

Previously, certain functions would crash, or behave badly if their
argument was NULL.  This change makes them do nothing, or return
default values, as appropriate.  This saves callers having to always
test for NULL.

cateoricals.c categoricals.h clean up.

Removed a prototype whose implementation no longer exists.
Added a few comments.
Whitespace changes.

Added mnemonic to t-test options dialog

Added Mnemonics to the value chooser widget and to the recode dialog.

Added markup to the spilt-file dialog

Compute Dialog: Add mnemonics and focus widgets on activation.

logistic.c: Fix read from uninitialised memory.

Found-by valgrind.

pspp-sheet-view: Fix warning using arrow keys to navigate column buttons.

Before this commit, clicking on a column head button in the data sheet,
then holding down the right arrow key until the data sheet began to scroll
right would often produce a warning of the form:

** (psppire:16451): WARNING **: Internal button not found

because nothing caused the underlying GtkButton to be instantiated in this
scenario.  This commit fixes the problem.

Merge 'master' into 'psppsheet'.

pspp-sheet-view: Make Shift+Tab select only one cell when switching rows.

Before this commit, Shift+Tab at the start of a row in the data sheet would
select both the new cell and the cell below it.  After this commit, only
the new cell is selected, as one would expect.

Reported by John Darrington.

Move function parse_design_interaction into variable-parser.c

This function is (or will be) used by several procedures, so
make it public.

glm.c: (lex_match_variable and parse_design_interaction) remove dependence on struct glm

Made these functions independent of struct glm, so that they can potentially be reused
for other procedures.

Anova Dialog: Fix widget associations

logistic.c  : Avoid compiler warnings

GUI: Added Mnemonic keys to Examine dialog

gui: Make Tab, Shift+Tab skip row head and new-var columns in data sheet.

Before this commit, Tab and Shift+Tab acted just like Left and Right in
the data sheet, that is, they visit every column except the row head
column and always stay on the same row.  After this commit, Tab and
Shift+Tab skip the row head and new-variable columns.  Also, Tab at the
end of a row goes to the beginning of the next row, and Shift+Tab at the
beginning of a row goes to the end of the previous row.

Suggested by John Darrington.

First attempt at a LOGISTIC REGRESSION command

Updated my entry in AUTHORS

psppire-data-sheet: Implement Edit|Paste.

This missing feature was reported by John Darrington.

psppire-data-sheet: Implement Edit|Cut.

I overlooked this earlier.

Reported by John Darrington.

psppire-var-sheet: Make clicking on Variables column select all data.

This does what users expect in the variable sheet.

Reported by John Darrington.

psppire-data-sheet: Make clicking on Cases column select all data.

This does what users expect in the data sheet.

Reported by John Darrington.

pspp-sheet-view-column: Make clicking on a row head column select all data.

This is what users typically expect: clicking on the upper-left of a
spreadsheet selects all of the cells in the spreadsheet.

psppire-data-sheet: Use specific functions instead of g_object_set().

Using particular functions seems less error-prone, since it avoids the
possibility of misspelling a property name or getting their values' types
wrong.

pspp-sheet-view-column: Be consistent about use of !! for booleans.

When "x = !!x;" is used, there's no need to use "x?TRUE:FALSE" later,
since one knows that the value is already 0 or 1, but some code did this
anyway.

This is a cleanup only that should not change behavior.

doc/introduction.texi: Update documentations introductory section

doc/automake.mk: Added a convenience rule for building all the documentation formats

doc/automake.mk: Replace lines inadvertently removed by previous commit

doc/automake.mk: Added further mutations to docbook xml to workaround makeinfo bugs

doc/automake.mk: New mutations to generated docbook xml to workaround makeinfo bugs

Fix bug where, after double-clicking to switch sheet view, a spurious release event was processed.

From http://developer.gnome.org/gdk/2.24/gdk-Event-Structures.html#GdkEventButton

  Double and triple-clicks result in a sequence of events being received. For
  double-clicks the order of events will be:

   1.  GDK_BUTTON_PRESS
   2.  GDK_BUTTON_RELEASE
   3.  GDK_BUTTON_PRESS
   4.  GDK_2BUTTON_PRESS
   5.  GDK_BUTTON_RELEASE

So what was happening was this:  When the var-name was double-clicked, the view switched
from VarView to DataView as soon as  event 4 (GDK_2BUTTON_PRESS) occured.  Then event 5
(GDK_BUTTON_RELEASE) occured.

Now the PsppSheetView object is written such that, it decides to edit a cell, on button
release event. Hence, whichever cell the pointer happended to be in, when the user lifts
his finger after double clicking, starts to be edited.

This change ignores button release events on the object unless a corresponding button press
event was seen.

psppire-data-editor: Keep value labels setting across Windows|Split.

Before this commit, Windows|Split always turned off displaying value
labels in data sheet cells.  This commit causes this setting to be
preserved across Windows|Split.

Avoid deprecated function: gtk_button_released

configure.ac: Increase pango minimum version from 1.20 to 1.22

Commit bd4d6e7453 (cairo: Avoid deprecated
pango_cairo_font_map_create_context().) added a dependency on pango
version 1.22 or later, but configure.ac only checked for version 1.20
or later.  This commit fixes the discrepancy.

INSTALL already documented that Pango 1.22 or later was needed.

Reported by John Darrington.

tests: Better isolate search text in test of error reporting.

Some GNU/Linux distributions print additional text on a segfault,
e.g. "Cannot exec debugger: No such file or directory", which this
test was seeing in output and interpreting as a failed test.  This
commit fixes the problem by ignoring text up to the ***** line that
marks the start of the expected output.

Bug #37444.
Reported by Mindaugus.

Remove variable assigned to but never used.

Found by GCC 4.7.

Merge 'master' into 'psppsheet'.

Suppress GCC 4.7 warnings by changes to code that make it less clear.

I'm not entirely happy with these changes, because they make the code
slightly less obvious.  However, it's still not really bad code, and
it's convenient to have a warning-free build.

Suppress GCC 4.7 warnings due to unimplemented features.

GCC 4.7 complains that the variables removed by this commit are
assigned values that are not used.  Fair enough, so this commit
removes them.

gnumeric-reader: Add cast to suppress warning.

This suppresses a GCC warning for a mismatch between
xmlInputCloseCallback, which takes a "void *" parameter, and
gzclose(), which takes a "gzFile" (which is "struct gzFile_s *").

This came up with an upgrade from "squeeze" to "wheezy".  I assume
that a gzclose prototype became visible or that gzFile changed away
from "void *".

An alternative would be to write a trampoline to just transform one
pointer type to the other, but the xmlReaderForIO() invocation
already has one function cast so a second cast doesn't make it much
worse.

split-file-dialog: Add use of unused variable in split_file_dialog().

'selector' was assigned but never used, but here's a use.

Reported by GCC 4.7.

Suppress warnings for suspicious use of "enum" constants.

In each case, the code is using values of enums in valid ways that
GCC 4.7 does not expect, so use a cast to suppress the warnings.

gui: Check return value of gtk_tree_model_get_iter().

In these two cases the return value was assigned to a variable but
never used.  This commit adds a check for the return value.

cairo: Avoid deprecated pango_cairo_font_map_create_context().

Pango 1.30 that is in Debian "wheezy" has marked this function as
deprecated.  The replacement pango_font_map_create_context() was
introduced in Pango 1.22, which was also in Debian "squeeze" (which
had Pango 1.28), so it seems safe to switch without worrying about
a Pango version check.

Remove unused "finalize" functions.

A finalize function that just calls into the parent class finalize
function is a no-op that need not exist.

Remove variables assigned to but never used.

Each of the variables removed here was assigned a value that was
never used, the assignment didn't have any useful side effects, and
I don't see anything that the variable should have been used for.

Found by GCC 4.7.

EXAMINE: Avoid useless call to casereader_count_cases().

The return value is never used, and this call could have significant
expense (it could cause the data to be read an extra time), so do not
do it.

Reported by GCC 4.7.

CROSSTABS: Fix bug in check for REPORT in general mode.

Found by GCC 4.7.

expressions: Fix coercion of numbers to booleans at top level.

The check for the expected type in type_check() used the wrong
constant (a node type instead of an expression type) and so the
"if" test was never true.  Also, OP_NUM_TO_BOOLEAN is binary, not
unary, so fixing just the test caused an assertion failure.

This commit fixes both problems and adds a test.

Found by GCC 4.7 report of a type mismatch.

gtk.h wrapper: Added *_set_realized and set_mapped

We are using these functions, but they are not defined for older gtk versions.

src/data/data-out.c: Added assertion to catch negative values

If the contents of string does not contain a '.', then integer_digits
will end up negative, thus causing a crash later.  This change adds
an assertion to catch this condition and thus make the diagnosis easier
should it ever occur.

Added keybindings to move to the extremities of the sheet.

Altered the Home key to move far left instead of up.
Added Ctrl Left/Right/Up/Down to move to the far edges of the
sheet.

This behaviour is consistent with other software.

Perl Module: Avoid forcing scalar value into a pointer.

The code fragment:  struct dictionary *dict = (void *) SvIV (dict_sv);
is dangerous.  This fix uses the properl Perl XS mechanism to get
the pointer and the scalar associated with the dictionary.

Reviewed-By: Ben Pfaff

psppire-cell-renderer: Fix behavior of repeated clicks on a button.

I'm not sure why I thought this code was necessary.  Removing it
fixes the problem, which John Darrington reported as:

1. Create or load a dataset with one or more variables.
2. Switch to the variable sheet.
3. Click on one of the in-cell buttons (for example) Value Labels.
4. After the dialog box appears, cancel it with the cancel button.
5. The dialog closes, and the button which invoked it, now has the
focus.  However clicking on that button again refuses to bring the
dialog back.  One has to move off the button and onto the cell
background.

psppire-var-sheet: Allow adjusting width of string variables.

John Darrington pointed out that the "width" column in the variable
sheet didn't allow the width to be modified with a spin button for
string variables, as it did for numeric variables.  This commit
fixes the problem.

The reordering in on_var_column_edited() is necessary because the
print format of a string variable can't be changed to a different
width before changing the variable's width.  (The change from
var_set_print_format() to var_set_both_formats() is not
necessary.  It is for consistency with changing variable type and
format via the var-type-dialog.)

var-type-dialog: Adjust packing parameters

Merge branch 'master' into psppsheet

Update widgets.c from psppsheet branch

Fix memory leak in sys-file-reader.c

ref count the linreg structure so as to avoid double free problems

sys-file-reader: Fix setjmp() technicality.

The C standards say that the compiler is allowed to optimize away
changes to local variables within a function between a call to
setjmp() and a later call to longjmp(), unless the local variables
are volatile-qualified.

The 'info' local variable in sfm_open_reader() fits this
description but wasn't volatile-qualified.  This commit fixes that,
even though my compiler didn't in fact seem to have a problem with
the previous version.

sys-file-reader: Fix memory leak.

The C standards say that the compiler is allowed to optimize away
changes to local variables within a function between a call to
setjmp() and a later call to longjmp(), unless the local variables
are volatile-qualified.

The 'dict' local variable in sfm_open_reader() fits this
description but wasn't volatile-qualified.  GCC in fact optimized
out the changes on my system, and this commit fixes that.

widgets: Insert (void) cast in call, to suppress GCC warning.

Otherwise GCC tells me that the call has no effect.

widgets: #include missing header file.

It didn't build for me otherwise.