Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Remove remaining GladeXML references from psppire-data-window.c

Oops

linreg.c: (pspp_linreg_mse) New accessor function

regression.q: (reg_stats_r) Report root MSE instead of std. error of
R-squared. Fixes bug 25677.

Removed most uses of GladeXML from data window

Set the filename on loading a new file

Refactor code from psppire.c

Instead of using custom code for loading files given
on the command line, instead use code from psppire-data-window.c

Unsaved indicator for data files.

Add callback to dictionary and dataset.  Use these callbacks
to set  a flag for the gui to indicate when a data file is
saved or not saved.

Add a set_unsaved method.

Added a psppire_window_set_unsaved method, which can be
used to indicate that the contents of a window has been
modified since it was last saved.
Use this method for the syntax window.

Reorder sources list

Try to keep them alphabetical.

Merge commit 'window-manager/master'

Fix problems with make distcheck

Fix signature of connect_help

Replace "usage" property with a "description" property

Re enable the connect_help function

convert labels and missing values dialogs to GtkBuilder

Set more appropriate default names for Syntax and Output windows.

Syntax windows now default to "Syntax" and output windows to "Output".

Converted output-viewer.glade to GtkBuilder

covariance-matrix.c (covariance_matrix_init): pass pointer to
result->n_variables instead of stack variable n_variables.

covariance-matrix.c (covariance_hsh_create): Accept pointer to number
of variables instead of size_t.

Converted syntax-editor definition from libglade to gtkbuilder

Merge branch 'master' of /home/john/Development/pspp-window-manager

Conflicts:

src/ui/gui/crosstabs-dialog.c
src/ui/gui/helper.c

Merge commit 'HEAD'; commit 'savannah/master'

Conflicts:

src/ui/gui/crosstabs-dialog.c
src/ui/gui/goto-case-dialog.c
src/ui/gui/helper.c
src/ui/gui/output-viewer.c
src/ui/gui/output-viewer.h
src/ui/gui/psppire.c
src/ui/gui/regression-dialog.c

Use the sum of weights of only those cases which are valid to
calculate percentiles.

Fixes bug #25522

Skip the SAVE subcommand if no valid data are present, instead of crashing.
Fix for bug 25523

Use c-ctype functions in lexer.

Lexical analysis should not depend upon the locale,
so change is* functions from ctype.h to the c_is*
counterparts from gnulib.  This should avoid potential
i18n issues.

Prevent test failure when non-English language selected

Added a brief description of the --enable-relocatable flag to INSTALL

Added LIB_CLOSE to link flags for test programs.

This allows all binaries needed by "make check" to be built.

Add LIB_CLOSE to link command for dissect-sysfile program.

Link against -lws2_32 on Windows.

Gnulib commit df1da811, "Fix link errors on Windows when close
module is used", adds a Makefile variable $(LIB_CLOSE) that expands
to -lws2_32.  This commit adds that variable to the linker command
line.

It might not be necessary to add this to both pspp and psppire,
but it shouldn't hurt.

Fix minor build issues.

Remove dependence on lib/misc which no longer exists.
Add new file src/math/wilcoxon-sig.[ch] to makefile.

wilcoxon: Drop now-unnecessary timer support.

Calculating the Wilcoxon significance level now takes only a
fraction of a second, so there is no need to support a timer.

Also, report the problem if the significance level cannot be
calculated.

Speed up Wilcoxon matched-pairs signed-ranks significance routine.

The performance of this routine was O(2**N).  This improves it to
O(N*W).  For N=30, W=120 this reduces calculation time from 6m9s
to .002s, which is a 123000x speedup.

Refer to bug #25466 for more information.

perl-module: fix version mismatch between module and PSPP

The version number update in the previous Perl module commit
broke the Perl module's version number checking.  Oops.  This fixes
it (and updates NEWS).

perl-module: Document and test PSPP::Dict::get_var_cnt().

This function was present but not documented or tested.

perl-module: Make PSPP::Reader::get_next_case() return a list.

PSPP::Reader::get_next_case() was documented to return a list,
but actually it returned a reference to a list.  This commit
changes the behavior to match the documentation.

This also fixes the behavior on reading past the end of the file.
Previously this was documented to return undef but caused a
segfault in practice.  Now it returns an empty list.

Also increase PSPP version number from 0.7.1 to 0.7.2 at John
Darrington's request, to alert users of the previous version of
the Perl interface.

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Don't build the perl module if cross compiling.

Whilst, in general, it should be possible to cross compile a perl
module, the current organisation of the module doesn't support it.
So this has been disabled until somebody has the time and resources
to fix and test it.

INSTALL: Add hints about how to obtain root permission.

Suggested by Nick Thompson <nickadamthompson@gmail.com>.

perl-module: Document PSPP::Dict::get_var() for too-large index.

Approved by John Darrington.

Accept LF, CR LF, and LF as new-line sequences in data files.

Until now, PSPP has used the host operating system's idea of the
new-line sequence when reading data files and other text files.
This means that, when a file with CR LF line ends is read on an OS
that uses LF as new-line (e.g. an MS-DOS file on Unix), each line
appears to have a CR at the the end.  This commit fixes the
problem, by normalizing the new-line sequence at time of reading.

This commit eliminates a performance optimization from
ds_read_line(), because the getdelim() function that it used cannot
be made to stop reading at one of two different delimiters.  If
this causes a real performance regression, then the getndelim2
function from gnulib could be used to restore the optimization.

Also adds a test to make sure that it works.

Thanks to Rémi Dewitte <remi@gide.net> for pointing out the problem
and providing an initial patch (which solved the problem in a
completely different way from this commit).

Updated NEWS

Correct the directory of the perl module tarball target

Bump minor version number

Merge branch 'savannah/perl-module'

Conflicts:

po/en_GB.po
src/libpspp/automake.mk

interaction.c: Introduced interaction_variable and interaction_value
structs and associated functions.

covariance-matrix.c: Altered covariance_accumulate_listwise,
covariance_accumulate_pairwise, and update_* functions to handle
interactions.

glm.q: Added temporary NULL and 0 as final args to call to
covariance_matrix_accumulate.

Remove pspp-vers.pl which did more harm than good.

Removed the auto-generated file pspp-vers.pl and all references
to it.  Instead, use a manually set string for the version.

Change  COPYING from GPLv2 to GPLv3

Merge branch 'master' of ssh://jmd@git.sv.gnu.org/srv/git/pspp

Fix further bug in NPAR BINOMIAL

Change "break" to "continue", so that if a binomial
variable was missing, only this single variable is skipped
rather than all subsequent ones.  Thanks to Ben Pfaff for
reporting this.

Fixed bug in compare_values_short. Reported by Ben Pfaff.

Fixed bug allocating the memory in NPAR BINOMIAL

Thanks to Ben Pfaff for reporting this problem.

Merge commit 'origin/stable'

Conflicts:

src/language/utilities/include.c
src/ui/terminal/automake.mk
tests/command/insert.sh

Put unique dictionary indexes into internal variables

Code that Jason is working on creates some internal variables, using
var_create_internal(), and wants to hash those variables based
on their dictionary indexes, along with some other variables that
are actually in a dictionary.  Thus, the internal variables need to
have unique dictionary indexes.

fixed update of moments

Rewrote interaction.[ch]

Added module file to PM entry

Fix syntax errors in pod

Updated copyright notices with the year 2009

Add the perl module tarball to the build target

Merge branch 'master' of /home/john/Development/pspp-bare

Add short entry to Examples.pod describing Reader

Merge commit 'origin/master'; commit 'savannah/master'

Move .ui files to build directory

The .ui files had been inadvertently put in the src directory.
This change moves them to the build directory, since they're
(currently) generated from the .glade files.

Replaced call to g_strcmp0 with strcmp, since the former
is available only in glib 2.16+.

Thanks to unknown-1 for reporting this.

Link the perl module against the shared library instead of the static one

Fix assertion in case_copy().

This is an apparent cut-and-paste error.

Ensure that perl module tests work before pspp has been installed

Added method to get the custom variable attributes

Update module to reflect new case API

Merge commit 'savannah/master'

Merge branch 'master' of /home/john/Development/pspp-bare

Make cases simpler, faster, and easier to understand.

Cases (struct ccase) is reference-counted to avoid copying more
data than necessary.  But the existing implementation that uses
separate structures for references to cases (struct ccase) and
the cases themselves (struct case_data) has a number of issues:

   - The semantics of struct ccase are tricky to remember; one
     has to remember to treat struct ccase as essentially a
     pointer type.  I get confused sometimes myself.

     (One of the symptoms of this was the existence of
      the case_nullify and case_is_null functions, which are
      exactly analogous to setting a pointer to null and comparing
      one against null, respectively.)

   - Every reference to data in a case involves two levels of
     indirection, which is one more than actually necessary.

   - The implementation is somewhat complicated.

This commit simplifies things, by dropping a level of indirection.
Now, a case is just a pointer to a struct ccase, which contains
the actual data.  Reference counting is still present, but it is
simplified.  The only thing that must be remembered is that, before
modifying a case that may be shared, it must be passed through
case_unshare() to make a new unshared copy if necessary.

Ensure that dict survives sysfile

Make sure that the dict of a sysfile survives for the
lifetime of that sysfile.  Thanks to Rob Messer for
reporting this bug.

Write message to status bar on saving syntax files

Merge commit 'HEAD'; commit 'master/master'

Conflicts:

src/ui/gui/crosstabs-dialog.c
src/ui/gui/goto-case-dialog.c
src/ui/gui/helper.c
src/ui/gui/regression-dialog.c

Remove inappropriate include directives

Remove invalid property

Fix pointer types as appropriate

Convert psppire.glade to psppire.ui

Converted T-Test dialogs to GtkBuilder

Add *.ui to .gitignore

Convert Regression dialog to GtkBuilder

Convert MessageDialog to GtkBuilder

Convert Crosstabs dialog to GtkBuilder

Convert Examine dialog to GtkBuilder

Convert Frequencies dialog to GtkBuilder

Migrated rank and recode dialogs to GtkBuilder

Added infrastructure for GtkBuilder and change oneway-dialog to use it.

Fix warnings

Make sure finalizers are called properly

Add menushell initialiser to output viewer

Set default name on File->New

Set the window title when opening a file on the command line

Remove obsoleted files from build rules

Re-enable reporting of filename in syntax errors

Refactor common code in dialog implementations

Add actions to the menuitem signals

New (singleton) object psppire-window-register

Fixed bug finalizing window