output: Make default output file name depend on the format.

Before this commit, "-O html" caused HTML output to be written to a file
named "-", which is confusing.  After this commit, it is written to a file
named "pspp.html".  Similarly for other output drivers, except that text
and CSV output are still written to stdout by default.

Bug #35030.
Reported by John Darrington.

CROSSTABS: Use FORMAT setting to control output format.

Reported by Daniel Harper.

Frequencies dialog: Convert to new system

Fixed bug in NPAR BINOMIAL

This bug would crash when an incorrect syntax was encountered.

Binomial test dialog:  Convert to new style of action objects.

Fix compiler warning

Refactoring: common function set_sensitivity from toggle

Many dialog boxes have a signal handler to set the sensitivity
of a widget, according to the state of a toggle button.  Until
now, they had all written their own.

Logistic Regression: Ignore cases with missing dependent variables.

Prior to this change, cases with missing values in the predictor
variables were ignored, but cases with missing values only in the
dependent variable would provoke an error.  Subsequent to this change
such cases are also ignored.  This seems to be the behaviour of other
software, despite what their documentation may suggest.

Logistic Regression: Added options dialog box

Logistic Regression: Added a test to check the confidence interval display

Logistic Regression: Fix bug where some confidence intervals were not reported.

Logistic Regression: Calculate the logs of the likelihood instead of the raw value.

The likelihood values can become extremely large which can result in
lost precision in a double.  This change therefore calculates the
logarithms of the likelihoods instead of their actual value.

Logistic Regression Dialog: Added missing shortcut target.

Changed the labels of the Regression menu to keep them shorter.

Added rudimentary version of the Logistic Regression Dialog

Analyze Menu: New submenu for Regression

Move the Linear Regression menuitem into a new submenu Regression.
This is in preparation for a new menuitem for Logistic Regression

Fix (again) problems displaying a GtkSourceView widget on Cygwin

Under certain compiler options, the effect of the gtk_*get_type
function call was optimised away.  This change fixes that.  It
seems that both static and volatile are necessary, in order to
avoid the compiler from complaining and/or optimising the call
away.

Logistic Regression: Optimise the classification calculations.

Instead of calculating the logit of the prediction for each case,
pre-calculate the inverse logit of the threshold before the process
starts.  This should give a small performance gain..

Fixed Texinfo problems which arise under Texinfo 4.13.90

Logistic Regression: Added the Classification Table

Added a table to logistic regression to show how the predicted values
would be classified by the calculated coefficients.

logistic.c: minor refactoring

Fix possible memory corruption when creating dialogs with selectors.

The PsppireSelector widget's class structure contains a map of selectors
indexed by the source widget with which they are associated.  Until now, that
map was never depopulated.   This could have caused problems if newly created
widgets happened to use the same address as old, destroyed ones.  This change
removes selectors from the map upon destruction.

Logistic Regression: Handle missing categoricals

Ensure that missing values on categorical predictors are handled properly.

Logistic Regression: Fix crash if categorical variable has no distinct values

Remove empty _finalize function

Find dialog: Don't crash when searching for a non-existant label.

Small refactoring and cleanup of psppire-selector.c

Made explicit variables from some expressions.  This provides
the opportinutiy to test if they are valid.

Remove _base_init and base_finalize functions from psppire-selector

Gtk+ documentation recommends these are avoided in modern code.
They differ only from class_init in the case where the class has subclasses,
which PsppireSelector does not.

Logistic Regression: Added categorical variable support

With this commit Logistic Regression now supports the /CATEGORICALS
subcommand, allowing a dependent variable to be regressed against one
or more categorical predictor variables.

Categoricals.c: Ensure that categories are processed order of their categorical variable(s).

Some procedures require that categoricals are processed in a particular order.
Mathematically, the order is irrelevant, however for reporting purposes it is
sometimes required.  This change adds a level of indirection, so that the codes
are allocated in ascending order of the categorical variable.

Categoricals: Provide separate functions for effects and dummy coding.

Until now, the function categoricals_get_code_for_case returned the
"effects" coding (ie, a bipolar code).  Some uses require "dummy" coding
(a binary coding).  This change provides seperate functions to return
whatever is desired.

Conflicts:

src/language/stats/logistic.c

Fixed some compiler warnings, which arose from recent commits.

Added mnemonics to rank types dialog

Added markup to GUI elements where necessary

Fix bug in parse_design_interaction.

Previously this function would crash if it failed to succesfully parse
an interaction. This change fixes that.

Categoricals: Accept null pointer as subject.

Previously, certain functions would crash, or behave badly if their
argument was NULL.  This change makes them do nothing, or return
default values, as appropriate.  This saves callers having to always
test for NULL.

cateoricals.c categoricals.h clean up.

Removed a prototype whose implementation no longer exists.
Added a few comments.
Whitespace changes.

Added mnemonic to t-test options dialog

Added Mnemonics to the value chooser widget and to the recode dialog.

Added markup to the spilt-file dialog

Compute Dialog: Add mnemonics and focus widgets on activation.

logistic.c: Fix read from uninitialised memory.

Found-by valgrind.

Move function parse_design_interaction into variable-parser.c

This function is (or will be) used by several procedures, so
make it public.

glm.c: (lex_match_variable and parse_design_interaction) remove dependence on struct glm

Made these functions independent of struct glm, so that they can potentially be reused
for other procedures.

Anova Dialog: Fix widget associations

logistic.c  : Avoid compiler warnings

GUI: Added Mnemonic keys to Examine dialog

First attempt at a LOGISTIC REGRESSION command

Updated my entry in AUTHORS

doc/introduction.texi: Update documentations introductory section

doc/automake.mk: Added a convenience rule for building all the documentation formats

doc/automake.mk: Replace lines inadvertently removed by previous commit

doc/automake.mk: Added further mutations to docbook xml to workaround makeinfo bugs

doc/automake.mk: New mutations to generated docbook xml to workaround makeinfo bugs

Avoid deprecated function: gtk_button_released

configure.ac: Increase pango minimum version from 1.20 to 1.22

Commit bd4d6e7453 (cairo: Avoid deprecated
pango_cairo_font_map_create_context().) added a dependency on pango
version 1.22 or later, but configure.ac only checked for version 1.20
or later.  This commit fixes the discrepancy.

INSTALL already documented that Pango 1.22 or later was needed.

Reported by John Darrington.

tests: Better isolate search text in test of error reporting.

Some GNU/Linux distributions print additional text on a segfault,
e.g. "Cannot exec debugger: No such file or directory", which this
test was seeing in output and interpreting as a failed test.  This
commit fixes the problem by ignoring text up to the ***** line that
marks the start of the expected output.

Bug #37444.
Reported by Mindaugus.

Suppress GCC 4.7 warnings by changes to code that make it less clear.

I'm not entirely happy with these changes, because they make the code
slightly less obvious.  However, it's still not really bad code, and
it's convenient to have a warning-free build.

Suppress GCC 4.7 warnings due to unimplemented features.

GCC 4.7 complains that the variables removed by this commit are
assigned values that are not used.  Fair enough, so this commit
removes them.

gnumeric-reader: Add cast to suppress warning.

This suppresses a GCC warning for a mismatch between
xmlInputCloseCallback, which takes a "void *" parameter, and
gzclose(), which takes a "gzFile" (which is "struct gzFile_s *").

This came up with an upgrade from "squeeze" to "wheezy".  I assume
that a gzclose prototype became visible or that gzFile changed away
from "void *".

An alternative would be to write a trampoline to just transform one
pointer type to the other, but the xmlReaderForIO() invocation
already has one function cast so a second cast doesn't make it much
worse.

split-file-dialog: Add use of unused variable in split_file_dialog().

'selector' was assigned but never used, but here's a use.

Reported by GCC 4.7.

Suppress warnings for suspicious use of "enum" constants.

In each case, the code is using values of enums in valid ways that
GCC 4.7 does not expect, so use a cast to suppress the warnings.

gui: Check return value of gtk_tree_model_get_iter().

In these two cases the return value was assigned to a variable but
never used.  This commit adds a check for the return value.

cairo: Avoid deprecated pango_cairo_font_map_create_context().

Pango 1.30 that is in Debian "wheezy" has marked this function as
deprecated.  The replacement pango_font_map_create_context() was
introduced in Pango 1.22, which was also in Debian "squeeze" (which
had Pango 1.28), so it seems safe to switch without worrying about
a Pango version check.

Remove unused "finalize" functions.

A finalize function that just calls into the parent class finalize
function is a no-op that need not exist.

Remove variables assigned to but never used.

Each of the variables removed here was assigned a value that was
never used, the assignment didn't have any useful side effects, and
I don't see anything that the variable should have been used for.

Found by GCC 4.7.

EXAMINE: Avoid useless call to casereader_count_cases().

The return value is never used, and this call could have significant
expense (it could cause the data to be read an extra time), so do not
do it.

Reported by GCC 4.7.

CROSSTABS: Fix bug in check for REPORT in general mode.

Found by GCC 4.7.

expressions: Fix coercion of numbers to booleans at top level.

The check for the expected type in type_check() used the wrong
constant (a node type instead of an expression type) and so the
"if" test was never true.  Also, OP_NUM_TO_BOOLEAN is binary, not
unary, so fixing just the test caused an assertion failure.

This commit fixes both problems and adds a test.

Found by GCC 4.7 report of a type mismatch.

gtk.h wrapper: Added *_set_realized and set_mapped

We are using these functions, but they are not defined for older gtk versions.

src/data/data-out.c: Added assertion to catch negative values

If the contents of string does not contain a '.', then integer_digits
will end up negative, thus causing a crash later.  This change adds
an assertion to catch this condition and thus make the diagnosis easier
should it ever occur.

Added keybindings to move to the extremities of the sheet.

Altered the Home key to move far left instead of up.
Added Ctrl Left/Right/Up/Down to move to the far edges of the
sheet.

This behaviour is consistent with other software.

Perl Module: Avoid forcing scalar value into a pointer.

The code fragment:  struct dictionary *dict = (void *) SvIV (dict_sv);
is dangerous.  This fix uses the properl Perl XS mechanism to get
the pointer and the scalar associated with the dictionary.

Reviewed-By: Ben Pfaff

Update widgets.c from psppsheet branch

Fix memory leak in sys-file-reader.c

ref count the linreg structure so as to avoid double free problems

sys-file-reader: Fix setjmp() technicality.

The C standards say that the compiler is allowed to optimize away
changes to local variables within a function between a call to
setjmp() and a later call to longjmp(), unless the local variables
are volatile-qualified.

The 'info' local variable in sfm_open_reader() fits this
description but wasn't volatile-qualified.  This commit fixes that,
even though my compiler didn't in fact seem to have a problem with
the previous version.

sys-file-reader: Fix memory leak.

The C standards say that the compiler is allowed to optimize away
changes to local variables within a function between a call to
setjmp() and a later call to longjmp(), unless the local variables
are volatile-qualified.

The 'dict' local variable in sfm_open_reader() fits this
description but wasn't volatile-qualified.  GCC in fact optimized
out the changes on my system, and this commit fixes that.

missing-val-dialog: Convert to a GObject.

missing-val-dialog: Avoid destroying uninitialized data.

If text_to_value() fails for low_val, then this code would still
destroy high_val, even though high_val hadn't been initialized,
thus accessing indeterminate data.

This also eliminates some redundancy in the code.

gui: Rename var-sheet-dialogs.ui to missing-val-dialog.ui.

The msising value dialog is the only dialog left in this UI file.

psppire-dialog: Add "acceptable" predicate.

PsppireDialog already has a validity predicate that allows a dialog
to easily disable "OK" and other buttons when the dialog has not
yet been completely filled.  It should usually be obvious to the
user why this is the case.

The upcoming GObjectification of the missing value dialog calls for
a different kind of predicate, one where the reason is not obvious
to the user (typically because he has just made a typo or does not
understand a variable's format).  In this case, the user needs more
feedback, such as a message explaining the problem.

This commit therefore introduces a second kind of predicate, the
"accept" predicate.  This predicate is only checked when the user
clicks on the "OK" button.

val-labs-dialog, var-type-dialog: Make these dialogs modal.

I missed this in the initial conversion.

val-labs-dialog: Remove unused 'window' member.

psppire-var-sheet: Remove unneeded #include from header.

val-labs-dialog: Convert to a GObject.

gui: Factor new text_to_value__() function out of text_to_value().

I intend to use this in an upcoming commit.

var-type-dialog: Fix memory leak.

Fixed memory leak in FACTOR

Fix leaks in REGRESSION

Fixed the remaining leaks in AUTORECODE

Fix leaks in MEANS command

fix some of the leaks in the AUTORECODE command

Fixed remaining leaks in ONEWAY

Fix memory leaks in ONEWAY command

var-type-dialog: Convert to a GObject.

The one issue I can't figure out is why this changes the look of
the dialog box so that its height is the total height of all of
the widgets in the "middlebox", rather than the maximum height
actually needed.

src/math/categoricals.c: Remove inappropriate const qualifier

variable: Skip callback if new format is same as old format.

Seems fairly worthwhile.

Fixed one of the leaks in MEANS

Fix leaks in RELIABILITY command