Logistic Regression: Added categorical variable support

With this commit Logistic Regression now supports the /CATEGORICALS
subcommand, allowing a dependent variable to be regressed against one
or more categorical predictor variables.

Categoricals.c: Ensure that categories are processed order of their categorical variable(s).

Some procedures require that categoricals are processed in a particular order.
Mathematically, the order is irrelevant, however for reporting purposes it is
sometimes required.  This change adds a level of indirection, so that the codes
are allocated in ascending order of the categorical variable.

Categoricals: Provide separate functions for effects and dummy coding.

Until now, the function categoricals_get_code_for_case returned the
"effects" coding (ie, a bipolar code).  Some uses require "dummy" coding
(a binary coding).  This change provides seperate functions to return
whatever is desired.

Conflicts:

src/language/stats/logistic.c

Fixed some compiler warnings, which arose from recent commits.

Added mnemonics to rank types dialog

Added markup to GUI elements where necessary

Fix bug in parse_design_interaction.

Previously this function would crash if it failed to succesfully parse
an interaction. This change fixes that.

Categoricals: Accept null pointer as subject.

Previously, certain functions would crash, or behave badly if their
argument was NULL.  This change makes them do nothing, or return
default values, as appropriate.  This saves callers having to always
test for NULL.

cateoricals.c categoricals.h clean up.

Removed a prototype whose implementation no longer exists.
Added a few comments.
Whitespace changes.

Added mnemonic to t-test options dialog

Added Mnemonics to the value chooser widget and to the recode dialog.

Added markup to the spilt-file dialog

Compute Dialog: Add mnemonics and focus widgets on activation.

logistic.c: Fix read from uninitialised memory.

Found-by valgrind.

Move function parse_design_interaction into variable-parser.c

This function is (or will be) used by several procedures, so
make it public.

glm.c: (lex_match_variable and parse_design_interaction) remove dependence on struct glm

Made these functions independent of struct glm, so that they can potentially be reused
for other procedures.

Anova Dialog: Fix widget associations

logistic.c  : Avoid compiler warnings

GUI: Added Mnemonic keys to Examine dialog

First attempt at a LOGISTIC REGRESSION command

Updated my entry in AUTHORS

doc/introduction.texi: Update documentations introductory section

doc/automake.mk: Added a convenience rule for building all the documentation formats

doc/automake.mk: Replace lines inadvertently removed by previous commit

doc/automake.mk: Added further mutations to docbook xml to workaround makeinfo bugs

doc/automake.mk: New mutations to generated docbook xml to workaround makeinfo bugs

Avoid deprecated function: gtk_button_released

configure.ac: Increase pango minimum version from 1.20 to 1.22

Commit bd4d6e7453 (cairo: Avoid deprecated
pango_cairo_font_map_create_context().) added a dependency on pango
version 1.22 or later, but configure.ac only checked for version 1.20
or later.  This commit fixes the discrepancy.

INSTALL already documented that Pango 1.22 or later was needed.

Reported by John Darrington.

tests: Better isolate search text in test of error reporting.

Some GNU/Linux distributions print additional text on a segfault,
e.g. "Cannot exec debugger: No such file or directory", which this
test was seeing in output and interpreting as a failed test.  This
commit fixes the problem by ignoring text up to the ***** line that
marks the start of the expected output.

Bug #37444.
Reported by Mindaugus.

Suppress GCC 4.7 warnings by changes to code that make it less clear.

I'm not entirely happy with these changes, because they make the code
slightly less obvious.  However, it's still not really bad code, and
it's convenient to have a warning-free build.

Suppress GCC 4.7 warnings due to unimplemented features.

GCC 4.7 complains that the variables removed by this commit are
assigned values that are not used.  Fair enough, so this commit
removes them.

gnumeric-reader: Add cast to suppress warning.

This suppresses a GCC warning for a mismatch between
xmlInputCloseCallback, which takes a "void *" parameter, and
gzclose(), which takes a "gzFile" (which is "struct gzFile_s *").

This came up with an upgrade from "squeeze" to "wheezy".  I assume
that a gzclose prototype became visible or that gzFile changed away
from "void *".

An alternative would be to write a trampoline to just transform one
pointer type to the other, but the xmlReaderForIO() invocation
already has one function cast so a second cast doesn't make it much
worse.

split-file-dialog: Add use of unused variable in split_file_dialog().

'selector' was assigned but never used, but here's a use.

Reported by GCC 4.7.

Suppress warnings for suspicious use of "enum" constants.

In each case, the code is using values of enums in valid ways that
GCC 4.7 does not expect, so use a cast to suppress the warnings.

gui: Check return value of gtk_tree_model_get_iter().

In these two cases the return value was assigned to a variable but
never used.  This commit adds a check for the return value.

cairo: Avoid deprecated pango_cairo_font_map_create_context().

Pango 1.30 that is in Debian "wheezy" has marked this function as
deprecated.  The replacement pango_font_map_create_context() was
introduced in Pango 1.22, which was also in Debian "squeeze" (which
had Pango 1.28), so it seems safe to switch without worrying about
a Pango version check.

Remove unused "finalize" functions.

A finalize function that just calls into the parent class finalize
function is a no-op that need not exist.

Remove variables assigned to but never used.

Each of the variables removed here was assigned a value that was
never used, the assignment didn't have any useful side effects, and
I don't see anything that the variable should have been used for.

Found by GCC 4.7.

EXAMINE: Avoid useless call to casereader_count_cases().

The return value is never used, and this call could have significant
expense (it could cause the data to be read an extra time), so do not
do it.

Reported by GCC 4.7.

CROSSTABS: Fix bug in check for REPORT in general mode.

Found by GCC 4.7.

expressions: Fix coercion of numbers to booleans at top level.

The check for the expected type in type_check() used the wrong
constant (a node type instead of an expression type) and so the
"if" test was never true.  Also, OP_NUM_TO_BOOLEAN is binary, not
unary, so fixing just the test caused an assertion failure.

This commit fixes both problems and adds a test.

Found by GCC 4.7 report of a type mismatch.

gtk.h wrapper: Added *_set_realized and set_mapped

We are using these functions, but they are not defined for older gtk versions.

src/data/data-out.c: Added assertion to catch negative values

If the contents of string does not contain a '.', then integer_digits
will end up negative, thus causing a crash later.  This change adds
an assertion to catch this condition and thus make the diagnosis easier
should it ever occur.

Added keybindings to move to the extremities of the sheet.

Altered the Home key to move far left instead of up.
Added Ctrl Left/Right/Up/Down to move to the far edges of the
sheet.

This behaviour is consistent with other software.

Perl Module: Avoid forcing scalar value into a pointer.

The code fragment:  struct dictionary *dict = (void *) SvIV (dict_sv);
is dangerous.  This fix uses the properl Perl XS mechanism to get
the pointer and the scalar associated with the dictionary.

Reviewed-By: Ben Pfaff

Update widgets.c from psppsheet branch

Fix memory leak in sys-file-reader.c

ref count the linreg structure so as to avoid double free problems

sys-file-reader: Fix setjmp() technicality.

The C standards say that the compiler is allowed to optimize away
changes to local variables within a function between a call to
setjmp() and a later call to longjmp(), unless the local variables
are volatile-qualified.

The 'info' local variable in sfm_open_reader() fits this
description but wasn't volatile-qualified.  This commit fixes that,
even though my compiler didn't in fact seem to have a problem with
the previous version.

sys-file-reader: Fix memory leak.

The C standards say that the compiler is allowed to optimize away
changes to local variables within a function between a call to
setjmp() and a later call to longjmp(), unless the local variables
are volatile-qualified.

The 'dict' local variable in sfm_open_reader() fits this
description but wasn't volatile-qualified.  GCC in fact optimized
out the changes on my system, and this commit fixes that.

missing-val-dialog: Convert to a GObject.

missing-val-dialog: Avoid destroying uninitialized data.

If text_to_value() fails for low_val, then this code would still
destroy high_val, even though high_val hadn't been initialized,
thus accessing indeterminate data.

This also eliminates some redundancy in the code.

gui: Rename var-sheet-dialogs.ui to missing-val-dialog.ui.

The msising value dialog is the only dialog left in this UI file.

psppire-dialog: Add "acceptable" predicate.

PsppireDialog already has a validity predicate that allows a dialog
to easily disable "OK" and other buttons when the dialog has not
yet been completely filled.  It should usually be obvious to the
user why this is the case.

The upcoming GObjectification of the missing value dialog calls for
a different kind of predicate, one where the reason is not obvious
to the user (typically because he has just made a typo or does not
understand a variable's format).  In this case, the user needs more
feedback, such as a message explaining the problem.

This commit therefore introduces a second kind of predicate, the
"accept" predicate.  This predicate is only checked when the user
clicks on the "OK" button.

val-labs-dialog, var-type-dialog: Make these dialogs modal.

I missed this in the initial conversion.

val-labs-dialog: Remove unused 'window' member.

psppire-var-sheet: Remove unneeded #include from header.

val-labs-dialog: Convert to a GObject.

gui: Factor new text_to_value__() function out of text_to_value().

I intend to use this in an upcoming commit.

var-type-dialog: Fix memory leak.

Fixed memory leak in FACTOR

Fix leaks in REGRESSION

Fixed the remaining leaks in AUTORECODE

Fix leaks in MEANS command

fix some of the leaks in the AUTORECODE command

Fixed remaining leaks in ONEWAY

Fix memory leaks in ONEWAY command

var-type-dialog: Convert to a GObject.

The one issue I can't figure out is why this changes the look of
the dialog box so that its height is the total height of all of
the widgets in the "middlebox", rather than the maximum height
actually needed.

src/math/categoricals.c: Remove inappropriate const qualifier

variable: Skip callback if new format is same as old format.

Seems fairly worthwhile.

Fixed one of the leaks in MEANS

Fix leaks in RELIABILITY command

Fixed leak in Chi-Squared test

categoricals.c (struct payload): Rename destroy to calculate

ONEWAY: call categoricals_done only once

Make categoricals own its interactions

Fix leak in render-test

sys-file-reader.c: Fix leak in parse_mrsets

ods-reader: Fix ods_file_casereader_destroy() call in open function.

zreader is a "struct zip_reader *" but ods_file_casereader_destroy()
takes a "struct casereader *".  However ods_file_casereader_destroy()
doesn't actually use that argument so we might as well pass NULL.

Fix leak in psppire-lex-reader.c

FACTOR: Fix warning about discarding const qualifier.

var-type-dialog: Change entries to spin buttons, add validation.

The GtkEntry boxes used for entering and displaying width and
decimal places didn't do any validation that the width and decimal
places were valid for the selected format type, so it was possible
to enter values that couldn't actually be used.  This commit changes
the GtkEntry boxes into GtkSpinButton widgets that, as a side
effect, validate correct values through their attached
GtkAdjustments.  This is not just safer but easier to use.

var-type-dialog: Reduce redundancy further.

set_format_from_treeview() and set_format_type_from_treeview() were
mostly common code.

var-type-dialog: Reduce redundancy.

var_type_dialog_set_state() and on_toggle_2() had considerable
redundant code.  This reduces it by adding a new function
on_active_button_change() that generalizes the two functions.  I
also personally found the previous way of showing and hiding widgets
to be hard to follow; I think that the bitmap approach used here
is more straightforward.

This also consolidates the two separate signal handlers for each
button into one, and replaces the similar functions
select_treeview_from_format() and select_treeview_from_format_type()
by three functions find_format(), find_format_type(), and
select_treeview_at_index() that total less code.

var-type-dialog: Properly adjust formats when switching buttons.

The var-type-dialog based the default new format on the variable's
existing format when a button was clicked, and attempted to adjust
the width and decimals into valid range, but the adjustment wasn't
always correct, so in some cases it could pick an invalid format.

This commit uses fmt_fix_output() instead, which will always choose
a valid output format.

Fixed a second ONEWAY leak

Fix one of the leaks in ONEWAY

Fix memory leak in Chisquare

Fix memory leak in AGGREGATE command

Fix memory leak in dictionary.c

Fix leaks in ODS reader

Fixed a memory leak in sparse-xarray-test.c

README.Git - Update the gnulib commit number to include memory leak fix

Fixed some of the leaks in REGRESSION

Fixed memory leaks in FACTOR

Fix leak in u8-istream-test.c

Fix typo in include-path.c which was causing memory leaks.

Fix memory leak in encoding-guesser-test

Fix memory leak in format-guesser-test.c

Fix memory leak in datasheet-test.c