pintos-os.org Git - pspp/blob - src/language/stats/npar.c

   1 /* PSPP - a program for statistical analysis. -*-c-*-
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   3
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   8
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  10    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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  13
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  15    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. */
  16
  17 #include <config.h>
  18
  19 #include "language/stats/npar.h"
  20
  21 #include <stdlib.h>
  22 #include <math.h>
  23
  24 #include "data/case.h"
  25 #include "data/casegrouper.h"
  26 #include "data/casereader.h"
  27 #include "data/dataset.h"
  28 #include "data/dictionary.h"
  29 #include "data/settings.h"
  30 #include "data/variable.h"
  31 #include "language/command.h"
  32 #include "language/lexer/lexer.h"
  33 #include "language/lexer/value-parser.h"
  34 #include "language/lexer/variable-parser.h"
  35 #include "language/stats/binomial.h"
  36 #include "language/stats/chisquare.h"
  37 #include "language/stats/ks-one-sample.h"
  38 #include "language/stats/cochran.h"
  39 #include "language/stats/friedman.h"
  40 #include "language/stats/jonckheere-terpstra.h"
  41 #include "language/stats/kruskal-wallis.h"
  42 #include "language/stats/mann-whitney.h"
  43 #include "language/stats/mcnemar.h"
  44 #include "language/stats/median.h"
  45 #include "language/stats/npar-summary.h"
  46 #include "language/stats/runs.h"
  47 #include "language/stats/sign.h"
  48 #include "language/stats/wilcoxon.h"
  49 #include "libpspp/array.h"
  50 #include "libpspp/assertion.h"
  51 #include "libpspp/cast.h"
  52 #include "libpspp/hash-functions.h"
  53 #include "libpspp/hmapx.h"
  54 #include "libpspp/message.h"
  55 #include "libpspp/pool.h"
  56 #include "libpspp/str.h"
  57 #include "libpspp/taint.h"
  58 #include "math/moments.h"
  59
  60 #include "gl/xalloc.h"
  61
  62 #include "gettext.h"
  63 #define _(msgid) gettext (msgid)
  64
  65 /* Settings for subcommand specifiers. */
  66 enum missing_type
  67   {
  68     MISS_ANALYSIS,
  69     MISS_LISTWISE,
  70   };
  71
  72 /* Array indices for STATISTICS subcommand. */
  73 enum
  74   {
  75     NPAR_ST_DESCRIPTIVES = 0,
  76     NPAR_ST_QUARTILES = 1,
  77     NPAR_ST_ALL = 2,
  78     NPAR_ST_count
  79   };
  80
  81 /* NPAR TESTS structure. */
  82 struct cmd_npar_tests
  83   {
  84     /* Count variables indicating how many
  85        of the subcommands have been given. */
  86     int chisquare;
  87     int cochran;
  88     int binomial;
  89     int ks_one_sample;
  90     int wilcoxon;
  91     int sign;
  92     int runs;
  93     int friedman;
  94     int kendall;
  95     int kruskal_wallis;
  96     int mann_whitney;
  97     int mcnemar;
  98     int median;
  99     int jonckheere_terpstra;
 100     int missing;
 101     int method;
 102     int statistics;
 103
 104     /* How missing values should be treated */
 105     long miss;
 106
 107     /* Which statistics have been requested */
 108     int a_statistics[NPAR_ST_count];
 109   };
 110
 111
 112 struct npar_specs
 113 {
 114   struct pool *pool;
 115   struct npar_test **test;
 116   size_t n_tests;
 117
 118   const struct variable **vv; /* Compendium of all variables
 119                                   (those mentioned on ANY subcommand */
 120   int n_vars; /* Number of variables in vv */
 121
 122   enum mv_class filter;    /* Missing values to filter. */
 123
 124   bool descriptives;       /* Descriptive statistics should be calculated */
 125   bool quartiles;          /* Quartiles should be calculated */
 126
 127   bool exact;  /* Whether exact calculations have been requested */
 128   double timer;   /* Maximum time (in minutes) to wait for exact calculations */
 129 };
 130
 131
 132 /* Prototype for custom subcommands of NPAR TESTS. */
 133 static int npar_chisquare (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 134 static int npar_binomial (struct lexer *, struct dataset *,  struct npar_specs *);
 135 static int npar_ks_one_sample (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 136 static int npar_runs (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 137 static int npar_friedman (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 138 static int npar_kendall (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 139 static int npar_cochran (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 140 static int npar_wilcoxon (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 141 static int npar_sign (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 142 static int npar_kruskal_wallis (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 143 static int npar_jonckheere_terpstra (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 144 static int npar_mann_whitney (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 145 static int npar_mcnemar (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 146 static int npar_median (struct lexer *, struct dataset *, struct npar_specs *);
 147
 148 static int npar_method (struct lexer *, struct npar_specs *);
 149
 150 /* Command parsing functions. */
 151 static int parse_npar_tests (struct lexer *lexer, struct dataset *ds, struct cmd_npar_tests *p,
 152                              struct npar_specs *npar_specs );
 153
 154 static int
 155 parse_npar_tests (struct lexer *lexer, struct dataset *ds, struct cmd_npar_tests *npt,
 156                   struct npar_specs *nps)
 157 {
 158   npt->chisquare = 0;
 159   npt->cochran = 0;
 160   npt->binomial = 0;
 161   npt->ks_one_sample = 0;
 162   npt->wilcoxon = 0;
 163   npt->sign = 0;
 164   npt->runs = 0;
 165   npt->friedman = 0;
 166   npt->kendall = 0;
 167   npt->kruskal_wallis = 0;
 168   npt->mann_whitney = 0;
 169   npt->mcnemar = 0;
 170   npt->median = 0;
 171   npt->jonckheere_terpstra = 0;
 172
 173   npt->miss = MISS_ANALYSIS;
 174   npt->missing = 0;
 175   npt->method = 0;
 176   npt->statistics = 0;
 177
 178   memset (npt->a_statistics, 0, sizeof npt->a_statistics);
 179   for (;;)
 180     {
 181       if (lex_match_id (lexer, "COCHRAN"))
 182         {
 183           npt->cochran++;
 184           switch (npar_cochran (lexer, ds, nps))
 185             {
 186             case 0:
 187               goto lossage;
 188             case 1:
 189               break;
 190             case 2:
 191               lex_error (lexer, NULL);
 192               goto lossage;
 193             default:
 194               NOT_REACHED ();
 195             }
 196         }
 197       else if (lex_match_id (lexer, "FRIEDMAN"))
 198         {
 199           npt->friedman++;
 200           switch (npar_friedman (lexer, ds, nps))
 201             {
 202             case 0:
 203               goto lossage;
 204             case 1:
 205               break;
 206             case 2:
 207               lex_error (lexer, NULL);
 208               goto lossage;
 209             default:
 210               NOT_REACHED ();
 211             }
 212         }
 213       else if (lex_match_id (lexer, "KENDALL"))
 214         {
 215           npt->kendall++;
 216           switch (npar_kendall (lexer, ds, nps))
 217             {
 218             case 0:
 219               goto lossage;
 220             case 1:
 221               break;
 222             case 2:
 223               lex_error (lexer, NULL);
 224               goto lossage;
 225             default:
 226               NOT_REACHED ();
 227             }
 228         }
 229       else if (lex_match_id (lexer, "RUNS"))
 230         {
 231           npt->runs++;
 232           switch (npar_runs (lexer, ds, nps))
 233             {
 234             case 0:
 235               goto lossage;
 236             case 1:
 237               break;
 238             case 2:
 239               lex_error (lexer, NULL);
 240               goto lossage;
 241             default:
 242               NOT_REACHED ();
 243             }
 244         }
 245       else if (lex_match_id (lexer, "CHISQUARE"))
 246         {
 247           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 248           npt->chisquare++;
 249           switch (npar_chisquare (lexer, ds, nps))
 250             {
 251             case 0:
 252               goto lossage;
 253             case 1:
 254               break;
 255             case 2:
 256               lex_error (lexer, NULL);
 257               goto lossage;
 258             case 3:
 259               continue;
 260             default:
 261               NOT_REACHED ();
 262             }
 263         }
 264       else if (lex_match_id (lexer, "BINOMIAL"))
 265         {
 266           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 267           npt->binomial++;
 268           switch (npar_binomial (lexer, ds, nps))
 269             {
 270             case 0:
 271               goto lossage;
 272             case 1:
 273               break;
 274             case 2:
 275               lex_error (lexer, NULL);
 276               goto lossage;
 277             default:
 278               NOT_REACHED ();
 279             }
 280         }
 281       else if (lex_match_phrase (lexer, "K-S") ||
 282                lex_match_phrase (lexer, "KOLMOGOROV-SMIRNOV"))
 283         {
 284           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 285           npt->ks_one_sample++;
 286           switch (npar_ks_one_sample (lexer, ds, nps))
 287             {
 288             case 0:
 289               goto lossage;
 290             case 1:
 291               break;
 292             case 2:
 293               lex_error (lexer, NULL);
 294               goto lossage;
 295             default:
 296               NOT_REACHED ();
 297             }
 298         }
 299       else if (lex_match_phrase (lexer, "J-T") ||
 300                lex_match_phrase (lexer, "JONCKHEERE-TERPSTRA"))
 301         {
 302           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 303           npt->jonckheere_terpstra++;
 304           switch (npar_jonckheere_terpstra (lexer, ds, nps))
 305             {
 306             case 0:
 307               goto lossage;
 308             case 1:
 309               break;
 310             case 2:
 311               lex_error (lexer, NULL);
 312               goto lossage;
 313             default:
 314               NOT_REACHED ();
 315             }
 316         }
 317       else if (lex_match_phrase (lexer, "K-W") ||
 318                lex_match_phrase (lexer, "KRUSKAL-WALLIS"))
 319         {
 320           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 321           npt->kruskal_wallis++;
 322           switch (npar_kruskal_wallis (lexer, ds, nps))
 323             {
 324             case 0:
 325               goto lossage;
 326             case 1:
 327               break;
 328             case 2:
 329               lex_error (lexer, NULL);
 330               goto lossage;
 331             default:
 332               NOT_REACHED ();
 333             }
 334         }
 335       else if (lex_match_phrase (lexer, "MCNEMAR"))
 336         {
 337           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 338           npt->mcnemar++;
 339           switch (npar_mcnemar (lexer, ds, nps))
 340             {
 341             case 0:
 342               goto lossage;
 343             case 1:
 344               break;
 345             case 2:
 346               lex_error (lexer, NULL);
 347               goto lossage;
 348             default:
 349               NOT_REACHED ();
 350             }
 351         }
 352       else if (lex_match_phrase (lexer, "M-W") ||
 353                lex_match_phrase (lexer, "MANN-WHITNEY"))
 354         {
 355           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 356           npt->mann_whitney++;
 357           switch (npar_mann_whitney (lexer, ds, nps))
 358             {
 359             case 0:
 360               goto lossage;
 361             case 1:
 362               break;
 363             case 2:
 364               lex_error (lexer, NULL);
 365               goto lossage;
 366             default:
 367               NOT_REACHED ();
 368             }
 369         }
 370       else if (lex_match_phrase (lexer, "MEDIAN"))
 371         {
 372           npt->median++;
 373
 374           switch (npar_median (lexer, ds, nps))
 375             {
 376             case 0:
 377               goto lossage;
 378             case 1:
 379               break;
 380             case 2:
 381               lex_error (lexer, NULL);
 382               goto lossage;
 383             default:
 384               NOT_REACHED ();
 385             }
 386         }
 387       else if (lex_match_id (lexer, "WILCOXON"))
 388         {
 389           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 390           npt->wilcoxon++;
 391           switch (npar_wilcoxon (lexer, ds, nps))
 392             {
 393             case 0:
 394               goto lossage;
 395             case 1:
 396               break;
 397             case 2:
 398               lex_error (lexer, NULL);
 399               goto lossage;
 400             default:
 401               NOT_REACHED ();
 402             }
 403         }
 404       else if (lex_match_id (lexer, "SIGN"))
 405         {
 406           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 407           npt->sign++;
 408           switch (npar_sign (lexer, ds, nps))
 409             {
 410             case 0:
 411               goto lossage;
 412             case 1:
 413               break;
 414             case 2:
 415               lex_error (lexer, NULL);
 416               goto lossage;
 417             default:
 418               NOT_REACHED ();
 419             }
 420         }
 421       else if (lex_match_id (lexer, "MISSING"))
 422         {
 423           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 424           npt->missing++;
 425           if (npt->missing > 1)
 426             {
 427               lex_sbc_only_once ("MISSING");
 428               goto lossage;
 429             }
 430           while (lex_token (lexer) != T_SLASH && lex_token (lexer) != T_ENDCMD)
 431             {
 432               if (lex_match_id (lexer, "ANALYSIS"))
 433                 npt->miss = MISS_ANALYSIS;
 434               else if (lex_match_id (lexer, "LISTWISE"))
 435                 npt->miss = MISS_LISTWISE;
 436               else if (lex_match_id (lexer, "INCLUDE"))
 437                 nps->filter = MV_SYSTEM;
 438               else if (lex_match_id (lexer, "EXCLUDE"))
 439                 nps->filter = MV_ANY;
 440               else
 441                 {
 442                   lex_error (lexer, NULL);
 443                   goto lossage;
 444                 }
 445               lex_match (lexer, T_COMMA);
 446             }
 447         }
 448       else if (lex_match_id (lexer, "METHOD"))
 449         {
 450           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 451           npt->method++;
 452           if (npt->method > 1)
 453             {
 454               lex_sbc_only_once ("METHOD");
 455               goto lossage;
 456             }
 457           switch (npar_method (lexer, nps))
 458             {
 459             case 0:
 460               goto lossage;
 461             case 1:
 462               break;
 463             case 2:
 464               lex_error (lexer, NULL);
 465               goto lossage;
 466             default:
 467               NOT_REACHED ();
 468             }
 469         }
 470       else if (lex_match_id (lexer, "STATISTICS"))
 471         {
 472           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 473           npt->statistics++;
 474           while (lex_token (lexer) != T_SLASH && lex_token (lexer) != T_ENDCMD)
 475             {
 476               if (lex_match_id (lexer, "DESCRIPTIVES"))
 477                 npt->a_statistics[NPAR_ST_DESCRIPTIVES] = 1;
 478               else if (lex_match_id (lexer, "QUARTILES"))
 479                 npt->a_statistics[NPAR_ST_QUARTILES] = 1;
 480               else if (lex_match (lexer, T_ALL))
 481                 npt->a_statistics[NPAR_ST_ALL] = 1;
 482               else
 483                 {
 484                   lex_error (lexer, NULL);
 485                   goto lossage;
 486                 }
 487               lex_match (lexer, T_COMMA);
 488             }
 489         }
 490       else if ( settings_get_syntax () != COMPATIBLE && lex_match_id (lexer, "ALGORITHM"))
 491         {
 492           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 493           if (lex_match_id (lexer, "COMPATIBLE"))
 494             settings_set_cmd_algorithm (COMPATIBLE);
 495           else if (lex_match_id (lexer, "ENHANCED"))
 496             settings_set_cmd_algorithm (ENHANCED);
 497           }
 498         if (!lex_match (lexer, T_SLASH))
 499           break;
 500       }
 501     if (lex_token (lexer) != T_ENDCMD)
 502       {
 503         lex_error (lexer, _("expecting end of command"));
 504         goto lossage;
 505       }
 506
 507   return true;
 508
 509 lossage:
 510   return false;
 511 }
 512
 513
 514 static void one_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
 515                                          struct hmapx *);
 516
 517 static void two_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
 518                                          struct hmapx *);
 519
 520 static void n_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
 521                                        struct hmapx *);
 522
 523 static void
 524 npar_execute (struct casereader *input,
 525              const struct npar_specs *specs,
 526              const struct dataset *ds)
 527 {
 528   int t;
 529   struct descriptives *summary_descriptives = NULL;
 530
 531   for ( t = 0 ; t < specs->n_tests; ++t )
 532     {
 533       const struct npar_test *test = specs->test[t];
 534       if ( NULL == test->execute )
 535         {
 536           msg (SW, _("%s subcommand not currently implemented."), "NPAR");
 537           continue;
 538         }
 539       test->execute (ds, casereader_clone (input), specs->filter, test, specs->exact, specs->timer);
 540     }
 541
 542   if ( specs->descriptives )
 543     {
 544       summary_descriptives = xnmalloc (sizeof (*summary_descriptives),
 545                                        specs->n_vars);
 546
 547       npar_summary_calc_descriptives (summary_descriptives,
 548                                       casereader_clone (input),
 549                                       dataset_dict (ds),
 550                                       specs->vv, specs->n_vars,
 551                                       specs->filter);
 552     }
 553
 554   if ( (specs->descriptives || specs->quartiles)
 555        && !taint_has_tainted_successor (casereader_get_taint (input)) )
 556     do_summary_box (summary_descriptives, specs->vv, specs->n_vars );
 557
 558   free (summary_descriptives);
 559   casereader_destroy (input);
 560 }
 561
 562 int
 563 cmd_npar_tests (struct lexer *lexer, struct dataset *ds)
 564 {
 565   struct cmd_npar_tests cmd;
 566   bool ok;
 567   int i;
 568   struct npar_specs npar_specs = {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
 569   struct casegrouper *grouper;
 570   struct casereader *input, *group;
 571   struct hmapx var_map = HMAPX_INITIALIZER (var_map);
 572
 573
 574   npar_specs.pool = pool_create ();
 575   npar_specs.filter = MV_ANY;
 576   npar_specs.n_vars = -1;
 577   npar_specs.vv = NULL;
 578
 579   if ( ! parse_npar_tests (lexer, ds, &cmd, &npar_specs) )
 580     {
 581       pool_destroy (npar_specs.pool);
 582       return CMD_FAILURE;
 583     }
 584
 585   for (i = 0; i < npar_specs.n_tests; ++i )
 586     {
 587       const struct npar_test *test = npar_specs.test[i];
 588       test->insert_variables (test, &var_map);
 589     }
 590
 591   {
 592     struct hmapx_node *node;
 593     struct variable *var;
 594     npar_specs.n_vars = 0;
 595
 596     HMAPX_FOR_EACH (var, node, &var_map)
 597       {
 598         npar_specs.n_vars ++;
 599         npar_specs.vv = pool_nrealloc (npar_specs.pool, npar_specs.vv, npar_specs.n_vars, sizeof (*npar_specs.vv));
 600         npar_specs.vv[npar_specs.n_vars - 1] = var;
 601       }
 602   }
 603
 604   sort (npar_specs.vv, npar_specs.n_vars, sizeof (*npar_specs.vv),
 605          compare_var_ptrs_by_name, NULL);
 606
 607   if ( cmd.statistics )
 608     {
 609       int i;
 610
 611       for ( i = 0 ; i < NPAR_ST_count; ++i )
 612         {
 613           if ( cmd.a_statistics[i] )
 614             {
 615               switch ( i )
 616                 {
 617                 case NPAR_ST_DESCRIPTIVES:
 618                   npar_specs.descriptives = true;
 619                   break;
 620                 case NPAR_ST_QUARTILES:
 621                   npar_specs.quartiles = true;
 622                   break;
 623                 case NPAR_ST_ALL:
 624                   npar_specs.quartiles = true;
 625                   npar_specs.descriptives = true;
 626                   break;
 627                 default:
 628                   NOT_REACHED ();
 629                 };
 630             }
 631         }
 632     }
 633
 634   input = proc_open (ds);
 635   if ( cmd.miss == MISS_LISTWISE )
 636     {
 637       input = casereader_create_filter_missing (input,
 638                                                 npar_specs.vv,
 639                                                 npar_specs.n_vars,
 640                                                 npar_specs.filter,
 641                                                 NULL, NULL);
 642     }
 643
 644
 645   grouper = casegrouper_create_splits (input, dataset_dict (ds));
 646   while (casegrouper_get_next_group (grouper, &group))
 647     npar_execute (group, &npar_specs, ds);
 648   ok = casegrouper_destroy (grouper);
 649   ok = proc_commit (ds) && ok;
 650
 651   pool_destroy (npar_specs.pool);
 652   hmapx_destroy (&var_map);
 653
 654   return ok ? CMD_SUCCESS : CMD_CASCADING_FAILURE;
 655 }
 656
 657 static int
 658 npar_runs (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 659            struct npar_specs *specs)
 660 {
 661   struct runs_test *rt = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*rt));
 662   struct one_sample_test *tp = &rt->parent;
 663   struct npar_test *nt = &tp->parent;
 664
 665   nt->execute = runs_execute;
 666   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 667
 668   if ( lex_force_match (lexer, T_LPAREN) )
 669     {
 670       if ( lex_match_id (lexer, "MEAN"))
 671         {
 672           rt->cp_mode = CP_MEAN;
 673         }
 674       else if (lex_match_id (lexer, "MEDIAN"))
 675         {
 676           rt->cp_mode = CP_MEDIAN;
 677         }
 678       else if (lex_match_id (lexer, "MODE"))
 679         {
 680           rt->cp_mode = CP_MODE;
 681         }
 682       else if (lex_is_number (lexer))
 683         {
 684           rt->cutpoint = lex_number (lexer);
 685           rt->cp_mode = CP_CUSTOM;
 686           lex_get (lexer);
 687         }
 688       else
 689         {
 690           lex_error (lexer, _("Expecting %s, %s, %s or a number."), "MEAN", "MEDIAN", "MODE");
 691           return 0;
 692         }
 693
 694       if (! lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
 695         return 2;
 696
 697       if (! lex_force_match (lexer, T_EQUALS))
 698         return 2;
 699
 700       if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 701                                   &tp->vars, &tp->n_vars,
 702                                   PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 703         {
 704           return 2;
 705         }
 706     }
 707
 708   specs->n_tests++;
 709   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 710                               specs->test,
 711                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 712
 713   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 714
 715   return 1;
 716 }
 717
 718 static int
 719 npar_friedman (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 720                struct npar_specs *specs)
 721 {
 722   struct friedman_test *ft = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*ft));
 723   struct one_sample_test *ost = &ft->parent;
 724   struct npar_test *nt = &ost->parent;
 725
 726   ft->kendalls_w = false;
 727   nt->execute = friedman_execute;
 728   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 729
 730   lex_match (lexer, T_EQUALS);
 731
 732   if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 733                                    &ost->vars, &ost->n_vars,
 734                                    PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 735     {
 736       return 2;
 737     }
 738
 739   specs->n_tests++;
 740   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 741                               specs->test,
 742                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 743
 744   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 745
 746   return 1;
 747 }
 748
 749 static int
 750 npar_kendall (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 751                struct npar_specs *specs)
 752 {
 753   struct friedman_test *kt = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*kt));
 754   struct one_sample_test *ost = &kt->parent;
 755   struct npar_test *nt = &ost->parent;
 756
 757   kt->kendalls_w = true;
 758   nt->execute = friedman_execute;
 759   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 760
 761   lex_match (lexer, T_EQUALS);
 762
 763   if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 764                                    &ost->vars, &ost->n_vars,
 765                                    PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 766     {
 767       return 2;
 768     }
 769
 770   specs->n_tests++;
 771   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 772                               specs->test,
 773                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 774
 775   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 776
 777   return 1;
 778 }
 779
 780
 781 static int
 782 npar_cochran (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 783                struct npar_specs *specs)
 784 {
 785   struct one_sample_test *ft = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*ft));
 786   struct npar_test *nt = &ft->parent;
 787
 788   nt->execute = cochran_execute;
 789   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 790
 791   lex_match (lexer, T_EQUALS);
 792
 793   if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 794                                    &ft->vars, &ft->n_vars,
 795                                    PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 796     {
 797       return 2;
 798     }
 799
 800   specs->n_tests++;
 801   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 802                               specs->test,
 803                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 804
 805   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 806
 807   return 1;
 808 }
 809
 810
 811 static int
 812 npar_chisquare (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 813                 struct npar_specs *specs)
 814 {
 815   struct chisquare_test *cstp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*cstp));
 816   struct one_sample_test *tp = &cstp->parent;
 817   struct npar_test *nt = &tp->parent;
 818   int retval = 1;
 819
 820   nt->execute = chisquare_execute;
 821   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 822
 823   if (!parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 824                                    &tp->vars, &tp->n_vars,
 825                                    PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE))
 826     {
 827       return 2;
 828     }
 829
 830   cstp->ranged = false;
 831
 832   if ( lex_match (lexer, T_LPAREN))
 833     {
 834       cstp->ranged = true;
 835       if ( ! lex_force_num (lexer)) return 0;
 836       cstp->lo = lex_number (lexer);
 837       lex_get (lexer);
 838       lex_force_match (lexer, T_COMMA);
 839       if (! lex_force_num (lexer) ) return 0;
 840       cstp->hi = lex_number (lexer);
 841       if ( cstp->lo >= cstp->hi )
 842         {
 843           msg (ME,
 844               _("The specified value of HI (%d) is "
 845                 "lower than the specified value of LO (%d)"),
 846               cstp->hi, cstp->lo);
 847           return 0;
 848         }
 849       lex_get (lexer);
 850       if (! lex_force_match (lexer, T_RPAREN)) return 0;
 851     }
 852
 853   cstp->n_expected = 0;
 854   cstp->expected = NULL;
 855   if (lex_match_phrase (lexer, "/EXPECTED"))
 856     {
 857       lex_force_match (lexer, T_EQUALS);
 858       if ( ! lex_match_id (lexer, "EQUAL") )
 859         {
 860           double f;
 861           int n;
 862           while ( lex_is_number (lexer) )
 863             {
 864               int i;
 865               n = 1;
 866               f = lex_number (lexer);
 867               lex_get (lexer);
 868               if ( lex_match (lexer, T_ASTERISK))
 869                 {
 870                   n = f;
 871                   if (!lex_force_num (lexer))
 872                     return 0;
 873                   f = lex_number (lexer);
 874                   lex_get (lexer);
 875                 }
 876               lex_match (lexer, T_COMMA);
 877
 878               cstp->n_expected += n;
 879               cstp->expected = pool_realloc (specs->pool,
 880                                              cstp->expected,
 881                                              sizeof (double) *
 882                                              cstp->n_expected);
 883               for ( i = cstp->n_expected - n ;
 884                     i < cstp->n_expected;
 885                     ++i )
 886                 cstp->expected[i] = f;
 887
 888             }
 889         }
 890     }
 891
 892   if ( cstp->ranged && cstp->n_expected > 0 &&
 893        cstp->n_expected != cstp->hi - cstp->lo + 1 )
 894     {
 895       msg (ME,
 896           _("%d expected values were given, but the specified "
 897             "range (%d-%d) requires exactly %d values."),
 898           cstp->n_expected, cstp->lo, cstp->hi,
 899           cstp->hi - cstp->lo +1);
 900       return 0;
 901     }
 902
 903   specs->n_tests++;
 904   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 905                               specs->test,
 906                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 907
 908   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 909
 910   return retval;
 911 }
 912
 913
 914 static int
 915 npar_binomial (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
 916                struct npar_specs *specs)
 917 {
 918   struct binomial_test *btp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*btp));
 919   struct one_sample_test *tp = &btp->parent;
 920   struct npar_test *nt = &tp->parent;
 921   bool equals = false;
 922
 923   nt->execute = binomial_execute;
 924   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
 925
 926   btp->category1 = btp->category2 = btp->cutpoint = SYSMIS;
 927
 928   btp->p = 0.5;
 929
 930   if ( lex_match (lexer, T_LPAREN) )
 931     {
 932       equals = false;
 933       if ( lex_force_num (lexer) )
 934         {
 935           btp->p = lex_number (lexer);
 936           lex_get (lexer);
 937           lex_force_match (lexer, T_RPAREN);
 938         }
 939       else
 940         return 0;
 941     }
 942   else
 943     equals = true;
 944
 945   if (!equals)
 946     if (!lex_force_match (lexer, T_EQUALS))
 947       return 0;
 948
 949     {
 950       if (parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
 951                                       &tp->vars, &tp->n_vars,
 952                                       PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE) )
 953         {
 954           if (lex_match (lexer, T_LPAREN))
 955             {
 956               if (! lex_force_num (lexer))
 957                 return 2;
 958               btp->category1 = lex_number (lexer);
 959               lex_get (lexer);
 960               if ( lex_match (lexer, T_COMMA))
 961                 {
 962                   if ( ! lex_force_num (lexer) ) return 2;
 963                   btp->category2 = lex_number (lexer);
 964                   lex_get (lexer);
 965                 }
 966               else
 967                 {
 968                   btp->cutpoint = btp->category1;
 969                 }
 970
 971               lex_force_match (lexer, T_RPAREN);
 972             }
 973         }
 974       else
 975         {
 976           return 2;
 977         }
 978     }
 979
 980   specs->n_tests++;
 981   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
 982                               specs->test,
 983                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
 984
 985   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
 986
 987   return 1;
 988 }
 989
 990
 991
 992 static void
 993 ks_one_sample_parse_params (struct lexer *lexer, struct ks_one_sample_test *kst, int params)
 994 {
 995   assert (params == 1 || params == 2);
 996
 997   if (lex_is_number (lexer))
 998     {
 999       kst->p[0] = lex_number (lexer);
1000
1001       lex_get (lexer);
1002       if ( params == 2)
1003         {
1004           lex_match (lexer, T_COMMA);
1005           if (lex_force_num (lexer))
1006             {
1007               kst->p[1] = lex_number (lexer);
1008               lex_get (lexer);
1009             }
1010         }
1011     }
1012 }
1013
1014 static int
1015 npar_ks_one_sample (struct lexer *lexer, struct dataset *ds, struct npar_specs *specs)
1016 {
1017   struct ks_one_sample_test *kst = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*kst));
1018   struct one_sample_test *tp = &kst->parent;
1019   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1020
1021   nt->execute = ks_one_sample_execute;
1022   nt->insert_variables = one_sample_insert_variables;
1023
1024   kst->p[0] = kst->p[1] = SYSMIS;
1025
1026   if (! lex_force_match (lexer, T_LPAREN))
1027     return 2;
1028
1029   if (lex_match_id (lexer, "NORMAL"))
1030     {
1031       kst->dist = KS_NORMAL;
1032       ks_one_sample_parse_params (lexer, kst, 2);
1033     }
1034   else if (lex_match_id (lexer, "POISSON"))
1035     {
1036       kst->dist = KS_POISSON;
1037       ks_one_sample_parse_params (lexer, kst, 1);
1038     }
1039   else if (lex_match_id (lexer, "UNIFORM"))
1040     {
1041       kst->dist = KS_UNIFORM;
1042       ks_one_sample_parse_params (lexer, kst, 2);
1043     }
1044   else if (lex_match_id (lexer, "EXPONENTIAL"))
1045     {
1046       kst->dist = KS_EXPONENTIAL;
1047       ks_one_sample_parse_params (lexer, kst, 1);
1048     }
1049   else
1050     return 2;
1051
1052   if (! lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
1053     return 2;
1054
1055   lex_match (lexer, T_EQUALS);
1056
1057   if (! parse_variables_const_pool (lexer, specs->pool, dataset_dict (ds),
1058                                   &tp->vars, &tp->n_vars,
1059                                   PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE) )
1060     return 2;
1061
1062   specs->n_tests++;
1063   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1064                               specs->test,
1065                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1066
1067   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1068
1069   return 1;
1070 }
1071
1072
1073 static bool
1074 parse_two_sample_related_test (struct lexer *lexer,
1075                                const struct dictionary *dict,
1076                                struct two_sample_test *test_parameters,
1077                                struct pool *pool)
1078 {
1079   int n = 0;
1080   bool paired = false;
1081   bool with = false;
1082   const struct variable **vlist1;
1083   size_t n_vlist1;
1084
1085   const struct variable **vlist2;
1086   size_t n_vlist2;
1087
1088   test_parameters->parent.insert_variables = two_sample_insert_variables;
1089
1090   if (!parse_variables_const_pool (lexer, pool,
1091                                    dict,
1092                                    &vlist1, &n_vlist1,
1093                                    PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_DUPLICATE) )
1094     return false;
1095
1096   if ( lex_match (lexer, T_WITH))
1097     {
1098       with = true;
1099       if ( !parse_variables_const_pool (lexer, pool, dict,
1100                                         &vlist2, &n_vlist2,
1101                                         PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_DUPLICATE) )
1102         return false;
1103
1104       paired = (lex_match (lexer, T_LPAREN) &&
1105                 lex_match_id (lexer, "PAIRED") && lex_match (lexer, T_RPAREN));
1106     }
1107
1108
1109   if ( with )
1110     {
1111       if (paired)
1112         {
1113           if ( n_vlist1 != n_vlist2)
1114             {
1115               msg (SE, _("PAIRED was specified but the number of variables "
1116                        "preceding WITH (%zu) did not match the number "
1117                        "following (%zu)."), n_vlist1, n_vlist2);
1118               return false;
1119             }
1120
1121           test_parameters->n_pairs = n_vlist1 ;
1122         }
1123       else
1124         {
1125           test_parameters->n_pairs = n_vlist1 * n_vlist2;
1126         }
1127     }
1128   else
1129     {
1130       test_parameters->n_pairs = (n_vlist1 * (n_vlist1 - 1)) / 2 ;
1131     }
1132
1133   test_parameters->pairs =
1134     pool_alloc (pool, sizeof ( variable_pair) * test_parameters->n_pairs);
1135
1136   if ( with )
1137     {
1138       if (paired)
1139         {
1140           int i;
1141           assert (n_vlist1 == n_vlist2);
1142           for ( i = 0 ; i < n_vlist1; ++i )
1143             {
1144               test_parameters->pairs[n][0] = vlist1[i];
1145               test_parameters->pairs[n][1] = vlist2[i];
1146               n++;
1147             }
1148         }
1149       else
1150         {
1151           int i,j;
1152           for ( i = 0 ; i < n_vlist1; ++i )
1153             {
1154               for ( j = 0 ; j < n_vlist2; ++j )
1155                 {
1156                   test_parameters->pairs[n][0] = vlist1[i];
1157                   test_parameters->pairs[n][1] = vlist2[j];
1158                   n++;
1159                 }
1160             }
1161         }
1162     }
1163   else
1164     {
1165       int i,j;
1166       for ( i = 0 ; i < n_vlist1 - 1; ++i )
1167         {
1168           for ( j = i + 1 ; j < n_vlist1; ++j )
1169             {
1170               assert ( n < test_parameters->n_pairs);
1171               test_parameters->pairs[n][0] = vlist1[i];
1172               test_parameters->pairs[n][1] = vlist1[j];
1173               n++;
1174             }
1175         }
1176     }
1177
1178   assert ( n == test_parameters->n_pairs);
1179
1180   return true;
1181 }
1182
1183
1184 static bool
1185 parse_n_sample_related_test (struct lexer *lexer,
1186                              const struct dictionary *dict,
1187                              struct n_sample_test *nst,
1188                              struct pool *pool
1189                              )
1190 {
1191   if (!parse_variables_const_pool (lexer, pool,
1192                                    dict,
1193                                    &nst->vars, &nst->n_vars,
1194                                    PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH | PV_NO_DUPLICATE) )
1195     return false;
1196
1197   if ( ! lex_force_match (lexer, T_BY))
1198     return false;
1199
1200   nst->indep_var = parse_variable_const (lexer, dict);
1201   if (!nst->indep_var)
1202     return false;
1203
1204   if ( ! lex_force_match (lexer, T_LPAREN))
1205     return false;
1206
1207   value_init (&nst->val1, var_get_width (nst->indep_var));
1208   if ( ! parse_value (lexer, &nst->val1, nst->indep_var))
1209     {
1210       value_destroy (&nst->val1, var_get_width (nst->indep_var));
1211       return false;
1212     }
1213
1214   lex_match (lexer, T_COMMA);
1215
1216   value_init (&nst->val2, var_get_width (nst->indep_var));
1217   if ( ! parse_value (lexer, &nst->val2, nst->indep_var))
1218     {
1219       value_destroy (&nst->val2, var_get_width (nst->indep_var));
1220       return false;
1221     }
1222
1223   if ( ! lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
1224     return false;
1225
1226   return true;
1227 }
1228
1229 static int
1230 npar_wilcoxon (struct lexer *lexer,
1231                struct dataset *ds,
1232                struct npar_specs *specs )
1233 {
1234   struct two_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1235   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1236   nt->execute = wilcoxon_execute;
1237
1238   if (!parse_two_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1239                                       tp, specs->pool) )
1240     return 0;
1241
1242   specs->n_tests++;
1243   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1244                               specs->test,
1245                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1246   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1247
1248   return 1;
1249 }
1250
1251
1252 static int
1253 npar_mann_whitney (struct lexer *lexer,
1254                struct dataset *ds,
1255                struct npar_specs *specs )
1256 {
1257   struct n_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1258   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1259
1260   nt->insert_variables = n_sample_insert_variables;
1261   nt->execute = mann_whitney_execute;
1262
1263   if (!parse_n_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1264                                     tp, specs->pool) )
1265     return 0;
1266
1267   specs->n_tests++;
1268   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1269                               specs->test,
1270                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1271   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1272
1273   return 1;
1274 }
1275
1276
1277 static int
1278 npar_median (struct lexer *lexer,
1279              struct dataset *ds,
1280              struct npar_specs *specs)
1281 {
1282   struct median_test *mt = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*mt));
1283   struct n_sample_test *tp = &mt->parent;
1284   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1285
1286   mt->median = SYSMIS;
1287
1288   if ( lex_match (lexer, T_LPAREN) && lex_force_num (lexer))
1289     {
1290       mt->median = lex_number (lexer);
1291       lex_get (lexer);
1292       lex_force_match (lexer, T_RPAREN);
1293     }
1294
1295   lex_match (lexer, T_EQUALS);
1296
1297   nt->insert_variables = n_sample_insert_variables;
1298   nt->execute = median_execute;
1299
1300   if (!parse_n_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1301                                     tp, specs->pool) )
1302     return 0;
1303
1304   specs->n_tests++;
1305   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1306                               specs->test,
1307                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1308   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1309
1310   return 1;
1311 }
1312
1313
1314 static int
1315 npar_sign (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
1316            struct npar_specs *specs)
1317 {
1318   struct two_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1319   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1320
1321   nt->execute = sign_execute;
1322
1323   if (!parse_two_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1324                                       tp, specs->pool) )
1325     return 0;
1326
1327   specs->n_tests++;
1328   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1329                               specs->test,
1330                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1331   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1332
1333   return 1;
1334 }
1335
1336
1337 static int
1338 npar_mcnemar (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
1339            struct npar_specs *specs)
1340 {
1341   struct two_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1342   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1343
1344   nt->execute = mcnemar_execute;
1345
1346   if (!parse_two_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1347                                       tp, specs->pool) )
1348     return 0;
1349
1350   specs->n_tests++;
1351   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1352                               specs->test,
1353                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1354   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1355
1356   return 1;
1357 }
1358
1359
1360 static int
1361 npar_jonckheere_terpstra (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
1362                       struct npar_specs *specs)
1363 {
1364   struct n_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1365   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1366
1367   nt->insert_variables = n_sample_insert_variables;
1368
1369   nt->execute = jonckheere_terpstra_execute;
1370
1371   if (!parse_n_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1372                                       tp, specs->pool) )
1373     return 0;
1374
1375   specs->n_tests++;
1376   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1377                               specs->test,
1378                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1379   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1380
1381   return 1;
1382 }
1383
1384 static int
1385 npar_kruskal_wallis (struct lexer *lexer, struct dataset *ds,
1386                       struct npar_specs *specs)
1387 {
1388   struct n_sample_test *tp = pool_alloc (specs->pool, sizeof (*tp));
1389   struct npar_test *nt = &tp->parent;
1390
1391   nt->insert_variables = n_sample_insert_variables;
1392
1393   nt->execute = kruskal_wallis_execute;
1394
1395   if (!parse_n_sample_related_test (lexer, dataset_dict (ds),
1396                                       tp, specs->pool) )
1397     return 0;
1398
1399   specs->n_tests++;
1400   specs->test = pool_realloc (specs->pool,
1401                               specs->test,
1402                               sizeof (*specs->test) * specs->n_tests);
1403   specs->test[specs->n_tests - 1] = nt;
1404
1405   return 1;
1406 }
1407
1408 static void
1409 insert_variable_into_map (struct hmapx *var_map, const struct variable *var)
1410 {
1411   size_t hash = hash_pointer (var, 0);
1412   struct hmapx_node *node;
1413   const struct variable *v = NULL;
1414
1415   HMAPX_FOR_EACH_WITH_HASH (v, node, hash, var_map)
1416     {
1417       if ( v == var)
1418         return ;
1419     }
1420
1421   hmapx_insert (var_map, CONST_CAST (struct variable *, var), hash);
1422 }
1423
1424 /* Insert the variables for TEST into VAR_MAP */
1425 static void
1426 one_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
1427                              struct hmapx *var_map)
1428 {
1429   int i;
1430   const struct one_sample_test *ost = UP_CAST (test, const struct one_sample_test, parent);
1431
1432   for ( i = 0 ; i < ost->n_vars ; ++i )
1433     insert_variable_into_map (var_map, ost->vars[i]);
1434 }
1435
1436
1437 static void
1438 two_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
1439                              struct hmapx *var_map)
1440 {
1441   int i;
1442   const struct two_sample_test *tst = UP_CAST (test, const struct two_sample_test, parent);
1443
1444   for ( i = 0 ; i < tst->n_pairs ; ++i )
1445     {
1446       variable_pair *pair = &tst->pairs[i];
1447
1448       insert_variable_into_map (var_map, (*pair)[0]);
1449       insert_variable_into_map (var_map, (*pair)[1]);
1450     }
1451 }
1452
1453 static void
1454 n_sample_insert_variables (const struct npar_test *test,
1455                            struct hmapx *var_map)
1456 {
1457   int i;
1458   const struct n_sample_test *tst = UP_CAST (test, const struct n_sample_test, parent);
1459
1460   for ( i = 0 ; i < tst->n_vars ; ++i )
1461     insert_variable_into_map (var_map, tst->vars[i]);
1462
1463   insert_variable_into_map (var_map, tst->indep_var);
1464 }
1465
1466
1467 static int
1468 npar_method (struct lexer *lexer,  struct npar_specs *specs)
1469 {
1470   if ( lex_match_id (lexer, "EXACT") )
1471     {
1472       specs->exact = true;
1473       specs->timer = 0.0;
1474       if (lex_match_id (lexer, "TIMER"))
1475         {
1476           specs->timer = 5.0;
1477
1478           if ( lex_match (lexer, T_LPAREN))
1479             {
1480               if ( lex_force_num (lexer) )
1481                 {
1482                   specs->timer = lex_number (lexer);
1483                   lex_get (lexer);
1484                 }
1485               lex_force_match (lexer, T_RPAREN);
1486             }
1487         }
1488     }
1489
1490   return 1;
1491 }