Set final element in covariance matrix. Use accessor functions for linreg struct. Initialize total sums of squares.

use sizeof double to allocate means

Compute the independent variable means

allocate space to store independent variable list

fixed counting of valid cases in fill_covariance

Free linreg struct if no valid data;
no not attempt to save residuals or predicted values in this case

Set categoricals to NULL in one-pass covariance; avoid freeing NULL in categoricals_destroy

fill_covariance now returns a value

Rewrote linreg.[ch], regression.q and glm.q to use the new
covariance.[ch]. Dropped covariance-matrix.[ch], design-matrix.[ch]
and coefficient.[ch].

Call covariance_accumulate_pass2

Fix separation of categorical and numeric variables.
Enforce numeric type for dependent variables.
Name the covariance struct returned by covariance_2pass_create as cov.

Wrap operations which index into reverse_variable_map

New private function reverse_variable_lookup.  This
function wraps operations which index into the array,
and includes checks to prevent indexing outside the
bounds of the array.

Drop first category of each variable from covariance matrix.

Apparently it's not appropriate for the covariance matrix to
have a row/column for every categorical value.  One value per
categorical variable should be excluded.  This change drops
the first category encountered.

Remove unused function categoricals_index

Populate the moment matrices with the categorical entries

Keep track of the number of variables involved in the categoricals.

Added a counter for the number of variables which actually contribute
to categories.  Due to the possibility of missing values, this may
not be equal to the number of variables passed to the contructor.

Don't crash if all categorical variables are empty

New functions to return the sum and weights associated with categorical variables

Don't update categorical variables whose values are missing

Remove some unnecessary #include directives

Call categoricals_done at start of second pass.

New functions is_missing and get_val

Abstract the actions of obtaining the numeric value of a variable
and its missing status, so that it can be more easily applied to
categorical variables and linear variables alike.

Use cov->dim instead of cov->n_vars where appropriate

Destroy the categorical variables when the covariance matrix is destroyed

Move categorical variable into the var_params struct

Resize the moment matrices after the first pass

Allow dump function to work with numeric variables

Rework glm.q to use new covariance routines

Fix order of pool_calloc arguments.

The second argument is the number of elements, the third is the size.  If this
is inadvertently reversed, then it fails when the number of elements is zero.

Add reverse map entries to categoricals.

Allow categorical values and variables to be efficiently
indexed by the non-zero binary vector entry to which they
map.

New module src/math/categoricals .

Created a new object to keep track of categorical variables, and their
values.   This is similar to src/data/categorys.c but is created on
demand, and doesn't use any global state.

Add a two pass algorithm to calculate covariance matrices.

The single pass algorithm, although faster, is numerically unstable.
Furthermore, at can't reasonably be achieved when categorical variables
are involved.    This change implements a two pass algorithm and allows
the caller to choose which algorithm (s)he prefers.

New function covariance_2pass_create

Update NEWS file

New function check_interactions to specify all possible interactions
in the absence of the DESIGN subcommand.

Remove calls to covariance_matrix routines as preparation to rewrite
src/math/covariance-matrix.c.

hmap-test: Skip test instead of reporting success on GCC 4.3.

Commit 1dfc6b1 "hmap-test: Disable tests that GCC 4.3 miscompiles."
disabled some of the hmap-tests, the ones that GCC 4.3 miscompiles.
However, it still reported "success" if the remaining tests succeeded.
John Darrington suggested that reporting that the test was skipped was
more accurate, so this commit does so.

Upgrade gtk-builder-convert to newer version that adds useful warnings.

The notes on "Migrating from libglade to GtkBuilder" in the GTK+
Reference Manual at, e.g.
http://library.gnome.org/devel/gtk/unstable/gtk-migrating-GtkBuilder.html
say that "While libglade can often tolerate multiple widgets having the
same id in a glade file, GtkBuilder will not accept duplicate object ids."
The version of gtk-builder-convert that we had previously didn't warn about
duplicate ids; the new version checked in by this commit does.

Canonicalise orthography of Big/Little Endian

Remove duplicate entry from command.def

Update INSTALL file

CORRELATIONS: Properly deal with case weights.

Corrected a bug in the weighted covariance calculations,
and add a test to check that weights are properly
handled.

CORRELATIONS: Fix bug parsing /STATISTICS=ALL

CORRELATIONS: Documented the /STATISTICS subcommand

CORRELATIONS: Added support for /STATISTICS=XPROD

CORRELATIONS: Added support for the STATISTICS subcommand

Add a manual entry for the CORRELATIONS command

First working version of CORRELATIONS.

This commit includes a new module, src/math/covariance.[ch],
which may eventually replace src/math/covariance-matrix.[ch]

Initial framework for CORRELATIONS command

Fix numerous warnings about an unknown attribute rpl_malloc on mingw32.

On mingw32, Gnulib replaces malloc by defining it as a macro that expands
to rpl_malloc.  Since MALLOC_LIKE used malloc as an identifier, even though
it didn't refer to the malloc function per se, this instance of malloc
also expanded to rpl_malloc, confusing GCC.

GCC also accepts __malloc__ here, so this commit uses that spelling
instead, which avoids the warning.

Upgrade to latest Gnulib version and fix resulting FreeBSD build failures.

Upgrading the Gnulib version exposed a couple of failures to #include
<config.h> at the very top of a source file via build failures on
FreeBSD 7.2-RELEASE, fixed by this commit.

This probably also fixes a similar OpenBSD issue reported by Jason Stover
at http://lists.gnu.org/archive/html/pspp-dev/2009-09/msg00095.html

README.Git: Fix syntax of suggested commands.

INSTALL: Mention that GNU make is required.

In my experience with the autobuilder, in particular the system "make"
program on FreeBSD 7.2-RELEASE will not work.

Rewrite README.Git to mention the Gnulib commit number and explain better.

This commit has three purposes.  First, I think that the new version of this
file explains the bootstrapping process a little better.  Second, I want
to mention a Gnulib commit number that I have been using, so that other
people can easily figure out a version of Gnulib that will work.  Third,
I want the PSPP autobuilder to be able to automatically pick out a working
Gnulib commit.

perl-module: Fix build on FreeBSD 7.2

config.h must be included first, otherwise the build fails on FreeBSD 7.2
in gl/string.h at the first instance of "restrict", which <config.h>
#defines as empty.

Don't use nonportable "mktemp" utility in perl-module/automake.mk.

In porting to FreeBSD, I noticed that perl-module/automake.mk tries to use
the "mktemp" utility.  FreeBSD happens to have this utility, but it
requires an argument, and at any rate it is nonportable and we can avoid
using it here, so do so.

Added a new target "programs" to the makefile.

When a source file is changed, the "all" target (correctly) rebuilds
the po/pspp.pot file and remerges the PO files for all supported translations,
and then builds .gmo files for each of them.   Whilst this is correct behaviour,
it will become an unmitigated nuisance for developers as more and more
translations are added.

This change adds a new target called "programs" which builds the binaries, but
not the ancilliary targets. This target is more convienient for working on
changes to the source code, when translations are not of interest.

Correct printf conversion specifiers for size_t types.

Add necessary #include stddef.h directive

perl-module: Additional fixes for Perl version number on PSPP autobuilder.

Commit 30f21302 "perl-module: Tolerate minor PSPP version number
differences" tried to improve the behavior of the PSPP Perl module when
the PSPP version number includes a suffix such as -build40.  But it didn't
entirely work, since it overlooked some uses of $(VERSION) in
perl-module/automake.mk.  This commit fixes those too.

Fix missing @clicksequence problem for building Docbook output also.

Commit 770f21f5 "Fix missing @clicksequence problem with older Texinfo
versions." fixed the problem of missing @clicksequence for building the
main PSPP documentation, partly by adding to $(AM_MAKEINFOFLAGS).  However,
$(AM_MAKEINFOFLAGS) wasn't used in building the Docbook output for use by
Yelp as the GUI help.  This commit adds $(AM_MAKEINFOFLAGS) to that
command, fixing the problem.

perl-module: Tolerate minor PSPP version number differences.

The PSPP autobuilder that I'm working on appends a build number to the PSPP
version number, e.g. "0.7.2-build40".  The Perl module has two problems
with this:

  1. Perl won't parse version numbers that contain anything other than
     digits and periods, so "-build" causes an error.  So this commit
     drops everything from the hyphen onward from the PSPP version number
     passed along to Perl.

  2. The Perl module itself does a string comparison operation between the
     number it expects and the number that PSPP reports.  When we drop
     the hyphen onward, the comparison fails.  So this commit also relaxes
     the comparison to one that does pass.

Merge commit 'origin/stable'

Conflicts:

AUTHORS
NEWS
configure.ac
lib/gtksheet/gtkitementry.c
po/LINGUAS
po/nl.po
src/data/file-name.c
src/data/sys-file-writer.c
src/language/stats/crosstabs.q
src/language/stats/examine.q
src/language/stats/t-test.q
src/output/charts/box-whisker.c
src/output/charts/plot-hist.c
src/ui/gui/output-viewer.c
src/ui/gui/psppire.c
src/ui/gui/psppire.h
src/ui/terminal/main.c

Make GtkItemEntry compatible with GTK+ 2.17.4 and later.

GTK+ 2.17.4 breaks GtkEntry's buffer into a separate class named
GtkEntryBuffer and eliminates the associated members from GtkEntry.
The GtkItemEntry code in lib/gtksheet attempted to use some of those
members directly, which no longer works, so this commit changes that
code to use public function interfaces instead.  Some of these public
function interfaces were introduced in GTK+ 2.17.4, so those pieces
are conditionalized on the version of GTK+ detected at build time.

This commit makes PSPPIRE compiled with GTK+ before 2.17.4 work properly
only when used with GTK+ before 2.17.4, and similarly when PSPPIRE is
compiled with GTK+ 2.17.4 or later.  There may be a way to avoid that, but
it is not entirely obvious.

With feedback from John Darrington.

Rename README.CVS to README.Git and update to refer to Git instead of CVS.

Fix "make install" with --enable-relocatable.

When PSPP added support for --enable-relocatable back in 2007, PSPP did
not install any shared libraries.  Now it does, which requires us to
set RELOCATABLE_LIBRARY_PATH in configure.ac.  Otherwise, the installed
binaries will not work automatically but require some manual user
intervention.

Also set RELOCATABLE_STRIP as recommended by the gnulib documentation.

hmap-test: Disable tests that GCC 4.3 miscompiles.

Commit ac58b3c51 "Avoid bug in GCC 4.3 in hmap-test." attempted to work
around a bug in GCC 4.3 that was causing test failures in hmap-test.
Unfortunately, the problem has started resurfacing again, probably due to
changes elsewhere, so this commit simply disables the tests in question
when PSPP is built with GCC 4.3.

Fix "make check" with --enable-relocatable.

When --enable-relocatable was passed to "configure", "make check" failed
while building datasheet-test:

tests/data/datasheet-test.c: In function 'main':
tests/data/datasheet-test.c:880: error: 'INSTALLDIR' undeclared (first use in this function)

Line 880 of that file is:

set_program_name (argv[0]);

which is a little mysterious until one realizes that --enable-relocatable
defines set_program_name() as a macro that expands to a value that includes
INSTALLDIR.

So this commit fixes the problem by making sure that INSTALLDIR is defined
as part of CPPFLAGS for all compiles.

Don't pad variable labels written to system files.

Previously, the code to write variable labels to system files accidentally
padded out the variable labels on the right with spaces to a multiple of 4
bytes in length.  With this commit, variable labels will no longer be
padded.

This fixes a genuine bug for variable labels longer than 252 bytes, which
previously were padded out to 256 bytes.  Variable labels are limited to
a maximum of 255 bytes, so PSPP refused to read such files.

Reported-by: Robert Westlund <rob@kinesissurvey.com>

FREQUENCIES: Make frequency table headings easier to translate.

The headings for frequency tables were broken up into individual words,
which made them hard to translate since in some languages the words needed
to be in the opposite order.

Thanks to Harry Thijssen <pspp@sjpaes.nl> for pointing out the problem.

Merge commit 'origin/stable' into stable

Fix tests broken by the new table widths, caused by previous change

Canonicalise some printed strings, to make translators' lives easier

Release PSPP 0.6.2-pre6.

Add Brazilian Portuguese translation.

Thanks to Michel Boaventura <michel@cecaps.ufmg.br> and the coordinators
at translationproject.org.

T-TEST: Also fix the case where the correlation is slightly less than -1.0.

Thanks to John Darrington for pointing out the omission.

Update to latest nl.po.

Thanks to unknown-1 and the coordinators at translationproject.org.

Fix missing @clicksequence problem with older Texinfo versions.

The @clicksequence command was introduced in Texinfo 4.12, which a lot of
users do not yet have.  This commit fixes the problem by detecting whether
makeinfo supports @clicksequence and, if not, defining a macro for it as
a substitute.

We also need support for @clicksequence in texinfo.tex.  It is possible to
detect whether @clicksequence is defined using TeX code and, if not,
define a TeX macro for it.  However, I'm not sure how to do that.  So this
commit instead adds a known-good texinfo.tex to the source tree, which
should have the same effect.

T-TEST: Avoid NaN in paired-sample correlation significance calcuation.

Sometimes the correlation comes out just above 1.0 due to inaccuracy of
machine calculation, which causes sqrt(1-corr**2) to yield NaN.  This
commit forces the correlation into the valid range, fixing the problem.

Thanks to Matej Cepl <mcepl@redhat.com> for reporting the problem.
Thanks to John Darrington for suggesting the fix.

New functions glm_custom_design and parse_interactions.

Remove i18n related configuration items which are no longer used

Replace "all-hook" with "all-local".

all-hook isn't a target recognised by automake, so use all-local instead,
and avoid it clashing with the all-local in perl-module

Add the all_q_sources to the dependencies of po/pspp.pot

Rewrite automake rules for internationalisation files.

I got fed up with battling against the Makefile which
gettext provides.  So I rolled my own instead.  This change provides
the following advantages over previous situation:

* It doesn't use recursive calls to $(MAKE).

* Merged and unmerged po files are properly seperated into
  the buildir and sourcedir respectively.  Consequently,
  po files get updated only when we really want them to be,
  and not (potentially) on every commit.

* The .pot file (and consequently the .po and .gmo files) now
  properly depend upon all the distributed source files.  There
  is no need to run "make -f Smake" to make it aware of new files.

* There's no more need of "timestamp" files.

* Potentially it's easier to add per-source-file options
  when generating the .pot file. (and thus avoid warnings about
  unrecognised extentions.

Correct typo in printed string

Update to most recent Gnulib

Fix make distcheck

Don't override label for Save As menuitem

Cruft removal

Use u8_cpy instead of memcpy.

Use u8_cpy instead of memcpy since the
former provides better type checking.

Merged changes from branch interaction-review

Remove commented code

remove unused return value

Allow ranges with left to right and bottom to top sense to be selected.

Replace safe_strcmp with g_strcmp0.

Fix clipboard export of non-ascii strings.

Fixed problem pasting sheet data from psppire to
openoffice.org and gnumeric which contained non-ascii
characters.  Tested with openoffice.org 2.4 and
gnumeric 1.8.3

Fix bug in casemapping long strings.

Thanks to Ben Pfaff for pointing out the error.

Remove the RESIZE feature of the sheet.

This feature is currently unused, and probably
broken.

Re-enable signal emmission on row/column selection

Removed unused function

Removed unnecessary variable and consequently unreachable code.