pintos-os.org Git - pspp/blob - tests/language/commands/glm.at

   1 dnl PSPP - a program for statistical analysis.
   2 dnl Copyright (C) 2017 Free Software Foundation, Inc.
   3 dnl
   4 dnl This program is free software: you can redistribute it and/or modify
   5 dnl it under the terms of the GNU General Public License as published by
   6 dnl the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
   7 dnl (at your option) any later version.
   8 dnl
   9 dnl This program is distributed in the hope that it will be useful,
  10 dnl but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11 dnl MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  12 dnl GNU General Public License for more details.
  13 dnl
  14 dnl You should have received a copy of the GNU General Public License
  15 dnl along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  16 dnl
  17 AT_BANNER([GLM procedure])
  18
  19 AT_SETUP([GLM latin square design])
  20 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
  21
  22 dnl This example comes from :
  23 dnl  http://ssnds.uwo.ca/statsexamples/spssanova/latinsquareresults.html
  24 AT_DATA([latin.sps], [dnl
  25 set format = F20.3.
  26 data list notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
  27 begin data.
  28 1 1 6  3.5
  29 1 2 2  8.9
  30 1 3 3  9.6
  31 1 4 4 10.5
  32 1 5 5  3.1
  33 1 6 1  5.9
  34 2 1 2  4.2
  35 2 2 6  1.9
  36 2 3 5  3.7
  37 2 4 3 10.2
  38 2 5 1  7.2
  39 2 6 4  7.6
  40 3 1 1  6.7
  41 3 2 4  5.8
  42 3 3 6 -2.7
  43 3 4 2  4.6
  44 3 5 3  4.0
  45 3 6 5 -0.7
  46 4 1 4  6.6
  47 4 2 1  4.5
  48 4 3 2  3.7
  49 4 4 5  3.7
  50 4 5 6 -3.3
  51 4 6 3  3.0
  52 5 1 3  4.1
  53 5 2 5  2.4
  54 5 3 4  6.0
  55 5 4 1  5.1
  56 5 5 2  3.5
  57 5 6 6  4.0
  58 6 1 5  3.8
  59 6 2 3  5.8
  60 6 3 1  7.0
  61 6 4 6  3.8
  62 6 5 4  5.0
  63 6 6 2  8.6
  64 end data.
  65
  66 variable labels a 'Factor A' b 'Factor B' c 'Factor C' y 'Criterion'.
  67
  68 glm y by   b a c
  69   /intercept=include
  70   /criteria=alpha(.05)
  71   /design = a b c
  72   .
  73 ])
  74
  75 AT_CHECK([pspp -O format=csv latin.sps | sed 's/329.62[[678]]/329.62/'], [0],
  76   [dnl
  77 Table: Tests of Between-Subjects Effects
  78 ,Type III Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
  79 Corrected Model,263.064,15,17.538,5.269,.000
  80 Intercept,815.103,1,815.103,244.910,.000
  81 Factor A,78.869,5,15.774,4.739,.005
  82 Factor B,28.599,5,5.720,1.719,.176
  83 Factor C,155.596,5,31.119,9.350,.000
  84 Error,66.563,20,3.328,,
  85 Total,1144.730,36,,,
  86 Corrected Total,329.62,35,,,
  87 ])
  88
  89 AT_CLEANUP
  90
  91 AT_SETUP([GLM 2 by 2 factorial design])
  92 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
  93
  94 AT_DATA([2by2.sps], [dnl
  95 set format = F20.3.
  96 data list notable  list /Factor0 * Factor1 * points (F10).
  97 begin data.
  98 1       4       332
  99 1       4       380
 100 1       4       371
 101 1       4       366
 102 1       4       354
 103 1       0       259.5
 104 1       0       302.5
 105 1       0       296
 106 1       0       349
 107 1       0       309
 108 2       4       354.67
 109 2       4       353.5
 110 2       4       304
 111 2       4       365
 112 2       4       339
 113 2       0       306
 114 2       0       339
 115 2       0       353
 116 2       0       351
 117 2       0       333
 118 end data.
 119
 120 glm points by Factor0 Factor1
 121   /intercept=include
 122   /criteria=alpha(.05)
 123   .
 124 ])
 125
 126
 127 AT_CHECK([pspp -O format=csv 2by2.sps ], [0],
 128   [dnl
 129 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 130 ,Type III Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 131 Corrected Model,8667.053,3,2889.018,5.043,.012
 132 Intercept,2256018.640,1,2256018.640,3937.693,.000
 133 Factor0,313.394,1,313.394,.547,.470
 134 Factor1,5157.508,1,5157.508,9.002,.008
 135 Factor0 × Factor1,3196.150,1,3196.150,5.579,.031
 136 Error,9166.865,16,572.929,,
 137 Total,2273852.559,20,,,
 138 Corrected Total,17833.918,19,,,
 139 ])
 140
 141 AT_CLEANUP
 142
 143
 144 AT_SETUP([GLM Type I and II Sums of Squares])
 145 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
 146
 147 dnl  The following example comes from
 148 dnl  http://www.uvm.edu/~dhowell/StatPages/More_Stuff/Type1-3.pdf
 149 AT_DATA([data-inc.sps], [dnl
 150 set decimal = dot.
 151 set format=F20.3.
 152 data list notable list /dv * Agrp * B0 * B1 * B2 * i0 * i1 * i2 * sss *.
 153 begin data.
 154 5   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 155 7   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 156 9   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 157 8   1  1  0  0  1  0  0 1.00
 158 2   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 159 5   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 160 7   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 161 3   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 162 9   1  0  1  0  0  1  0 1.00
 163 8   1  0  0  1  0  0  1 1.00
 164 11  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 165 12  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 166 14  1  0  0  1  0  0  1 1.00
 167 11  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 168 15  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 169 16  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 170 10  1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 171 9   1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1.00
 172 7  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 173 9  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 174 10 -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 175 9  -1  1  0  0 -1  0  0 2.00
 176 3  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 177 8  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 178 9  -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 179 11 -1  0  1  0  0 -1  0 2.00
 180 9  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 181 12 -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 182 14 -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 183 8  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 184 7  -1  0  0  1  0  0 -1 2.00
 185 11 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 186 14 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 187 10 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 188 12 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 189 13 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 190 11 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 191 12 -1 -1 -1 -1  1  1  1 2.00
 192 end data.
 193
 194 do if B0 = -1 AND B1 = -1 AND B2 = -1.
 195 compute Bgrp = 4.
 196 end if.
 197
 198 do if B0 = 0 AND B1 = 0 AND B2 = 1.
 199 compute Bgrp = 3.
 200 end if.
 201
 202 do if B0 = 0 AND B1 = 1 AND B2 = 0.
 203 compute Bgrp = 2.
 204 end if.
 205
 206 do if B0 = 1 AND B1 = 0 AND B2 = 0.
 207 compute Bgrp = 1.
 208 end if.
 209 ])
 210
 211 AT_DATA([type1.sps], [dnl
 212 include 'data-inc.sps'.
 213
 214 glm dv by Agrp Bgrp
 215         /method = sstype (1)
 216         .
 217
 218 glm dv by Agrp Bgrp
 219         /method = sstype (1)
 220         /design Bgrp Agrp Bgrp * Agrp
 221         .
 222 ])
 223
 224
 225 AT_CHECK([pspp -O format=csv type1.sps], [0],
 226   [dnl
 227 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 228 ,Type I Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 229 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 230 Agrp,9.579,1,9.579,1.566,.220
 231 Bgrp,186.225,3,62.075,10.151,.000
 232 Agrp × Bgrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 233 Error,183.457,30,6.115,,
 234 Total,3810.000,38,,,
 235 Corrected Total,399.474,37,,,
 236
 237 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 238 ,Type I Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 239 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 240 Bgrp,193.251,3,64.417,10.534,.000
 241 Agrp,2.553,1,2.553,.418,.523
 242 Bgrp × Agrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 243 Error,183.457,30,6.115,,
 244 Total,3810.000,38,,,
 245 Corrected Total,399.474,37,,,
 246 ])
 247
 248
 249 AT_DATA([type2.sps], [dnl
 250 include 'data-inc.sps'.
 251
 252 glm dv by Agrp Bgrp
 253         /method = sstype (2)
 254         .
 255 ])
 256
 257
 258 AT_CHECK([pspp -O format=csv type2.sps], [0],
 259   [dnl
 260 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 261 ,Type II Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 262 Corrected Model,216.017,7,30.860,5.046,.001
 263 Agrp,2.553,1,2.553,.418,.523
 264 Bgrp,186.225,3,62.075,10.151,.000
 265 Agrp × Bgrp,20.212,3,6.737,1.102,.364
 266 Error,183.457,30,6.115,,
 267 Total,3810.000,38,,,
 268 Corrected Total,399.474,37,,,
 269 ])
 270
 271 AT_CLEANUP
 272
 273
 274
 275 AT_SETUP([GLM excluded intercept])
 276 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
 277
 278 dnl  The following example comes from
 279 dnl
 280 dnl Rudolf N. Cardinal
 281 dnl Graduate-level statistics for psychology and neuroscience
 282 dnl ANOVA in practice, and complex ANOVA designs
 283 dnl Version of 2 May 2004
 284 dnl
 285 dnl Downloaded from: http://egret.psychol.cam.ac.uk/psychology/graduate/Guide_to_ANOVA.pdf
 286
 287 AT_DATA([intercept-exclude.sps], [dnl
 288 set format = F20.3.
 289
 290 data list notable list /depvar * A *.
 291 begin data.
 292 10     1
 293 14     1
 294 8      1
 295 7      1
 296 2      1
 297 10     1
 298 1      1
 299 3      1
 300 2      1
 301 8.5    1
 302 14.29  2
 303 18.49  2
 304 12.46  2
 305 11.63  2
 306 6.66   2
 307 14.02  2
 308 5.66   2
 309 7.06   2
 310 6.37   2
 311 13.26  2
 312 end data.
 313
 314 GLM depvar by A
 315    /intercept = exclude
 316   .
 317
 318
 319 GLM depvar by A
 320    /intercept = include
 321   .
 322
 323 ])
 324
 325 AT_CHECK([pspp -O format=csv intercept-exclude.sps], [0],
 326   [dnl
 327 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 328 ,Type III Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 329 Model,1636.826,2,818.413,43.556,.000
 330 A,1636.826,2,818.413,43.556,.000
 331 Error,338.216,18,18.790,,
 332 Total,1975.042,20,,,
 333
 334 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 335 ,Type III Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 336 Corrected Model,98.568,1,98.568,5.246,.034
 337 Intercept,1538.258,1,1538.258,81.867,.000
 338 A,98.568,1,98.568,5.246,.034
 339 Error,338.216,18,18.790,,
 340 Total,1975.042,20,,,
 341 Corrected Total,436.784,19,,,
 342 ])
 343
 344 AT_CLEANUP
 345
 346
 347 AT_SETUP([GLM missing values])
 348 AT_KEYWORDS([categorical categoricals])
 349
 350 AT_DATA([glm.data], [dnl
 351 1 1 6  3.5
 352 1 2 2  8.9
 353 1 3 3  9.6
 354 1 4 4 10.5
 355 1 5 5  3.1
 356 1 6 1  5.9
 357 2 1 2  4.2
 358 2 2 6  1.9
 359 2 3 5  3.7
 360 2 4 3 10.2
 361 2 5 1  7.2
 362 2 6 4  7.6
 363 3 1 1  6.7
 364 3 2 4  5.8
 365 3 3 6 -2.7
 366 3 4 2  4.6
 367 3 5 3  4.0
 368 3 6 5 -0.7
 369 4 1 4  6.6
 370 4 2 1  4.5
 371 4 3 2  3.7
 372 4 4 5  3.7
 373 4 5 6 -3.3
 374 4 6 3  3.0
 375 5 1 3  4.1
 376 5 2 5  2.4
 377 5 3 4  6.0
 378 5 4 1  5.1
 379 5 5 2  3.5
 380 5 6 6  4.0
 381 6 1 5  3.8
 382 6 2 3  5.8
 383 6 3 1  7.0
 384 6 4 6  3.8
 385 6 5 4  5.0
 386 6 6 2  8.6
 387 ])
 388
 389 AT_DATA([glm-miss.sps], [dnl
 390 set format = F20.3.
 391 data list file='glm.data' notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 392
 393 do if a=6.
 394 recode y (else=SYSMIS).
 395 end if.
 396
 397 glm y by   b a c
 398   /criteria=alpha(.05)
 399   /design = a b c
 400   .
 401 ])
 402
 403 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss.sps], [0],  [dnl
 404 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 405 ,Type III Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 406 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 407 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 408 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 409 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 410 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 411 Error,54.253,15,3.617,,
 412 Total,934.250,30,,,
 413 Corrected Total,305.874,29,,,
 414 ])
 415
 416
 417
 418 AT_DATA([glm-miss2.sps], [dnl
 419 set format = F20.3.
 420 data list file='glm.data' notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 421
 422 select if a <> 6.
 423
 424 glm y by   b a c
 425   /criteria=alpha(.05)
 426   /design = a b c
 427   .
 428 ])
 429
 430 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss2.sps], [0],  [dnl
 431 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 432 ,Type III Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 433 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 434 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 435 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 436 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 437 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 438 Error,54.253,15,3.617,,
 439 Total,934.250,30,,,
 440 Corrected Total,305.874,29,,,
 441 ])
 442
 443
 444 dnl Now for some missing values in the factor variables.
 445
 446 AT_DATA([glm-miss3.sps], [dnl
 447 set format = F20.3.
 448 data list file=glm.data notable  fixed /a 1 b 3 c 5 y 7-10(2).
 449
 450 do if a=6.
 451 recode a (else=SYSMIS).
 452 end if.
 453
 454 glm y by   b a c
 455   /criteria=alpha(.05)
 456   /design = a b c
 457   .
 458 ])
 459
 460 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm-miss3.sps], [0],  [dnl
 461 Table: Tests of Between-Subjects Effects
 462 ,Type III Sum Of Squares,df,Mean Square,F,Sig.
 463 Corrected Model,251.621,14,17.973,4.969,.002
 464 Intercept,628.376,1,628.376,173.737,.000
 465 a,72.929,4,18.232,5.041,.009
 466 b,20.703,5,4.141,1.145,.380
 467 c,135.179,5,27.036,7.475,.001
 468 Error,54.253,15,3.617,,
 469 Total,934.250,30,,,
 470 Corrected Total,305.874,29,,,
 471 ])
 472
 473 AT_CLEANUP
 474
 475 AT_SETUP([GLM syntax errors])
 476 AT_DATA([glm.sps], [dnl
 477 DATA LIST LIST NOTABLE /x y z.
 478 GLM **.
 479 GLM x **.
 480 GLM x BY **.
 481 GLM x BY y.
 482 GLM x y BY z.
 483 GLM x BY y/MISSING=**.
 484 GLM x BY y/INTERCEPT=**.
 485 GLM x BY y/CRITERIA=**.
 486 GLM x BY y/CRITERIA=ALPHA **.
 487 GLM x BY y/CRITERIA=ALPHA(**).
 488 GLM x BY y/CRITERIA=ALPHA(123 **).
 489 GLM x BY y/METHOD=**.
 490 GLM x BY y/METHOD=SSTYPE **.
 491 GLM x BY y/METHOD=SSTYPE(4).
 492 GLM x BY y/METHOD=SSTYPE(2 **).
 493 GLM x BY y/DESIGN=**.
 494 GLM x BY y/DESIGN=x(y).
 495 GLM x BY y/DESIGN=x WITHIN y.
 496 ])
 497 AT_CHECK([pspp -O format=csv glm.sps], [1], [dnl
 498 "glm.sps:2.5-2.6: error: GLM: Syntax error expecting variable name.
 499     2 | GLM **.
 500       |     ^~"
 501
 502 "glm.sps:3.7-3.8: error: GLM: Syntax error expecting `BY'.
 503     3 | GLM x **.
 504       |       ^~"
 505
 506 "glm.sps:4.10-4.11: error: GLM: Syntax error expecting variable name.
 507     4 | GLM x BY **.
 508       |          ^~"
 509
 510 "glm.sps:6.1-6.3: error: GLM: Syntax error expecting `BEGIN DATA'.
 511     6 | GLM x y BY z.
 512       | ^~~"
 513
 514 "glm.sps:6.1-6.3: error: GLM: Syntax error expecting end of command.
 515     6 | GLM x y BY z.
 516       | ^~~"
 517
 518 "glm.sps:7.20-7.21: error: GLM: Syntax error expecting INCLUDE or EXCLUDE.
 519     7 | GLM x BY y/MISSING=**.
 520       |                    ^~"
 521
 522 "glm.sps:8.22-8.23: error: GLM: Syntax error expecting INCLUDE or EXCLUDE.
 523     8 | GLM x BY y/INTERCEPT=**.
 524       |                      ^~"
 525
 526 "glm.sps:9.21-9.22: error: GLM: Syntax error expecting `ALPHA@{:@'.
 527     9 | GLM x BY y/CRITERIA=**.
 528       |                     ^~"
 529
 530 "glm.sps:10.21-10.28: error: GLM: Syntax error expecting `ALPHA@{:@'.
 531    10 | GLM x BY y/CRITERIA=ALPHA **.
 532       |                     ^~~~~~~~"
 533
 534 "glm.sps:11.27-11.28: error: GLM: Syntax error expecting number.
 535    11 | GLM x BY y/CRITERIA=ALPHA(**).
 536       |                           ^~"
 537
 538 "glm.sps:12.31-12.32: error: GLM: Syntax error expecting `@:}@'.
 539    12 | GLM x BY y/CRITERIA=ALPHA(123 **).
 540       |                               ^~"
 541
 542 "glm.sps:13.19-13.20: error: GLM: Syntax error expecting `SSTYPE@{:@'.
 543    13 | GLM x BY y/METHOD=**.
 544       |                   ^~"
 545
 546 "glm.sps:14.19-14.27: error: GLM: Syntax error expecting `SSTYPE@{:@'.
 547    14 | GLM x BY y/METHOD=SSTYPE **.
 548       |                   ^~~~~~~~~"
 549
 550 "glm.sps:15.26: error: GLM: Syntax error expecting integer between 1 and 3 for SSTYPE.
 551    15 | GLM x BY y/METHOD=SSTYPE(4).
 552       |                          ^"
 553
 554 "glm.sps:16.28-16.29: error: GLM: Syntax error expecting `@:}@'.
 555    16 | GLM x BY y/METHOD=SSTYPE(2 **).
 556       |                            ^~"
 557
 558 "glm.sps:17.19-17.20: error: GLM: Syntax error expecting variable name.
 559    17 | GLM x BY y/DESIGN=**.
 560       |                   ^~"
 561
 562 "glm.sps:18.20: error: GLM: Nested variables are not yet implemented.
 563    18 | GLM x BY y/DESIGN=x(y).
 564       |                    ^"
 565
 566 "glm.sps:19.21-19.26: error: GLM: Nested variables are not yet implemented.
 567    19 | GLM x BY y/DESIGN=x WITHIN y.
 568       |                     ^~~~~~"
 569 ])
 570 AT_CLEANUP