src/t-test.q

   1 /* PSPP - computes sample statistics. -*-c-*-
   2
   3    Copyright (C) 1997-9, 2000 Free Software Foundation, Inc.
   4    Written by John Williams <johnr.williams@stonebow.otago.ac.nz>.
   5    Almost completly re-written by John Darrington 2004
   6
   7    This program is free software; you can redistribute it and/or
   8    modify it under the terms of the GNU General Public License as
   9    published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
  10    License, or (at your option) any later version.
  11
  12    This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  13    WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  15    General Public License for more details.
  16
  17    You should have received a copy of the GNU General Public License
  18    along with this program; if not, write to the Free Software
  19    Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
  20    02111-1307, USA. */
  21
  22 #include <config.h>
  23 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  24 #include "error.h"
  25 #include <stdio.h>
  26 #include <stdlib.h>
  27 #include <math.h>
  28 #include "alloc.h"
  29 #include "str.h"
  30 #include "command.h"
  31 #include "lexer.h"
  32 #include "error.h"
  33 #include "magic.h"
  34 #include "tab.h"
  35 #include "som.h"
  36 #include "value-labels.h"
  37 #include "var.h"
  38 #include "vfm.h"
  39 #include "hash.h"
  40 #include "stats.h"
  41 #include "t-test.h"
  42 #include "levene.h"
  43
  44 /* (specification)
  45    "T-TEST" (tts_):
  46      +groups=custom;
  47      +testval=double;
  48      variables=varlist("PV_NO_SCRATCH | PV_NUMERIC");
  49      pairs=custom;
  50      +missing=miss:!analysis/listwise,
  51              incl:include/!exclude;
  52      format=fmt:!labels/nolabels;
  53      criteria=:cin(d:criteria,"%s > 0. && %s < 1.").
  54 */
  55 /* (declarations) */
  56 /* (functions) */
  57
  58
  59 static struct cmd_t_test cmd;
  60
  61 /* Function to use for testing for missing values */
  62 static is_missing_func value_is_missing;
  63
  64 /* Variable for the GROUPS subcommand, if given. */
  65 static struct variable *indep_var;
  66
  67 /* GROUPS: Number of values specified by the user; the values
  68    specified if any. */
  69
  70 static int n_group_values;
  71 static union value groups_values[2];
  72 static enum comparison criteria[2];
  73
  74
  75
  76 /* PAIRS: Number of pairs to be compared ; each pair. */
  77 static int n_pairs = 0 ;
  78 struct pair
  79 {
  80   /* The variables comprising the pair */
  81   struct variable *v[2];
  82
  83   /* The number of valid variable pairs */
  84   double n;
  85
  86   /* The sum of the members */
  87   double sum[2];
  88
  89   /* sum of squares of the members */
  90   double ssq[2];
  91
  92   /* Std deviation of the members */
  93   double std_dev[2];
  94
  95
  96   /* Sample Std deviation of the members */
  97   double s_std_dev[2];
  98
  99   /* The means of the members */
 100   double mean[2];
 101
 102   /* The correlation coefficient between the variables */
 103   double correlation;
 104
 105   /* The sum of the differences */
 106   double sum_of_diffs;
 107
 108   /* The sum of the products */
 109   double sum_of_prod;
 110
 111   /* The mean of the differences */
 112   double mean_diff;
 113
 114   /* The sum of the squares of the differences */
 115   double ssq_diffs;
 116
 117   /* The std deviation of the differences */
 118   double std_dev_diff;
 119 };
 120
 121 static struct pair *pairs=0;
 122
 123 static int parse_value (union value * v, int type) ;
 124
 125 /* Structures and Functions for the Statistics Summary Box */
 126 struct ssbox;
 127 typedef void populate_ssbox_func(struct ssbox *ssb,
 128                                             struct cmd_t_test *cmd);
 129 typedef void finalize_ssbox_func(struct ssbox *ssb);
 130
 131 struct ssbox
 132 {
 133   struct tab_table *t;
 134
 135   populate_ssbox_func *populate;
 136   finalize_ssbox_func *finalize;
 137
 138 };
 139
 140 /* Create a ssbox */
 141 void ssbox_create(struct ssbox *ssb,   struct cmd_t_test *cmd, int mode);
 142
 143 /* Populate a ssbox according to cmd */
 144 void ssbox_populate(struct ssbox *ssb, struct cmd_t_test *cmd);
 145
 146 /* Submit and destroy a ssbox */
 147 void ssbox_finalize(struct ssbox *ssb);
 148
 149 /* A function to create, populate and submit the Paired Samples Correlation
 150    box */
 151 void pscbox(void);
 152
 153
 154 /* Structures and Functions for the Test Results Box */
 155 struct trbox;
 156
 157 typedef void populate_trbox_func(struct trbox *trb,
 158                                  struct cmd_t_test *cmd);
 159 typedef void finalize_trbox_func(struct trbox *trb);
 160
 161 struct trbox {
 162   struct tab_table *t;
 163   populate_trbox_func *populate;
 164   finalize_trbox_func *finalize;
 165 };
 166
 167 /* Create a trbox */
 168 void trbox_create(struct trbox *trb,   struct cmd_t_test *cmd, int mode);
 169
 170 /* Populate a ssbox according to cmd */
 171 void trbox_populate(struct trbox *trb, struct cmd_t_test *cmd);
 172
 173 /* Submit and destroy a ssbox */
 174 void trbox_finalize(struct trbox *trb);
 175
 176 /* Which mode was T-TEST invoked */
 177 enum {
 178   T_1_SAMPLE = 0 ,
 179   T_IND_SAMPLES,
 180   T_PAIRED
 181 };
 182
 183
 184 static int common_calc (struct ccase *, void *);
 185 static void common_precalc (void *);
 186 static void common_postcalc (void *);
 187
 188 static int one_sample_calc (struct ccase *, void *);
 189 static void one_sample_precalc (void *);
 190 static void one_sample_postcalc (void *);
 191
 192 static int  paired_calc (struct ccase *, void *);
 193 static void paired_precalc (void *);
 194 static void paired_postcalc (void *);
 195
 196 static void group_precalc (void *);
 197 static int  group_calc (struct ccase *, void *);
 198 static void group_postcalc (void *);
 199
 200
 201 static int compare_var_name (const void *a_, const void *b_, void *v_ UNUSED);
 202 static unsigned hash_var_name (const void *a_, void *v_ UNUSED);
 203
 204
 205
 206 int
 207 cmd_t_test(void)
 208 {
 209   int mode;
 210
 211   struct ssbox stat_summary_box;
 212   struct trbox test_results_box;
 213
 214   if ( !parse_t_test(&cmd) )
 215     return CMD_FAILURE;
 216
 217   if (! cmd.sbc_criteria)
 218     cmd.criteria=0.95;
 219
 220   {
 221     int m=0;
 222     if (cmd.sbc_testval) ++m;
 223     if (cmd.sbc_groups) ++m;
 224     if (cmd.sbc_pairs) ++m;
 225
 226     if ( m != 1)
 227       {
 228         msg(SE,
 229             _("TESTVAL, GROUPS and PAIRS subcommands are mutually exclusive.")
 230             );
 231         return CMD_FAILURE;
 232       }
 233   }
 234
 235   if (cmd.sbc_testval)
 236     mode=T_1_SAMPLE;
 237   else if (cmd.sbc_groups)
 238     mode=T_IND_SAMPLES;
 239   else
 240     mode=T_PAIRED;
 241
 242   if ( mode == T_PAIRED)
 243     {
 244       if (cmd.sbc_variables)
 245         {
 246           msg(SE, _("VARIABLES subcommand is not appropriate with PAIRS"));
 247           return CMD_FAILURE;
 248         }
 249       else
 250         {
 251           /* Iterate through the pairs and put each variable that is a
 252              member of a pair into cmd.v_variables */
 253
 254           int i;
 255           struct hsh_iterator hi;
 256           struct hsh_table *hash;
 257           struct variable *v;
 258
 259           hash=hsh_create(n_pairs,compare_var_name,hash_var_name,0,0);
 260
 261           for (i=0; i < n_pairs; ++i)
 262             {
 263               hsh_insert(hash,pairs[i].v[0]);
 264               hsh_insert(hash,pairs[i].v[1]);
 265             }
 266
 267           assert(cmd.n_variables == 0);
 268           cmd.n_variables = hsh_count(hash);
 269
 270           cmd.v_variables = xrealloc(cmd.v_variables,
 271                                      sizeof(struct variable) * cmd.n_variables);
 272           /* Iterate through the hash */
 273           for (i=0,v = (struct variable *) hsh_first(hash,&hi);
 274                v != 0;
 275                v=hsh_next(hash,&hi) )
 276             cmd.v_variables[i++]=v;
 277
 278           hsh_destroy(hash);
 279         }
 280     }
 281   else if ( !cmd.sbc_variables)
 282     {
 283       msg(SE, _("One or more VARIABLES must be specified."));
 284       return CMD_FAILURE;
 285     }
 286
 287
 288   /* If /MISSING=INCLUDE is set, then user missing values are ignored */
 289   if (cmd.incl == TTS_INCLUDE )
 290     value_is_missing = is_system_missing;
 291   else
 292     value_is_missing = is_missing;
 293
 294   procedure_with_splits (common_precalc, common_calc, common_postcalc, NULL);
 295
 296   switch(mode)
 297     {
 298     case T_1_SAMPLE:
 299       procedure_with_splits (one_sample_precalc, one_sample_calc,
 300                              one_sample_postcalc, NULL);
 301       break;
 302     case T_PAIRED:
 303       procedure_with_splits (paired_precalc, paired_calc, paired_postcalc,
 304                              NULL);
 305       break;
 306     case T_IND_SAMPLES:
 307       procedure_with_splits(group_precalc,group_calc,group_postcalc, NULL);
 308       levene(indep_var, cmd.n_variables, cmd.v_variables,
 309              (cmd.miss == TTS_LISTWISE)?LEV_LISTWISE:LEV_ANALYSIS ,
 310              value_is_missing);
 311       break;
 312     }
 313
 314   ssbox_create(&stat_summary_box,&cmd,mode);
 315   ssbox_populate(&stat_summary_box,&cmd);
 316   ssbox_finalize(&stat_summary_box);
 317
 318   if ( mode == T_PAIRED)
 319       pscbox();
 320
 321   trbox_create(&test_results_box,&cmd,mode);
 322   trbox_populate(&test_results_box,&cmd);
 323   trbox_finalize(&test_results_box);
 324
 325   n_pairs=0;
 326   free(pairs);
 327   pairs=0;
 328
 329   if ( mode == T_IND_SAMPLES)
 330     {
 331       int i;
 332       /* Destroy any group statistics we created */
 333       for (i= 0 ; i < cmd.n_variables ; ++i )
 334         {
 335           free(cmd.v_variables[i]->p.t_t.gs);
 336         }
 337     }
 338
 339   return CMD_SUCCESS;
 340 }
 341
 342 static int
 343 tts_custom_groups (struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
 344 {
 345
 346   lex_match('=');
 347
 348   if (token != T_ALL &&
 349       (token != T_ID || dict_lookup_var (default_dict, tokid) == NULL)
 350      )
 351   {
 352     msg(SE,_("`%s' is not a variable name"),tokid);
 353     return 0;
 354   }
 355
 356   indep_var = parse_variable ();
 357   if (!indep_var)
 358     {
 359       lex_error ("expecting variable name in GROUPS subcommand");
 360       return 0;
 361     }
 362
 363   if (indep_var->type == T_STRING && indep_var->width > MAX_SHORT_STRING)
 364     {
 365       msg (SE, _("Long string variable %s is not valid here."),
 366            indep_var->name);
 367       return 0;
 368     }
 369
 370   if (!lex_match ('('))
 371     {
 372       if (indep_var->type == NUMERIC)
 373         {
 374           groups_values[0].f = 1;
 375           groups_values[1].f = 2;
 376           criteria[0] = criteria[1] = CMP_EQ;
 377           n_group_values = 2;
 378           return 1;
 379         }
 380       else
 381         {
 382           msg (SE, _("When applying GROUPS to a string variable, at "
 383                      "least one value must be specified."));
 384           return 0;
 385         }
 386     }
 387
 388   if (!parse_value (&groups_values[0],indep_var->type))
 389       return 0;
 390
 391   lex_match (',');
 392   if (lex_match (')'))
 393     {
 394       criteria[0] =  CMP_LE;
 395       criteria[1] =  CMP_GT;
 396       groups_values[1] = groups_values[0];
 397       n_group_values = 1;
 398       return 1;
 399     }
 400
 401   if (!parse_value (&groups_values[1],indep_var->type))
 402     return 0;
 403
 404   n_group_values = 2;
 405   if (!lex_force_match (')'))
 406     return 0;
 407
 408   criteria[0] = criteria[1] = CMP_EQ;
 409   return 1;
 410 }
 411
 412
 413 static int
 414 tts_custom_pairs (struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
 415 {
 416   struct variable **vars;
 417   int n_vars;
 418   int n_pairs_local;
 419
 420   int n_before_WITH ;
 421   int n_after_WITH = -1;
 422   int paired ; /* Was the PAIRED keyword given ? */
 423
 424   lex_match('=');
 425
 426   if ((token != T_ID || dict_lookup_var (default_dict, tokid) == NULL)
 427       && token != T_ALL)
 428     {
 429       msg(SE,_("`%s' is not a variable name"),tokid);
 430       return 0;
 431     }
 432
 433   n_vars=0;
 434   if (!parse_variables (default_dict, &vars, &n_vars,
 435                         PV_DUPLICATE | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH))
 436     {
 437       free (vars);
 438       return 0;
 439     }
 440   assert (n_vars);
 441
 442   n_before_WITH=0;
 443   if (lex_match (T_WITH))
 444     {
 445       n_before_WITH = n_vars;
 446       if (!parse_variables (default_dict, &vars, &n_vars,
 447                             PV_DUPLICATE | PV_APPEND
 448                             | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH))
 449         {
 450           free (vars);
 451           return 0;
 452         }
 453       n_after_WITH = n_vars - n_before_WITH;
 454     }
 455
 456   paired = (lex_match ('(') && lex_match_id ("PAIRED") && lex_match (')'));
 457
 458   /* Determine the number of pairs needed */
 459   if (paired)
 460     {
 461       if (n_before_WITH != n_after_WITH)
 462         {
 463           free (vars);
 464           msg (SE, _("PAIRED was specified but the number of variables "
 465                      "preceding WITH (%d) did not match the number "
 466                      "following (%d)."),
 467                n_before_WITH, n_after_WITH );
 468           return 0;
 469         }
 470       n_pairs_local=n_before_WITH;
 471     }
 472   else if (n_before_WITH > 0) /* WITH keyword given, but not PAIRED keyword */
 473     {
 474       n_pairs_local=n_before_WITH * n_after_WITH ;
 475     }
 476   else /* Neither WITH nor PAIRED keyword given */
 477     {
 478       if (n_vars < 2)
 479         {
 480           free (vars);
 481           msg (SE, _("At least two variables must be specified "
 482                      "on PAIRS."));
 483           return 0;
 484         }
 485
 486       /* how many ways can you pick 2 from n_vars ? */
 487       n_pairs_local = n_vars * (n_vars -1 ) /2 ;
 488     }
 489
 490
 491   /* Allocate storage for the pairs */
 492   pairs = xrealloc(pairs, sizeof(struct pair) * (n_pairs + n_pairs_local) );
 493
 494   /* Populate the pairs with the appropriate variables */
 495   if ( paired )
 496     {
 497       int i;
 498
 499       assert(n_pairs_local == n_vars/2);
 500       for (i = 0; i < n_pairs_local ; ++i)
 501         {
 502           pairs[i].v[n_pairs+0] = vars[i];
 503           pairs[i].v[n_pairs+1] = vars[i+n_pairs_local];
 504         }
 505     }
 506   else if (n_before_WITH > 0) /* WITH keyword given, but not PAIRED keyword */
 507     {
 508       int i,j;
 509       int p=n_pairs;
 510
 511       for(i=0 ; i < n_before_WITH ; ++i )
 512         {
 513           for(j=0 ; j < n_after_WITH ; ++j)
 514             {
 515               pairs[p].v[0] = vars[i];
 516               pairs[p].v[1] = vars[j+n_before_WITH];
 517               ++p;
 518             }
 519         }
 520     }
 521   else /* Neither WITH nor PAIRED given */
 522     {
 523       int i,j;
 524       int p=n_pairs;
 525
 526       for(i=0 ; i < n_vars ; ++i )
 527         {
 528           for(j=i+1 ; j < n_vars ; ++j)
 529             {
 530               pairs[p].v[0] = vars[i];
 531               pairs[p].v[1] = vars[j];
 532               ++p;
 533             }
 534         }
 535     }
 536
 537   n_pairs+=n_pairs_local;
 538
 539   return 1;
 540 }
 541
 542 /* Parses the current token (numeric or string, depending on type)
 543     value v and returns success. */
 544 static int
 545 parse_value (union value * v, int type )
 546 {
 547   if (type == NUMERIC)
 548     {
 549       if (!lex_force_num ())
 550         return 0;
 551       v->f = tokval;
 552     }
 553   else
 554     {
 555       if (!lex_force_string ())
 556         return 0;
 557       strncpy (v->s, ds_value (&tokstr), ds_length (&tokstr));
 558     }
 559
 560   lex_get ();
 561
 562   return 1;
 563 }
 564
 565
 566 /* Implementation of the SSBOX object */
 567
 568 void ssbox_base_init(struct ssbox *this, int cols,int rows);
 569
 570 void ssbox_base_finalize(struct ssbox *ssb);
 571
 572 void ssbox_one_sample_init(struct ssbox *this,
 573                            struct cmd_t_test *cmd );
 574
 575 void ssbox_independent_samples_init(struct ssbox *this,
 576                                     struct cmd_t_test *cmd);
 577
 578 void ssbox_paired_init(struct ssbox *this,
 579                            struct cmd_t_test *cmd);
 580
 581 /* Factory to create an ssbox */
 582 void
 583 ssbox_create(struct ssbox *ssb, struct cmd_t_test *cmd, int mode)
 584 {
 585     switch (mode)
 586       {
 587       case T_1_SAMPLE:
 588         ssbox_one_sample_init(ssb,cmd);
 589         break;
 590       case T_IND_SAMPLES:
 591         ssbox_independent_samples_init(ssb,cmd);
 592         break;
 593       case T_PAIRED:
 594         ssbox_paired_init(ssb,cmd);
 595         break;
 596       default:
 597         assert(0);
 598       }
 599 }
 600
 601
 602 /* Despatcher for the populate method */
 603 void
 604 ssbox_populate(struct ssbox *ssb,struct cmd_t_test *cmd)
 605 {
 606   ssb->populate(ssb,cmd);
 607 }
 608
 609
 610 /* Despatcher for finalize */
 611 void
 612 ssbox_finalize(struct ssbox *ssb)
 613 {
 614   ssb->finalize(ssb);
 615 }
 616
 617
 618 /* Submit the box and clear up */
 619 void
 620 ssbox_base_finalize(struct ssbox *ssb)
 621 {
 622   tab_submit(ssb->t);
 623 }
 624
 625 /* Initialize a ssbox struct */
 626 void
 627 ssbox_base_init(struct ssbox *this, int cols,int rows)
 628 {
 629   this->finalize = ssbox_base_finalize;
 630   this->t = tab_create (cols, rows, 0);
 631
 632   tab_columns (this->t, SOM_COL_DOWN, 1);
 633   tab_headers (this->t,0,0,1,0);
 634   tab_box (this->t, TAL_2, TAL_2, TAL_0, TAL_1, 0, 0, cols -1, rows -1 );
 635   tab_hline(this->t, TAL_2,0,cols-1,1);
 636   tab_dim (this->t, tab_natural_dimensions);
 637 }
 638
 639 void  ssbox_one_sample_populate(struct ssbox *ssb,
 640                               struct cmd_t_test *cmd);
 641
 642 /* Initialize the one_sample ssbox */
 643 void
 644 ssbox_one_sample_init(struct ssbox *this,
 645                            struct cmd_t_test *cmd )
 646 {
 647   const int hsize=5;
 648   const int vsize=cmd->n_variables+1;
 649
 650   this->populate = ssbox_one_sample_populate;
 651
 652   ssbox_base_init(this, hsize,vsize);
 653   tab_title (this->t, 0, _("One-Sample Statistics"));
 654   tab_vline(this->t, TAL_2, 1,0,vsize);
 655   tab_text (this->t, 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 656   tab_text (this->t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 657   tab_text (this->t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 658   tab_text (this->t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("SE. Mean"));
 659 }
 660
 661 void ssbox_independent_samples_populate(struct ssbox *ssb,
 662                                         struct cmd_t_test *cmd);
 663
 664 /* Initialize the independent samples ssbox */
 665 void
 666 ssbox_independent_samples_init(struct ssbox *this,
 667         struct cmd_t_test *cmd)
 668 {
 669   int hsize=6;
 670   int vsize = cmd->n_variables*2 +1;
 671
 672   this->populate = ssbox_independent_samples_populate;
 673
 674   ssbox_base_init(this, hsize,vsize);
 675   tab_title (this->t, 0, _("Group Statistics"));
 676   tab_vline(this->t,0,1,0,vsize);
 677   tab_text (this->t, 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, indep_var->name);
 678   tab_text (this->t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 679   tab_text (this->t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 680   tab_text (this->t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 681   tab_text (this->t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("SE. Mean"));
 682 }
 683
 684
 685 /* Populate the ssbox for independent samples */
 686 void
 687 ssbox_independent_samples_populate(struct ssbox *ssb,
 688                               struct cmd_t_test *cmd)
 689 {
 690   int i;
 691
 692   char *val_lab0=0;
 693   char *val_lab1=0;
 694
 695   char prefix[2][3]={"",""};
 696
 697   if ( indep_var->type == NUMERIC )
 698     {
 699       val_lab0 = val_labs_find( indep_var->val_labs,groups_values[0]);
 700       val_lab1 = val_labs_find( indep_var->val_labs,groups_values[1]);
 701     }
 702   else
 703     {
 704       val_lab0 = groups_values[0].s;
 705       val_lab1 = groups_values[1].s;
 706     }
 707
 708   if (n_group_values == 1)
 709     {
 710       strcpy(prefix[0],"< ");
 711       strcpy(prefix[1],">=");
 712     }
 713
 714   assert(ssb->t);
 715
 716   for (i=0; i < cmd->n_variables; ++i)
 717     {
 718       int g;
 719
 720       tab_text (ssb->t, 0, i*2+1, TAB_LEFT, cmd->v_variables[i]->name);
 721
 722       if (val_lab0)
 723         tab_text (ssb->t, 1, i*2+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF,
 724                   "%s%s", prefix[0], val_lab0);
 725       else
 726         tab_text (ssb->t, 1, i*2+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF,
 727                   "%s%g", prefix[0], groups_values[0].f);
 728
 729
 730       if (val_lab1)
 731         tab_text (ssb->t, 1, i*2+1+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF,
 732                   "%s%s", prefix[1], val_lab1);
 733       else
 734         tab_text (ssb->t, 1, i*2+1+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF,
 735                   "%s%g", prefix[1], groups_values[1].f);
 736
 737       /* Fill in the group statistics */
 738       for ( g=0; g < 2 ; ++g )
 739         {
 740           struct group_statistics *gs = &cmd->v_variables[i]->p.t_t.gs[g];
 741
 742           tab_float(ssb->t, 2 ,i*2+g+1, TAB_RIGHT, gs->n, 2, 0);
 743           tab_float(ssb->t, 3 ,i*2+g+1, TAB_RIGHT, gs->mean, 8, 2);
 744           tab_float(ssb->t, 4 ,i*2+g+1, TAB_RIGHT, gs->std_dev, 8, 3);
 745           tab_float(ssb->t, 5 ,i*2+g+1, TAB_RIGHT, gs->se_mean, 8, 3);
 746         }
 747     }
 748 }
 749
 750
 751 void ssbox_paired_populate(struct ssbox *ssb,
 752                            struct cmd_t_test *cmd);
 753
 754 /* Initialize the paired values ssbox */
 755 void
 756 ssbox_paired_init(struct ssbox *this, struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
 757 {
 758   int hsize=6;
 759
 760   int vsize = n_pairs*2+1;
 761
 762   this->populate = ssbox_paired_populate;
 763
 764   ssbox_base_init(this, hsize,vsize);
 765   tab_title (this->t, 0, _("Paired Sample Statistics"));
 766   tab_vline(this->t,TAL_0,1,0,vsize-1);
 767   tab_vline(this->t,TAL_2,2,0,vsize-1);
 768   tab_text (this->t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 769   tab_text (this->t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 770   tab_text (this->t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 771   tab_text (this->t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("SE. Mean"));
 772 }
 773
 774
 775 /* Populate the ssbox for paired values */
 776 void
 777 ssbox_paired_populate(struct ssbox *ssb,struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
 778 {
 779   int i;
 780
 781   assert(ssb->t);
 782
 783   for (i=0; i < n_pairs; ++i)
 784     {
 785       int j;
 786
 787       tab_text (ssb->t, 0, i*2+1, TAB_LEFT | TAT_PRINTF , _("Pair %d"),i);
 788
 789       for (j=0 ; j < 2 ; ++j)
 790         {
 791           struct group_statistics *gs;
 792
 793           gs=&pairs[i].v[j]->p.t_t.ugs;
 794
 795           /* Titles */
 796
 797           tab_text (ssb->t, 1, i*2+j+1, TAB_LEFT, pairs[i].v[j]->name);
 798
 799           /* Values */
 800           tab_float (ssb->t,2, i*2+j+1, TAB_RIGHT, pairs[i].mean[j], 8, 2);
 801           tab_float (ssb->t,3, i*2+j+1, TAB_RIGHT, pairs[i].n, 2, 0);
 802           tab_float (ssb->t,4, i*2+j+1, TAB_RIGHT, pairs[i].std_dev[j], 8, 3);
 803           tab_float (ssb->t,5, i*2+j+1, TAB_RIGHT, pairs[i].std_dev[j]/sqrt(pairs[i].n), 8, 3);
 804
 805         }
 806     }
 807 }
 808
 809 /* Populate the one sample ssbox */
 810 void
 811 ssbox_one_sample_populate(struct ssbox *ssb, struct cmd_t_test *cmd)
 812 {
 813   int i;
 814
 815   assert(ssb->t);
 816
 817   for (i=0; i < cmd->n_variables; ++i)
 818     {
 819       struct group_statistics *gs;
 820       gs= &cmd->v_variables[i]->p.t_t.ugs;
 821
 822       tab_text (ssb->t, 0, i+1, TAB_LEFT, cmd->v_variables[i]->name);
 823       tab_float (ssb->t,1, i+1, TAB_RIGHT, gs->n, 2, 0);
 824       tab_float (ssb->t,2, i+1, TAB_RIGHT, gs->mean, 8, 2);
 825       tab_float (ssb->t,3, i+1, TAB_RIGHT, gs->std_dev, 8, 2);
 826       tab_float (ssb->t,4, i+1, TAB_RIGHT, gs->se_mean, 8, 3);
 827     }
 828
 829 }
 830
 831
 832
 833 /* Implementation of the Test Results box struct */
 834
 835 void trbox_base_init(struct trbox *self,int n_vars, int cols);
 836 void trbox_base_finalize(struct trbox *trb);
 837
 838 void trbox_independent_samples_init(struct trbox *trb,
 839                                     struct cmd_t_test *cmd );
 840
 841 void trbox_independent_samples_populate(struct trbox *trb,
 842                                         struct cmd_t_test *cmd);
 843
 844 void trbox_one_sample_init(struct trbox *self,
 845                       struct cmd_t_test *cmd );
 846
 847 void trbox_one_sample_populate(struct trbox *trb,
 848                                struct cmd_t_test *cmd);
 849
 850 void trbox_paired_init(struct trbox *self,
 851                        struct cmd_t_test *cmd );
 852
 853 void trbox_paired_populate(struct trbox *trb,
 854                       struct cmd_t_test *cmd);
 855
 856
 857
 858 /* Create a trbox according to mode*/
 859 void
 860 trbox_create(struct trbox *trb,
 861              struct cmd_t_test *cmd, int mode)
 862 {
 863     switch (mode)
 864       {
 865       case T_1_SAMPLE:
 866         trbox_one_sample_init(trb,cmd);
 867         break;
 868       case T_IND_SAMPLES:
 869         trbox_independent_samples_init(trb,cmd);
 870         break;
 871       case T_PAIRED:
 872         trbox_paired_init(trb,cmd);
 873         break;
 874       default:
 875         assert(0);
 876       }
 877 }
 878
 879 /* Populate a trbox according to cmd */
 880 void
 881 trbox_populate(struct trbox *trb, struct cmd_t_test *cmd)
 882 {
 883   trb->populate(trb,cmd);
 884 }
 885
 886 /* Submit and destroy a trbox */
 887 void
 888 trbox_finalize(struct trbox *trb)
 889 {
 890   trb->finalize(trb);
 891 }
 892
 893 /* Initialize the independent samples trbox */
 894 void
 895 trbox_independent_samples_init(struct trbox *self,
 896                            struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
 897 {
 898   const int hsize=11;
 899   const int vsize=cmd->n_variables*2+3;
 900
 901   assert(self);
 902   self->populate = trbox_independent_samples_populate;
 903
 904   trbox_base_init(self,cmd->n_variables*2,hsize);
 905   tab_title(self->t,0,_("Independent Samples Test"));
 906   tab_hline(self->t,TAL_1,2,hsize-1,1);
 907   tab_vline(self->t,TAL_2,2,0,vsize-1);
 908   tab_vline(self->t,TAL_1,4,0,vsize-1);
 909   tab_box(self->t,-1,-1,-1,TAL_1, 2,1,hsize-2,vsize-1);
 910   tab_hline(self->t,TAL_1, hsize-2,hsize-1,2);
 911   tab_box(self->t,-1,-1,-1,TAL_1, hsize-2,2,hsize-1,vsize-1);
 912   tab_joint_text(self->t, 2, 0, 3, 0,
 913                  TAB_CENTER,_("Levene's Test for Equality of Variances"));
 914   tab_joint_text(self->t, 4,0,hsize-1,0,
 915                  TAB_CENTER,_("t-test for Equality of Means"));
 916
 917   tab_text(self->t,2,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("F"));
 918   tab_text(self->t,3,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Sig."));
 919   tab_text(self->t,4,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("t"));
 920   tab_text(self->t,5,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("df"));
 921   tab_text(self->t,6,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Sig. (2-tailed)"));
 922   tab_text(self->t,7,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Mean Difference"));
 923   tab_text(self->t,8,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Std. Error Difference"));
 924   tab_text(self->t,9,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Lower"));
 925   tab_text(self->t,10,2, TAB_CENTER | TAT_TITLE,_("Upper"));
 926
 927   tab_joint_text(self->t, 9, 1, 10, 1, TAB_CENTER | TAT_PRINTF,
 928                  _("%d%% Confidence Interval of the Difference"),
 929                  (int)round(cmd->criteria*100.0));
 930
 931 }
 932
 933 /* Populate the independent samples trbox */
 934 void
 935 trbox_independent_samples_populate(struct trbox *self,
 936                                    struct cmd_t_test *cmd )
 937 {
 938   int i;
 939
 940   assert(self);
 941   for (i=0; i < cmd->n_variables; ++i)
 942     {
 943       double p,q;
 944
 945       double t;
 946       double df;
 947
 948       double df1, df2;
 949
 950       double pooled_variance;
 951       double std_err_diff;
 952       double mean_diff;
 953
 954       struct group_statistics *gs0 = &cmd->v_variables[i]->p.t_t.gs[0];
 955       struct group_statistics *gs1 = &cmd->v_variables[i]->p.t_t.gs[1];
 956
 957       tab_text (self->t, 0, i*2+3, TAB_LEFT, cmd->v_variables[i]->name);
 958
 959       tab_text (self->t, 1, i*2+3, TAB_LEFT, _("Equal variances assumed"));
 960
 961
 962       tab_float(self->t, 2, i*2+3, TAB_CENTER,
 963                 cmd->v_variables[i]->p.t_t.levene, 8,3);
 964
 965
 966       /* Now work out the significance of the Levene test */
 967       df1 = 1; df2 = cmd->v_variables[i]->p.t_t.ugs.n - 2;
 968       q = gsl_cdf_fdist_Q(cmd->v_variables[i]->p.t_t.levene, df1, df2);
 969
 970       tab_float(self->t, 3, i*2+3, TAB_CENTER, q, 8,3 );
 971
 972       df = gs0->n + gs1->n - 2.0 ;
 973       tab_float (self->t, 5, i*2+3, TAB_RIGHT, df, 2, 0);
 974
 975       pooled_variance = ( (gs0->n )*sqr(gs0->s_std_dev)
 976                           +
 977                           (gs1->n )*sqr(gs1->s_std_dev)
 978                         ) / df  ;
 979
 980       t = (gs0->mean - gs1->mean) / sqrt(pooled_variance) ;
 981       t /= sqrt((gs0->n + gs1->n)/(gs0->n*gs1->n));
 982
 983       tab_float (self->t, 4, i*2+3, TAB_RIGHT, t, 8, 3);
 984
 985       p = gsl_cdf_tdist_P(t, df);
 986       q = gsl_cdf_tdist_Q(t, df);
 987
 988       tab_float(self->t, 6, i*2+3, TAB_RIGHT, 2.0*(t>0?q:p) , 8, 3);
 989
 990       mean_diff = gs0->mean - gs1->mean;
 991       tab_float(self->t, 7, i*2+3, TAB_RIGHT, mean_diff, 8, 3);
 992
 993
 994       std_err_diff = sqrt( sqr(gs0->se_mean) + sqr(gs1->se_mean));
 995       tab_float(self->t, 8, i*2+3, TAB_RIGHT, std_err_diff, 8, 3);
 996
 997
 998       /* Now work out the confidence interval */
 999       q = (1 - cmd->criteria)/2.0;  /* 2-tailed test */
1000
1001       t = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,df);
1002
1003       tab_float(self->t, 9, i*2+3, TAB_RIGHT,
1004                 mean_diff - t * std_err_diff, 8, 3);
1005
1006       tab_float(self->t, 10, i*2+3, TAB_RIGHT,
1007                 mean_diff + t * std_err_diff, 8, 3);
1008
1009
1010       {
1011         double se2;
1012       /* Now for the \sigma_1 != \sigma_2 case */
1013       tab_text (self->t, 1, i*2+3+1,
1014                 TAB_LEFT, _("Equal variances not assumed"));
1015
1016
1017       se2 = (sqr(gs0->s_std_dev)/(gs0->n -1) ) +
1018         (sqr(gs1->s_std_dev)/(gs1->n -1) );
1019
1020       t = mean_diff / sqrt(se2) ;
1021       tab_float (self->t, 4, i*2+3+1, TAB_RIGHT, t, 8, 3);
1022
1023       df = sqr(se2) / (
1024                        (sqr(sqr(gs0->s_std_dev)/(gs0->n - 1 ))
1025                         /(gs0->n -1 )
1026                         )
1027                        +
1028                        (sqr(sqr(gs1->s_std_dev)/(gs1->n - 1 ))
1029                         /(gs1->n -1 )
1030                         )
1031                        ) ;
1032       tab_float (self->t, 5, i*2+3+1, TAB_RIGHT, df, 8, 3);
1033
1034       p = gsl_cdf_tdist_P(t, df);
1035       q = gsl_cdf_tdist_Q(t, df);
1036
1037       tab_float(self->t, 6, i*2+3+1, TAB_RIGHT, 2.0*(t>0?q:p) , 8, 3);
1038
1039       /* Now work out the confidence interval */
1040       q = (1 - cmd->criteria)/2.0;  /* 2-tailed test */
1041
1042       t = gsl_cdf_tdist_Qinv(q, df);
1043
1044       tab_float(self->t, 7, i*2+3+1, TAB_RIGHT, mean_diff, 8, 3);
1045
1046
1047       tab_float(self->t, 8, i*2+3+1, TAB_RIGHT, std_err_diff, 8, 3);
1048
1049
1050       tab_float(self->t, 9, i*2+3+1, TAB_RIGHT,
1051                 mean_diff - t * std_err_diff, 8, 3);
1052
1053       tab_float(self->t, 10, i*2+3+1, TAB_RIGHT,
1054                 mean_diff + t * std_err_diff, 8, 3);
1055
1056       }
1057     }
1058 }
1059
1060 /* Initialize the paired samples trbox */
1061 void
1062 trbox_paired_init(struct trbox *self,
1063                            struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
1064 {
1065
1066   const int hsize=10;
1067   const int vsize=n_pairs+3;
1068
1069   self->populate = trbox_paired_populate;
1070
1071   trbox_base_init(self,n_pairs,hsize);
1072   tab_title (self->t, 0, _("Paired Samples Test"));
1073   tab_hline(self->t,TAL_1,2,6,1);
1074   tab_vline(self->t,TAL_2,2,0,vsize);
1075   tab_joint_text(self->t,2,0,6,0,TAB_CENTER,_("Paired Differences"));
1076   tab_box(self->t,-1,-1,-1,TAL_1, 2,1,6,vsize-1);
1077   tab_box(self->t,-1,-1,-1,TAL_1, 6,0,hsize-1,vsize-1);
1078   tab_hline(self->t,TAL_1,5,6, 2);
1079   tab_vline(self->t,TAL_0,6,0,1);
1080
1081   tab_joint_text(self->t, 5, 1, 6, 1, TAB_CENTER | TAT_PRINTF,
1082                  _("%d%% Confidence Interval of the Difference"),
1083                  (int)round(cmd->criteria*100.0));
1084
1085   tab_text (self->t, 2, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
1086   tab_text (self->t, 3, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
1087   tab_text (self->t, 4, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error Mean"));
1088   tab_text (self->t, 5, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower"));
1089   tab_text (self->t, 6, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper"));
1090   tab_text (self->t, 7, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
1091   tab_text (self->t, 8, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
1092   tab_text (self->t, 9, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
1093 }
1094
1095 /* Populate the paired samples trbox */
1096 void
1097 trbox_paired_populate(struct trbox *trb,
1098                               struct cmd_t_test *cmd UNUSED)
1099 {
1100   int i;
1101
1102   for (i=0; i < n_pairs; ++i)
1103     {
1104       double p,q;
1105       double se_mean;
1106
1107       double n = pairs[i].n;
1108       double t;
1109       double df = n - 1;
1110
1111       tab_text (trb->t, 0, i+3, TAB_LEFT | TAT_PRINTF, _("Pair %d"),i);
1112
1113       tab_text (trb->t, 1, i+3, TAB_LEFT | TAT_PRINTF, "%s - %s",
1114                 pairs[i].v[0]->name, pairs[i].v[1]->name);
1115
1116       tab_float(trb->t, 2, i+3, TAB_RIGHT, pairs[i].mean_diff, 8, 4);
1117
1118       tab_float(trb->t, 3, i+3, TAB_RIGHT, pairs[i].std_dev_diff, 8, 5);
1119
1120       /* SE Mean */
1121       se_mean = pairs[i].std_dev_diff / sqrt(n) ;
1122       tab_float(trb->t, 4, i+3, TAB_RIGHT, se_mean, 8,5 );
1123
1124       /* Now work out the confidence interval */
1125       q = (1 - cmd->criteria)/2.0;  /* 2-tailed test */
1126
1127       t = gsl_cdf_tdist_Qinv(q, df);
1128
1129       tab_float(trb->t, 5, i+3, TAB_RIGHT,
1130                 pairs[i].mean_diff - t * se_mean , 8, 4);
1131
1132       tab_float(trb->t, 6, i+3, TAB_RIGHT,
1133                 pairs[i].mean_diff + t * se_mean , 8, 4);
1134
1135       t = (pairs[i].mean[0] - pairs[i].mean[1])
1136         / sqrt (
1137                 ( sqr (pairs[i].s_std_dev[0]) + sqr (pairs[i].s_std_dev[1]) -
1138                   2 * pairs[i].correlation *
1139                   pairs[i].s_std_dev[0] * pairs[i].s_std_dev[1] )
1140                 / (n - 1)
1141                 );
1142
1143       tab_float(trb->t, 7, i+3, TAB_RIGHT, t , 8,3 );
1144
1145       /* Degrees of freedom */
1146       tab_float(trb->t, 8, i+3, TAB_RIGHT, df , 2, 0 );
1147
1148       p = gsl_cdf_tdist_P(t,df);
1149       q = gsl_cdf_tdist_P(t,df);
1150
1151       tab_float(trb->t, 9, i+3, TAB_RIGHT, 2.0*(t>0?q:p) , 8, 3);
1152
1153     }
1154 }
1155
1156 /* Initialize the one sample trbox */
1157 void
1158 trbox_one_sample_init(struct trbox *self, struct cmd_t_test *cmd )
1159 {
1160   const int hsize=7;
1161   const int vsize=cmd->n_variables+3;
1162
1163   self->populate = trbox_one_sample_populate;
1164
1165   trbox_base_init(self, cmd->n_variables,hsize);
1166   tab_title (self->t, 0, _("One-Sample Test"));
1167   tab_hline(self->t, TAL_1, 1, hsize - 1, 1);
1168   tab_vline(self->t, TAL_2, 1, 0, vsize);
1169
1170   tab_joint_text(self->t, 1, 0, hsize-1,0, TAB_CENTER | TAT_PRINTF,
1171                  _("Test Value = %f"),cmd->n_testval);
1172
1173   tab_box(self->t, -1, -1, -1, TAL_1, 1,1,hsize-1,vsize-1);
1174
1175
1176   tab_joint_text(self->t,5,1,6,1,TAB_CENTER  | TAT_PRINTF,
1177                  _("%d%% Confidence Interval of the Difference"),
1178                  (int)round(cmd->criteria*100.0));
1179
1180   tab_vline(self->t,TAL_0,6,1,1);
1181   tab_hline(self->t,TAL_1,5,6,2);
1182   tab_text (self->t, 1, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
1183   tab_text (self->t, 2, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
1184   tab_text (self->t, 3, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
1185   tab_text (self->t, 4, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean Difference"));
1186   tab_text (self->t, 5, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower"));
1187   tab_text (self->t, 6, 2, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper"));
1188
1189 }
1190
1191
1192 /* Populate the one sample trbox */
1193 void
1194 trbox_one_sample_populate(struct trbox *trb, struct cmd_t_test *cmd)
1195 {
1196   int i;
1197
1198   assert(trb->t);
1199
1200   for (i=0; i < cmd->n_variables; ++i)
1201     {
1202       double t;
1203       double p,q;
1204       double df;
1205       struct group_statistics *gs;
1206       gs= &cmd->v_variables[i]->p.t_t.ugs;
1207
1208
1209       tab_text (trb->t, 0, i+3, TAB_LEFT, cmd->v_variables[i]->name);
1210
1211       t = (gs->mean - cmd->n_testval ) * sqrt(gs->n) / gs->std_dev ;
1212
1213       tab_float (trb->t, 1, i+3, TAB_RIGHT, t, 8,3);
1214
1215       /* degrees of freedom */
1216       df = gs->n - 1;
1217
1218       tab_float (trb->t, 2, i+3, TAB_RIGHT, df, 8,0);
1219
1220       p = gsl_cdf_tdist_P(t, df);
1221       q = gsl_cdf_tdist_Q(t, df);
1222
1223       /* Multiply by 2 to get 2-tailed significance, makeing sure we've got
1224          the correct tail*/
1225       tab_float (trb->t, 3, i+3, TAB_RIGHT, 2.0*(t>0?q:p), 8,3);
1226
1227       tab_float (trb->t, 4, i+3, TAB_RIGHT, gs->mean_diff, 8,3);
1228
1229
1230       q = (1 - cmd->criteria)/2.0;  /* 2-tailed test */
1231       t = gsl_cdf_tdist_Qinv(q, df);
1232
1233       tab_float (trb->t, 5, i+3, TAB_RIGHT,
1234                  gs->mean_diff - t * gs->se_mean, 8,4);
1235
1236       tab_float (trb->t, 6, i+3, TAB_RIGHT,
1237                  gs->mean_diff + t * gs->se_mean, 8,4);
1238     }
1239 }
1240
1241 /* Base initializer for the generalized trbox */
1242 void
1243 trbox_base_init(struct trbox *self, int data_rows, int cols)
1244 {
1245   const int rows = 3 + data_rows;
1246
1247   self->finalize = trbox_base_finalize;
1248   self->t = tab_create (cols, rows, 0);
1249   tab_headers (self->t,0,0,3,0);
1250   tab_box (self->t, TAL_2, TAL_2, TAL_0, TAL_0, 0, 0, cols -1, rows -1);
1251   tab_hline(self->t, TAL_2,0,cols-1,3);
1252   tab_dim (self->t, tab_natural_dimensions);
1253 }
1254
1255
1256 /* Base finalizer for the trbox */
1257 void
1258 trbox_base_finalize(struct trbox *trb)
1259 {
1260   tab_submit(trb->t);
1261 }
1262
1263
1264 /* Create , populate and submit the Paired Samples Correlation box */
1265 void
1266 pscbox(void)
1267 {
1268   const int rows=1+n_pairs;
1269   const int cols=5;
1270   int i;
1271
1272   struct tab_table *table;
1273
1274   table = tab_create (cols,rows,0);
1275
1276   tab_columns (table, SOM_COL_DOWN, 1);
1277   tab_headers (table,0,0,1,0);
1278   tab_box (table, TAL_2, TAL_2, TAL_0, TAL_1, 0, 0, cols -1, rows -1 );
1279   tab_hline(table, TAL_2, 0, cols - 1, 1);
1280   tab_vline(table, TAL_2, 2, 0, rows - 1);
1281   tab_dim(table, tab_natural_dimensions);
1282   tab_title(table, 0, _("Paired Samples Correlations"));
1283
1284   /* column headings */
1285   tab_text(table, 2,0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
1286   tab_text(table, 3,0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Correlation"));
1287   tab_text(table, 4,0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig."));
1288
1289   for (i=0; i < n_pairs; ++i)
1290     {
1291       double p,q;
1292
1293       double df = pairs[i].n -2;
1294
1295       double correlation_t =
1296         pairs[i].correlation * sqrt(df) /
1297         sqrt(1 - sqr(pairs[i].correlation));
1298
1299
1300       /* row headings */
1301       tab_text(table, 0,i+1, TAB_LEFT | TAT_TITLE | TAT_PRINTF,
1302                _("Pair %d"), i);
1303
1304       tab_text(table, 1,i+1, TAB_LEFT | TAT_TITLE | TAT_PRINTF,
1305                _("%s & %s"), pairs[i].v[0]->name, pairs[i].v[1]->name);
1306
1307
1308       /* row data */
1309       tab_float(table, 2, i+1, TAB_RIGHT, pairs[i].n, 4, 0);
1310       tab_float(table, 3, i+1, TAB_RIGHT, pairs[i].correlation, 8, 3);
1311
1312       p = gsl_cdf_tdist_P(correlation_t, df);
1313       q = gsl_cdf_tdist_Q(correlation_t, df);
1314
1315       tab_float(table, 4, i+1, TAB_RIGHT, 2.0*(correlation_t>0?q:p), 8, 3);
1316     }
1317
1318   tab_submit(table);
1319 }
1320
1321
1322
1323 /* Calculation Implementation */
1324
1325 /* Per case calculations common to all variants of the T test */
1326 static int
1327 common_calc (struct ccase *c, void *aux UNUSED)
1328 {
1329   int i;
1330
1331   double weight = dict_get_case_weight(default_dict,c);
1332
1333
1334   /* Skip the entire case if /MISSING=LISTWISE is set */
1335   if ( cmd.miss == TTS_LISTWISE )
1336     {
1337       for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1338         {
1339           struct variable *v = cmd.v_variables[i];
1340           union value *val = &c->data[v->fv];
1341
1342           if (value_is_missing(val,v) )
1343             {
1344               return 0;
1345             }
1346         }
1347     }
1348
1349   /* Listwise has to be implicit if the independent variable is missing ?? */
1350   if ( cmd.sbc_groups )
1351     {
1352       union value *gv = &c->data[indep_var->fv];
1353       if ( value_is_missing(gv,indep_var) )
1354         {
1355           return 0;
1356         }
1357     }
1358
1359
1360   for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1361     {
1362       struct group_statistics *gs;
1363       struct variable *v = cmd.v_variables[i];
1364       union value *val = &c->data[v->fv];
1365
1366       gs= &cmd.v_variables[i]->p.t_t.ugs;
1367
1368       if (! value_is_missing(val,v) )
1369         {
1370           gs->n+=weight;
1371           gs->sum+=weight * val->f;
1372           gs->ssq+=weight * val->f * val->f;
1373         }
1374     }
1375   return 0;
1376 }
1377
1378 /* Pre calculations common to all variants of the T test */
1379 static void
1380 common_precalc (void *aux UNUSED)
1381 {
1382   int i=0;
1383
1384   for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1385     {
1386       struct group_statistics *gs;
1387       gs= &cmd.v_variables[i]->p.t_t.ugs;
1388
1389       gs->sum=0;
1390       gs->n=0;
1391       gs->ssq=0;
1392       gs->sum_diff=0;
1393     }
1394 }
1395
1396 /* Post calculations common to all variants of the T test */
1397 void
1398 common_postcalc (void *aux UNUSED)
1399 {
1400   int i=0;
1401
1402   for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1403     {
1404       struct group_statistics *gs;
1405       gs= &cmd.v_variables[i]->p.t_t.ugs;
1406
1407       gs->mean=gs->sum / gs->n;
1408       gs->s_std_dev= sqrt(
1409                          ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1410                          ) ;
1411
1412       gs->std_dev= sqrt(
1413                          gs->n/(gs->n-1) *
1414                          ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1415                          ) ;
1416
1417       gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1418       gs->mean_diff= gs->sum_diff / gs->n;
1419     }
1420 }
1421
1422 /* Per case calculations for one sample t test  */
1423 static int
1424 one_sample_calc (struct ccase *c, void *aux UNUSED)
1425 {
1426   int i;
1427
1428   double weight = dict_get_case_weight(default_dict,c);
1429
1430   /* Skip the entire case if /MISSING=LISTWISE is set */
1431   if ( cmd.miss == TTS_LISTWISE )
1432     {
1433       for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1434         {
1435           struct variable *v = cmd.v_variables[i];
1436           union value *val = &c->data[v->fv];
1437
1438           if (value_is_missing(val,v) )
1439             {
1440               return 0;
1441             }
1442         }
1443     }
1444
1445   for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1446     {
1447       struct group_statistics *gs;
1448       struct variable *v = cmd.v_variables[i];
1449       union value *val = &c->data[v->fv];
1450
1451       gs= &cmd.v_variables[i]->p.t_t.ugs;
1452
1453       if ( ! value_is_missing(val,v))
1454         gs->sum_diff += weight * (val->f - cmd.n_testval);
1455     }
1456
1457   return 0;
1458 }
1459
1460 /* Pre calculations for one sample t test */
1461 static void
1462 one_sample_precalc (void *aux UNUSED)
1463 {
1464   int i=0;
1465
1466   for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1467     {
1468       struct group_statistics *gs;
1469       gs= &cmd.v_variables[i]->p.t_t.ugs;
1470
1471       gs->sum_diff=0;
1472     }
1473 }
1474
1475 /* Post calculations for one sample t test */
1476 static void
1477 one_sample_postcalc (void *aux UNUSED)
1478 {
1479   int i=0;
1480
1481   for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1482     {
1483       struct group_statistics *gs;
1484       gs= &cmd.v_variables[i]->p.t_t.ugs;
1485
1486
1487       gs->mean_diff = gs->sum_diff / gs->n ;
1488     }
1489 }
1490
1491
1492
1493 static int
1494 compare_var_name (const void *a_, const void *b_, void *v_ UNUSED)
1495 {
1496   const struct variable *a = a_;
1497   const struct variable *b = b_;
1498
1499   return strcmp(a->name,b->name);
1500 }
1501
1502 static unsigned
1503 hash_var_name (const void *a_, void *v_ UNUSED)
1504 {
1505   const struct variable *a = a_;
1506
1507   return hsh_hash_bytes (a->name, strlen(a->name));
1508 }
1509
1510
1511
1512 static void
1513 paired_precalc (void *aux UNUSED)
1514 {
1515   int i;
1516
1517   for(i=0; i < n_pairs ; ++i )
1518     {
1519       pairs[i].n = 0;
1520       pairs[i].sum[0] = 0;      pairs[i].sum[1] = 0;
1521       pairs[i].ssq[0] = 0;      pairs[i].ssq[1] = 0;
1522       pairs[i].sum_of_prod = 0;
1523       pairs[i].correlation = 0;
1524       pairs[i].sum_of_diffs = 0;
1525       pairs[i].ssq_diffs = 0;
1526     }
1527
1528 }
1529
1530
1531 static int
1532 paired_calc (struct ccase *c, void *aux UNUSED)
1533 {
1534   int i;
1535
1536   double weight = dict_get_case_weight(default_dict,c);
1537
1538   /* Skip the entire case if /MISSING=LISTWISE is set ,
1539    AND one member of a pair is missing */
1540   if ( cmd.miss == TTS_LISTWISE )
1541     {
1542       for(i=0; i < n_pairs ; ++i )
1543         {
1544           struct variable *v0 = pairs[i].v[0];
1545           struct variable *v1 = pairs[i].v[1];
1546
1547           union value *val0 = &c->data[v0->fv];
1548           union value *val1 = &c->data[v1->fv];
1549
1550           if ( value_is_missing(val0,v0) ||
1551                value_is_missing(val1,v1) )
1552             {
1553               return 0;
1554             }
1555         }
1556     }
1557
1558   for(i=0; i < n_pairs ; ++i )
1559     {
1560       struct variable *v0 = pairs[i].v[0];
1561       struct variable *v1 = pairs[i].v[1];
1562
1563       union value *val0 = &c->data[v0->fv];
1564       union value *val1 = &c->data[v1->fv];
1565
1566       if ( ( !value_is_missing(val0,v0) && !value_is_missing(val1,v1) ) )
1567       {
1568         pairs[i].n += weight;
1569         pairs[i].sum[0] += weight * val0->f;
1570         pairs[i].sum[1] += weight * val1->f;
1571
1572         pairs[i].ssq[0] += weight * sqr(val0->f);
1573         pairs[i].ssq[1] += weight * sqr(val1->f);
1574
1575         pairs[i].sum_of_prod += weight * val0->f * val1->f ;
1576
1577         pairs[i].sum_of_diffs += weight * ( val0->f - val1->f ) ;
1578         pairs[i].ssq_diffs += weight * sqr(val0->f - val1->f);
1579       }
1580     }
1581
1582   return 0;
1583 }
1584
1585 static void
1586 paired_postcalc (void *aux UNUSED)
1587 {
1588   int i;
1589
1590   for(i=0; i < n_pairs ; ++i )
1591     {
1592       int j;
1593       const double n = pairs[i].n;
1594
1595       for (j=0; j < 2 ; ++j)
1596         {
1597           pairs[i].mean[j] = pairs[i].sum[j] / n ;
1598           pairs[i].s_std_dev[j] = sqrt((pairs[i].ssq[j] / n -
1599                                               sqr(pairs[i].mean[j]))
1600                                      );
1601
1602           pairs[i].std_dev[j] = sqrt(n/(n-1)*(pairs[i].ssq[j] / n -
1603                                               sqr(pairs[i].mean[j]))
1604                                      );
1605         }
1606
1607       pairs[i].correlation = pairs[i].sum_of_prod / pairs[i].n -
1608         pairs[i].mean[0] * pairs[i].mean[1] ;
1609       /* correlation now actually contains the covariance */
1610
1611       pairs[i].correlation /= pairs[i].std_dev[0] * pairs[i].std_dev[1];
1612       pairs[i].correlation *= pairs[i].n / ( pairs[i].n - 1 );
1613
1614       pairs[i].mean_diff = pairs[i].sum_of_diffs / n ;
1615
1616       pairs[i].std_dev_diff = sqrt (  n / (n - 1) * (
1617                                     ( pairs[i].ssq_diffs / n )
1618                                     -
1619                                     sqr(pairs[i].mean_diff )
1620                                     ) );
1621     }
1622 }
1623
1624 /* Return the group # corresponding to the
1625    independent variable with the value val
1626 */
1627 static int
1628 get_group(const union value *val, struct variable *indep)
1629 {
1630   int i;
1631
1632   for (i = 0; i < 2  ; ++i )
1633     {
1634       const int cmp = compare_values(val,&groups_values[i],indep->width) ;
1635       switch ( criteria[i])
1636         {
1637         case CMP_EQ:
1638           if ( 0 == cmp )   return i;
1639           break;
1640         case CMP_LT:
1641           if ( 0 >  cmp )  return i;
1642           break;
1643         case CMP_LE:
1644           if ( cmp <= 0 )   return i;
1645           break;
1646         case CMP_GT:
1647           if ( cmp > 0 ) return i;
1648           break;
1649         case CMP_GE:
1650           if ( cmp >= 0 ) return i;
1651           break;
1652         default:
1653           assert(0);
1654         };
1655     }
1656
1657   /* No groups matched */
1658   return -1;
1659 }
1660
1661
1662 static void
1663 group_precalc (void *aux UNUSED)
1664 {
1665   int i;
1666   int j;
1667
1668   for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1669     {
1670       struct t_test_proc *ttpr = &cmd.v_variables[i]->p.t_t;
1671
1672       /* There's always 2 groups for a T - TEST */
1673       ttpr->n_groups = 2;
1674       ttpr->gs = xmalloc(sizeof(struct group_statistics) * 2) ;
1675
1676       for (j=0 ; j < 2 ; ++j)
1677         {
1678           ttpr->gs[j].sum = 0;
1679           ttpr->gs[j].n = 0;
1680           ttpr->gs[j].ssq = 0;
1681
1682           if ( n_group_values == 2 )
1683             ttpr->gs[j].id = groups_values[j];
1684           else
1685             ttpr->gs[j].id = groups_values[0];
1686           ttpr->gs[j].criterion = criteria[j];
1687         }
1688     }
1689
1690 }
1691
1692 static int
1693 group_calc (struct ccase *c, void *aux UNUSED)
1694 {
1695   int i;
1696   int g;
1697   union value *gv = &c->data[indep_var->fv];
1698
1699   double weight = dict_get_case_weight(default_dict,c);
1700
1701   if ( value_is_missing(gv,indep_var) )
1702     {
1703       return 0;
1704     }
1705
1706   if ( cmd.miss == TTS_LISTWISE )
1707     {
1708       for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1709         {
1710           struct variable *v = cmd.v_variables[i];
1711           union value *val = &c->data[v->fv];
1712
1713           if (value_is_missing(val,v) )
1714             {
1715               return 0;
1716             }
1717         }
1718     }
1719
1720
1721   gv = &c->data[indep_var->fv];
1722
1723   g = get_group(gv,indep_var);
1724
1725   /* If the independent variable doesn't match either of the values
1726      for this case then move on to the next case */
1727   if (g == -1 )
1728     return 0;
1729
1730   for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1731     {
1732       struct variable *var = cmd.v_variables[i];
1733
1734       struct group_statistics *gs = &var->p.t_t.gs[g];
1735
1736       union value *val=&c->data[var->fv];
1737
1738       if ( !value_is_missing(val,var) )
1739         {
1740           gs->n+=weight;
1741           gs->sum+=weight * val->f;
1742           gs->ssq+=weight * sqr(val->f);
1743         }
1744     }
1745
1746   return 0;
1747 }
1748
1749
1750 static void
1751 group_postcalc (void *aux UNUSED)
1752 {
1753   int i;
1754   int j;
1755
1756   for(i=0; i< cmd.n_variables ; ++i)
1757     {
1758       for (j=0 ; j < 2 ; ++j)
1759         {
1760           struct group_statistics *gs;
1761           gs=&cmd.v_variables[i]->p.t_t.gs[j];
1762
1763           gs->mean = gs->sum / gs->n;
1764
1765           gs->s_std_dev= sqrt(
1766                          ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1767                          ) ;
1768
1769           gs->std_dev= sqrt(
1770                          gs->n/(gs->n-1) *
1771                          ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1772                          ) ;
1773
1774           gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1775         }
1776     }
1777 }
1778