src/regression.q

   1 /* PSPP - linear regression.
   2    Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.
   3    Written by Jason H Stover <jason@sakla.net>.
   4
   5    This program is free software; you can redistribute it and/or
   6    modify it under the terms of the GNU General Public License as
   7    published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   8    License, or (at your option) any later version.
   9
  10    This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  11    WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  13    General Public License for more details.
  14
  15    You should have received a copy of the GNU General Public License
  16    along with this program; if not, write to the Free Software
  17    Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA
  18    02110-1301, USA. */
  19
  20 #include <config.h>
  21 #include <stdlib.h>
  22 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  23 #include <gsl/gsl_vector.h>
  24 #include <gsl/gsl_matrix.h>
  25 #include "alloc.h"
  26 #include "case.h"
  27 #include "casefile.h"
  28 #include "cat.h"
  29 #include "cat-routines.h"
  30 #include "command.h"
  31 #include "design-matrix.h"
  32 #include "dictionary.h"
  33 #include "error.h"
  34 #include "file-handle.h"
  35 #include "gettext.h"
  36 #include "lexer.h"
  37 #include <linreg/pspp_linreg.h>
  38 #include "missing-values.h"
  39 #include "reg_export_comments.h"
  40 #include "tab.h"
  41 #include "var.h"
  42 #include "vfm.h"
  43
  44 #define REG_LARGE_DATA 1000
  45
  46 /* (headers) */
  47
  48 /* (specification)
  49    "REGRESSION" (regression_):
  50    *variables=varlist;
  51    statistics[st_]=r,
  52    coeff,
  53    anova,
  54    outs,
  55    zpp,
  56    label,
  57    sha,
  58    ci,
  59    bcov,
  60    ses,
  61    xtx,
  62    collin,
  63    tol,
  64    selection,
  65    f,
  66    defaults,
  67    all;
  68    export=custom;
  69    ^dependent=varlist;
  70    ^method=enter.
  71 */
  72 /* (declarations) */
  73 /* (functions) */
  74 static struct cmd_regression cmd;
  75
  76 /*
  77   Array holding the subscripts of the independent variables.
  78  */
  79 size_t *indep_vars;
  80
  81 /*
  82   File where the model will be saved if the EXPORT subcommand
  83   is given.
  84  */
  85 struct file_handle *model_file;
  86
  87 /*
  88   Return value for the procedure.
  89  */
  90 int pspp_reg_rc = CMD_SUCCESS;
  91
  92 static void run_regression (const struct casefile *, void *);
  93 /*
  94    STATISTICS subcommand output functions.
  95  */
  96 static void reg_stats_r (pspp_linreg_cache *);
  97 static void reg_stats_coeff (pspp_linreg_cache *);
  98 static void reg_stats_anova (pspp_linreg_cache *);
  99 static void reg_stats_outs (pspp_linreg_cache *);
 100 static void reg_stats_zpp (pspp_linreg_cache *);
 101 static void reg_stats_label (pspp_linreg_cache *);
 102 static void reg_stats_sha (pspp_linreg_cache *);
 103 static void reg_stats_ci (pspp_linreg_cache *);
 104 static void reg_stats_f (pspp_linreg_cache *);
 105 static void reg_stats_bcov (pspp_linreg_cache *);
 106 static void reg_stats_ses (pspp_linreg_cache *);
 107 static void reg_stats_xtx (pspp_linreg_cache *);
 108 static void reg_stats_collin (pspp_linreg_cache *);
 109 static void reg_stats_tol (pspp_linreg_cache *);
 110 static void reg_stats_selection (pspp_linreg_cache *);
 111 static void statistics_keyword_output (void (*)(pspp_linreg_cache *),
 112                                        int, pspp_linreg_cache *);
 113
 114 static void
 115 reg_stats_r (pspp_linreg_cache * c)
 116 {
 117   struct tab_table *t;
 118   int n_rows = 2;
 119   int n_cols = 5;
 120   double rsq;
 121   double adjrsq;
 122   double std_error;
 123
 124   assert (c != NULL);
 125   rsq = c->ssm / c->sst;
 126   adjrsq = 1.0 - (1.0 - rsq) * (c->n_obs - 1.0) / (c->n_obs - c->n_indeps);
 127   std_error = sqrt ((c->n_indeps - 1.0) / (c->n_obs - 1.0));
 128   t = tab_create (n_cols, n_rows, 0);
 129   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 130   tab_box (t, TAL_2, TAL_2, -1, TAL_1, 0, 0, n_cols - 1, n_rows - 1);
 131   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 132   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 133   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 134
 135   tab_text (t, 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("R"));
 136   tab_text (t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("R Square"));
 137   tab_text (t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Adjusted R Square"));
 138   tab_text (t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error of the Estimate"));
 139   tab_float (t, 1, 1, TAB_RIGHT, sqrt (rsq), 10, 2);
 140   tab_float (t, 2, 1, TAB_RIGHT, rsq, 10, 2);
 141   tab_float (t, 3, 1, TAB_RIGHT, adjrsq, 10, 2);
 142   tab_float (t, 4, 1, TAB_RIGHT, std_error, 10, 2);
 143   tab_title (t, 0, _("Model Summary"));
 144   tab_submit (t);
 145 }
 146
 147 /*
 148   Table showing estimated regression coefficients.
 149  */
 150 static void
 151 reg_stats_coeff (pspp_linreg_cache * c)
 152 {
 153   size_t i;
 154   size_t j;
 155   int n_cols = 7;
 156   int n_rows;
 157   double t_stat;
 158   double pval;
 159   double coeff;
 160   double std_err;
 161   double beta;
 162   const char *label;
 163   struct tab_table *t;
 164
 165   assert (c != NULL);
 166   n_rows = c->n_coeffs + 2;
 167
 168   t = tab_create (n_cols, n_rows, 0);
 169   tab_headers (t, 2, 0, 1, 0);
 170   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 171   tab_box (t, TAL_2, TAL_2, -1, TAL_1, 0, 0, n_cols - 1, n_rows - 1);
 172   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 173   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 174   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 175
 176   tab_text (t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("B"));
 177   tab_text (t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 178   tab_text (t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Beta"));
 179   tab_text (t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
 180   tab_text (t, 6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 181   tab_text (t, 1, 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("(Constant)"));
 182   coeff = c->coeff[0].estimate;
 183   tab_float (t, 2, 1, 0, coeff, 10, 2);
 184   std_err = sqrt (gsl_matrix_get (c->cov, 0, 0));
 185   tab_float (t, 3, 1, 0, std_err, 10, 2);
 186   beta = coeff / c->depvar_std;
 187   tab_float (t, 4, 1, 0, beta, 10, 2);
 188   t_stat = coeff / std_err;
 189   tab_float (t, 5, 1, 0, t_stat, 10, 2);
 190   pval = 2 * gsl_cdf_tdist_Q (fabs (t_stat), 1.0);
 191   tab_float (t, 6, 1, 0, pval, 10, 2);
 192   for (j = 1; j <= c->n_indeps; j++)
 193     {
 194       i = indep_vars[j];
 195       label = var_to_string (c->coeff[j].v);
 196       tab_text (t, 1, j + 1, TAB_CENTER, label);
 197       /*
 198          Regression coefficients.
 199        */
 200       coeff = c->coeff[j].estimate;
 201       tab_float (t, 2, j + 1, 0, coeff, 10, 2);
 202       /*
 203          Standard error of the coefficients.
 204        */
 205       std_err = sqrt (gsl_matrix_get (c->cov, j, j));
 206       tab_float (t, 3, j + 1, 0, std_err, 10, 2);
 207       /*
 208          'Standardized' coefficient, i.e., regression coefficient
 209          if all variables had unit variance.
 210        */
 211       beta = gsl_vector_get (c->indep_std, j);
 212       beta *= coeff / c->depvar_std;
 213       tab_float (t, 4, j + 1, 0, beta, 10, 2);
 214
 215       /*
 216          Test statistic for H0: coefficient is 0.
 217        */
 218       t_stat = coeff / std_err;
 219       tab_float (t, 5, j + 1, 0, t_stat, 10, 2);
 220       /*
 221          P values for the test statistic above.
 222        */
 223       pval = 2 * gsl_cdf_tdist_Q (fabs (t_stat), 1.0);
 224       tab_float (t, 6, j + 1, 0, pval, 10, 2);
 225     }
 226   tab_title (t, 0, _("Coefficients"));
 227   tab_submit (t);
 228 }
 229
 230 /*
 231   Display the ANOVA table.
 232  */
 233 static void
 234 reg_stats_anova (pspp_linreg_cache * c)
 235 {
 236   int n_cols = 7;
 237   int n_rows = 4;
 238   const double msm = c->ssm / c->dfm;
 239   const double mse = c->sse / c->dfe;
 240   const double F = msm / mse;
 241   const double pval = gsl_cdf_fdist_Q (F, c->dfm, c->dfe);
 242
 243   struct tab_table *t;
 244
 245   assert (c != NULL);
 246   t = tab_create (n_cols, n_rows, 0);
 247   tab_headers (t, 2, 0, 1, 0);
 248   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 249
 250   tab_box (t, TAL_2, TAL_2, -1, TAL_1, 0, 0, n_cols - 1, n_rows - 1);
 251
 252   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 253   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 254   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 255
 256   tab_text (t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sum of Squares"));
 257   tab_text (t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 258   tab_text (t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean Square"));
 259   tab_text (t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("F"));
 260   tab_text (t, 6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 261
 262   tab_text (t, 1, 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Regression"));
 263   tab_text (t, 1, 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Residual"));
 264   tab_text (t, 1, 3, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Total"));
 265
 266   /* Sums of Squares */
 267   tab_float (t, 2, 1, 0, c->ssm, 10, 2);
 268   tab_float (t, 2, 3, 0, c->sst, 10, 2);
 269   tab_float (t, 2, 2, 0, c->sse, 10, 2);
 270
 271
 272   /* Degrees of freedom */
 273   tab_float (t, 3, 1, 0, c->dfm, 4, 0);
 274   tab_float (t, 3, 2, 0, c->dfe, 4, 0);
 275   tab_float (t, 3, 3, 0, c->dft, 4, 0);
 276
 277   /* Mean Squares */
 278
 279   tab_float (t, 4, 1, TAB_RIGHT, msm, 8, 3);
 280   tab_float (t, 4, 2, TAB_RIGHT, mse, 8, 3);
 281
 282   tab_float (t, 5, 1, 0, F, 8, 3);
 283
 284   tab_float (t, 6, 1, 0, pval, 8, 3);
 285
 286   tab_title (t, 0, _("ANOVA"));
 287   tab_submit (t);
 288 }
 289 static void
 290 reg_stats_outs (pspp_linreg_cache * c)
 291 {
 292   assert (c != NULL);
 293 }
 294 static void
 295 reg_stats_zpp (pspp_linreg_cache * c)
 296 {
 297   assert (c != NULL);
 298 }
 299 static void
 300 reg_stats_label (pspp_linreg_cache * c)
 301 {
 302   assert (c != NULL);
 303 }
 304 static void
 305 reg_stats_sha (pspp_linreg_cache * c)
 306 {
 307   assert (c != NULL);
 308 }
 309 static void
 310 reg_stats_ci (pspp_linreg_cache * c)
 311 {
 312   assert (c != NULL);
 313 }
 314 static void
 315 reg_stats_f (pspp_linreg_cache * c)
 316 {
 317   assert (c != NULL);
 318 }
 319 static void
 320 reg_stats_bcov (pspp_linreg_cache * c)
 321 {
 322   int n_cols;
 323   int n_rows;
 324   int i;
 325   int j;
 326   int k;
 327   int row;
 328   int col;
 329   const char *label;
 330   struct tab_table *t;
 331
 332   assert (c != NULL);
 333   n_cols = c->n_indeps + 1 + 2;
 334   n_rows = 2 * (c->n_indeps + 1);
 335   t = tab_create (n_cols, n_rows, 0);
 336   tab_headers (t, 2, 0, 1, 0);
 337   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 338   tab_box (t, TAL_2, TAL_2, -1, TAL_1, 0, 0, n_cols - 1, n_rows - 1);
 339   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 340   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 341   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 342   tab_text (t, 0, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Model"));
 343   tab_text (t, 1, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Covariances"));
 344   for (i = 1; i < c->n_indeps + 1; i++)
 345     {
 346       j = indep_vars[(i - 1)];
 347       struct variable *v = cmd.v_variables[j];
 348       label = var_to_string (v);
 349       tab_text (t, 2, i, TAB_CENTER, label);
 350       tab_text (t, i + 2, 0, TAB_CENTER, label);
 351       for (k = 1; k < c->n_indeps + 1; k++)
 352         {
 353           col = (i <= k) ? k : i;
 354           row = (i <= k) ? i : k;
 355           tab_float (t, k + 2, i, TAB_CENTER,
 356                      gsl_matrix_get (c->cov, row, col), 8, 3);
 357         }
 358     }
 359   tab_title (t, 0, _("Coefficient Correlations"));
 360   tab_submit (t);
 361 }
 362 static void
 363 reg_stats_ses (pspp_linreg_cache * c)
 364 {
 365   assert (c != NULL);
 366 }
 367 static void
 368 reg_stats_xtx (pspp_linreg_cache * c)
 369 {
 370   assert (c != NULL);
 371 }
 372 static void
 373 reg_stats_collin (pspp_linreg_cache * c)
 374 {
 375   assert (c != NULL);
 376 }
 377 static void
 378 reg_stats_tol (pspp_linreg_cache * c)
 379 {
 380   assert (c != NULL);
 381 }
 382 static void
 383 reg_stats_selection (pspp_linreg_cache * c)
 384 {
 385   assert (c != NULL);
 386 }
 387
 388 static void
 389 statistics_keyword_output (void (*function) (pspp_linreg_cache *),
 390                            int keyword, pspp_linreg_cache * c)
 391 {
 392   if (keyword)
 393     {
 394       (*function) (c);
 395     }
 396 }
 397
 398 static void
 399 subcommand_statistics (int *keywords, pspp_linreg_cache * c)
 400 {
 401   /*
 402      The order here must match the order in which the STATISTICS
 403      keywords appear in the specification section above.
 404    */
 405   enum
 406   { r,
 407     coeff,
 408     anova,
 409     outs,
 410     zpp,
 411     label,
 412     sha,
 413     ci,
 414     bcov,
 415     ses,
 416     xtx,
 417     collin,
 418     tol,
 419     selection,
 420     f,
 421     defaults,
 422     all
 423   };
 424   int i;
 425   int d = 1;
 426
 427   if (keywords[all])
 428     {
 429       /*
 430          Set everything but F.
 431        */
 432       for (i = 0; i < f; i++)
 433         {
 434           keywords[i] = 1;
 435         }
 436     }
 437   else
 438     {
 439       for (i = 0; i < all; i++)
 440         {
 441           if (keywords[i])
 442             {
 443               d = 0;
 444             }
 445         }
 446       /*
 447          Default output: ANOVA table, parameter estimates,
 448          and statistics for variables not entered into model,
 449          if appropriate.
 450        */
 451       if (keywords[defaults] | d)
 452         {
 453           keywords[anova] = 1;
 454           keywords[outs] = 1;
 455           keywords[coeff] = 1;
 456           keywords[r] = 1;
 457         }
 458     }
 459   statistics_keyword_output (reg_stats_r, keywords[r], c);
 460   statistics_keyword_output (reg_stats_anova, keywords[anova], c);
 461   statistics_keyword_output (reg_stats_coeff, keywords[coeff], c);
 462   statistics_keyword_output (reg_stats_outs, keywords[outs], c);
 463   statistics_keyword_output (reg_stats_zpp, keywords[zpp], c);
 464   statistics_keyword_output (reg_stats_label, keywords[label], c);
 465   statistics_keyword_output (reg_stats_sha, keywords[sha], c);
 466   statistics_keyword_output (reg_stats_ci, keywords[ci], c);
 467   statistics_keyword_output (reg_stats_f, keywords[f], c);
 468   statistics_keyword_output (reg_stats_bcov, keywords[bcov], c);
 469   statistics_keyword_output (reg_stats_ses, keywords[ses], c);
 470   statistics_keyword_output (reg_stats_xtx, keywords[xtx], c);
 471   statistics_keyword_output (reg_stats_collin, keywords[collin], c);
 472   statistics_keyword_output (reg_stats_tol, keywords[tol], c);
 473   statistics_keyword_output (reg_stats_selection, keywords[selection], c);
 474 }
 475 static void
 476 subcommand_export (int export, pspp_linreg_cache *c)
 477 {
 478   FILE *fp;
 479   size_t i;
 480   struct pspp_linreg_coeff coeff;
 481
 482   if (export)
 483     {
 484       assert (c != NULL);
 485       assert (model_file != NULL);
 486       assert (fp != NULL);
 487       fp = fopen (handle_get_filename (model_file), "w");
 488       fprintf (fp, "%s", reg_preamble);
 489       fprintf (fp, "#include <string.h>\n\n");
 490       fprintf (fp, "%s", reg_mean_cmt);
 491       fprintf (fp, "double\npspp_reg_estimate (const double *var_vals, const char *var_names[])\n{\n\tchar *model_depvars[%d] = {", c->n_indeps);
 492       for (i = 1; i < c->n_indeps; i++)
 493         {
 494           coeff = c->coeff[i];
 495           fprintf (fp, "\"%s\",\n\t\t", coeff.v->name);
 496         }
 497       coeff = c->coeff[i];
 498       fprintf (fp, "\"%s\"};\n\t", coeff.v->name);
 499       fprintf (fp, "double model_coeffs[%d] = {", c->n_indeps);
 500       for (i = 1; i < c->n_indeps; i++)
 501         {
 502           coeff = c->coeff[i];
 503           fprintf (fp, "%.15e,\n\t\t", coeff.estimate);
 504         }
 505       coeff = c->coeff[i];
 506       fprintf (fp, "%.15e};\n\t", coeff.estimate);
 507       coeff = c->coeff[0];
 508       fprintf (fp, "double estimate = %.15e;\n\t", coeff.estimate);
 509       fprintf (fp, "int i;\n\tint j;\n\n\t");
 510       fprintf (fp, "for (i = 0; i < %d; i++)\n\t", c->n_indeps);
 511       fprintf (fp, "{\n\t\tfor (j = 0; j < %d; j++)\n\t\t", c->n_indeps);
 512       fprintf (fp, "{\n\t\t\tif (strcmp (var_names[i], model_depvars[j]) == 0)\n");
 513       fprintf (fp, "\t\t\t{\n\t\t\t\testimate += var_vals[i] * model_coeffs[j];\n");
 514       fprintf (fp, "\t\t\t}\n\t\t}\n\t}\n\treturn estimate;\n}\n");
 515       fclose (fp);
 516     }
 517 }
 518 static int
 519 regression_custom_export (struct cmd_regression *cmd)
 520 {
 521   /* 0 on failure, 1 on success, 2 on failure that should result in syntax error */
 522   if (!lex_force_match ('('))
 523     return 0;
 524
 525   if (lex_match ('*'))
 526     model_file = NULL;
 527   else
 528     {
 529       model_file = fh_parse ();
 530       if (model_file == NULL)
 531         return 0;
 532     }
 533
 534   if (!lex_force_match (')'))
 535     return 0;
 536
 537   return 1;
 538 }
 539
 540 int
 541 cmd_regression (void)
 542 {
 543   if (!parse_regression (&cmd))
 544     {
 545       return CMD_FAILURE;
 546     }
 547   multipass_procedure_with_splits (run_regression, &cmd);
 548
 549   return pspp_reg_rc;
 550 }
 551
 552 /*
 553   Is variable k one of the dependent variables?
 554  */
 555 static int
 556 is_depvar (size_t k)
 557 {
 558   size_t j = 0;
 559   for (j = 0; j < cmd.n_dependent; j++)
 560     {
 561       /*
 562          compare_var_names returns 0 if the variable
 563          names match.
 564        */
 565       if (!compare_var_names (cmd.v_dependent[j], cmd.v_variables[k], NULL))
 566         return 1;
 567     }
 568   return 0;
 569 }
 570
 571 static void
 572 run_regression (const struct casefile *cf, void *cmd_ UNUSED)
 573 {
 574   size_t i;
 575   size_t n_data = 0;
 576   size_t row;
 577   size_t case_num;
 578   int n_indep;
 579   int j = 0;
 580   /*
 581      Keep track of the missing cases.
 582    */
 583   int *is_missing_case;
 584   const union value *val;
 585   struct casereader *r;
 586   struct casereader *r2;
 587   struct ccase c;
 588   struct variable *v;
 589   struct variable **indep_vars;
 590   struct design_matrix *X;
 591   gsl_vector *Y;
 592   pspp_linreg_cache *lcache;
 593   pspp_linreg_opts lopts;
 594
 595   n_data = casefile_get_case_cnt (cf);
 596
 597   is_missing_case = xnmalloc (n_data, sizeof (*is_missing_case));
 598   for (i = 0; i < n_data; i++)
 599     is_missing_case[i] = 0;
 600
 601   n_indep = cmd.n_variables - cmd.n_dependent;
 602   indep_vars = xnmalloc (n_indep, sizeof *indep_vars);
 603
 604   lopts.get_depvar_mean_std = 1;
 605   lopts.get_indep_mean_std = xnmalloc (n_indep, sizeof (int));
 606
 607
 608   /*
 609      Read from the active file. The first pass encodes categorical
 610      variables and drops cases with missing values.
 611    */
 612   j = 0;
 613   for (i = 0; i < cmd.n_variables; i++)
 614     {
 615       if (!is_depvar (i))
 616         {
 617           v = cmd.v_variables[i];
 618           indep_vars[j] = v;
 619           j++;
 620           if (v->type == ALPHA)
 621             {
 622               /* Make a place to hold the binary vectors
 623                  corresponding to this variable's values. */
 624               cat_stored_values_create (v);
 625             }
 626           for (r = casefile_get_reader (cf);
 627                casereader_read (r, &c); case_destroy (&c))
 628             {
 629               row = casereader_cnum (r) - 1;
 630
 631               val = case_data (&c, v->fv);
 632               cat_value_update (v, val);
 633               if (mv_is_value_missing (&v->miss, val))
 634                 {
 635                   if (!is_missing_case[row])
 636                     {
 637                       /* Now it is missing. */
 638                       n_data--;
 639                       is_missing_case[row] = 1;
 640                     }
 641                 }
 642             }
 643         }
 644     }
 645
 646   Y = gsl_vector_alloc (n_data);
 647   X =
 648     design_matrix_create (n_indep, (const struct variable **) indep_vars,
 649                           n_data);
 650   lcache = pspp_linreg_cache_alloc (X->m->size1, X->m->size2);
 651   lcache->indep_means = gsl_vector_alloc (X->m->size2);
 652   lcache->indep_std = gsl_vector_alloc (X->m->size2);
 653
 654   /*
 655      The second pass creates the design matrix.
 656    */
 657   row = 0;
 658   for (r2 = casefile_get_reader (cf); casereader_read (r2, &c);
 659        case_destroy (&c))
 660     /* Iterate over the cases. */
 661     {
 662       case_num = casereader_cnum (r2) - 1;
 663       if (!is_missing_case[case_num])
 664         {
 665           for (i = 0; i < cmd.n_variables; ++i) /* Iterate over the variables
 666                                                    for the current case.
 667                                                  */
 668             {
 669               v = cmd.v_variables[i];
 670               val = case_data (&c, v->fv);
 671               /*
 672                  Independent/dependent variable separation. The
 673                  'variables' subcommand specifies a varlist which contains
 674                  both dependent and independent variables. The dependent
 675                  variables are specified with the 'dependent'
 676                  subcommand. We need to separate the two.
 677                */
 678               if (is_depvar (i))
 679                 {
 680                   if (v->type != NUMERIC)
 681                     {
 682                       msg (SE,
 683                            gettext ("Dependent variable must be numeric."));
 684                       pspp_reg_rc = CMD_FAILURE;
 685                       return;
 686                     }
 687                   lcache->depvar = (const struct variable *) v;
 688                   gsl_vector_set (Y, row, val->f);
 689                 }
 690               else
 691                 {
 692                   if (v->type == ALPHA)
 693                     {
 694                       design_matrix_set_categorical (X, row, v, val);
 695                     }
 696                   else if (v->type == NUMERIC)
 697                     {
 698                       design_matrix_set_numeric (X, row, v, val);
 699                     }
 700
 701                   lopts.get_indep_mean_std[i] = 1;
 702                 }
 703             }
 704           row++;
 705         }
 706     }
 707   /*
 708      Now that we know the number of coefficients, allocate space
 709      and store pointers to the variables that correspond to the
 710      coefficients.
 711    */
 712   lcache->coeff = xnmalloc (X->m->size2 + 1, sizeof (*lcache->coeff));
 713   for (i = 0; i < X->m->size2; i++)
 714     {
 715       j = i + 1;                /* The first coeff is the intercept. */
 716       lcache->coeff[j].v =
 717         (const struct variable *) design_matrix_col_to_var (X, i);
 718       assert (lcache->coeff[j].v != NULL);
 719     }
 720   /*
 721     For large data sets, use QR decomposition.
 722    */
 723   if (n_data > sqrt (n_indep) && n_data > REG_LARGE_DATA)
 724     {
 725       lcache->method = PSPP_LINREG_SVD;
 726     }
 727   /*
 728      Find the least-squares estimates and other statistics.
 729    */
 730   pspp_linreg ((const gsl_vector *) Y, X->m, &lopts, lcache);
 731   subcommand_statistics (cmd.a_statistics, lcache);
 732   subcommand_export (cmd.sbc_export, lcache);
 733   gsl_vector_free (Y);
 734   design_matrix_destroy (X);
 735   pspp_linreg_cache_free (lcache);
 736   free (lopts.get_indep_mean_std);
 737   free (indep_vars);
 738   free (is_missing_case);
 739   casereader_destroy (r);
 740   return;
 741 }
 742
 743 /*
 744   Local Variables:
 745   mode: c
 746   End:
 747 */