src/oneway.q

   1 /* PSPP - One way ANOVA. -*-c-*-
   2
   3 Copyright (C) 1997-9, 2000 Free Software Foundation, Inc.
   4 Author: John Darrington 2004
   5
   6 This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8 published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9 License, or (at your option) any later version.
  10
  11 This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  14 General Public License for more details.
  15
  16 You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 along with this program; if not, write to the Free Software
  18 Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
  19 02111-1307, USA. */
  20
  21 #include <config.h>
  22 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  23 #include "error.h"
  24 #include <stdio.h>
  25 #include <stdlib.h>
  26 #include <math.h>
  27 #include "alloc.h"
  28 #include "str.h"
  29 #include "case.h"
  30 #include "dictionary.h"
  31 #include "command.h"
  32 #include "lexer.h"
  33 #include "error.h"
  34 #include "magic.h"
  35 #include "misc.h"
  36 #include "tab.h"
  37 #include "som.h"
  38 #include "value-labels.h"
  39 #include "var.h"
  40 #include "vfm.h"
  41 #include "hash.h"
  42 #include "casefile.h"
  43 #include "group_proc.h"
  44 #include "group.h"
  45 #include "levene.h"
  46 /* (headers) */
  47
  48 /* (specification)
  49    "ONEWAY" (oneway_):
  50    *variables=custom;
  51    +missing=miss:!analysis/listwise,
  52    incl:include/!exclude;
  53    contrast= double list;
  54    statistics[st_]=descriptives,homogeneity.
  55 */
  56 /* (declarations) */
  57 /* (functions) */
  58
  59
  60
  61 static int bad_weight_warn = 1;
  62
  63
  64 static struct cmd_oneway cmd;
  65
  66 /* The independent variable */
  67 static struct variable *indep_var;
  68
  69 /* Number of dependent variables */
  70 static int n_vars;
  71
  72 /* The dependent variables */
  73 static struct variable **vars;
  74
  75
  76 /* A  hash table containing all the distinct values of the independent
  77    variables */
  78 static struct hsh_table *global_group_hash ;
  79
  80 /* The number of distinct values of the independent variable, when all
  81    missing values are disregarded */
  82 static int ostensible_number_of_groups=-1;
  83
  84
  85 /* Function to use for testing for missing values */
  86 static is_missing_func value_is_missing;
  87
  88
  89 static void run_oneway(const struct casefile *cf, void *_mode);
  90
  91
  92 /* Routines to show the output tables */
  93 static void show_anova_table(void);
  94 static void show_descriptives(void);
  95 static void show_homogeneity(void);
  96
  97 static void show_contrast_coeffs(short *);
  98 static void show_contrast_tests(short *);
  99
 100
 101 enum stat_table_t {STAT_DESC = 1, STAT_HOMO = 2};
 102
 103 static enum stat_table_t stat_tables ;
 104
 105 void output_oneway(void);
 106
 107
 108 int
 109 cmd_oneway(void)
 110 {
 111   int i;
 112
 113   if ( !parse_oneway(&cmd) )
 114     return CMD_FAILURE;
 115
 116   /* If /MISSING=INCLUDE is set, then user missing values are ignored */
 117   if (cmd.incl == ONEWAY_INCLUDE )
 118     value_is_missing = is_system_missing;
 119   else
 120     value_is_missing = is_missing;
 121
 122   /* What statistics were requested */
 123   if ( cmd.sbc_statistics )
 124     {
 125
 126       for (i = 0 ; i < ONEWAY_ST_count ; ++i )
 127         {
 128           if  ( ! cmd.a_statistics[i]  ) continue;
 129
 130           switch (i) {
 131           case ONEWAY_ST_DESCRIPTIVES:
 132             stat_tables |= STAT_DESC;
 133             break;
 134           case ONEWAY_ST_HOMOGENEITY:
 135             stat_tables |= STAT_HOMO;
 136             break;
 137           }
 138         }
 139     }
 140
 141   multipass_procedure_with_splits (run_oneway, &cmd);
 142
 143   free_oneway(&cmd);
 144
 145   return CMD_SUCCESS;
 146 }
 147
 148
 149 void
 150 output_oneway(void)
 151 {
 152
 153   int i;
 154   short *bad_contrast ;
 155
 156   bad_contrast = xmalloc ( sizeof (short) * cmd.sbc_contrast );
 157
 158   /* Check the sanity of the given contrast values */
 159   for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 160     {
 161       int j;
 162       double sum = 0;
 163
 164       bad_contrast[i] = 0;
 165       if ( subc_list_double_count(&cmd.dl_contrast[i]) !=
 166            ostensible_number_of_groups )
 167         {
 168           msg(SW,
 169               _("Number of contrast coefficients must equal the number of groups"));
 170           bad_contrast[i] = 1;
 171           continue;
 172         }
 173
 174       for (j=0; j < ostensible_number_of_groups ; ++j )
 175         sum += subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],j);
 176
 177       if ( sum != 0.0 )
 178         msg(SW,_("Coefficients for contrast %d do not total zero"),i + 1);
 179     }
 180
 181   if ( stat_tables & STAT_DESC )
 182     show_descriptives();
 183
 184   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
 185     show_homogeneity();
 186
 187   show_anova_table();
 188
 189   if (cmd.sbc_contrast )
 190     {
 191       show_contrast_coeffs(bad_contrast);
 192       show_contrast_tests(bad_contrast);
 193     }
 194
 195
 196   free(bad_contrast);
 197
 198   /* Clean up */
 199   for (i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 200     {
 201       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 202
 203       hsh_destroy(group_hash);
 204     }
 205
 206   hsh_destroy(global_group_hash);
 207
 208 }
 209
 210
 211
 212
 213 /* Parser for the variables sub command */
 214 static int
 215 oneway_custom_variables(struct cmd_oneway *cmd UNUSED)
 216 {
 217
 218   lex_match('=');
 219
 220   if ((token != T_ID || dict_lookup_var (default_dict, tokid) == NULL)
 221       && token != T_ALL)
 222     return 2;
 223
 224
 225   if (!parse_variables (default_dict, &vars, &n_vars,
 226                         PV_DUPLICATE
 227                         | PV_NUMERIC | PV_NO_SCRATCH) )
 228     {
 229       free (vars);
 230       return 0;
 231     }
 232
 233   assert(n_vars);
 234
 235   if ( ! lex_match(T_BY))
 236     return 2;
 237
 238
 239   indep_var = parse_variable();
 240
 241   if ( !indep_var )
 242     {
 243       msg(SE,_("`%s' is not a variable name"),tokid);
 244       return 0;
 245     }
 246
 247
 248   return 1;
 249 }
 250
 251
 252 /* Show the ANOVA table */
 253 static void
 254 show_anova_table(void)
 255 {
 256   int i;
 257   int n_cols =7;
 258   int n_rows = n_vars * 3 + 1;
 259
 260   struct tab_table *t;
 261
 262
 263   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 264   tab_headers (t, 2, 0, 1, 0);
 265   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 266
 267
 268   tab_box (t,
 269            TAL_2, TAL_2,
 270            -1, TAL_1,
 271            0, 0,
 272            n_cols - 1, n_rows - 1);
 273
 274   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1 );
 275   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 276   tab_vline (t, TAL_0, 1, 0, 0);
 277
 278   tab_text (t, 2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sum of Squares"));
 279   tab_text (t, 3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 280   tab_text (t, 4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean Square"));
 281   tab_text (t, 5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("F"));
 282   tab_text (t, 6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 283
 284
 285   for ( i=0 ; i < n_vars ; ++i )
 286     {
 287       struct group_statistics *totals = &group_proc_get (vars[i])->ugs;
 288       struct hsh_table *group_hash = group_proc_get (vars[i])->group_hash;
 289       struct hsh_iterator g;
 290       struct group_statistics *gs;
 291       double ssa=0;
 292
 293
 294       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 295            gs != 0;
 296            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 297         {
 298           ssa += (gs->sum * gs->sum)/gs->n;
 299         }
 300
 301       ssa -= ( totals->sum * totals->sum ) / totals->n ;
 302
 303       const char *s = var_to_string(vars[i]);
 304
 305       tab_text (t, 0, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 306       tab_text (t, 1, i * 3 + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Between Groups"));
 307       tab_text (t, 1, i * 3 + 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Within Groups"));
 308       tab_text (t, 1, i * 3 + 3, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Total"));
 309
 310       if (i > 0)
 311         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , i * 3 + 1);
 312
 313       {
 314         struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 315         const double sst = totals->ssq - ( totals->sum * totals->sum) / totals->n ;
 316         const double df1 = gp->n_groups - 1;
 317         const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 318         const double msa = ssa / df1;
 319
 320         gp->mse  = (sst - ssa) / df2;
 321
 322
 323         /* Sums of Squares */
 324         tab_float (t, 2, i * 3 + 1, 0, ssa, 10, 2);
 325         tab_float (t, 2, i * 3 + 3, 0, sst, 10, 2);
 326         tab_float (t, 2, i * 3 + 2, 0, sst - ssa, 10, 2);
 327
 328
 329         /* Degrees of freedom */
 330         tab_float (t, 3, i * 3 + 1, 0, df1, 4, 0);
 331         tab_float (t, 3, i * 3 + 2, 0, df2, 4, 0);
 332         tab_float (t, 3, i * 3 + 3, 0, totals->n - 1, 4, 0);
 333
 334         /* Mean Squares */
 335         tab_float (t, 4, i * 3 + 1, TAB_RIGHT, msa, 8, 3);
 336         tab_float (t, 4, i * 3 + 2, TAB_RIGHT, gp->mse, 8, 3);
 337
 338
 339         {
 340           const double F = msa/gp->mse ;
 341
 342           /* The F value */
 343           tab_float (t, 5, i * 3 + 1, 0,  F, 8, 3);
 344
 345           /* The significance */
 346           tab_float (t, 6, i * 3 + 1, 0, gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 347         }
 348
 349       }
 350
 351     }
 352
 353
 354   tab_title (t, 0, _("ANOVA"));
 355   tab_submit (t);
 356
 357
 358 }
 359
 360 /* Show the descriptives table */
 361 static void
 362 show_descriptives(void)
 363 {
 364   int v;
 365   int n_cols =10;
 366   struct tab_table *t;
 367   int row;
 368
 369   const double confidence=0.95;
 370   const double q = (1.0 - confidence) / 2.0;
 371
 372
 373   int n_rows = 2 ;
 374
 375
 376
 377   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 378     n_rows += group_proc_get (vars[v])->n_groups + 1;
 379
 380   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 381   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 382   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 383
 384
 385   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 386   tab_box (t,
 387            TAL_2, TAL_2,
 388            -1, TAL_1,
 389            0, 0,
 390            n_cols - 1, n_rows - 1);
 391
 392   /* Underline headers */
 393   tab_hline (t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2 );
 394   tab_vline (t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 395
 396   tab_text (t, 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("N"));
 397   tab_text (t, 3, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Mean"));
 398   tab_text (t, 4, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Deviation"));
 399   tab_text (t, 5, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 400
 401
 402   tab_vline(t, TAL_0, 7, 0, 0);
 403   tab_hline(t, TAL_1, 6, 7, 1);
 404   tab_joint_text (t, 6, 0, 7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, _("%g%% Confidence Interval for Mean"),confidence*100.0);
 405
 406   tab_text (t, 6, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Lower Bound"));
 407   tab_text (t, 7, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Upper Bound"));
 408
 409   tab_text (t, 8, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Minimum"));
 410   tab_text (t, 9, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Maximum"));
 411
 412
 413   tab_title (t, 0, _("Descriptives"));
 414
 415
 416   row = 2;
 417   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 418     {
 419       double T;
 420       double std_error;
 421
 422       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 423
 424       struct hsh_iterator g;
 425       struct group_statistics *gs;
 426       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 427
 428       int count = 0 ;
 429       const char *s = var_to_string(vars[v]);
 430
 431       struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
 432
 433
 434       tab_text (t, 0, row, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 435       if ( v > 0)
 436         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1 , row);
 437
 438
 439       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
 440            gs != 0;
 441            gs = hsh_next(group_hash,&g))
 442         {
 443           tab_text (t, 1, row + count,
 444                     TAB_LEFT | TAT_TITLE ,value_to_string(&gs->id,indep_var));
 445
 446           /* Now fill in the numbers ... */
 447
 448           tab_float (t, 2, row + count, 0, gs->n, 8,0);
 449
 450           tab_float (t, 3, row + count, 0, gs->mean,8,2);
 451
 452           tab_float (t, 4, row + count, 0, gs->std_dev,8,2);
 453
 454           std_error = gs->std_dev/sqrt(gs->n) ;
 455           tab_float (t, 5, row + count, 0,
 456                      std_error, 8,2);
 457
 458           /* Now the confidence interval */
 459
 460           T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,gs->n - 1);
 461
 462           tab_float(t, 6, row + count, 0,
 463                     gs->mean - T * std_error, 8, 2);
 464
 465           tab_float(t, 7, row + count, 0,
 466                     gs->mean + T * std_error, 8, 2);
 467
 468           /* Min and Max */
 469
 470           tab_float(t, 8, row + count, 0,  gs->minimum, 8, 2);
 471           tab_float(t, 9, row + count, 0,  gs->maximum, 8, 2);
 472
 473           count++ ;
 474         }
 475
 476       tab_text (t, 1, row + count,
 477                 TAB_LEFT | TAT_TITLE ,_("Total"));
 478
 479       tab_float (t, 2, row + count, 0, totals->n, 8,0);
 480
 481       tab_float (t, 3, row + count, 0, totals->mean, 8,2);
 482
 483       tab_float (t, 4, row + count, 0, totals->std_dev,8,2);
 484
 485       std_error = totals->std_dev/sqrt(totals->n) ;
 486
 487       tab_float (t, 5, row + count, 0, std_error, 8,2);
 488
 489       /* Now the confidence interval */
 490
 491       T = gsl_cdf_tdist_Qinv(q,totals->n - 1);
 492
 493       tab_float(t, 6, row + count, 0,
 494                 totals->mean - T * std_error, 8, 2);
 495
 496       tab_float(t, 7, row + count, 0,
 497                 totals->mean + T * std_error, 8, 2);
 498
 499       /* Min and Max */
 500
 501       tab_float(t, 8, row + count, 0,  totals->minimum, 8, 2);
 502       tab_float(t, 9, row + count, 0,  totals->maximum, 8, 2);
 503
 504       row += gp->n_groups + 1;
 505     }
 506
 507
 508   tab_submit (t);
 509
 510
 511 }
 512
 513 /* Show the homogeneity table */
 514 static void
 515 show_homogeneity(void)
 516 {
 517   int v;
 518   int n_cols = 5;
 519   int n_rows = n_vars + 1;
 520
 521   struct tab_table *t;
 522
 523
 524   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 525   tab_headers (t, 1, 0, 1, 0);
 526   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 527
 528   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 529   tab_box (t,
 530            TAL_2, TAL_2,
 531            -1, TAL_1,
 532            0, 0,
 533            n_cols - 1, n_rows - 1);
 534
 535
 536   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 537   tab_vline(t, TAL_2, 1, 0, n_rows - 1);
 538
 539
 540   tab_text (t,  1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Levene Statistic"));
 541   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df1"));
 542   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df2"));
 543   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Significance"));
 544
 545
 546   tab_title (t, 0, _("Test of Homogeneity of Variances"));
 547
 548   for ( v=0 ; v < n_vars ; ++v )
 549     {
 550       double F;
 551       const struct variable *var = vars[v];
 552       const struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[v]);
 553       const char *s = var_to_string(var);
 554       const struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 555
 556       const double df1 = gp->n_groups - 1;
 557       const double df2 = totals->n - gp->n_groups ;
 558
 559       tab_text (t, 0, v + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE, s);
 560
 561       F = gp->levene;
 562       tab_float (t, 1, v + 1, TAB_RIGHT, F, 8,3);
 563       tab_float (t, 2, v + 1, TAB_RIGHT, df1 ,8,0);
 564       tab_float (t, 3, v + 1, TAB_RIGHT, df2 ,8,0);
 565
 566       /* Now the significance */
 567       tab_float (t, 4, v + 1, TAB_RIGHT,gsl_cdf_fdist_Q(F,df1,df2), 8, 3);
 568     }
 569
 570   tab_submit (t);
 571
 572
 573 }
 574
 575
 576 /* Show the contrast coefficients table */
 577 static void
 578 show_contrast_coeffs(short *bad_contrast)
 579 {
 580   int n_cols = 2 + ostensible_number_of_groups;
 581   int n_rows = 2 + cmd.sbc_contrast;
 582   struct hsh_iterator g;
 583   union value *group_value;
 584   int count = 0 ;
 585
 586
 587   struct tab_table *t;
 588
 589
 590   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 591   tab_headers (t, 2, 0, 2, 0);
 592   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 593
 594   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 595   tab_box (t,
 596            TAL_2, TAL_2,
 597            -1, TAL_1,
 598            0, 0,
 599            n_cols - 1, n_rows - 1);
 600
 601
 602   tab_box (t,
 603            -1,-1,
 604            TAL_0, TAL_0,
 605            2, 0,
 606            n_cols - 1, 0);
 607
 608   tab_box (t,
 609            -1,-1,
 610            TAL_0, TAL_0,
 611            0,0,
 612            1,1);
 613
 614
 615   tab_hline(t, TAL_1, 2, n_cols - 1, 1);
 616
 617
 618   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 2);
 619   tab_vline(t, TAL_2, 2, 0, n_rows - 1);
 620
 621
 622   tab_title (t, 0, _("Contrast Coefficients"));
 623
 624   tab_text (t,  0, 2, TAB_LEFT | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 625
 626
 627
 628   tab_joint_text (t, 2, 0, n_cols - 1, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 629                   var_to_string(indep_var));
 630
 631   for (group_value =  hsh_first (global_group_hash,&g);
 632        group_value != 0;
 633        group_value = hsh_next(global_group_hash,&g))
 634     {
 635       int i;
 636
 637       tab_text (t, count + 2, 1, TAB_CENTER | TAT_TITLE,
 638                 value_to_string(group_value,indep_var));
 639
 640       for (i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 641         {
 642
 643           tab_text(t, 1, i + 2, TAB_CENTER | TAT_PRINTF, "%d", i + 1);
 644
 645           if ( bad_contrast[i] )
 646             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT, "?" );
 647           else
 648             tab_text(t, count + 2, i + 2, TAB_RIGHT | TAT_PRINTF, "%g",
 649                      subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],count)
 650                      );
 651         }
 652
 653       count++ ;
 654     }
 655
 656   tab_submit (t);
 657
 658 }
 659
 660
 661 /* Show the results of the contrast tests */
 662 static void
 663 show_contrast_tests(short *bad_contrast)
 664 {
 665   int v;
 666   int n_cols = 8;
 667   int n_rows = 1 + n_vars * 2 * cmd.sbc_contrast;
 668
 669   struct tab_table *t;
 670
 671   t = tab_create (n_cols,n_rows,0);
 672   tab_headers (t, 3, 0, 1, 0);
 673   tab_dim (t, tab_natural_dimensions);
 674
 675   /* Put a frame around the entire box, and vertical lines inside */
 676   tab_box (t,
 677            TAL_2, TAL_2,
 678            -1, TAL_1,
 679            0, 0,
 680            n_cols - 1, n_rows - 1);
 681
 682   tab_box (t,
 683            -1,-1,
 684            TAL_0, TAL_0,
 685            0, 0,
 686            2, 0);
 687
 688   tab_hline(t, TAL_2, 0, n_cols - 1, 1);
 689   tab_vline(t, TAL_2, 3, 0, n_rows - 1);
 690
 691
 692   tab_title (t, 0, _("Contrast Tests"));
 693
 694   tab_text (t,  2, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Contrast"));
 695   tab_text (t,  3, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Value of Contrast"));
 696   tab_text (t,  4, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Std. Error"));
 697   tab_text (t,  5, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("t"));
 698   tab_text (t,  6, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("df"));
 699   tab_text (t,  7, 0, TAB_CENTER | TAT_TITLE, _("Sig. (2-tailed)"));
 700
 701   for ( v = 0 ; v < n_vars ; ++v )
 702     {
 703       int i;
 704       int lines_per_variable = 2 * cmd.sbc_contrast;
 705
 706
 707       tab_text (t,  0, (v * lines_per_variable) + 1, TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 708                 var_to_string(vars[v]));
 709
 710       for ( i = 0 ; i < cmd.sbc_contrast ; ++i )
 711         {
 712           int ci;
 713           double contrast_value = 0.0;
 714           double coef_msq = 0.0;
 715           struct group_proc *grp_data = group_proc_get (vars[v]);
 716           struct hsh_table *group_hash = grp_data->group_hash;
 717           struct hsh_iterator g;
 718           struct group_statistics *gs;
 719
 720           double T;
 721           double std_error_contrast ;
 722           double df;
 723           double sec_vneq=0.0;
 724
 725
 726           /* Note: The calculation of the degrees of freedom in the variances
 727              not  equal case is painfull!!
 728              The following formula may help to understand it:
 729              \frac{\left(\sum_{i=1}^k{c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}}\right)^2}
 730              {
 731              \sum_{i=1}^k\left(
 732              \frac{\left(c_i^2\frac{s_i^2}{n_i}\right)^2}  {n_i-1}
 733              \right)
 734              }
 735           */
 736
 737           double df_denominator = 0.0;
 738           double df_numerator = 0.0;
 739
 740
 741           if ( i == 0 )
 742             {
 743               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 744                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 745                         _("Assume equal variances"));
 746
 747               tab_text (t,  1, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 748                         TAB_LEFT | TAT_TITLE,
 749                         _("Does not assume equal"));
 750             }
 751
 752           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 753                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 754
 755
 756           tab_text (t,  2, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 757                     TAB_CENTER | TAT_TITLE | TAT_PRINTF, "%d",i+1);
 758
 759
 760           if ( bad_contrast[i])
 761             continue;
 762
 763           /* FIXME: Potential danger here.
 764              We're ASSUMING THE array is in the order corresponding to the
 765              hash order. */
 766           for (ci = 0, gs = hsh_first (group_hash,&g);
 767                gs != 0;
 768                ++ci, gs = hsh_next(group_hash,&g))
 769             {
 770
 771               const double coef = subc_list_double_at(&cmd.dl_contrast[i],ci);
 772               const double winv = (gs->std_dev * gs->std_dev) / gs->n;
 773
 774               contrast_value += coef * gs->mean;
 775
 776               coef_msq += (coef * coef) / gs->n ;
 777
 778               sec_vneq += (coef * coef) * (gs->std_dev * gs->std_dev ) /gs->n ;
 779
 780               df_numerator += (coef * coef) * winv;
 781               df_denominator += pow2((coef * coef) * winv) / (gs->n - 1);
 782
 783             }
 784           sec_vneq = sqrt(sec_vneq);
 785
 786           df_numerator = pow2(df_numerator);
 787
 788           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 789                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 790
 791           tab_float (t,  3, (v * lines_per_variable) + i + 1 +
 792                      cmd.sbc_contrast,
 793                      TAB_RIGHT, contrast_value, 8,2);
 794
 795           std_error_contrast = sqrt(grp_data->mse * coef_msq);
 796
 797           /* Std. Error */
 798           tab_float (t,  4, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 799                      TAB_RIGHT, std_error_contrast,
 800                      8,3);
 801
 802           T = fabs(contrast_value / std_error_contrast) ;
 803
 804           /* T Statistic */
 805
 806           tab_float (t,  5, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 807                      TAB_RIGHT, T,
 808                      8,3);
 809
 810           df = grp_data->ugs.n - grp_data->n_groups;
 811
 812           /* Degrees of Freedom */
 813           tab_float (t,  6, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 814                      TAB_RIGHT,  df,
 815                      8,0);
 816
 817
 818           /* Significance TWO TAILED !!*/
 819           tab_float (t,  7, (v * lines_per_variable) + i + 1,
 820                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 821                      8,3);
 822
 823
 824           /* Now for the Variances NOT Equal case */
 825
 826           /* Std. Error */
 827           tab_float (t,  4,
 828                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 829                      TAB_RIGHT, sec_vneq,
 830                      8,3);
 831
 832
 833           T = contrast_value / sec_vneq;
 834           tab_float (t,  5,
 835                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 836                      TAB_RIGHT, T,
 837                      8,3);
 838
 839
 840           df = df_numerator / df_denominator;
 841
 842           tab_float (t,  6,
 843                      (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 844                      TAB_RIGHT, df,
 845                      8,3);
 846
 847           /* The Significance */
 848
 849           tab_float (t, 7, (v * lines_per_variable) + i + 1 + cmd.sbc_contrast,
 850                      TAB_RIGHT,  2 * gsl_cdf_tdist_Q(T,df),
 851                      8,3);
 852
 853
 854         }
 855
 856       if ( v > 0 )
 857         tab_hline(t, TAL_1, 0, n_cols - 1, (v * lines_per_variable) + 1);
 858     }
 859
 860   tab_submit (t);
 861
 862 }
 863
 864
 865 /* ONEWAY ANOVA Calculations */
 866
 867 static void  postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 868
 869 static void  precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED );
 870
 871
 872
 873 /* Pre calculations */
 874 static void
 875 precalc ( struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
 876 {
 877   int i=0;
 878
 879   for(i=0; i< n_vars ; ++i)
 880     {
 881       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 882       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 883
 884       /* Create a hash for each of the dependent variables.
 885          The hash contains a group_statistics structure,
 886          and is keyed by value of the independent variable */
 887
 888       gp->group_hash =
 889         hsh_create(4,
 890                    (hsh_compare_func *) compare_group,
 891                    (hsh_hash_func *) hash_group,
 892                    (hsh_free_func *) free_group,
 893                    (void *) indep_var->width );
 894
 895
 896       totals->sum=0;
 897       totals->n=0;
 898       totals->ssq=0;
 899       totals->sum_diff=0;
 900       totals->maximum = - DBL_MAX;
 901       totals->minimum = DBL_MAX;
 902     }
 903 }
 904
 905
 906 static void
 907 run_oneway(const struct casefile *cf, void *cmd_)
 908 {
 909   struct casereader *r;
 910   struct ccase c;
 911
 912   struct cmd_oneway *cmd = (struct cmd_oneway *) cmd_;
 913
 914   global_group_hash = hsh_create(4,
 915                                  (hsh_compare_func *) compare_values,
 916                                  (hsh_hash_func *) hash_value,
 917                                  0,
 918                                  (void *) indep_var->width );
 919   precalc(cmd);
 920
 921   for(r = casefile_get_reader (cf);
 922       casereader_read (r, &c) ;
 923       case_destroy (&c))
 924     {
 925       int i;
 926
 927       const double weight =
 928         dict_get_case_weight(default_dict,&c,&bad_weight_warn);
 929
 930       const union value *indep_val = case_data (&c, indep_var->fv);
 931
 932       /* Deal with missing values */
 933       if ( value_is_missing(indep_val,indep_var) )
 934         continue;
 935
 936       /* Skip the entire case if /MISSING=LISTWISE is set */
 937       if ( cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE )
 938         {
 939           for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
 940             {
 941               const struct variable *v = vars[i];
 942               const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 943
 944               if (value_is_missing(val,v) )
 945                 break;
 946             }
 947           if ( i != n_vars )
 948             continue;
 949
 950         }
 951
 952
 953       hsh_insert ( global_group_hash, (void *) indep_val );
 954
 955       for ( i = 0 ; i < n_vars ; ++i )
 956         {
 957           const struct variable *v = vars[i];
 958
 959           const union value *val = case_data (&c, v->fv);
 960
 961           struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
 962           struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
 963
 964           struct group_statistics *gs;
 965
 966           gs = hsh_find(group_hash, (void *) indep_val );
 967
 968           if ( ! gs )
 969             {
 970               gs = (struct group_statistics *)
 971                 xmalloc (sizeof(struct group_statistics));
 972
 973               gs->id = *indep_val;
 974               gs->sum=0;
 975               gs->n=0;
 976               gs->ssq=0;
 977               gs->sum_diff=0;
 978               gs->minimum = DBL_MAX;
 979               gs->maximum = -DBL_MAX;
 980
 981               hsh_insert ( group_hash, (void *) gs );
 982             }
 983
 984           if (! value_is_missing(val,v) )
 985             {
 986               struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
 987
 988               totals->n+=weight;
 989               totals->sum+=weight * val->f;
 990               totals->ssq+=weight * val->f * val->f;
 991
 992               if ( val->f * weight  < totals->minimum )
 993                 totals->minimum = val->f * weight;
 994
 995               if ( val->f * weight  > totals->maximum )
 996                 totals->maximum = val->f * weight;
 997
 998               gs->n+=weight;
 999               gs->sum+=weight * val->f;
1000               gs->ssq+=weight * val->f * val->f;
1001
1002               if ( val->f * weight  < gs->minimum )
1003                 gs->minimum = val->f * weight;
1004
1005               if ( val->f * weight  > gs->maximum )
1006                 gs->maximum = val->f * weight;
1007             }
1008
1009           gp->n_groups = hsh_count ( group_hash );
1010         }
1011
1012     }
1013   casereader_destroy (r);
1014
1015   postcalc(cmd);
1016
1017
1018   if ( stat_tables & STAT_HOMO )
1019     levene(cf, indep_var, n_vars, vars,
1020            (cmd->miss == ONEWAY_LISTWISE) ? LEV_LISTWISE : LEV_ANALYSIS ,
1021            value_is_missing);
1022
1023   ostensible_number_of_groups = hsh_count (global_group_hash);
1024
1025
1026   output_oneway();
1027
1028
1029 }
1030
1031
1032 /* Post calculations for the ONEWAY command */
1033 void
1034 postcalc (  struct cmd_oneway *cmd UNUSED )
1035 {
1036   int i=0;
1037
1038
1039   for(i = 0; i < n_vars ; ++i)
1040     {
1041       struct group_proc *gp = group_proc_get (vars[i]);
1042       struct hsh_table *group_hash = gp->group_hash;
1043       struct group_statistics *totals = &gp->ugs;
1044
1045       struct hsh_iterator g;
1046       struct group_statistics *gs;
1047
1048       for (gs =  hsh_first (group_hash,&g);
1049            gs != 0;
1050            gs = hsh_next(group_hash,&g))
1051         {
1052           gs->mean=gs->sum / gs->n;
1053           gs->s_std_dev= sqrt(
1054                               ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1055                               ) ;
1056
1057           gs->std_dev= sqrt(
1058                             gs->n/(gs->n-1) *
1059                             ( (gs->ssq / gs->n ) - gs->mean * gs->mean )
1060                             ) ;
1061
1062           gs->se_mean = gs->std_dev / sqrt(gs->n);
1063           gs->mean_diff= gs->sum_diff / gs->n;
1064
1065         }
1066
1067
1068
1069       totals->mean = totals->sum / totals->n;
1070       totals->std_dev= sqrt(
1071                             totals->n/(totals->n-1) *
1072                             ( (totals->ssq / totals->n ) - totals->mean * totals->mean )
1073                             ) ;
1074
1075       totals->se_mean = totals->std_dev / sqrt(totals->n);
1076
1077     }
1078 }