pintos-os.org Git - pspp/blob - src/language/stats/glm.c

   1 /* PSPP - a program for statistical analysis.
   2    Copyright (C) 2010, 2011, 2012 Free Software Foundation, Inc.
   3
   4    This program is free software: you can redistribute it and/or modify
   5    it under the terms of the GNU General Public License as published by
   6    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
   7    (at your option) any later version.
   8
   9    This program is distributed in the hope that it will be useful,
  10    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  12    GNU General Public License for more details.
  13
  14    You should have received a copy of the GNU General Public License
  15    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. */
  16
  17 #include <config.h>
  18
  19 #include <gsl/gsl_cdf.h>
  20 #include <gsl/gsl_matrix.h>
  21 #include <gsl/gsl_combination.h>
  22 #include <math.h>
  23
  24 #include "data/case.h"
  25 #include "data/casegrouper.h"
  26 #include "data/casereader.h"
  27 #include "data/dataset.h"
  28 #include "data/dictionary.h"
  29 #include "data/format.h"
  30 #include "data/value.h"
  31 #include "language/command.h"
  32 #include "language/dictionary/split-file.h"
  33 #include "language/lexer/lexer.h"
  34 #include "language/lexer/value-parser.h"
  35 #include "language/lexer/variable-parser.h"
  36 #include "libpspp/assertion.h"
  37 #include "libpspp/ll.h"
  38 #include "libpspp/message.h"
  39 #include "libpspp/misc.h"
  40 #include "libpspp/taint.h"
  41 #include "linreg/sweep.h"
  42 #include "math/categoricals.h"
  43 #include "math/covariance.h"
  44 #include "math/interaction.h"
  45 #include "math/moments.h"
  46 #include "output/pivot-table.h"
  47
  48 #include "gettext.h"
  49 #define N_(msgid) msgid
  50 #define _(msgid) gettext (msgid)
  51
  52 struct glm_spec
  53   {
  54     const struct variable **dep_vars;
  55     size_t n_dep_vars;
  56
  57     const struct variable **factor_vars;
  58     size_t n_factor_vars;
  59
  60     struct interaction **interactions;
  61     size_t n_interactions;
  62
  63     enum mv_class exclude;
  64
  65     const struct variable *wv;    /* The weight variable */
  66
  67     const struct dictionary *dict;
  68
  69     int ss_type;
  70     bool intercept;
  71
  72     double alpha;
  73
  74     bool dump_coding;
  75   };
  76
  77 struct glm_workspace
  78   {
  79     double total_ssq;
  80     struct moments *totals;
  81
  82     struct categoricals *cats;
  83
  84     /*
  85       Sums of squares due to different variables. Element 0 is the SSE
  86       for the entire model. For i > 0, element i is the SS due to
  87       variable i.
  88     */
  89     gsl_vector *ssq;
  90   };
  91
  92
  93 /* Default design: all possible interactions */
  94 static void
  95 design_full (struct glm_spec *glm)
  96 {
  97   glm->n_interactions = (1 << glm->n_factor_vars) - 1;
  98   glm->interactions = xcalloc (glm->n_interactions, sizeof *glm->interactions);
  99
 100   /* All subsets, with exception of the empty set, of [0, glm->n_factor_vars) */
 101   size_t i = 0;
 102   for (size_t sz = 1; sz <= glm->n_factor_vars; ++sz)
 103     {
 104       gsl_combination *c = gsl_combination_calloc (glm->n_factor_vars, sz);
 105
 106       do
 107         {
 108           struct interaction *iact = interaction_create (NULL);
 109           int e;
 110           for (e = 0; e < gsl_combination_k (c); ++e)
 111             interaction_add_variable (iact, glm->factor_vars [gsl_combination_get (c, e)]);
 112
 113           glm->interactions[i++] = iact;
 114         }
 115       while (gsl_combination_next (c) == GSL_SUCCESS);
 116
 117       gsl_combination_free (c);
 118     }
 119 }
 120
 121 static void output_glm (const struct glm_spec *,
 122                         const struct glm_workspace *ws);
 123 static void run_glm (struct glm_spec *cmd, struct casereader *input,
 124                      const struct dataset *ds);
 125
 126
 127 static bool parse_design_spec (struct lexer *lexer, struct glm_spec *glm);
 128
 129
 130 int
 131 cmd_glm (struct lexer *lexer, struct dataset *ds)
 132 {
 133   struct const_var_set *factors = NULL;
 134   bool design = false;
 135   struct dictionary *dict = dataset_dict (ds);
 136   struct glm_spec glm = {
 137     .dict = dict,
 138     .exclude = MV_ANY,
 139     .intercept = true,
 140     .wv = dict_get_weight (dict),
 141     .alpha = 0.05,
 142     .ss_type = 3,
 143   };
 144
 145   int dep_vars_start = lex_ofs (lexer);
 146   if (!parse_variables_const (lexer, glm.dict,
 147                               &glm.dep_vars, &glm.n_dep_vars,
 148                               PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 149     goto error;
 150   int dep_vars_end = lex_ofs (lexer) - 1;
 151
 152   if (!lex_force_match (lexer, T_BY))
 153     goto error;
 154
 155   if (!parse_variables_const (lexer, glm.dict,
 156                               &glm.factor_vars, &glm.n_factor_vars,
 157                               PV_NO_DUPLICATE | PV_NUMERIC))
 158     goto error;
 159
 160   if (glm.n_dep_vars > 1)
 161     {
 162       lex_ofs_error (lexer, dep_vars_start, dep_vars_end,
 163                      _("Multivariate analysis is not yet implemented"));
 164       return CMD_FAILURE;
 165     }
 166
 167   factors = const_var_set_create_from_array (glm.factor_vars, glm.n_factor_vars);
 168
 169   while (lex_token (lexer) != T_ENDCMD)
 170     {
 171       lex_match (lexer, T_SLASH);
 172
 173       if (lex_match_id (lexer, "MISSING"))
 174         {
 175           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 176           while (lex_token (lexer) != T_ENDCMD
 177                  && lex_token (lexer) != T_SLASH)
 178             {
 179               if (lex_match_id (lexer, "INCLUDE"))
 180                 glm.exclude = MV_SYSTEM;
 181               else if (lex_match_id (lexer, "EXCLUDE"))
 182                 glm.exclude = MV_ANY;
 183               else
 184                 {
 185                   lex_error_expecting (lexer, "INCLUDE", "EXCLUDE");
 186                   goto error;
 187                 }
 188             }
 189         }
 190       else if (lex_match_id (lexer, "INTERCEPT"))
 191         {
 192           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 193           while (lex_token (lexer) != T_ENDCMD
 194                  && lex_token (lexer) != T_SLASH)
 195             {
 196               if (lex_match_id (lexer, "INCLUDE"))
 197                 glm.intercept = true;
 198               else if (lex_match_id (lexer, "EXCLUDE"))
 199                 glm.intercept = false;
 200               else
 201                 {
 202                   lex_error_expecting (lexer, "INCLUDE", "EXCLUDE");
 203                   goto error;
 204                 }
 205             }
 206         }
 207       else if (lex_match_id (lexer, "CRITERIA"))
 208         {
 209           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 210           if (!lex_force_match_phrase (lexer, "ALPHA(")
 211               || !lex_force_num (lexer))
 212             goto error;
 213           glm.alpha = lex_number (lexer);
 214           lex_get (lexer);
 215           if (!lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
 216             goto error;
 217         }
 218       else if (lex_match_id (lexer, "METHOD"))
 219         {
 220           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 221           if (!lex_force_match_phrase (lexer, "SSTYPE(")
 222               || !lex_force_int_range (lexer, "SSTYPE", 1, 3))
 223             goto error;
 224
 225           glm.ss_type = lex_integer (lexer);
 226           lex_get (lexer);
 227
 228           if (!lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
 229             goto error;
 230         }
 231       else if (lex_match_id (lexer, "DESIGN"))
 232         {
 233           lex_match (lexer, T_EQUALS);
 234
 235           if (!parse_design_spec (lexer, &glm))
 236             goto error;
 237
 238           if (glm.n_interactions > 0)
 239             design = true;
 240         }
 241       else if (lex_match_id (lexer, "SHOWCODES"))
 242         {
 243           /* Undocumented debug option */
 244           glm.dump_coding = true;
 245         }
 246       else
 247         {
 248           lex_error_expecting (lexer, "MISSING", "INTERCEPT", "CRITERIA",
 249                                "METHOD", "DESIGN");
 250           goto error;
 251         }
 252     }
 253
 254   if (!design)
 255     design_full (&glm);
 256
 257   struct casegrouper *grouper = casegrouper_create_splits (proc_open (ds), glm.dict);
 258   struct casereader *group;
 259   while (casegrouper_get_next_group (grouper, &group))
 260     run_glm (&glm, group, ds);
 261   bool ok = casegrouper_destroy (grouper);
 262   ok = proc_commit (ds) && ok;
 263
 264   const_var_set_destroy (factors);
 265   free (glm.factor_vars);
 266   for (size_t i = 0; i < glm.n_interactions; ++i)
 267     interaction_destroy (glm.interactions[i]);
 268
 269   free (glm.interactions);
 270   free (glm.dep_vars);
 271
 272   return CMD_SUCCESS;
 273
 274 error:
 275   const_var_set_destroy (factors);
 276   free (glm.factor_vars);
 277   for (size_t i = 0; i < glm.n_interactions; ++i)
 278     interaction_destroy (glm.interactions[i]);
 279
 280   free (glm.interactions);
 281   free (glm.dep_vars);
 282
 283   return CMD_FAILURE;
 284 }
 285
 286 static inline bool
 287 not_dropped (size_t j, const bool *ff)
 288 {
 289   return !ff[j];
 290 }
 291
 292 static void
 293 fill_submatrix (const gsl_matrix * cov, gsl_matrix * submatrix, bool *dropped_f)
 294 {
 295   size_t i;
 296   size_t j;
 297   size_t n = 0;
 298   size_t m = 0;
 299
 300   for (i = 0; i < cov->size1; i++)
 301     {
 302       if (not_dropped (i, dropped_f))
 303         {
 304           m = 0;
 305           for (j = 0; j < cov->size2; j++)
 306             {
 307               if (not_dropped (j, dropped_f))
 308                 {
 309                   gsl_matrix_set (submatrix, n, m,
 310                                   gsl_matrix_get (cov, i, j));
 311                   m++;
 312                 }
 313             }
 314           n++;
 315         }
 316     }
 317 }
 318
 319
 320 /*
 321    Type 1 sums of squares.
 322    Populate SSQ with the Type 1 sums of squares according to COV
 323  */
 324 static void
 325 ssq_type1 (struct covariance *cov, gsl_vector *ssq, const struct glm_spec *cmd)
 326 {
 327   const gsl_matrix *cm = covariance_calculate_unnormalized (cov);
 328   size_t i;
 329   size_t k;
 330   bool *model_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
 331   bool *submodel_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
 332   const struct categoricals *cats = covariance_get_categoricals (cov);
 333
 334   size_t n_dropped_model = 0;
 335   size_t n_dropped_submodel = 0;
 336
 337   for (i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
 338     {
 339       n_dropped_model++;
 340       n_dropped_submodel++;
 341       model_dropped[i] = true;
 342       submodel_dropped[i] = true;
 343     }
 344
 345   for (k = 0; k < cmd->n_interactions; k++)
 346     {
 347       gsl_matrix *model_cov = NULL;
 348       gsl_matrix *submodel_cov = NULL;
 349
 350       n_dropped_submodel = n_dropped_model;
 351       for (i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
 352         {
 353           submodel_dropped[i] = model_dropped[i];
 354         }
 355
 356       for (i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
 357         {
 358           const struct interaction * x =
 359             categoricals_get_interaction_by_subscript (cats, i - cmd->n_dep_vars);
 360
 361           if (x == cmd->interactions [k])
 362             {
 363               model_dropped[i] = false;
 364               n_dropped_model--;
 365             }
 366         }
 367
 368       model_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_model, cm->size2 - n_dropped_model);
 369       submodel_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_submodel, cm->size2 - n_dropped_submodel);
 370
 371       fill_submatrix (cm, model_cov,    model_dropped);
 372       fill_submatrix (cm, submodel_cov, submodel_dropped);
 373
 374       reg_sweep (model_cov, 0);
 375       reg_sweep (submodel_cov, 0);
 376
 377       gsl_vector_set (ssq, k + 1,
 378                       gsl_matrix_get (submodel_cov, 0, 0) - gsl_matrix_get (model_cov, 0, 0)
 379                 );
 380
 381       gsl_matrix_free (model_cov);
 382       gsl_matrix_free (submodel_cov);
 383     }
 384
 385   free (model_dropped);
 386   free (submodel_dropped);
 387 }
 388
 389 /*
 390    Type 2 sums of squares.
 391    Populate SSQ with the Type 2 sums of squares according to COV
 392  */
 393 static void
 394 ssq_type2 (struct covariance *cov, gsl_vector *ssq, const struct glm_spec *cmd)
 395 {
 396   const gsl_matrix *cm = covariance_calculate_unnormalized (cov);
 397   size_t i;
 398   size_t k;
 399   bool *model_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
 400   bool *submodel_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
 401   const struct categoricals *cats = covariance_get_categoricals (cov);
 402
 403   for (k = 0; k < cmd->n_interactions; k++)
 404     {
 405       gsl_matrix *model_cov = NULL;
 406       gsl_matrix *submodel_cov = NULL;
 407       size_t n_dropped_model = 0;
 408       size_t n_dropped_submodel = 0;
 409       for (i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
 410         {
 411           const struct interaction * x =
 412             categoricals_get_interaction_by_subscript (cats, i - cmd->n_dep_vars);
 413
 414           model_dropped[i] = false;
 415           submodel_dropped[i] = false;
 416           if (interaction_is_subset (cmd->interactions [k], x))
 417             {
 418               assert (n_dropped_submodel < covariance_dim (cov));
 419               n_dropped_submodel++;
 420               submodel_dropped[i] = true;
 421
 422               if (cmd->interactions [k]->n_vars < x->n_vars)
 423                 {
 424                   assert (n_dropped_model < covariance_dim (cov));
 425                   n_dropped_model++;
 426                   model_dropped[i] = true;
 427                 }
 428             }
 429         }
 430
 431       model_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_model, cm->size2 - n_dropped_model);
 432       submodel_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_submodel, cm->size2 - n_dropped_submodel);
 433
 434       fill_submatrix (cm, model_cov,    model_dropped);
 435       fill_submatrix (cm, submodel_cov, submodel_dropped);
 436
 437       reg_sweep (model_cov, 0);
 438       reg_sweep (submodel_cov, 0);
 439
 440       gsl_vector_set (ssq, k + 1,
 441                       gsl_matrix_get (submodel_cov, 0, 0) - gsl_matrix_get (model_cov, 0, 0)
 442                 );
 443
 444       gsl_matrix_free (model_cov);
 445       gsl_matrix_free (submodel_cov);
 446     }
 447
 448   free (model_dropped);
 449   free (submodel_dropped);
 450 }
 451
 452 /*
 453    Type 3 sums of squares.
 454    Populate SSQ with the Type 2 sums of squares according to COV
 455  */
 456 static void
 457 ssq_type3 (struct covariance *cov, gsl_vector *ssq, const struct glm_spec *cmd)
 458 {
 459   const gsl_matrix *cm = covariance_calculate_unnormalized (cov);
 460   size_t i;
 461   size_t k;
 462   bool *model_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
 463   bool *submodel_dropped = XCALLOC (covariance_dim (cov), bool);
 464   const struct categoricals *cats = covariance_get_categoricals (cov);
 465
 466   double ss0;
 467   gsl_matrix *submodel_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1, cm->size2);
 468   fill_submatrix (cm, submodel_cov, submodel_dropped);
 469   reg_sweep (submodel_cov, 0);
 470   ss0 = gsl_matrix_get (submodel_cov, 0, 0);
 471   gsl_matrix_free (submodel_cov);
 472   free (submodel_dropped);
 473
 474   for (k = 0; k < cmd->n_interactions; k++)
 475     {
 476       gsl_matrix *model_cov = NULL;
 477       size_t n_dropped_model = 0;
 478
 479       for (i = cmd->n_dep_vars; i < covariance_dim (cov); i++)
 480         {
 481           const struct interaction * x =
 482             categoricals_get_interaction_by_subscript (cats, i - cmd->n_dep_vars);
 483
 484           model_dropped[i] = false;
 485
 486           if (cmd->interactions [k] == x)
 487             {
 488               assert (n_dropped_model < covariance_dim (cov));
 489               n_dropped_model++;
 490               model_dropped[i] = true;
 491             }
 492         }
 493
 494       model_cov = gsl_matrix_alloc (cm->size1 - n_dropped_model, cm->size2 - n_dropped_model);
 495
 496       fill_submatrix (cm, model_cov,    model_dropped);
 497
 498       reg_sweep (model_cov, 0);
 499
 500       gsl_vector_set (ssq, k + 1,
 501                       gsl_matrix_get (model_cov, 0, 0) - ss0);
 502
 503       gsl_matrix_free (model_cov);
 504     }
 505   free (model_dropped);
 506 }
 507
 508
 509
 510 //static  void dump_matrix (const gsl_matrix *m);
 511
 512 static void
 513 run_glm (struct glm_spec *cmd, struct casereader *input,
 514          const struct dataset *ds)
 515 {
 516   bool warn_bad_weight = true;
 517   int v;
 518   struct taint *taint;
 519   struct dictionary *dict = dataset_dict (ds);
 520   struct casereader *reader;
 521   struct ccase *c;
 522
 523   struct glm_workspace ws;
 524   struct covariance *cov;
 525
 526   input  = casereader_create_filter_missing (input,
 527                                              cmd->dep_vars, cmd->n_dep_vars,
 528                                              cmd->exclude,
 529                                              NULL,  NULL);
 530
 531   input  = casereader_create_filter_missing (input,
 532                                              cmd->factor_vars, cmd->n_factor_vars,
 533                                              cmd->exclude,
 534                                              NULL,  NULL);
 535
 536   ws.cats = categoricals_create (cmd->interactions, cmd->n_interactions,
 537                                  cmd->wv, MV_ANY);
 538
 539   cov = covariance_2pass_create (cmd->n_dep_vars, cmd->dep_vars,
 540                                  ws.cats, cmd->wv, cmd->exclude, true);
 541
 542
 543   c = casereader_peek (input, 0);
 544   if (c == NULL)
 545     {
 546       casereader_destroy (input);
 547       return;
 548     }
 549   output_split_file_values (ds, c);
 550   case_unref (c);
 551
 552   taint = taint_clone (casereader_get_taint (input));
 553
 554   ws.totals = moments_create (MOMENT_VARIANCE);
 555
 556   for (reader = casereader_clone (input);
 557        (c = casereader_read (reader)) != NULL; case_unref (c))
 558     {
 559       double weight = dict_get_case_weight (dict, c, &warn_bad_weight);
 560
 561       for (v = 0; v < cmd->n_dep_vars; ++v)
 562         moments_pass_one (ws.totals, case_num (c, cmd->dep_vars[v]), weight);
 563
 564       covariance_accumulate_pass1 (cov, c);
 565     }
 566   casereader_destroy (reader);
 567
 568   if (cmd->dump_coding)
 569     reader = casereader_clone (input);
 570   else
 571     reader = input;
 572
 573   for (;
 574        (c = casereader_read (reader)) != NULL; case_unref (c))
 575     {
 576       double weight = dict_get_case_weight (dict, c, &warn_bad_weight);
 577
 578       for (v = 0; v < cmd->n_dep_vars; ++v)
 579         moments_pass_two (ws.totals, case_num (c, cmd->dep_vars[v]), weight);
 580
 581       covariance_accumulate_pass2 (cov, c);
 582     }
 583   casereader_destroy (reader);
 584
 585
 586   if (cmd->dump_coding)
 587     {
 588       struct pivot_table *t = covariance_dump_enc_header (cov);
 589       for (reader = input;
 590            (c = casereader_read (reader)) != NULL; case_unref (c))
 591         {
 592           covariance_dump_enc (cov, c, t);
 593         }
 594
 595       pivot_table_submit (t);
 596     }
 597
 598   {
 599     const gsl_matrix *ucm = covariance_calculate_unnormalized (cov);
 600     gsl_matrix *cm = gsl_matrix_alloc (ucm->size1, ucm->size2);
 601     gsl_matrix_memcpy (cm, ucm);
 602
 603     //    dump_matrix (cm);
 604
 605     ws.total_ssq = gsl_matrix_get (cm, 0, 0);
 606
 607     reg_sweep (cm, 0);
 608
 609     /*
 610       Store the overall SSE.
 611     */
 612     ws.ssq = gsl_vector_alloc (cm->size1);
 613     gsl_vector_set (ws.ssq, 0, gsl_matrix_get (cm, 0, 0));
 614     switch (cmd->ss_type)
 615       {
 616       case 1:
 617         ssq_type1 (cov, ws.ssq, cmd);
 618         break;
 619       case 2:
 620         ssq_type2 (cov, ws.ssq, cmd);
 621         break;
 622       case 3:
 623         ssq_type3 (cov, ws.ssq, cmd);
 624         break;
 625       default:
 626         NOT_REACHED ();
 627         break;
 628       }
 629     //    dump_matrix (cm);
 630     gsl_matrix_free (cm);
 631   }
 632
 633   if (!taint_has_tainted_successor (taint))
 634     output_glm (cmd, &ws);
 635
 636   gsl_vector_free (ws.ssq);
 637
 638   covariance_destroy (cov);
 639   moments_destroy (ws.totals);
 640
 641   taint_destroy (taint);
 642 }
 643
 644 static void
 645 put_glm_row (struct pivot_table *table, int row,
 646              double a, double b, double c, double d, double e)
 647 {
 648   double entries[] = { a, b, c, d, e };
 649
 650   for (size_t col = 0; col < sizeof entries / sizeof *entries; col++)
 651     if (entries[col] != SYSMIS)
 652       pivot_table_put2 (table, col, row,
 653                         pivot_value_new_number (entries[col]));
 654 }
 655
 656 static void
 657 output_glm (const struct glm_spec *cmd, const struct glm_workspace *ws)
 658 {
 659   struct pivot_table *table = pivot_table_create (
 660     N_("Tests of Between-Subjects Effects"));
 661
 662   pivot_dimension_create (table, PIVOT_AXIS_COLUMN, N_("Statistics"),
 663                           (cmd->ss_type == 1 ? N_("Type I Sum Of Squares")
 664                            : cmd->ss_type == 2 ? N_("Type II Sum Of Squares")
 665                            : N_("Type III Sum Of Squares")), PIVOT_RC_OTHER,
 666                           N_("df"), PIVOT_RC_COUNT,
 667                           N_("Mean Square"), PIVOT_RC_OTHER,
 668                           N_("F"), PIVOT_RC_OTHER,
 669                           N_("Sig."), PIVOT_RC_SIGNIFICANCE);
 670
 671   struct pivot_dimension *source = pivot_dimension_create (
 672     table, PIVOT_AXIS_ROW, N_("Source"),
 673     cmd->intercept ? N_("Corrected Model") : N_("Model"));
 674
 675   double n_total, mean;
 676   moments_calculate (ws->totals, &n_total, &mean, NULL, NULL, NULL);
 677
 678   double df_corr = 1.0 + categoricals_df_total (ws->cats);
 679
 680   double mse = gsl_vector_get (ws->ssq, 0) / (n_total - df_corr);
 681   double intercept_ssq = pow2 (mean * n_total) / n_total;
 682   if (cmd->intercept)
 683     {
 684       int row = pivot_category_create_leaf (
 685         source->root, pivot_value_new_text (N_("Intercept")));
 686
 687       /* The intercept for unbalanced models is of limited use and
 688          nobody knows how to calculate it properly */
 689       if (categoricals_isbalanced (ws->cats))
 690         {
 691           const double df = 1.0;
 692           const double F = intercept_ssq / df / mse;
 693           put_glm_row (table, row, intercept_ssq, 1.0, intercept_ssq / df,
 694                        F, gsl_cdf_fdist_Q (F, df, n_total - df_corr));
 695         }
 696     }
 697
 698   double ssq_effects = 0.0;
 699   for (int f = 0; f < cmd->n_interactions; ++f)
 700     {
 701       double df = categoricals_df (ws->cats, f);
 702       double ssq = gsl_vector_get (ws->ssq, f + 1);
 703       ssq_effects += ssq;
 704       if (!cmd->intercept)
 705         {
 706           df++;
 707           ssq += intercept_ssq;
 708         }
 709       double F = ssq / df / mse;
 710
 711       struct string str = DS_EMPTY_INITIALIZER;
 712       interaction_to_string (cmd->interactions[f], &str);
 713       int row = pivot_category_create_leaf (
 714         source->root, pivot_value_new_user_text_nocopy (ds_steal_cstr (&str)));
 715
 716       put_glm_row (table, row, ssq, df, ssq / df, F,
 717                    gsl_cdf_fdist_Q (F, df, n_total - df_corr));
 718     }
 719
 720   {
 721     /* Model / Corrected Model */
 722     double df = df_corr;
 723     double ssq = ws->total_ssq - gsl_vector_get (ws->ssq, 0);
 724     if (cmd->intercept)
 725       df--;
 726     else
 727       ssq += intercept_ssq;
 728     double F = ssq / df / mse;
 729     put_glm_row (table, 0, ssq, df, ssq / df, F,
 730                  gsl_cdf_fdist_Q (F, df, n_total - df_corr));
 731   }
 732
 733   {
 734     int row = pivot_category_create_leaf (source->root,
 735                                           pivot_value_new_text (N_("Error")));
 736     const double df = n_total - df_corr;
 737     const double ssq = gsl_vector_get (ws->ssq, 0);
 738     const double mse = ssq / df;
 739     put_glm_row (table, row, ssq, df, mse, SYSMIS, SYSMIS);
 740   }
 741
 742   {
 743     int row = pivot_category_create_leaf (source->root,
 744                                           pivot_value_new_text (N_("Total")));
 745     put_glm_row (table, row, ws->total_ssq + intercept_ssq, n_total,
 746                  SYSMIS, SYSMIS, SYSMIS);
 747   }
 748
 749   if (cmd->intercept)
 750     {
 751       int row = pivot_category_create_leaf (
 752         source->root, pivot_value_new_text (N_("Corrected Total")));
 753       put_glm_row (table, row, ws->total_ssq, n_total - 1.0, SYSMIS,
 754                    SYSMIS, SYSMIS);
 755     }
 756
 757   pivot_table_submit (table);
 758 }
 759
 760 #if 0
 761 static void
 762 dump_matrix (const gsl_matrix * m)
 763 {
 764   size_t i, j;
 765   for (i = 0; i < m->size1; ++i)
 766     {
 767       for (j = 0; j < m->size2; ++j)
 768         {
 769           double x = gsl_matrix_get (m, i, j);
 770           printf ("%.3f ", x);
 771         }
 772       printf ("\n");
 773     }
 774   printf ("\n");
 775 }
 776 #endif
 777
 778
 779 \f
 780 static bool
 781 parse_nested_variable (struct lexer *lexer, struct glm_spec *glm)
 782 {
 783   const struct variable *v = NULL;
 784   if (!lex_match_variable (lexer, glm->dict, &v))
 785     return false;
 786
 787   if (lex_match (lexer, T_LPAREN))
 788     {
 789       if (!parse_nested_variable (lexer, glm))
 790         return false;
 791
 792       if (!lex_force_match (lexer, T_RPAREN))
 793         return false;
 794     }
 795
 796   lex_error (lexer, "Nested variables are not yet implemented");
 797   return false;
 798 }
 799
 800 /* An interaction is a variable followed by {*, BY} followed by an interaction */
 801 static bool
 802 parse_internal_interaction (struct lexer *lexer, const struct dictionary *dict, struct interaction **iact, struct interaction **it)
 803 {
 804   const struct variable *v = NULL;
 805   assert (iact);
 806
 807   switch  (lex_next_token (lexer, 1))
 808     {
 809     case T_ENDCMD:
 810     case T_SLASH:
 811     case T_COMMA:
 812     case T_ID:
 813     case T_BY:
 814     case T_ASTERISK:
 815       break;
 816     default:
 817       return false;
 818       break;
 819     }
 820
 821   if (! lex_match_variable (lexer, dict, &v))
 822     {
 823       if (it)
 824         interaction_destroy (*it);
 825       *iact = NULL;
 826       return false;
 827     }
 828
 829   assert (v);
 830
 831   if (*iact == NULL)
 832     *iact = interaction_create (v);
 833   else
 834     interaction_add_variable (*iact, v);
 835
 836   if (lex_match (lexer, T_ASTERISK) || lex_match (lexer, T_BY))
 837     {
 838       return parse_internal_interaction (lexer, dict, iact, iact);
 839     }
 840
 841   return true;
 842 }
 843
 844 /* Parse an interaction.
 845    If not successful return false.
 846    Otherwise, a newly created interaction will be placed in IACT.
 847    It is the caller's responsibility to destroy this interaction.
 848  */
 849 static bool
 850 parse_design_interaction (struct lexer *lexer, const struct dictionary *dict, struct interaction **iact)
 851 {
 852   return parse_internal_interaction (lexer, dict, iact, NULL);
 853 }
 854
 855 /* A design term is an interaction OR a nested variable */
 856 static bool
 857 parse_design_term (struct lexer *lexer, struct glm_spec *glm)
 858 {
 859   struct interaction *iact = NULL;
 860   if (parse_design_interaction (lexer, glm->dict, &iact))
 861     {
 862       /* Interaction parsing successful.  Add to list of interactions */
 863       glm->interactions = xrealloc (glm->interactions, sizeof (*glm->interactions) * ++glm->n_interactions);
 864       glm->interactions[glm->n_interactions - 1] = iact;
 865       return true;
 866     }
 867
 868   if (parse_nested_variable (lexer, glm))
 869     return true;
 870
 871   return false;
 872 }
 873
 874
 875
 876 /* Parse a complete DESIGN specification.
 877    A design spec is a design term, optionally followed by a comma,
 878    and another design spec.
 879 */
 880 static bool
 881 parse_design_spec (struct lexer *lexer, struct glm_spec *glm)
 882 {
 883   if  (lex_token (lexer) == T_ENDCMD || lex_token (lexer) == T_SLASH)
 884     return true;
 885
 886   if (!parse_design_term (lexer, glm))
 887     return false;
 888
 889   lex_match (lexer, T_COMMA);
 890
 891   return parse_design_spec (lexer, glm);
 892 }